HsaINT1047369 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000168661 | ZNF30
Description
zinc finger protein 30 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13090]
Coordinates
chr19:34933625-34945164:+
Coord C1 exon
chr19:34933625-34933723
Coord A exon
chr19:34933724-34943222
Coord C2 exon
chr19:34943223-34945164
Length
9499 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
TTTTTAAAATTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
10.81
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGACATTCCCGTTCTAAACCACATGTGATCGCCTTATTGGAACAATGGAAAGAGCCTGAAGTGACAGTGAGGAAAGATGGAAGAAGATGGTGCACAG
Seq A exon
GTGAGTAAGAGCATGGCAGGTAGGGAGGCCATTGTTGCTGGAAACAGCCCAGCTGTCAGGGAGGAAGTGCATCTCTGCAATGTTTGGAGGTTTCCCTTCAAAGCCCTAGGGCCTGGGTGGAAAAAGGCTGAGACTTGGGTAAGAAATAAATATCTCACCAGCCTCACAAAAGGAACTTCATCTTTACTTATTTTAATACTCACTCACCTCTTGTTTCCCTCTCATTTTATTACGGACTTAAGTCACTTTCCCAGTGCATTATTCCATCTGTGTATTGAATTTCACTTCTTTCACCTCCTCTTTTACATTTGGATTTATTCATATATTCTTAGACAGTAATAGTTGAACAGAGACAGGAAAAATGAGGGTTCAGGCCTTGTAATTATGTAAGACATGCCAAGCAGAGGGAATAGCAGATGTGGATGCTTTGGGTGGGAATGAGTTTTGTGTGCTTCAGGAGCAGTAAGTAGGCTCAGGCAGAATTAATGGGAGGAGTAAGAAGAAAAAAGCTAGAGTGCTAGCAGGAATTTGAATTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAGTGAGACAGTCTTCTTTTGTCACCTAGGCTGGCATACAGTGGTGCAATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCCATTTTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACACCACCACACCTGGCTAATTTTTTTAATCTTCAGTAGAGACAGTGTCTCACTATGTGGCTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTACTGAGATTACAGGTATGAGCCATCGTGCCTGGCCAGGAATTTGGATTATTTTCTAATGTAACTAGAAACTATGACCTAATTTACATTTTTCCAATTTTTGAATTTTAGAAAATTCTAATAAATAGGAAACAGATACCAGAAAAACCATATTAAAATGTACAGCTTGATGAGTTATTATGAGGCAGATACCTTTGTAACCATCACTCTGGTCAAAAGATAAAACATTTTTACGGGGGCTGGGGGACAACAAGAGGGCGAGCATTAGGACAAATACATAATGAACACAGGGCTTAAAACCTAGATGACGGATTGATGGGTGCAGCAAACAACCGTGGCACATGTATACCTATGTAACAGACCTGCACATTCTACACACATATCCCAGAACTTAAAGTAAAATAAAAAATTTAAAAAACAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCAGGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTAAAACCCCGTCTCTACTAAAAAAATACAAAAAATTGGCCAGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTGGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTAAAAAAAAAAAAAATTTTTAAAAACAATTTTTATAAAATAACGTCAGGCTTACAAAAAAGTTGGAAAGTTGTACTAAGAATTTTCATATACCCTTCAACCCAGATTCTCCAAATGAAGAGAGAAAACTCTTCTACCTTCCCTTAAGGCTTTCATGCCCTGTACCTAATCACAGTTACCTTTCTCCCTCCCTGATTAATCACCTCTAGCCACTTCAAACTTTGCCAGGGATCCCATATTCTCACTCCCAGTCTTACCTGCTCTTCTCAAGTCAGCCTGCTATGCTTATGGACACCTGGTTATTTTGAGGTTCTCAGGTCTGTCAGACACCCCACATTGTCCCCCTCTGCCTTTTCCTGCACAGATGCCTAGACCACACAAGTCTTAGCTGTAGTATTTTGTCTTTGTCTCCTAGAATTTTGCCATTTTGAGGGTACCTCTTCATGTAGTTTTGTTGTATATGTTGTCTATAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGTTTTGCTATCCTGTTTGCTCTGTTTTTATGGGGGTATTTGTTTAAATTCAAAAACAATGCTACCACTTCCACCATTGTGGTAGTCCATTTTCACGCTGCTGATAAAACATACCCAAGACTGGGTAATTTATAAAGAAAAAGAGGTTTAATGGACTCACAGTTCCATGTGGCTGAGGAGGCCTCACAATCATGGCGGAAGGTAAAAGGCACGTCTTACATGGCAGCAGACAAGAGAGAATGAGGGCCAAGTGACAGGGGTTTCCCCTTAGAAAGCCAACAGATCTCATGAGACTTATTCACTACCGTGAGAACAGTATGGGGGAAACCGCCCCCATGATTCAATTATCTCCCACCAAGTCCCTCCCACAACACGTGGGAATTATGGGAGCTACAATTCAAGATGAGATTTGGGTGGGGACACAGCCAAACCCTATCAACCATCATCCTAGTTTATGTTTTTAGATAATTACTCCAGGTATTTGTAGTGGGTAGTCTGAATGGGGGCAAGAGCAGTGCAAGCTGGGGGTCTGAGTGGTTTTGATTAGGATGTTAATGGTGGACAGCGGTGAGAAGGCAGAGTGTTCATCATACATTTTAATGTAAAACCCACAACATGTTGGTGGATTGTAAATGGATATGGAGGCAAAGAGGGAAATCAAGAAGGATCAACAGGTTTGGACTTGAGCAGCCGAATGGTGGTACGGTCACGTGAGATGGTAAAGAAGGAAGGGCAAGTTGCAGGGCAGATCTAAAGGTGTCTGCTTTCCATATGTTAAGTTGGAGATGACTCCTGCTCATCCAAGCAAAGATGCCAAGTGGGCTGTGGAATATGCAAGTCTGGAGCTCAGGGAGAGTTTAGGCTTACACATGAGAACTTGGGATGCAGCTGTGCTTGGTGGCTCATGCCTGGAATCCCAACACTTTGGGAGGCCAAGTTGGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAATTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGGGATATCCCATCTCTATATAAAATGTACAAATTAGCTATGCATGGTGGTACATACCTGCAGTCCCAGCTACTTGGGAGACTGAGGCAGGAGGATGGCTTGAGCCCAGGAAGTCAAGGCTGCAGTGAGCTATGATCGCACCACTGCACTCTAGCCTGGGCAACAGAGAAAACCCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAATTGGGATTCATTGGCATTTGGCTGCTATTTAAAGCCATGGCACTGGCTGAGGTCCCTTGAGAGTCAGTGCAGGTAGTGACTATTTTTTTGTCTTTGTTTTTGTTTCTGTTTTTGTTTGAGACGGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCTGGTTAAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTATAGGCACCTGCCACCATGCCTGACTAATTTTTTATATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGTCGGTTTCGAACTCCTGACCTTGGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAATGCAGGGATTACAGGCGTGAGCTACTGCACCCGGCCAGTAGTGACTACTCTTAACATTTAGAGGTCTTCTAGAGGAGGCTGCAAAAGAGACTGCCTCTTTTAAGGTAGAATTAAAACCAGAAAGTGGTGCCACCAAAGACAAATGAAGAAAGTGTTTCAAGATAGAAGAGTAGGCCAGACACAGTGGCTTATTCCTATAATCCCAACACTTTGGGAAGACAAGGCAGGGGGAATCACTTCAAGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATAGCAGGACCCCCCATCTCTACAAAAAGTTTAAAAATTAGCCAGGCATAGAGTCATGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTCATGAGGCTGATGCAGGAAAACTGCTTGAACCTAGGAGTTCGAGGCTGCAGTGAGTCTGCGCTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACCCCATCTCTTAAAAATAAAAAAAAAAAATAGAAGAATGATCACCTGAAAAGTGAACTAAGCTAAGCAGTGATGAGAATTGACCACAATATATATATATTTTTTCAAGACGGAGTCCCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCATCCTCTGCCTCCAAAATACAAATGATTCTGCCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCATCATGTTGTCCAGGTTGGTCTCAAACTTCTGACTTCAGGTGATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATGGCGCCCAGTCTGACCACAATATTTAGCCTTGCTAAAGGAGGAAATTTTCAGGGGCACCTAGGGGTGAAAGCCTGACTGGTCTGGTAAAAACAGAATGGGAGGCAAGGCAGTGCCAAGAATGAGCACAGCAGTCCTCTTGAGGCATTTGGTTCTGAAGAGATTTTAAAAAATAATAATAAAAAAATAAAAATAAGGTCACATTCTGAAGTATCGGGTGGACAGGAGTTTGGGGGACACTGTTCAAACCAATACACCTTGTATCCTATCAGTCTCCTTATATTACTTTGAGGATTTTCTTTTTTATTTTTTTATAATACCTCTTAATATCTAGAAGTATTATACCATTCTTAAAAGTCTGGATTTGGGAACTTTTTTTGCATTTTGCCAACTGAGTTAAAAACTCCATAATAATCTTCACCTAGATTCACTAGTTCTTAATAATTTACCACTTTGCTCTATATCTATATATATAAAAATTTTTTGCCGTACCATTTAAGTTGTGCAATTGCAAGACTTTATTCCTAAATACTCCAGAAGGTACTAAGAATTAAGGATATGATTCTTGATAGTCAAACACACGAAAACCCATTTCACCTGCAGTGCCCACCGGAGGTTCATCTTAGGCTCAACTGCGCATT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Seq C2 exon
ATTTGCAGTTGGAAGATGATACAATCGGCTGTAAAGAAATGCCCACCTCTGAAAACTGTCCATCTTTTGCTCTACATCAGAAAATAAGTAGACAGAAACCACGTGAATGTCAGGAATATGGAAAGACCCTTTGTCAAGACTCAAAGCCTGTTCAACATGAAAGAATACATAGTAGTGAAAAACCCAACAGATGTAAAGAATGTGGGAAGAACTTTAGTAATGGACATCAACTCACCATACATCAGAGATTGCATGTTGGTGAGAAACCCTATAAATATGAAAAATGTGGGAAGGCCTTTATCAGTGGCTCAGCCTTTGTTAAGCATGGGAGAATTCACACTGGTGAGAAGCCACTCAAATGTAAGCAATGTGGAAAGACTATTAGTGGTAGCTATCAACTTACAGTACATAAGAGTATTCATACTGGGAAGAAACCATATGAGTGCGGGGAATGTGGGAAAGCTTTTCTAGTATATGGAAAGCTTACCCGGCATCAGAGTACTCACACTGGTGAAAAACCCTTTGGGTGTGAGGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGTACCTTTTCATACCTGGTTCAACATCAGCGAATTCATACCAGTGAAAAACCTTACGAATGCAAAGAATGTGGGAAGGCCTTTAGCACTAGCTCACCCCTTGCTAAGCATCAGAGAATTCATACTGGCGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGGAAGTCCTTCACTGTGTATGGACAGCTTACTCGACATCAGAGTATTCATACTGGTGAGAAACCTTTTGAATGTAAGGAATGTGGAAAGGCCTTTAGACTTAGTTCCTTCCTTCATGCACATCAGCGAATTCATGCAGAGATAAAGCCCTACGGATGCAAGGAATGCGGGAGAACCTTCAGTCGTGCCTCATATCTTGTTCAACATGGAAGACTTCACACTGGCGAGAAGCCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGCAAGGCCTTTAGTACTGGCTCATACCTTGTTCAGCATCAGAGGATCCATACTGGGGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGCAAAGCCTTTATTAGTCGCCATCAGCTTACCGTACATCAAAGGGTTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGGAATGTGGCAAGGCCTTCAGAGTGCACGTACATCTCACACAGCATCGGAAAATTCATACTGATGTAAAGCCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAGACTTTTAGTCGAGCCTCGTACCTTGTACAACATAGCAGAATCCATACTGGTAAGAAGCCCTATGAGTGTAAGGAGTGTGGCAAGGCCTTCAGTTCTGGCTCATACCTTGTTCAGCATCAAAGAATTCATACTGGGGAGAAACCCTATGAATGTAACAAATGTGGGAAAGCCTTTACTGTTTATGGACAACTTATTGGACATCAGAGTGTTCACACTGGTGAGAAACCTTTTGAATGTAAGGAATGCGGGAAGGCCTTTAGACTTAATTCATTCCTTACTGAACATCAGCGGGTACACACTGGTGAGAAACCCTTTAAATGCAAAAAATGTGGGAAGACCTTTAGATACAGTTCAGCCCTTAAAGTGCATCTGAGAAAACATATGAGTGTTATACCCTAAGAGTCTGAGGAGTGTGGGAAGTGCTTCGTGTGTGGCTCAAACATTGTTGAACATCGGGGAATTTATGCTGGTAGGAAACTTTCAAATGTGAAGAATATTGGCAGGTCTATTCTCATCTTATAATTCATAATATAACTCAGAAAACATAAGAATATTCCTTTGTCATTTATAGGTTTGTAATACCAATATTTATACTGGTGGACCATTCAGAAAAAGTGGGAAACGTTATTACTTAATGGTTACAGCACTGACAGCATGAACTTTTATATGATGCATTTATTCTAATGTGATTGTATGAACAAGTGAATAAAAAACCTTGGACCTCC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000168661:ENST00000303586:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.024
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains