HsaINT0013793 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000115966 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:784]
Coordinates
chr2:175072250-175080765:-
Coord C1 exon
chr2:175080660-175080765
Coord A exon
chr2:175074836-175080659
Coord C2 exon
chr2:175072250-175074835
Length
5824 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTGAGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
TTTTTCTTTTTTCCACCCAGCTG
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGCTGATAAAGATGATAGTTCAGAAGACATTTCAGTGCCGAGTAGTCCACATACAGAAGCTATACAGCATAGTTCGGTCAGCACATCCAATGGAGTCAGTTCAACCTCCAAGGCAGAAGCTGTAGCCACTTCAGTCCTCACCCAGATGGCGGACCAGAGTACAGAGCCTGCTCTTTCACAGATCGTTATGGCTCCTTCCTCCCAGTCACAGCCCTCAGGAAGTTGATTAAAAACCTGCAGTACAACAGTTTTAGATACTCATTAGTGACTTCAAAGGGAAATCAAGGAAAGACCAGTTTCCATTTATGCGAAATCTGTGGTTGTAAATTTTTTTTTTTTACTTGAAATTAAATTTGGCTCTAAAGTTGGTGTAGCAGCAGTTGATCAGACTGAAAAACGGTTTTTAGTCTCTGGAAAAAGACTGATTTTGCTTTTTTTATAAATATTATTAGATTTATTAATTTTTCTGTGCTCAATGTGTAAATTGTATTATAATTCATTGTGATTTATTTCACTTTTAATTTGCTGGTGTTTTAATAAATGGGGGTGTTACTGAATCTTTCTTCCCACTTCCATTTCTTTTGACCACCCCTTAACCCTCAACTGTGACGGTAGTAGTATTATCATTTATACCAAAGTTTTGCATAGTCCCTGTTGACTTTGTAATGTTAACGGAGTCATAAAAGCACTAGGCAAGAGAAAGATAGAAATTTGCTTTTAATCTTTTTGCCTTTTATTTTGCACATTATGCAAAAGGAAAAACATTAAAGAACACTTTTTTTTAAGTGAGTGAAAACATGGTAAAGACATACAGTGCTTTTATGCACATTGTTAAGCTAAATCAAGGTCATTTATAATCATTTTCCTTTTTTATTTAAGATTTTAAGTAAACAAATTTTAGAATTTTCAGCATTTCAAAAATGATTTTATTTTTCAAGTCTTAAATTCAATATTTTACACCTATGTTTTGAGGCTAAAAATATGAAATTATATAATGTATGATACAGGGTTATCAAATATCTAATAATTTTTGAAATTAGCTCTTGTTTTTGGTTTTTTTGTTGTTGTTTTTACAGATTTCAGGTTACAAACTGCAAAGTTTATGCATAATTAAGTATGGTATGGTTGCCAGAAAAGCCTAAAATTACTACTTAGAAAATTTAAGACTGTTTACCCCCATTGTCTTGTACTTGCGAGCTAACTTGTACTATTCTTGTGAAAGCACTGTCATCTTTTAGTAGCAAATTTTGATAATGTTTCTCGTGGAAAAAAAAATCAGTATCTATCTTTAGAACAATGTAATTATAATGTGGGAAGTGTGCATGAATGAGAGAGAGTGTGTGTGTATCTGTGTGTGTGTGCGCGTGTGTGTGTGTCTTTTAATAGTTTATGCCAGCAATCTTTGCTTGAATGTTTAACGATGCCTTCAGTGTGATGCTGGCCAATAGATGATTGCAGTTTAAAATGTCATTATTGTGCAGGCTTGGATAACTAACATTCCATGATGTAGCTTGTTTCTGATGAGATGATTGTAGGTACATTTTTCTCATTATCCAATCATCTGTGGGATACTTAGTTTTCTAATGTGCCATTATCTATTTTTATTCTGCAGTTATGTTCAAAATACAGTACATATTTTAAAATAGAATAAATTGTTAAACATAAAATTTTAAAAGTAGTAGATGTGCGTAAGAAAACTTTGTAAAATAGTTATGAGTCCTACCCAGTAGCAACTTCTGGCATTCAAGCAGGATTCCACTATGTAAATATCTGTAATGCATTTATAATAAGTTGTGTAGTTTGTCCTGCATCCATACTACACTATTTGCTAAAGTCTCAGTGCCATCTCCTAATGAGACTGACATTTTAAAAGTCTGTATGGAATATCCTTGATAATTCAAGGAAATATCCCTCCTGCCTAAGTTCCAAACTGGGAAACATTCAAATTATATAAATGACATTTCAGGACTTTAAGTATGAAGATAATGGGAATTTTATTGTTTTGCTTTTTAAAATGAGAGCATTTTTATTTGATAATTTTTTTTAAATTTTTAATTTTTAACTAATTTCATTATTTTAAAGTAATCAGTTTTTCAAATCATGATTTTGATATCATTATTCTAAGGAGTTATCTCAAAGGCACAAAATATGAATTCTGCAAGAAGGCTATTTTTTATTGTAGTTTGAATGGGTTAGGAAAAGCCTCAATTTTTCACTCTTAAGTCCTTCAGTACATTTTTCTTTCATCTTATTACTTATGCAAGTTAAGGTTCTTTGGTAACAGAATTCTTGCAACTGTAAAATAAAACTACATAGATGTAAGAAGTCATGTAAACGGTTAACAAGCTTACCAAGGTTAGCAAAACTTTCATTGTAAATCAGTCTGTACTGAGCAAATAAAAATCATTATTAGTTGTATAAACACAAATTCCATTTTGACTTTCAGGATGTCATACTACTTCTGTACCTAGCATTTTCAGTCCTTATATTTGCAATGTTACACAAACTGTACTATTTTCTTTTATGTGCAGTTTGCATGAGTAAACCATCAGAGAATAAATTCTATCTTTAAATTATGTTCATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115966:ENST00000264110:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.568 A=NA C2=0.953
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development