HsaINT0186262 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000163848 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:12933]
Coordinates
chr3:124953055-124996653:-
Coord C1 exon
chr3:124996570-124996653
Coord A exon
chr3:124953174-124996569
Coord C2 exon
chr3:124953055-124953173
Length
43396 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
CTTTCTATATTATGTGCTAGGTG
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAAACCATTTCAATGTAGTCAATGTGACATGCGTTTCATACAGAAGTACCTGCTTCAGAGACATGAGAAGATTCATACTG
Seq A exon
GTGAGTGTTAACCACCCTTACTAGGTTCATTAAAATGATTATTTCAAATGGAGGGAAGAATTTTTAATAAGTGGCAGTGACTTGCTGCCATTTCCATTGGTTTAGACTATAAATCACAGGTTATCTTTTTTCTCCCTTCAATAAATCAATGTTAACTGTTAAGACTTAACTTTAATGTCCAAGCCCAAGAAATTACTTTGAAATAGAGTTGCATAATAACCTAAAATATATGTTTAAAGTCACAAAAGGAAGGAAGATTTTCTGAAATTGCTATTTCCTTAGGTGTTTACTGAACTCAAAATTATCGTTAATTAGTCTGGGGTAGGAAGCAAATTCCTGACTCCTAAAGCAGCAGTACAATTCATTCTCTTTCTTTCCCTTTCATGTATATACCTTACCCTTAGACATGTAATCTTAAAAAGTTGAGAACTGCCAATTTCTCAGTCAAGTTATTAATGATTTAGAAATTAAATATTCTAGAGGATTACTATAAAGGAACACATACCGTAAAAACCTAAGTCTCATTTTAGAGCAAATATTTATTTGCATCTATTTTTGCCAACGGTAAAACCAACTTTTATAAGTAACTTTGATTTAGTAGTCTGTTGACTTTGCCTTTGTTGCCTCTAAGCATGTTGAAAAGTGTTTCTTTAGAATTGATTTCCAGTGTTTTGCTTTTTGTGATGGAATAAAAGCAGAGTTGGTAAATTTGTATAACTTTGAATTTTACATTTGAATAGAATTGAGAATTGTGATAATATGAGAATATTGAAAATATTTAAGTTCTTCATATTTTTCTGTTTTAAGTACTCAAGCAAGTACCTGCCCAGTGTTGTTATTTTGATGTGTTCTCATGGGACCTGCAGTATTTGTGAAAGGACAGTTTGTCATATAGAAACAACCTTTTCTGTCTGATAACTTTTTTTTCAATTTTCTTTGCCCCCAAAAAGAAGCCTGAATGTGTCTGGTCTGCTTAAATAAAACTTTAACTGGGCTGGGCTCAGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGATCACTTGAGGTCGGGAGTTCGATACCAGCCTGACCAACATGGAAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGCATGGTAGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGTCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAATAAGAGTGAAACTCCGTCTCAAAAATAAATAAATAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAACTTTAACTGTGCAACATGTCTGTATGCTTGGATGTTCTACTTTTTAACAATCATTTTGCACATTACTAGTTTCAGTTTTTTAAGTAAACGTATTCATCTCTTTTTATTAGAAGGGGCTATACTAGGCACTGTGGGAGAAAAAAATTTATAGATTTTGTGTGACTTATAGCTAAATTTAAATTCCTATATAACAATAAAACCTGATCAGATACAAATGAAAGTGATTATTTTTGTGTGTTCTTAATACCTAATAGGTTTTGATATTTTACTCATTCATTCAACAAAAATTTATTGAGCATCCAGTGTTTTTCAAGCACCAGAAATAGATAACAGAAGGCAGTTTCTTTCTTTGGAGTTTACGTTCTTGTGGAAAAACAGACGTGGAAAAACACACATATAAGCAAGCACAGTGCAGTTAAGTGTTGTAGAATTTTATACAAAATTCTCAAGATACTATTGTGCCCTGAGGAAGAGACACATGTGCTGTCCGTTCTTAGGGCAGGTGTCACAGAAAAGCCACATGAGGCTAAGTTAAGAATATATGTGTGTGGGTGGGTGTGTATCTGAAAAAAATATTTTTGAAACAATACTCACCTTCATTGCACTGTGATATTTTGTGTGTGAGTATGAATTCTTTTTTTAAAAAAGTGCTGGTCACAATCCTGTAATCAACTGCACTAGACCATGGGGAATCTTGGATTTAAGCAGAGTATAATGGGTTGTTAATGTTTGTTTAGAATTTACTAAGTACCAGAAAACTGTGTTAAATATCTCATTTAGTCCTCACATTAATCTTGAAAGGCAGGAGTTATTACTGTCCCCATTTTATAGATGAGGAGGTAGTAAGAAGTGCACATAAGTTAAGGAACTTTCCCAAATGTATATATCTAGTAAATGATGGAACCAAGATTTCAGCTCAAGCCTCTGTGAGTCCAGAGTACACATGTGAAATCACTGGCTATGCAGAATGGGACTAGAAGCAGAAAGTTATATTTGGGCCTTTTTGAGTTTTTCTTGCTCTGTCACTAAGCCAATTATGGCTTAGCCTTCCTATAGGTATAGTAGCATCTAAAAGTGGTAGAAGCAAAGGCTGGAGTTCTCATGTTAGAGAGAACAGTGTAGAAGAAGATAAGGAGTTGAGAGGAACCAGGGCAAAGCAATCACTAGGGTTCCTTAACAAAGAAAAGTTCTTTTGAAGAGAGAATCAATTCTGCCCTATTGTTCCCTCCCTACTAGGTGGAACTGATATAAGGGGATAGTTTTCCCTTCTTTACTTCGTATTCTTGATTCTTTTTATAGATTCTTTTTAAAGACAGTAAAATGTTTTTTGTTAAACCTATTTGGGAATATATATCTAGAACCACAAATAGGTCTCCATCATTTATTATTCTGTTCTTACTGTTCTTCCTTTCATTTTCTAAGTGACTTTTATTTTTGGAGGAGGGTAGTGCCCTGAAGTTTGCCCATGTGAAGGCTTTCTTTATTTGTAGGCCCTTAGTTTAGAAGAATGCATTTAAATAGTTACGGCATTAAAAAAGATTTTCCATATTTTTATCCATTTTTAAATTGTCAAATGAGTAATGAGTCACCTAACCGACCCTCAAAGGTTGGTGAAAACCATCTGCCCTTAAAGGCTCCATTTTCCATACATCCTTCCTTCTCCCTTTAGGTCTCATTATACTGTCTTCTCCTGGTCCCTCAGGCCTCCAAGCCCATTCTCTGCCCCTTTGCAACATAGTTAAAAATCATTACTTGCTTGGTAGCTGTGGCCAACAATAAAGAAACCTGTGTCTTATTAAAACCAAGAACATAGTTGATTTGGGTTCAAAAGGAAAAATTTTTAATGTGCTCTAGACAGGCTATTATTTAATTCCATTTCCTACATTTGGGCTTGTCTATGAAACACCATTTTAGGGGAGAGTACTTTTTCATCCAGAGGCTGGTCCCTGAAATTCTGGTTTAAGCTTTATTCCTTTAGACTATGGCACTGAAAACTGCCACATTGTAAATATCCTCAGGACTGCTATTTTTGGCAGTTATGGGAGATTTACCTTTTTTGTGAATATTATATTTTTTGTGAATATTACAGATCCTTTATTTAGGTGATGTTTTGGATGTGAGAGAGAAGATGAGGATTTGAGGCTAAGGTCGAAGATAATTATAATTGATCATTTTGTTTAGGGCCAGGATTACTGATCAAGCGCATATCAAGGTTAAACATTTATCATCATTGGCAGATTTCCTTGTGGATCAAGTACTTTTGTCTGACGTGCCCTTTCCTTGTCTAAGGTGCCTATTTTAAAAATGCATATATAGAATAAATGTTAGAATGGCATATATCCATAGTTGTGTTATTTTCTTCTCACCCCGTGAGCATTTTACTCTAAGAAACTGCCAGTCTTATCACCAAGAGGGATTGAGGAGTAAAAAACTTAAGTACAATTTTTAATTTTATTTTTGTAAATTCCTCTAAATAGTAAGCCACAGAATACCTATCCTGATGTTCTGTTATACAAATTATGGTAGCTTTTTAGTTATGCCAGTTTTCATAATTTATTTTTTATTTCAATTAGTAAAAATGTTACGAAGCTATTTCTATAGGGAAGTTTTTATAAATGATTCTCCTCCCGGCCGGGTGCGGTGGCTCACGCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCACGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGAACATAGTGAAACCCAATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTTTAGTCCTAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCCTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGTGGTGAGCAGAGCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAGCAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCTTCCCAAAAAAAAGAGATTTTTGAAAAAACTAAATCACTCAGAATTATATATGTTCACTAGGTTTCTTTTTCCATAAGGTTCTTTTTTAAGCCTTTAGTTCTTAGATGTATACAGTTCTCTCTGTAAAAATATAAAAACACTGGAAAACCTGTCATCTAAGTTAGTGTTCTTCATGCCTGAAAACACAGCAGTCCTCTTTTTCTCTTTACTATGACTTTTATTCACAACTGTATTAAATAGCTGTATTAAATAGCTGAATAATAACAGCATCTTATTTTTGTAAACCAGTTGGGCTAATGGGGTGGGGTTAGAGAGAATGTTGATTTACTCTTGACTAACTTAGCTTAACCCTTTATATTTCCCTTAGTATGGTTCAGTTATCGATAAAAATTAGTTTTCTGCTCACATTTTTCAAGCCCTAATTTATAGTTAATTAGCTCTAATAGAGAAGTCTTATGAAAGAAAATGTTAAAGACCTACTTAGAGTTTAACTCTTAATTTGTGAGGATGAAGGAAATGAATACTGTTTGTGTAACTGAGAATGTTGTGTGCACTACAAGCTCCTGGCATTGTGATTGCTGAAGCCCAGACTGCACTGGCATGGACAGAGCTTGCCAAGGAAGTATTAAGCAGAGAAGTATGGATTGCTGGGACTGACATTTTCTGCTTTAACAAAGCTTTTAGAAACCAATTTTTTTTTATCTGCAAAGCTGTTAATAATTCATACTAAAAGATTGGTTATACATAAAACATATAAAAGCTTAAC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)