HsaINT0013793 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115966 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:784]
Coordinates
chr2:175939006-175945493:-
Coord C1 exon
chr2:175945388-175945493
Coord A exon
chr2:175939564-175945387
Coord C2 exon
chr2:175939006-175939563
Length
5824 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTGAGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
TTTTTCTTTTTTCCACCCAGCTG
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
Seq A exon
GTGAGTAATGTTCCATTACCTATAGCCTTAGGCTACGTCAGTGAAATACCGTCAGAGTGAACTGAGCTGCTACTTTAAAAATGGAGACTGTGCTTCTAATATTCAAGATTAAATATCAGAATTTCTGTAAGGTTATTATAGAATGCAGTAGAGAGGTATAATTTTTTAGAATCTAGAGAGTTTGAGTTTTCCTGTTTCTAGCTTTTTTCCTAAGCGTTACTATAGATCAACAAAATGGATTAGCTAATAATTTAAAATATACTGTAAGTACTTGATGATATTTTGTTCATCTTCTCAGGATAACACTTTGTCTTAGATTGACAGGGTGAAACACTACTTTTTTCCCAGCCTCCGTTCATTAATGATGATATTTTTCTTTTTAAAATCAGCTGACTGCCTTTAACAATATATGATATCCCTTTAAGGTATCAGATCCTATTGTTCTTTCTTAGATAATGTCAGCATTGTGTAACGTTTTTATTGTTGTAAACCTTTATATTGAGATATCTAGTTAGTTTATAAAAATGTTAAAACGGGAACAGTAGTTAAATTATCTGCTTGTAAATTTCCTGCTAAATGTTTTCCCAAAGAATGAGATTCTTTTGTTTTCAGCATTTTAAAGGTTAATTGTGCCTTTTCCTTTTTGTAATGTCCTTCTTTTTTGATAAGATGCACAGTGTTGGAACCAGCTGTTACTCTTGAATAAATGGCCAATTTTGTCCATAGTATACAAATTTGTAACAAACAACAGAGTTGGGAATGCATTAGGCAACATTTATAATATATAACCCACAGTTTTAGTCTTTATGATTTAGTGATATTTCAGGATATTAGTAAATGTGAAGATTGTTTCAACCATATGTATCCACTTCATTTTAATTTGCCAGTGTCAGTAATTCAAAAGAAAGAAACATTTTGTATTGGATGCAAACAGTTCCTCAGGTGCTCACGATAAAACTTAATGGCCACCATCTTTACTTGTAGTCATTATAAGCAGTTTCATCAGAATGGGCAATATTTTTTAATTTAAAAGATTCCGTAGATTTAGCTACTCTCAATTGCCATATATATTTAGAACGCTGATTTTTGTCAGTTTTGAGCATATAAATCTTGCTTATTTGATATCTAGTAATTTTGACAGGATGGTGAAACACATTGGAGTAAATTGGAACCATATAGAAATATGTTTGGGATTTATATTAACAATGATTGCTTCAGGGATGAGGCCATTATGGTTCCCATCTGACTTAACAACATAATTTCCTATAGAAGCTACTAGTTCAGCATTTATGCATACGTGATTTTCTTAACAAGAAATCTCTCTTGGATTTTCATAGTTTAAAAGGAAATAAATTGTTTTATAAAATTAAAAGGAAATTAACTGTTCTCTTAAATTGTATCCAATTCAGAATTACCTGTAATTTTTAAATCTTTGATAATTTATTAGATAATCCCAACAGTTTTGACTCTATTATCCAGGCAATGTATGCTCAGCAGATGCAAACCAGTTATTCATTTGACAATTGATTTACAAGATATCTTAAGTGTATAGATGCGTAGGTTTATATACTGTATACTTAAATGACTGAAAATCTAGATTAATACATTTTTAGTACATAGAGTACTAAGTTATGAGAATATAAGAAATGAATAGGATATGTTTGTTGTTTGGAAATAATCCTATCTTTATTCCTGTCTAGTCATGTAGATAATCAAATTAACTGAAATATAGTTCTACCATAAAATTAATTCTCTTCAGATCTTGGGAGATAATTGGATTTTGTAGAAATTTTCAGGTAATTTATATTTTCAAGTTTGAAATCTTTGAAATAAGTCTGACTTCTCTGTTGTGTAGTAGTAAAAATAGATACAGAAATTGACTAAGTGAATACCTTTGAAAAATTTACACTCTTCATTATGTTGTAGCACACAGCTCTTGCTAACAGTGGTGAGTTGTAATACTAGCTAAATCTTTAAAAACATTTGGGAATCAAAACTAAGATTTAGTAGAAATTAAGGAATGTTACAAAATCTTTCAAGTAAAGGTGGAAGTACTAAGTCACAGCCATAGGGTCTGTCCCGCCCAGTTTTAGCACTGAAAGTCCTACTTCCTAAGAAGACCCCTCAGTCGTGGGAAAACCATGACAGTTAGTCACCCCAACAGTTAAGTAATATAAAACCTGAATGAAAATACTAAGAGTACATTTTAAATATTTGGGTTCCATGAAAAATAAAGCACAAAAGTGATCTTATTGCCATGAATTCACATTCTTTAGATCTGGGCATAATTAAAGTTGTATTATAATTGTCTCTATAATTATAAATGGGAAGAAAAGCTTCTTGGGGACTAATCAACCACAAATACTTTTATTACTGAAAATATGTATAGGCCAGGCACTGTGGCTCATCCCTTGTAAGCCCAACACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGAAGATTGTTTGAACCCATGAGTTCAAGACCAGTCTGGGTGAAATAGCGGGACCCCATCTCTACAAAAAATAAAGTTTAAAAAAGCCAGGCATTTTGGCACACACCTATAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGATCACTTGAGCCCAAGAGTTCAAGGCTGCAGTGAGCTGTGATCGTGCCATAGCACTCCAGCCTGGGCGACAGGGAGACCCTATCTCAAATAAGGAAAAGAAACTTGTGGACATAGGTAGAGAACTTTCAAGATTACTGAATTGCCAAACAGCTGGTTTCTTTTAGCTTAGGTAGAGCTGGAAGTGGCTCTTTGAGTACAGCATGGTTTTCTGTATCTCTCTAGTGCTTGTGATTACACCAGTCATTTTCTCCCCTCACCTAGAACTGGACATAGGTGCAAATATATCACATTGTAAAGGTATTTGATGTGTATGTAAGGTTTATAATTACATAATTGTGAGTACCTGATTCTTTGTACTGCTTAAAGATTTGCTTTACCTAATTCTGAAAGTCTGTAGGTAAGCATTCATCCCTTATAATTTACTGTTTCATTTTAAGTTGTTGACTCCAGTATGTATTTACGTTTCCTTATACCACTCATCACAGATCAGCCTCTTTATTTTTAAAAGCTGGTGTGTCCCTTGAACTCAACATTCAGGGAAACGTCAGCCTGTTGTTCTTTTAAAGAATAGTGGTGAAGTTAGAATGGTGATCATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGGTGCTGAAGAGGATGTGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGCGATTCCTCAGAGATCTTGAACTAGAAATACGATTTGACCCAGCCATCCCATTACTGGGTATATACCCAAAGGATTATAAATCATGCTGCTATAAAGGCACATGCAAATGTATGTTTATTGCAGCACTATTCACAATAGCAAACACTTGGAACCAACCCAAATGTCCAACAATGATAGACTGGATTAAGAAAATGTGGCACATATACATCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAATGATGAGTTCATGTCCTTTGTAGGGACATGGATGAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTATTGCAAGGACAAAAAACCAAACACTGCATGTTCTCACTCATAGGTAGGAATTGAACAATAAGAACACATGGACATAGGAAGGGGAACATCACACACCGGGGCCTGTTGTGGGGTGGGGGGAGGGGGGAGGGATAGCATTGGGAGATATACCTAATGTTGGATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCATATGTATACGTATGTAACTAACCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATTTTTAAAAAGTGATAAAAATAAAAAAATTTTAAAAATCACATATAAATACTTAAAAAAAAAAAAGAATAGTGGTGAAACAAAACAAATAGAGCTTTTTAGTATTCCCTCCAGTTAAACTGTCATTGCCAGTATTTTGTTTTCTATATACATGTAATGATTATGTAATGATTATATTGGCTATTTTAATAACTGAATTATAAATATTTTATAACATTCATTACTGCTTGATCAGAAAAGTAGGGGGGTGAAGGAGAGGGGCACTAGTTGAGAAACGACCTGTTGGGTGCTATGTTCACTATTTTGGTGATAGGTTCAATAGAAGCCCAAACCCCAGGATTGCACAATATACCCATGTAACATACCTGCATATGTACCATCTGAATCTATAATTTTTTTTAAGTATTCATTCTGTTTTATATAATTTTTAAAGGATTACTACTTCTGGTGGTTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGTTTTATTGTACCTTGAGGTCAAGTATCTAGGGGTATGGTTTTGATTTATAGCATGTTATAGAGAAGATGGGGTTCCATCTCATTAATGTATTTTAAAACCTGCTTTTCAAAAATGCATGGATTTGAGGCAGATGTTGAAAAATTCTGTAAAAACTATATTTCAGAAAATGCACAAAATTAATAATTTTATTTTAGCTAAAGTTGACACTACCAGGTATCCCCCTCTCCATCTTCTACATTGCAAATCATAGGCTAAGTCCTGCTTCATAAGATGTCCACAATTTTTTTCACTAATTGACTTTCAGAATGGGCATCTGGCCATTAGTAAGCAGGCCAATACACATTCTTAGATTTGATTTTAGAAGCCTATTTACTGTCACTCCTAAACACTGAATAAAAAAAGTTTTAATGCCAAGTGAAAAAAGCAAGGTGCAAAAGAATACATCCAGTGTGATACTGTTTTTAAAATGTTTCAAAATAAACAAAGCTGAACTATATTGTTTAGGGATACATGCCTATGTGGTAAAACTGCAGAGAAAAAACGAGAATGGTTAAAGAAATGTCAGAGTGGTGATTACCTTTGGTGAGGACAGGAACCTCCAGGAAGCAGAAGTGTTAATGGCAATGTTCTCTCTTAAGTTGGCGGCTCGGTTCCCAGGTGTTCATGTTATCATTGTTCC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Seq C2 exon
CTGCTGATAAAGATGATAGTTCAGAAGACATTTCAGTGCCGAGTAGTCCACATACAGAAGCTATACAGCATAGTTCGGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACCTCCAAGGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGATGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGCTCTTTCACAGATCGTTATGGCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGAAGTTGATTAAAAACCTGCAGTACAACAGTTTTAGATACTCATTAGTGACTTCAAAGGGAAATCAAGGAAAGACCAGTTTCCATTTATGCGAAATCTGTGGTTGTAAATTTTTTTTTTTTACTTGAAATTAAATTTGGCTCTAAAGTTGGTGTAGCAGCAGTTGATCAGACTGAAAAACGGTTTTTAGTCTCTGGAAAAAGACTGATTTTGCTTTTTTTATAAATATTATTAGATTTATTAATTTTTCTGTGCTCAATGTGTAAATTGTATTATAATTCATTGTGATTTATTTCACTTTTAATTTGCTGGTGTTTTAATAAATGGGGGTGTTACTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115966-ATF2:NM_001880:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.519 A=NA C2=0.983
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
A:
NA
C2:
PF0017016=bZIP_1=PD(20.3=27.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)