BtaINT0022492 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002295 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:784]
Coordinates
chr2:21825530-21830229:+
Coord C1 exon
chr2:21825530-21825635
Coord A exon
chr2:21825636-21830002
Coord C2 exon
chr2:21830003-21830229
Length
4367 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTGAGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
GTTTTCTTTTTTCCACTCAGCTG
3' ss Score
8.39
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
Seq A exon
GTGAGTAATGTTCCATTACCTATAGCCTTAGGCTATATCAGTGAAATACTGCCAGAGTGAACCAAGCTACCATTAAAAAAATGGAGATTGCAGTTCTAATATTTAATATTAAATATCAGAAGTTCTGCATAGTTATTATGGAATGGAGGATATACTTCTCATAATCTAGAGTTTTTTAATTTTCCTATATCTAGCTTTTCCCTAGAGATTACTATAGATCAGCAAAATCAGTTGGTTAATAATTTAAAATATAGTGAAAGTACTTATGATATTTTGTTTATATTCTCAGAGTAATAGTTTTCTTGGACTGACAGACTGAACACTTCTTTTCCAGCCTCCATTTAGTAATTTTTTTAAAATTAACTATCTTAACAGTCAGTAACAGATCCTATTGTTACAGTAGCAGATCCTAGTGTTCTTCCTTAGATAATCAGCATTGTGCAGTTTCATTGTTCTGAATGTTTATATTGAGCCTTCTAGTTACAAAAATACTAAACTAGAACAGTATTGAAATTATCTGCTTGTAAGTTTCCTCTTAAATATTTCCCTTTAAAATGAGGTGGGTTTTTTTTTCTGTTTTCAGCATTTTAGAGGTTAATTGTGCTTTTCTTCTTGTAATGTCCTATTTTGATAAGATGCACAATGTTGGAACCAGCTGGTAGTCTTGAATAAATGGCCAATTTTGTCCATCGTACACAAATCTGTAACAAATAACATAGCTGGGAATGCATTAGGAACATTCATAATATATAACCCATAGCTTTCATTTTTATGATTTAGTGATATTTCAGGATATTTGTAAATCTGAAGATTGTTTCAACCATCTGTATCCACTTCATTTTAATTTGCCAGTGTCAGTAATTCAAAGCAAAAAAACATTTTGTATTGGATGCAAACAGTTCCTCAGGTGCTCACGATAAAACTTAATGGCCACCATCTTTACTTGTAGTCATTGTAAGCAGTTTCATCAGAATGGGCAATATTTTTTAATTTAAAAGATTCAGTAGATTTAGCAACTCTCTATGCCATGTATATTTAGAACATTGATTTTTGCCAGTTTTGAGCAAATAAATCTCAGGCCTTTGACGTCTTGTCATTTTGACAGGATTGTGAAACACATTGTAGAGTAAATTGGAACCATATAGAATTATGTTTGGGGCTGTACTAACAACGCCTGCTGCGGGGATGAGGCCGTTATGGCTCCCGTGTGACTTCACAACATCATTTCCTTTAGAAGCTACTGAGTCCAGCATTATGCATACATGATTTTCTTAACAAGAGAGCTCTCCTGAATTTTGATATTCAAAAAGAAATATACAAATAATTCTGTAAAAGTAGAAGGAAAATAAACTCTTAAGTTGCATTCAATTTATAATTATCTTCAATTTTTTAATCTAAATTTATTGGATAACCCCAACAGTTCGCTGTTATCCAGGCAGTATATACTCAGCAAATGCAAACCAGTTCTTTATTTGAAGCCATAAAGATTTTTTTAACTGTACAGATGTATAGGTTTGCATGCTGTATCCTCAGACTGACTTGGAAATCTAGATTAATAAGTTTTTAGTGAAGATACACAAGGTTGTGGAAAATGTAAAAAAAAATAAGACATTTTGAAGTTTTGGAACAGTTCCCATCTTTTTTCCTGTCTAGTTATCTGTATGTCAAACTGATTGACGTCAGTATAGTTCTTGCATAAAATTAGTTCTCTTCAGCTCTACAAATTGGATTTTGTAGAAATTTCAAAATTTTTATTTTCAAATTTGAAGTCTGGAAAAAAATGTGACTTCTCTGTTTGGTAGTCAAAGTAAAGATTGTTTAAGTTAATGTTTACATCTCAGAAAAAAATGTGGAGAAATTTACAAATACATAACTGTTCATCAAATTATAACACACAGCAATTGCTAATGATAATGAGCTGTAATACTAGTTAGCTCTTTCAAAACGATGTGACAGAAAACTAAGGTTTAGAAGAAATTAAGTAATATCACAAAATCTTGCCGGTAAAAGTGACAATATAAAGTCACACAGTCACAGGGTCTCTTTTTTAAAAACAGAAAGTCCCATATCCTAGGAAACCTTTCAGTCATGAGAAAACCACGACATTGATTTTAAGGGTCAAAACAAGAGTGGAAATATGAAAACATTTTTAATGTTTGGATTCCATGAAGAATAAAACATAAGAGTAATCTTGCTGCTATTAATTCATCTTCTGTAAACCTCTGGACATAATTAACATAACATATAGTTGTTTCTGTAATCATAAGTGGGAAGTAAAGTTTATTAGACCCTAAATGTGAGTTTATATTTTCATTAATGAAAATATGTATAAACATTAGTGGAACTTTAGAGAGTGAATTGTCAAATAACTGGTTTCTTTTGGTTTAAGTAGTGCTAAAAACGGCTCTTAGAGTGTAATAAGATCTCTTGTATCTTTCTGTTGTTTGTGATTTACACTAGTAATTCTTCTCCCCTTACCATCTCGAACTGGACATAGGTACAGCTGTATGACATTACAAAGGTATTTTATACATAATTTATAAGTGAGTACCTGATTCTTTGTACAGCCTAGAGATTTGTTTTACCTAATTCTGAAAGCTTGGAGAAAGATACACCTGTCCCTTATCACTTTCATTTTGACTCCATCTCCCCCATTGTGTATTTATATTTCCTCATACCACTTGTCACAGCTCGCTCTATTTCTGAAAGCTGTTATATCCCGAGAACTTACATTGAGAGGAAGGTCATTTTGTTATCGTGTTGAATAGTGGTGAAATAAAGGGCTTTTTACTGTTCTCTCCAGTTAAACTGTTATTTGCCAGTGTTTTCTTTGAATGCATTATTATTGTATTGGCTATTTAACTGAATTGTAAATATTTTATAACATTCATTGTTGCTTAATCAGAAAAGTACCTTTATGCTTTACATAATTTTAAAAAGGATTACTGATAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACTATATCTTGACATCAAACTTTTATCCAGTGGTGCAGTTTTGTATTTAAAGCAGATTTATAGAGAGGTGAGATTCTTTCAAAAATGCATGGATTTGAGGCAAATGTATCACAATACTGTAAGGGTTACTATATTTCAGAAAACCCTCAAAAGGAAGAATTATATTTGAACTAAAGTTGTGCTTGCCAGATTCCTCCCCCTCTATCTTCTACATTACAAATCACTGGGTAAGTCCTGCTTCATGGGGTCCACAATCTTAATAATTGACTTTCAGAATGAGCACCTGGCCATCAGTAAGCAGGCCAGTATGTACTCTCAGATTTCATAGAAAGCCAGCTAATTGTTATTTCTGAGCACTAAATAAAAATTATTTTAATACCAAATGCAAAGTGCAAAAGAACACATCCTGTATAACACTGTTTTTAAAGTGTTCACAAATAAAGCTGAACGATACTGTTTAGAGATTTATATTTATCTGGTAAAACTTCAAAGAAAAAACAAAGGAATTACAAAAGGAATACATATAGAATGGTGATTACCTTTGGTGAAGAGAGGACCCTCCAGGAAGCACAAGTGTTAATTGCAGTTTTTAAGTTGGGAAGCTGAGTTCACAGGTGTTGATAGGATCAGTTGTCTCATAACTTGCATACACTGTAACAATTTGTGGGTGTTATACAAATGGAATTATTGGTTTCTCTTCTGTTAAAATAAGAAAGATGTAGATTTGTTCAAGCCAAAAAATTGGTAATCTATTTTCATAAATATTTAGAATGCCCTGTCTCCAGTTTTATATGGATTTTTATTTGAATCTCAATGCATGCAACTATAACAGGTGGTGGCATTTAGATTCTAAATATTGCTTATTCTCATGTGTATAGATCATTAGAATCAGGTATTATAATCATCCTTTGCTGCAGCAGATTGAAAGTCAGTCAGAATAAATATAGTTCTGCAGAGGGAATTATTTGAAGACATAATTTGTATGTTAGAATTCATTTTGATTATATTTTCTAACCTTTTAATAACAAAACCAGTCTATTGGCCTACATGTCAAATGTGTTGCTGGGTGTTTCATCTATAAGAGACTTACCTCTCAAATTCCTACTTCATTTTCTTTCTTAACACTATTTAACAAATAATTCTTCAGCTCTGCTTTACTGGACTTGAGGGGTTTCCATGTGCATGCCTGTGCCTTCATTTGGCTTGTTGCAGCAAAATTGCCTACTTCATGACTTATAGCCACCTTTCAGTTACTCAGTTACTGTGATACCAACTTCTCTAAACTGATGTAAAATGTCATCTAACCTTTTATTCTGTACATTGACTCAGCCTGATAAATTTTTACAACTATTCTAAGAAACTGAGTAGTTTTCTTTTTTCCACTCAG
Seq C2 exon
CTGCTGATAAAGACGATAGTTCAGAAGATTTGTCAGTGCCGAGTAGTCCACATACCGAAGCTATACAACATAGTTCTGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACTTCCAAGGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGATGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGTGCTTTCGCAGATTGTCATGGCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGAAGTTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002295:ENSBTAT00000002963:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.694 A=NA C2=0.987
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]