DreINT0057188 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005350 | dip2ba
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog Ba (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2305]
Coordinates
chr23:27469257-27516003:-
Coord C1 exon
chr23:27515768-27516003
Coord A exon
chr23:27469329-27515767
Coord C2 exon
chr23:27469257-27469328
Length
46439 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
GTTGTGTTTTGTTCTCGCAGGTG
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGTGAGTCTCCAAGCATGGCGGAAGGAGTAGTTCTCCGGATGGATTGTTACTCACCTTTTAATTCACGCTTTATGCCTTGACCGGAGGATTTTGGGCTTTCGAAGTGCATTTCATCACACTTAAAACAACTTAAGCGTATTTTCGCGAAGATGGCAGACCGCGGTGTGGATTTGGCAGCTCTACCGAAAGAGGTTAGAGAGCAGTTGGCGGAGTTGGAGCTCGAGCTGTCTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACATCACACAGAAAGGCTATGAAAAGAAGCGAGCTAAACTGCTGGCTCCATTCGTACCACAGACCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005350:ENSDART00000019521:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.280 A=NA C2=0.380
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF064646=DMAP_binding=PU(18.6=75.9),PF051207=GvpG=PU(46.7=72.4)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]