MmuINT0020235 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027104 | Atf2
Description
activating transcription factor 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:109349]
Coordinates
chr2:73816509-73823306:-
Coord C1 exon
chr2:73823201-73823306
Coord A exon
chr2:73819149-73823200
Coord C2 exon
chr2:73816509-73819148
Length
4052 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTGAGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
TTTTTCTTTTTACCACTCAGCTG
3' ss Score
7.48
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCCCAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACTGCCATGCAGAAGAAGTCTGGCTATCATA
Seq A exon
GTGAGTAATGTTCCATTACCTACAGCTGTAGGCTACATCAGTGACAGACTGCCAGAGTGAGCTGAGCTACCAGTAAAAAGAAAAATGTGCAAGCTGCAGTTCTAGTACATAAGATTAAATATCAGAATTTATGCAAGATTATTATAGTCTGGGATAGGAAGAAAAGTTTTCCTATTTCTAGCTTTTTTTTTTTTTCTAGGCATTAGTATGGCTCACAGGTTGGTAGCTAAACGTATTTTAAGTGCACTGTTTACTGTCAGTGGTCATTCATCTCACAGGGTACCATGTTGTCTTGCATTACCAGAGCCAGCTCTTCCCTTCCTGGCCCCATTTAGTACTGAGGAGAACTTTTTAATCAATATCTTCATCCAACCATATACTTTCCATTTCTAGTATCATATCCTTTTTAGATAATGTCAGCATTGGACTGTATTTGTGTGGTTTTGAGCTTTTATGTGGTATTGTCACAGCCATAAAAATGCTAAAGCAGAACTGTATTGAAATGATTTGCTTATAAATTCCTTTGTAAATGTGTTCCTCTCCTAAAATGAGGTTCTTCTGTGAGCTTGGTAGAGGTTAGTTGTGCTTTTTCATTCTCTGATGTCCTTCTTGACAAGATGCACAGTTTGGGAACCAGCTGTTACTCCTGAGTAAATGGCCAAGTTTGTCGGTCACACACAAATTCATAACAAATAAAAGAGCTGGGGATGCATTAGGCTACATTCATAATACATAACCCACGGCCTTGTTTTCTTTTTTATGATTTAGTGATATTTCAGGATATTTGTAAATGTGAAGATTGTTTCAACCATATGTAACCACTTCATTTTAATTTGCCAATGTCAGTAATTCAAAAGAAGGAAACATTTTGTGTTAGATGCAAACAGCTCCTCAGGTACTTACAATAAAACTTAATGGCCACCATCTTTACTTGTAGTCTATTGTAAGCAGTTTCATCAAAATGAGCAATATTTTTTAATTTAAAAAATTCTGTAGACATAGCTATTCTCAATTGCCATATCTATTTAGAATACTTATTTTTGTCTGTTTTGAGTATATAAGTCTCTGTTATTTGATATCTAGTCATTTTGACAGGACAGTGAAACACACTGTGGAATAAATTGGAACCATACAGAAATATGCTTGGGATTTATATATCAGTGATTGCTGTAGGGATTAGTCCACTATGGTTCCCATCTGACTTAGCTTAATTTCCTGTAGATGCTACTGAGTTCAACATTATGCAAGAAAGCTGCACTGGATTGTGATGGCTTAAAAGGAAATATGTGATGATTTTGTTAAAATTAGAAAAAAATTAACTCTTACATTGTATCTAATTGACAATAATCTACAATTTTAAAATCTTATTACTAATTGGATAATCCTAACTTTTAATTATTATGTAGATATTATATGCAAACCAGTGATTAATGATTGTTTTATATAATTTTAAGCATACAGAAGTGTTAATGTATCTGTTGTTGAATAGGTTGAAAACCTACATTCATAACTTCTTAGTAAACTTCTCTTATGAAAATGCAAGAAAGAGATTTTTGTTTGGAAAGTAGTTAGTTACATTTGGTTTTCTCCTTCCACCTTCTGAAAACAGGGTATCTTGTCTTGTAATGTGTACTCACGCATCAGAGAGGGAGAGGGTTGAATTCTCAAACATTGGAAGTGCTTTAAGCTAAAAGTGCTTCTTTTGAGTGCAGCATGTGTTTTCTAGTGTTTTAATTATTCTGGTCATTTTCTCCCCTCAGCTACAAGAACTAGACATATGTTCAAATATAACTCATTGTAAAGTTATTTTATGTACGTGAATTATAATTACCTAATTTATAACTGATAATTTGTACTGCCTTCTGTGAGTCTAAGCACTCCTTCTGTGTTTCATTGTGAATCATGCTCTCCTATGTATTTGTATCTTGTCTTATACTACCAGCCAGCCTTCCTGTCTGATGTTTTTAGAGAACCTAACAATTCAGACAAAGGTTAGCTGCTTGTTTTGCTGAGGAATAGTAGCAAAATAACAGCTCTTTAGTATCCTCTCCATTTGAATTGTCATTGGCATTGTTTTCTTCAAATATGATTGTTACATTGGCAAAAGAGTAGTATTATAAGGATGTTACAATATTCATTGTTGCTCAAAATATTTTTTCTGATTCTTATATTCTTTTTAGATTTCTGATTGAGATTTTATTTAAGTTGTAGTTTGAGGTCAGATTTGATTCAGGGAAGCATTTTTTGCTCTTAGAGCACATTATGGAAAAGATAGAATTTCATCTCACTAATCTATTTTAAAGTCTGGTTTTCAAAAATACATGGATTTGAGGCTAATGTATAAATTCTGTAAGAACTACTGTATTTCAGAAATTCTCAAAATAAGGAATTTTATTTATACTCATTATAGTTGCCAAGTATTTTCCCCTCCACAAGATACCCACTGCCCAGCCTCTACATAACAGATCATGGCGTCTGCCCATCAGTAAATAGACTGGTCGGTATCCTCACATTACTAGAAAGCCTGCATACTTTCTAAACATTATTAATTTTAATTACTTTTTATTTTTAAATAAAACTTATTTTTAATGCCAAGTGAAACAAGTCACATGGAAAAGAAAGCATTCAAGTTGGACATGTCATTACATACCTGTAATCCCAGCACCCAGGAGGCTGAGGCAGATGATTGGCCATGAGTTTAAGGTCCTCCTGTGCTACACATTAAGACCCTGTTTCAAAACCTAAAAGAAGAAAGAAAAATAAGAATGTCTAGTATAATGGTATTTTATGTTGTGTAACAGCAGACAAGACTAAGCTGTATCATTTAGAGATTACATACCATTTTGATCTAAATCTAAAGAAATATCCAAAGAGTAACTGCATGTGAAAAAGGAAAAAAAACAGTATCATTGACAGTGTTCTCAATGAATATGAATGCTGGGACCACATTGTGTGTGTTGTCATGGTGCCTAGAACTTGCAGATTTAACAAATATTTATCTCTGTGGAGTATTAAATTTTTTTACCAAATAAAATTCTATTCTACTGAAATAAAGATATAAGAGATTTTGTTGTTCAGGTCTAAATATTGTAAATTTGTTTCCATAAATATTTAGAATCCCCTTTTCTGAAGGTCTCTTCAGTTTCAATATCTTAAGTTTTGTATGGATATATATTTGAATAGCTCTAGCAGCTGGTGACATTTAGTCTTTGAATATTACTTCTCATGTGTATGCATCATTAGACTCTGGTGTCATAATCATCCATGACTGCCGTAGATGGAAATTCAGGCAGAAAAAAATACAGTTCTGGCAAATGCAGAGGGAATCATTGAAAATATAATTTGTATATATGATTCATTTTGTTTATGCATGTGGTTATAAATTATTTTTTATATTTTAATAAGGGTGACAGGTAGGCAAATAGAGTAGCTTTTGTAAATGTGTTGCTCAGTATATTCTTGAGCAACTATCTGTGAACAGCTATATTCCAAAGGCCTACCTCACTTTGTTGTTGTATTAAGGCCTGATCTTGCTCTGTAGCTCACACTAGCCTAAAACTCTAAATAGCCCAGATTGTCCTCAAATTTGCAGTCTCTCTGTCTCTGCCTCTGGAGAGTCCTGAGATTGTGGATGTGTACTGCCACCTCATCCTGCCTCTTTTTTTTTGTTGGTTTTTGTGTGTGCTTTTCTTTTTTGGCAGGGTCTCATTATATAGCCCAGATTGGCCTTGAACTTAGAGATCTACCTGCTTCTACCCGTTGAGTGCTGGGATTAAAGGCTTACACCAACACATCTGGCTCTGCCTCATTTTCTTTGACCCTATTTAGCAAGTATGCACACCCTCATGACCCCATGGTACACACCTGTGACTTCATTTAGCCTATCTCAGACACAGTTGGCTACTTCCTGACTGGAGCCACTATTCAGTTTATTTCATTTGTACAGCTTGTCCTGAGTAATCAGTGCTTTAAAACACCTTTCAGCTTTGTGTATGGATTCACCTCAATAAGGCTTTTTGGTCAATACTTGTGTTTTTCTTTTTACCACTCAG
Seq C2 exon
CTGCTGATAAAGATGACAGTTCAGAAGACCTTTCTGTGCCAAGCAGTCCACATACAGAAGCGATCCAGCACAGCTCTGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACATCAAAAGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGATGGCGGACCAGAGCACGGAGCCTGCACTTTCACAGATTGTCATGGCTCCTCCCTCCCAGGCACAGCCCTCAGGAAGTTGATTAAAACCTGCAGTGCAACAGTTTTAGATACTGATTAGTGACTTCAAAGGGAAATCAAGGAAAGACCAGTTTGCATTTATGCGAAATCTGTGGTTGTAAATTTTTTTTTTTTTACTTGAAGTTAAATTTGTCTCTGGAGTTGGTATAGCAGCAGTTGATGATCAGACTGAATATGTTTTTAGTCTCTGGAAGACTGATTTTCCTTTTTTATACATATTGTTAAGATTTATTAATTTTCCTGTGCTCAATGTGTAAATTGTATCATAACTCATTGTGGTTGATTTCACTTTGATTTAGTGGCATCTTAATAAATGGGGGTGTTACTGAATCACTCTTCCCACTTCCATTTCTTTGCCCACCCCTTCACCCTGAGATGTGATGGTAGTCTTGTTATCATTTATACCAAAGTTCTGCAGAGTCCCTATTGTCTGTGTAAGATGGACAAAGTTGTAAGACACTAGGGAAGAGAAAGAAAGACGGAAAGTTCCTTTTAATCTTTTTGCCTTTTATTTTGCACATTATGCAAAAGGAAGAATATTAGAAACACTTTTTTTTAAGTGAGTGAAAGTATGGTAAGACGGTTAGTGCTTTGTGCACTTCTTAGACTAATCAAGGTCATCCATCGCCCTGCAATGTTTTTAAGATTAAGTAAACAAAAATTTTGGAATCTTGAGCATTTCAAAAAATGACTTGATTTTTTAAGTCTTAAATTCAGTATTTTAAACCTGTGTTCTTGAGGCTGAAAACTATGAAATTATATAATGTATGATACAGGGTTATCAGATAGTAATTTTTAAAATTTGCTCTTGTCATTTGGGATTTGTTTTGTTTGGGATTTTGTTGTGTGTGATTTGTTTTGTTTTGTTTTGCAGATTTCAGGTAACAAAGTGAGACGCTTATGCATAAAGAAGTGTGATGTGGTTGCCAGAAAAGCCTAAAATTATGACTTAGAAACGTTAAGACTGTTTCCCCCATTGTCGTACTTGTACTTGCGAGCTAACTTGTACTTATTCTTGTGAAAGCACTGTCATCTTTTAGTAGCCAATTTTGATAATGTTTCTCGTGGAAAAAAATCAGTATCTATCTTTAGAACAATGTAATTATAACGTGGGAATGTGAGTGAGAGAATGAGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGCATCTTCCACTAGTTTATGCCAGCGATATTGCTTGAATGTTTAACGATGCCTTCAGTGTGATGCTGGCAATAGATGACTGCAGTTTCAGATGCCATTACTGTGCAGGCTTGGATAACTAACATTCCATGATGTAGCTTGTTCTGATGAAATGATTGTAGTTACACTTTGCTCATTCTCCAGTCATCTGTGGAATACTGAGTTTTCTAATGTGCCATTATCTATTTTTATTCTGCAGTTACGTTAAAAATACAGTACAATATTTTAAATAGACTAAATTGTTAAACATAAAAATTAAAAAAAAAGTAGTAGATGTGTGTAAGAAAACTTTGTAAAATAGTTATGAGTCCTACCCAGTAGCAACTTCTGGCGTTCAAGCAGGATTCCATTCTGTAAATACCTGTAATGTGTTTATAATAAGTTGTGTAGTCTGTTCTGCATCCATACTACATTATTGCTATGGTCTCAGTGTCATCTCTTAAAGAGATTGACGTTTCCAAAGCCGTATGGAATGCCCTTGAGAGTTCAGGGGAACACCCACCCCACCTGCCTCCTAAGTTCCAATCTGGGAAACATGCAAATTATATAAATGACATTTCACGACTTTTGAGTATGAAGATAATAGGAATTTTATTACATGGCTTATTAAAAATGAGAGCATTTTGGTTGCTGATTCTACTTTGTATCTATTACTTTCACCTGATCTCATATTTAATCAGTTTAAATCACAATTTTGTCATAGTTATGCTAAGGAGTTGATCTCAAAGGCACAAAACATGAATTCCCCATGCAAGCTTTTTGTTGTAGATGGATAAGGTTGGTCAGAGCCTCCATGTGTCACCCTCTGCACCCTCTCAACATTTTTCTTTCATCTTCTGATTTGTGCAAGCTTCAGTTCTTTGGTAACAGATCCTTGCAATTGTAAAGTAGAAGTGCATAGATGTGAGAAGTCATGTGACGGGGAATGACCTTCCACGGTGGACAGCGCTCGTTTTAAATCAGTCTGTACTCAGCAAATAAAAATCAATATTAGTTGTATAAACACACAAAAATTACATTTTGAATTCCAGGATGTCACACTACTTCTGTACCTAGCATTTTGAGTCCTTATATTTGCAATGTTACACAAACTGTACTATTTTCTTTTATGTACAGTTTGCATGACTAAACCATCAGAGAATAAATTCTATCTTTAAATTATGTTTATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027104:ENSMUST00000112016:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.703 A=NA C2=0.963
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
A:
NA
C2:
PF0017016=bZIP_1=PD(17.5=23.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types