MmuINT0178649 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022811 | Zfp148
Description
zinc finger protein 148 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1332234]
Coordinates
chr16:33468186-33495549:+
Coord C1 exon
chr16:33468186-33468269
Coord A exon
chr16:33468270-33495430
Coord C2 exon
chr16:33495431-33495549
Length
27161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
ATTTTTAAATCATGTACTAGGTG
3' ss Score
6.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGAAAAACCATTTCGCTGTGATGAATGTGGTATGAGATTCATACAGAAATATCACATGGAAAGGCACAAAAGAACTCACAGTGGAGAGAAGCCTTATCAGTGTGAATACTGCTTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022811-Zfp148:NM_011749:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.150
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: