HsaINT1041229 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000137872 | SEMA6D
Description
semaphorin 6D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16770]
Coordinates
chr15:47766577-47774221:+
Coord C1 exon
chr15:47766577-47766677
Coord A exon
chr15:47766678-47770496
Coord C2 exon
chr15:47770497-47774221
Length
3819 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGA
5' ss Score
9.48
3' ss Seq
GTCCCATGTGTCTATTTCAGGTG
3' ss Score
12.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGTTAACCGAAGACTTCTTTGCTTTCCATAACCACAGTGCTGAAGGATATGAACAAGACACAGAATTCGGCAACACAGCTCATCTAGGGGACTGCCATG
Seq A exon
GTAAGACAGAATCTTCCATTCCCACCTGGAGCTTCTTTTTGACCACATTTGCACGTCGACATTATTTTACAATCAGTCTTTTTAATGACTCAGGACACATACCACCTAGCATTTAACTTAAACTTCGCAAAAGCTGAGCTGTTCGGTCATGGGGATACATTAGAAAAGAGGCTTACTTTTTTTTTCCTTCACCATTTACAATTTTGTAGGAAATCTAGAGAGAGGTAGTCTAACCAGTAGGTTAATATTTTTAATTTATAGTCTTTTTTTTTTTTACTTTTTTAGTTAATTGGAATTCATAAATTTTTGCTTTCTTTTGGTTACTTTTCACTGATTACTTGTTCCTTTAATTCTTTTAGAAATTTTGCCTACTTCAACTACACCAGATTACAAAATATTTGGCGGTCCAACATCTGGTTAGTTTTTTTTAATTTTTTTGAATTAACAACCTTTTCTTTCCTTCAGTTCAGCATTTTCAGCCCCTTCTCCCCTCCTTTTGCGCAGTTTGGCAGCCCTTCATTTTTCCGCTTTGACTCATATTCCCACTGATGGTACCAAAAGACTTTTCTTACTGAGCACTTCACCCTTGTTTATAGCATGTTAACACTTCATCATTGACCAAGCCACATCCTTTAAGAAAATTCAAATGGGCTAACATAGACTGCATTCCAGCTGCACGCACGCCCACCCAAGCTTTCTTCTTTCTCACCTCTTTGCATTGTGAATGTTTCTTCTGGTCATCTGTATTTAATGGATGGCGGAATTTCATTATTTTCCCCATCTCTCCTCACCTTTCCTATGACCTAGTAAACAAATACACATTTCCCATAAATGTGTATTTATAAGTTTTAGAGATCTTTGAATGGTTTGCGCTAATCCTGGGAATCTTTGAATGTTGTGGTCTCAGTGGTGTGAAAAAGGCTTCAGTGGAGTGAAGCTGATTTTTGATGTATTAAGATGTTCAATGGGCTCTCCAAGCCTCTCTGTACCTGTTTGGAGCCTCCTTCTGTTAACTGTTGCACCAGTCAGAATTGTGGTCTCTGAGGTTTTAGCTTAAAAGCGTAGGCTTACATTTTGAGGGAAAATCTATTTGGAGGAAATCAGTACTAGACATGCTAAAAGGTTAAGTTAACTCCCGGTCCTATTGCTGCTTCTAAAACTCACCAGCAATTCCTTTCCTCAGGGGGAGAAAAAGATGGTAGATCTTATGTATCAGAATATCCTCATTCAGTTTGTAAATGCCATTGCCTTTGCATTAGGTTCTGCTTGGAAGAAACTCCCCAGCAGTTTTGGAGAGAGTACAAGCAAAGTCTGTCCCCTCCTTCGTTGTTTTACTGTGGGTGGCAGAGCCTTAGTATAGTGAATAATCTACAAATGGACAGGAGCCCCTGGTAACAACCTCTTAGGCAGAGCTGGTTTGTCACGTCCAAAATCAAGTATTTTCATAGACTTAACCAGATATTTTCCAACAAAGTTCCATCATAGCTTCTTCCCCAGTAAAGCCTATAGATTTTCTAACCATCTGTGAAAGTGCTTTTAAAAATGCATAAAAAAGAAATGAAATGATGTCTCACAAGAGAAGGAAGAAACAGCAACTAATCTGCCCTGGGAATTATATTACCTTTTTCATGAGTGTCATTAGTAACCACAGGGGCTTTCCTAAGAGCCTTTCGAGTATCTTTAATTTTGAAATCTGCTGAATATGTCTTTACTGTTAATTTTTAGTTTTCATTCTTCCCTTGAAAGGAAGGAATTTGATGTAGCTTCCTCAGGCGTGTTTTTACAAAATCCTAGAGCAAACTTTCTCATAAAATTTACTCAAACTTTATTTAAAAATGCAACAGACCAATCAAAAAAAATCTTGACACTATCCATATTAATAAAAATCTGTTTGCCACCACAGACATGGAGGTATCTTCATCTTCTGTTACCACAATGGCAAGTATCCCAGAAATCACACCTAAAGTGATTGATACCTGGAGACCTAAACTGACAAGCTCTCGGAAATTTGTAGTTCAAGATGATCCAAACACTTCTGATTTTACTGATCCTTTATCGGGTATCCCAAAGGGTAAGGCCTCAGCAGGGACCTCATCTCTAACTGCGTGGAAACCTGATCCTTAATGTCACTGAGGAGTATGTGGTTCTCCAGAGGTGGGCCTCACAGGAGCTTCTGCGGTTGTACCTCCACCGCCCCTTGCCACAGTCTCTCTGGCTTTCTGTGGTTATATCTGAGTGCATTCCTTAAAAGATAAAAGAGGTGGAAAGCTGTTGGAGAAAAGGCTGGTGAAGCAGCCACTCAGACAATCTAATCTGTGTTGATTTCTGTCTGAAGAAGCAGAGAGCCTGCTGGATTTCAGGGAATTTCGAGGGTCACCGCAGCAACATCAAAAAACAAAACTCATTAATTGCAAATATCCTGATATCAGATGTTTTGTCTAGGAGCCTTTCCCAGACTCTTGTTTAGCTTCAATTCAAAATGCAATCTGAAAAGGATATGTGAGATGCTAAGTTGCTTGAATGCCACAAGCAATAAAACATAACAGAGTGCTCGTCCATAACTATCATTTTCAGCCCGTAATAGGAGCAGTTATAAAATAGCTGCCTGTTGAGTTAGCTTATTAAATATATTACTCTAGGAAAAAAAAATCTATTCTTTAGTACTTACTAAACTATGGTATCAGGTTTCCAATCAGTTTTTATGGCAGCACATTGTCATTTATGATTTATATCGGTTGATTTTCATTTTATATGTTTTCGTTGTAACCAATTTTATAATCATTCTTCTTTCTGCTTTGCTTTCTTTAGTAACACCATTTTTTTCTACTTTTCTTTCTCGGTCTTTCACAGTGCCACTGAATTCCATAACATTAATTAAACATTAATTAAAAACAACTAATGTTCAAAGGCCTTAGTACTAACTTAAAGCAACAGAATCTTCAAAATCACTCTGACTTACCTTACTCTGGGATAGCTGTGTTTATAGCATGTAACAGACTTGAATACCTCTTAAACTAACTTTTTTTTATTAATTGTTAGATGTCTGTGGTTGCATTAAAAGGTTAAGTTTAATTTCAGTAATTATAAACTAATTTGCTCTTCTTTTTCTAGGTCTAATTTAAATATTTTCAAATATCTTCAGATAATTTGACAGTTTACTTAACTAATACATAGTATGTTTCCTTAGACTGTCTGGGTTTCTTACATAGTCGGTCATTCAAGAGTGCTTCACCCCAAGATGGAATGAAAAAAAAAATCCAAGCAAACATGAAAGTCTCTATTTATAGCTAACAGTGATCAAGCAGATATTTTTGGTTTGTGAACAAATTATATGTTCATATTAAAGTTAGTATAATTGTATCAGAGTAATTATTTTAGCATATGTTTATGCTAATTATTACATTTTCCTATATCCTAGTAGCTACCTTTTAATCCTGAATTAAGAGAAAATTATGAGACAAAACATATGAGTTTAAAGTTAGCTATTTAGAAAATATACACTTCTAACTATTTTTTAGATAGAAACTCTTACATTTTTAACATGTAACAACTATTTATGAGGGATTGGAGGAAAAGAACAGAAGAATACAGATCAGTGGGAGATTAGAGTTATCCTGGCATTTGCAGCAATCCTGTATGTCTCTGGGGATCCTAGTTTGATTAAAGACAAAATATACAAGGAATTTTGGAGTCTACTTGACCCTCCGAGCTAAGCATATGAACCATATGAAGGTCGTGTTGGCTCACTGAAAGCCATTTGCTATTTATTATTATTTTTAAAAAGCACCTTATTCACATTGTCCCATGTGTCTATTTCAG
Seq C2 exon
GTGTACGATGGGAAGTCCAGTCTGGAGAGTCCAACCAGATGGTCCACATGAATGTCCTCATCACCTGTGTCTTTGCTGCTTTTGTTTTGGGGGCATTCATTGCAGGTGTGGCAGTATACTGCTATCGAGACATGTTTGTTCGGAAAAACAGAAAGATCCATAAAGATGCAGAGTCCGCCCAGTCATGCACAGACTCCAGTGGAAGTTTTGCCAAACTGAATGGTCTCTTTGACAGCCCTGTCAAGGAATACCAACAGAATATTGATTCTCCTAAACTGTATAGTAACCTGCTAACCAGTCGGAAAGAGCTACCACCCAATGGAGATACTAAATCCATGGTAATGGACCATCGAGGGCAACCTCCAGAGTTGGCTGCTCTTCCTACTCCTGAGTCTACACCCGTGCTTCACCAGAAGACCCTGCAGGCCATGAAGAGCCACTCAGAAAAGGCCCATGGCCATGGAGCTTCAAGGAAAGAAACCCCTCAGTTTTTTCCGTCTAGTCCGCCACCTCATTCCCCATTAAGTCATGGGCATATCCCCAGTGCCATTGTTCTTCCAAATGCTACCCATGACTACAACACGTCTTTCTCAAACTCCAATGCTCACAAAGCTGAAAAGAAGCTTCAAAACATTGATCACCCTCTCACAAAGTCATCCAGTAAGAGAGATCACCGGCGTTCTGTTGATTCCAGAAATACCCTCAATGATCTCCTGAAGCATCTGAATGACCCAAATAGTAACCCCAAAGCCATCATGGGAGACATCCAGATGGCACACCAGAACTTAATGCTGGATCCCATGGGATCGATGTCTGAGGTCCCACCTAAAGTCCCTAACCGGGAGGCATCGCTATACTCCCCTCCTTCAACTCTCCCCAGAAATAGCCCAACCAAGCGAGTGGATGTCCCCACCACTCCTGGAGTCCCAATGACTTCTCTGGAAAGACAAAGAGGTTATCACAAAAATTCCTCCCAGAGGCACTCTATATCTGCTATGCCTAAAAACTTAAACTCACCAAATGGTGTTTTGTTATCCAGACAGCCTAGTATGAACCGTGGAGGATATATGCCCACCCCCACTGGGGCGAAGGTGGACTATATTCAGGGAACACCAGTGAGTGTTCATCTGCAGCCTTCCCTCTCCAGACAGAGCAGCTACACCAGTAATGGCACTCTTCCTAGGACGGGACTAAAGAGGACGCCGTCCTTAAAACCTGACGTGCCACCAAAGCCTTCCTTTGTTCCTCAAACCCCATCTGTCAGACCACTGAACAAATACACATACTAGGCCTCAAGTGTGCTATTCCCATGTGGCTTTATCCTGTCCGTGTTGTTGAGAGGATGATGTTGTAAGGGTACCTTAAAACAAGAGACTCGCTTGTATTTTAAGAGAACCAAGTGGCCAAAGAAACTCTTTCTAACTTTGGCAACATCAGAACTTGCCACATGTAGCTACTGCAGCAAGGCTTCTGTGTACTTGCCTGAAAACAAAGGAAGGTGCTGGTCATTCCATTTCTTTTGTTTGAAGCTAAAGAGATGTGTAGCTCACAGGGGCTACCTTACCAGTATAAAGAGCTGATAACAGTACTCAGAAGAATCTGTGAACAAATACTTGAAAATGGGTTCAATGTAGACTGCCATTATGTGTGGTCTTCCCATTAAATGTGAACATTTTAATATGTATGCATTCACCTTGCCTCTTGCACAAATGTCAAAAAAAAGATGGTAATATCTCAAAGAAATGAACTTGTAGATTACCAAGCAGTTTGCTAAAAATTCAATCTTTGACCCAAGCTGTAGCATTTTTTTTTCATGTGTGGCATCTTTTTCATGCCACCAACAAACTTGTTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTGTACCCACTAGGATTTGTTTAGGTGCCCATTGCATCTTTTTGTGCTATGGAGTTGTTTACATTAAGCATGACCGAACGAGAGACAATACTATTTCCCACAGGAGTCCATTGGGTTCAGCTTTGAAAGAGGAATAGAATCGAGGCTCCTTTGACCATCAAAATGATGAACTTTACTTATGTGGTACCCAATGCCAGAATGTAAGAGTTGCAAGTGATTTTGTGCTGCTATTCATTAAAACTTGTATTCCAGTCTTGCCAGCTTAAGGAGATCAAGATATTAAGAGGTATCCTTGATTTATTTTCCAGTATTCAGTAGTAAAATTTTCCTGTCCACTGTGAATCAAAGCCTGAGTCACTCTATTTAACCTTGGACACACTAATAAGGTTTTATTTTGATTGTGTTCGTTTCCCCCCCCCCAATAGTAAAATTTCTCCTCCTTTAACTCCTCCTACCCCCCAAGGTAAGAAACAAAAAACAAACAAACAAACAAAAATAGAAGACAAAAGAAAGACATATGAAAGGAATTGTAATTGGCTTAACAGAAACAGTCTGTAAAAACCTAACAGTGGTGCAATCATGTTGTCTGTGTTGTGTTATGTGAGAATTTTCTCCTAAGTCATGCAGGTAATGACAATATACTGTAAATACCACATGTGAGTTTACCTGAATCTGTGCATTTTGTGCCTTATTCATGAGAATGATAGAAGTACTAAAATCTGTCAAGTGTTTTCAGTATAGCACATTATTTACTGAGTGCCAGTTGTAAATGTTTTTCAACCAGCACCTAAAAAGACTCTTTTCAAAAAATCACAGAAACAACCTAGGACAATTATTTGTTACATAATCCGACCTCATAGCAGCATTACATTCTTTGCCGTGATAAACATTCCACTCCTGCTTTCCTAAGGATGAAACAGTGATAATGTGAACTCAAATGAGGTTTCCTGGGTAATGTGACACCTGCAGAAACTATAGAGCGTCATTTATACGTAGTTTGGCAGAAACCACTTACGGCTGATGATGCGCAACCCTGCTGACTGTTTCAGTTAATATGCTGCACACCACACACTTGTTTAGTGAACCAAATCTAGAAAGTACCAAGGCAGAGGTATGCTCCTGCTGTAATCAGGCAAATGAGTTCAACTGGATTTCTTTTGACAATACTGTTGGTACCTATTACTTGGGGGAGGACATGTTGCAGAAGACCAGATCATTTTTATACAGAATGTGAAATACTGATACAGTTATTCTTTTTTTTAAAGAACATTGTTTTATAAAGAACGTGATTTCCAGTGATCTCTGGAAGCGCTAAAGCTAAAATTTCTGTTCTTGAAACACTTCAGCTTTGCAACTAAAATATTACAGATTAATAATAAATTAAACCAACCAATGATAAACACTACTCAGTCCACCAACAACAAACGTGTTTGAATTCACCTTACCAATATTAATCCCAGCGTGTGTAAAACAGAACAGTAACTCTATGTGACCCCAGATAACATTTTGTAACATTGTGCTTCCTTGTAGTTTGTAATGTGAGTTCAATCAGTATTTATGTTGAAATTTCTAACATTAAATCTAGTCTCTATCCTGTTAATTTAATTTTTAAATGCTTTATCCATTTGTGCAAAGGTAAACGCAGATTGTATCTTTTTTAATGGTACGGCATAAAAAGTAACCCTCAAGTGAAGTGTCTCTATACTGTTTTATAGAGTACTTTAACATGAATAGATACCTTGTAAACTTGTATTGTGGATGTGTAAATAATATGTACTTTGGGTTTTTAACACCGCATGTAAAGTCAAAATAAAATATACAAATCATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000137872:ENST00000558014:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.050 A=NA C2=0.779
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=FE(44.7=100)
A:
NA
C2:
PF0143720=PSI=PD(13.6=2.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains