HsaINT0186262 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163848 | ZNF148
Description
zinc finger protein 148 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12933]
Coordinates
chr3:125234211-125277809:-
Coord C1 exon
chr3:125277726-125277809
Coord A exon
chr3:125234330-125277725
Coord C2 exon
chr3:125234211-125234329
Length
43396 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGT
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
CTTTCTATATTATGTGCTAGGTG
3' ss Score
8.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAAACCATTTCAATGTAGTCAATGTGACATGCGTTTCATACAGAAGTACCTGCTTCAGAGACATGAGAAGATTCATACTG
Seq A exon
GTGAGTGTTAACCACCCTTACTAGGTTCATTAAAATGATTATTTCAAATGGAGGGAAGAATTTTTAATAAGTGGCAGTGACTTGCTGCCATTTCCATTGGTTTAGACTATAAATCACAGGTTATCTTTTTTCTCCCTTCAATAAATCAATGTTAACTGTTAAGACTTAACTTTAATGTCCAAGCCCAAGAAATTACTTTGAAATAGAGTTGCATAATAACCTAAAATATATGTTTAAAGTCACAAAAGGAAGGAAGATTTTCTGAAATTGCTATTTCCTTAGGTGTTTACTGAACTCAAAATTATCGTTAATTAGTCTGGGGTAGGAAGCAAATTCCTGACTCCTAAAGCAGCAGTACAATTCATTCTCTTTCTTTCCCTTTCATGTATATACCTTACCCTTAGACATGTAATCTTAAAAAGTTGAGAACTGCCAATTTCTCAGTCAAGTTATTAATGATTTAGAAATTAAATATTCTAGAGGATTACTATAAAGGAACACATACCGTAAAAACCTAAGTCTCATTTTAGAGCAAATATTTATTTGCATCTATTTTTGCCAACGGTAAAACCAACTTTTATAAGTAACTTTGATTTAGTAGTCTGTTGACTTTGCCTTTGTTGCCTCTAAGCATGTTGAAAAGTGTTTCTTTAGAATTGATTTCCAGTGTTTTGCTTTTTGTGATGGAATAAAAGCAGAGTTGGTAAATTTGTATAACTTTGAATTTTACATTTGAATAGAATTGAGAATTGTGATAATATGAGAATATTGAAAATATTTAAGTTCTTCATATTTTTCTGTTTTAAGTACTCAAGCAAGTACCTGCCCAGTGTTGTTATTTTGATGTGTTCTCATGGGACCTGCAGTATTTGTGAAAGGACAGTTTGTCATATAGAAACAACCTTTTCTGTCTGATAACTTTTTTTTCAATTTTCTTTGCCCCCAAAAAGAAGCCTGAATGTGTCTGGTCTGCTTAAATAAAACTTTAACTGGGCTGGGCTCAGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGCGGATCACTTGAGGTCGGGAGTTCGATACCAGCCTGACCAACATGGAAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGCATGGTAGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGTCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAATAAGAGTGAAACTCCGTCTCAAAAATAAATAAATAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAACTTTAACTGTGCAACATGTCTGTATGCTTGGATGTTCTACTTTTTAACAATCATTTTGCACATTACTAGTTTCAGTTTTTTAAGTAAACGTATTCATCTCTTTTTATTAGAAGGGGCTATACTAGGCACTGTGGGAGAAAAAAATTTATAGATTTTGTGTGACTTATAGCTAAATTTAAATTCCTATATAACAATAAAACCTGATCAGATACAAATGAAAGTGATTATTTTTGTGTGTTCTTAATACCTAATAGGTTTTGATATTTTACTCATTCATTCAACAAAAATTTATTGAGCATCCAGTGTTTTTCAAGCACCAGAAATAGATAACAGAAGGCAGTTTCTTTCTTTGGAGTTTACGTTCTTGTGGAAAAACAGACGTGGAAAAACACACATATAAGCAAGCACAGTGCAGTTAAGTGTTGTAGAATTTTATACAAAATTCTCAAGATACTATTGTGCCCTGAGGAAGAGACACATGTGCTGTCCGTTCTTAGGGCAGGTGTCACAGAAAAGCCACATGAGGCTAAGTTAAGAATATATGTGTGTGGGTGGGTGTGTATCTGAAAAAAATATTTTTGAAACAATACTCACCTTCATTGCACTGTGATATTTTGTGTGTGAGTATGAATTCTTTTTTTAAAAAAGTGCTGGTCACAATCCTGTAATCAACTGCACTAGACCATGGGGAATCTTGGATTTAAGCAGAGTATAATGGGTTGTTAATGTTTGTTTAGAATTTACTAAGTACCAGAAAACTGTGTTAAATATCTCATTTAGTCCTCACATTAATCTTGAAAGGCAGGAGTTATTACTGTCCCCATTTTATAGATGAGGAGGTAGTAAGAAGTGCACATAAGTTAAGGAACTTTCCCAAATGTATATATCTAGTAAATGATGGAACCAAGATTTCAGCTCAAGCCTCTGTGAGTCCAGAGTACACATGTGAAATCACTGGCTATGCAGAATGGGACTAGAAGCAGAAAGTTATATTTGGGCCTTTTTGAGTTTTTCTTGCTCTGTCACTAAGCCAATTATGGCTTAGCCTTCCTATAGGTATAGTAGCATCTAAAAGTGGTAGAAGCAAAGGCTGGAGTTCTCATGTTAGAGAGAACAGTGTAGAAGAAGATAAGGAGTTGAGAGGAACCAGGGCAAAGCAATCACTAGGGTTCCTTAACAAAGAAAAGTTCTTTTGAAGAGAGAATCAATTCTGCCCTATTGTTCCCTCCCTACTAGGTGGAACTGATATAAGGGGATAGTTTTCCCTTCTTTACTTCGTATTCTTGATTCTTTTTATAGATTCTTTTTAAAGACAGTAAAATGTTTTTTGTTAAACCTATTTGGGAATATATATCTAGAACCACAAATAGGTCTCCATCATTTATTATTCTGTTCTTACTGTTCTTCCTTTCATTTTCTAAGTGACTTTTATTTTTGGAGGAGGGTAGTGCCCTGAAGTTTGCCCATGTGAAGGCTTTCTTTATTTGTAGGCCCTTAGTTTAGAAGAATGCATTTAAATAGTTACGGCATTAAAAAAGATTTTCCATATTTTTATCCATTTTTAAATTGTCAAATGAGTAATGAGTCACCTAACCGACCCTCAAAGGTTGGTGAAAACCATCTGCCCTTAAAGGCTCCATTTTCCATACATCCTTCCTTCTCCCTTTAGGTCTCATTATACTGTCTTCTCCTGGTCCCTCAGGCCTCCAAGCCCATTCTCTGCCCCTTTGCAACATAGTTAAAAATCATTACTTGCTTGGTAGCTGTGGCCAACAATAAAGAAACCTGTGTCTTATTAAAACCAAGAACATAGTTGATTTGGGTTCAAAAGGAAAAATTTTTAATGTGCTCTAGACAGGCTATTATTTAATTCCATTTCCTACATTTGGGCTTGTCTATGAAACACCATTTTAGGGGAGAGTACTTTTTCATCCAGAGGCTGGTCCCTGAAATTCTGGTTTAAGCTTTATTCCTTTAGACTATGGCACTGAAAACTGCCACATTGTAAATATCCTCAGGACTGCTATTTTTGGCAGTTATGGGAGATTTACCTTTTTTGTGAATATTATATTTTTTGTGAATATTACAGATCCTTTATTTAGGTGATGTTTTGGATGTGAGAGAGAAGATGAGGATTTGAGGCTAAGGTCGAAGATAATTATAATTGATCATTTTGTTTAGGGCCAGGATTACTGATCAAGCGCATATCAAGGTTAAACATTTATCATCATTGGCAGATTTCCTTGTGGATCAAGTACTTTTGTCTGACGTGCCCTTTCCTTGTCTAAGGTGCCTATTTTAAAAATGCATATATAGAATAAATGTTAGAATGGCATATATCCATAGTTGTGTTATTTTCTTCTCACCCCGTGAGCATTTTACTCTAAGAAACTGCCAGTCTTATCACCAAGAGGGATTGAGGAGTAAAAAACTTAAGTACAATTTTTAATTTTATTTTTGTAAATTCCTCTAAATAGTAAGCCACAGAATACCTATCCTGATGTTCTGTTATACAAATTATGGTAGCTTTTTAGTTATGCCAGTTTTCATAATTTATTTTTTATTTCAATTAGTAAAAATGTTACGAAGCTATTTCTATAGGGAAGTTTTTATAAATGATTCTCCTCCCGGCCGGGTGCGGTGGCTCACGCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCACGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGAACATAGTGAAACCCAATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTTTAGTCCTAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCCTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGTGGTGAGCAGAGCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAGCAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCTTCCCAAAAAAAAGAGATTTTTGAAAAAACTAAATCACTCAGAATTATATATGTTCACTAGGTTTCTTTTTCCATAAGGTTCTTTTTTAAGCCTTTAGTTCTTAGATGTATACAGTTCTCTCTGTAAAAATATAAAAACACTGGAAAACCTGTCATCTAAGTTAGTGTTCTTCATGCCTGAAAACACAGCAGTCCTCTTTTTCTCTTTACTATGACTTTTATTCACAACTGTATTAAATAGCTGTATTAAATAGCTGAATAATAACAGCATCTTATTTTTGTAAACCAGTTGGGCTAATGGGGTGGGGTTAGAGAGAATGTTGATTTACTCTTGACTAACTTAGCTTAACCCTTTATATTTCCCTTAGTATGGTTCAGTTATCGATAAAAATTAGTTTTCTGCTCACATTTTTCAAGCCCTAATTTATAGTTAATTAGCTCTAATAGAGAAGTCTTATGAAAGAAAATGTTAAAGACCTACTTAGAGTTTAACTCTTAATTTGTGAGGATGAAGGAAATGAATACTGTTTGTGTAACTGAGAATGTTGTGTGCACTACAAGCTCCTGGCATTGTGATTGCTGAAGCCCAGACTGCACTGGCATGGACAGAGCTTGCCAAGGAAGTATTAAGCAGAGAAGTATGGATTGCTGGGACTGACATTTTCTGCTTTAACAAAGCTTTTAGAAACCAATTTTTTTTTATCTGCAAAGCTGTTAATAATTCATACTAAAAGATTGGTTATACATAAAACATATAAAAGCTTAAC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains