GgaINT0046063 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009287 | ATF2_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:17842017-17851252:+
Coord C1 exon
chr7:17842017-17842122
Coord A exon
chr7:17842123-17850808
Coord C2 exon
chr7:17850809-17851252
Length
8686 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTGAGT
5' ss Score
6.97
3' ss Seq
AACCAGTTTCTCTTCTGAAGCTG
3' ss Score
4.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
Seq A exon
GTGAGTAATGTTCCATTACCTATAGCCTTAGTCTGCGTCAGTGAAATACTGCCTAAGTGAACTGAATCAACATTAAAAATAAGAAGTGCGGTTCTAATATTACATTGAAGATTTTTTTTTTTAATCTCAAAGGTTATTATAAGGCAGGAATGAATATGGACTATTCAGGAATATATATTTTAAGTCCTCTCAGTTGAATTGTTGTATATCATTGAGGGTTTTATGTTGGTTTAATAAATGCATATGGTAATTAGCATATATGAACTGTAGGCTACTGCACTTGCTTTGGAAAATATAATTAAAGTATTAAGAGCACATGATAAAGCATTTTTGTGTGCTTTATCTTAACCTTGTACAGAGAAAGGTCCTTGTGGGTTTTTTCTTTATCGTAATGAGATTTCAGTAAAGGTAATACAACAGCTGTCCTCGTTTACCATAACATCCAGGATCAGTCAAGCCGTTAAAGTAATCAGATGCAGGTTTGTGCCTCCTACTGTACAATATCTTCTAGGTTGTTTTGATTTCCACGTTAAACAACCTCTTTTAACGGGGTATTTTAAAAAGGGAATACCAAGTGCTTCAGTTAGCGTTTATTTTCTAATACACATTTTTACTGAAAGTTGCTCATTTGATTGTTATCCTTCCAGCATTTTAAAGGTTAATTATGCTTTCCTGACTCGTAACTTCATTTTTGGATATGATACGCAGTGCCAGAACCAGCTGCTGCTGCTGTAGAATAAATGGCCAATTTTGTCCATTGTACACAAATTTGTTACAAATAACTGAGCCGGGAATGCATTAGGCAACATTCATAATATATAACCCACAGCTTTCGTTTTTATGATTTAGTGATATTTCAGGATATTTGTAAATGTGAAGATTGTTTCTGCCATATGTAGCCACTTCATTTTAATTTGCCAGTGTCAGTAATTCAGGAGAATAAAGGAACATTTTGTATTGCATGCAAACAGATCCTCAGGTGCTTGCGATAAAACTTAATGGCCACCATCTTTACTTGTAGTCATTGTAAGCAGTTTCATCAGAATGGGCAATATTTTTTAATTTAAAAGATTCAGGAGATTTAGCAACTCTCTCTTGCCACGTATATTTAGAATACTGATTTTGTCAGTTTTGAGCTTATAAATCTTGGTCCTTTGATCTCCAGTCATTTTGACAAGACAGAAAATAGCATCTTGGAGCAAATTGGAGCAGTATGGAAATATGTTTGGGGTTTATATTAACAATGATTGCTGCAGGGATGAGGCCATTATGGCTCCCATCTGACAGCACACCATAATTTCATACAGAAGCTACTAGGGGATAACATTATGCATGAAAGATGTTCTGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTAACAATCCCCTCCCCCAAACCCCAAAAAGAGCAGCAACTGTAGGTTTCTTCAATTTTGATGTTTTAAGCGTACATGTTGAAATATTTTTGATGTAAATTCGGGAATATAAGTCTTAAACTGGCGAGCTAATTAGATGCTAAGGATTTCTTTCTTGAAATACTGATGACAGACTTTTTAGTAATGCTGTATGTTTTCTGCCCTCTGAAAAAGGATTATAAGATTCCTGATTTACTAAAGAAAACAAAATGAATATGTACTACAACAATAATCAGTGGAAAAAGACTACACTTCAGAAAAAAACTAATAATAGGACAAAGACAGGCAGCATAGCTCACTCACATTCTTTTGGATTTTTTTTGTTTGTCTTACTTCAGTTGTGTGTTTTAATTTTTTTGAAAGCCAGCATTCAGCACAAAGGATGGTTGTAATGACATCCCTCTGACAGAATGTTGTCACATCATCTTCGTGTGAATACTGTTAGGAAAACATGTTGGCTAACTGATTTACCCACAGTATAATTTATGGGTGGAAAAATAGTTTCAGCTAACATACATGTTCATGAAAACAGGGTTGACAAAGTATTTTTAAATAAACATATTACGTACGTGGAGTCATGTAAGTTCGATTGCTTAAGAATGTATTGAGTGGTTTAACAGTACCTCTGTGGAAGAAACTGAAGACACCTGATTACAGTGCTCCTGCAGTGCTGAGTATTGTGCAACGCTTAGATGGTGCTACTTTATATCAGGGAGACTGTATTTTAACAGTTAGGCCCACAATCTAATAGGGTTTCACTTATGATGCAGTATAGGCAGAAATAACCTATTGCTTCACAGGATGTTTTTGACACCCACTTACATATCTTATAAGATCCTTTGGATTTTCCAGGCACATTTTTTCCTTTTTGCCTCAGGGCAAGTGAGGAAAGGGTAACAGTGAAGATAATCCTTCTCTGAAAATTGTTCTTGAAGTCATATTTTCATTATTTAAAAAGTCCTGTGCCTACTTCAAAAAACAAGAGGTCAGGAAAAAAAAATAAAGAATTATTATGATGATGCTTCTTTTACTTCTTCAAAACCAGGTTATTTCTAAAAGTTTTTTGCAATGTGCAGATATTTTCTATTTTACTTTTTCTGGTCTTGATGCAGAAAGGTTAAAACTTGTGAAAAGAAAATGTCAAAATTCCTGTTGGAGGAAAGAAAAGTTTCAGATATATTTCAAAAGGATGGCATAATCTTCAAGAGCAGTTATACAAAACTGAATGTAAAAGAAGATAAATAGGGACTGTAAGGCAGGTGGTATTAAATGAAATTTTTGTTTATGTTCTTTTTCAAGTTACTTTTAAAGAAAAAGTAGGTGACTAACTAGTTTCTGACCTTGGATAACCCAGACTACTCAGATGTTGCCTACACAAAACAGCCTGTAGGAACAATCCTTCAGTAAACTGTGAATATGCCTTTGCAGTGATGCAGAAAACTCAAGTTTAGAAATGATAGTTTTCCAGTGAGTTCCTCTGTAGTCCCTCTGTAGCTGACAATTACCTTGAGGTTTCCTTCCTAGAGATTATCAGAGGACTAGATCTGGATATGGGAAATATCGTTTGGGTTTTTATTCTGAAGTTGCAACTCCCTCTTTGCTTATGTTGCTGATGGCTGCCTGTAAGCAATGGTAAGAAGTAAATAATAGCAAGTTTTGATTACTGTACAAAGGTGCTTTATATATCCTTGTAAGTCTTCTCCTTGTTCTATTTGGTTTTGTCTGTAGCTCAGTCCAGCCCACCTTGCGGTCCATTACCCAAAATAATTGCTCCTCTTTGTGAGTCAGCCTGTCTAGGAACTGTGTACCCTTAAGGAATGCACATGTGATGTAGGTCTGTGAAGTTTAAACCTTGTAACATGCAGCAAATGTTATTTCTGTAGATTCACTTCTACTTTGGATCTTGCATTTTCCTTGGTTTGAGGCAAAACCAGGGGAGACATTAAGAAGTCCAGGCTCTCTTCTACATTGTTATCTACATTATGATTTTGTTATGTATCAGTTGCATCCTTGAATTTCAACCCTGTGCAAGAAAAATCTCCAGTTTATGGAGAAGTGATGGGGGGGAAATCTGTCTGAATTAAATTTTTTTTTCTATTGTTCTTCTGAAAGTCTGTTTCTTAGTTATCCATCTTTGAGCTGAAGATGACAAATTACCTTTGTAATGAGGTGACTTTAAGGACACTCTGTATTCATTGCATAAATTTTCTTGCTTTGTTTTGGTTCTTCAAATGGACTTCTGTGTTCAGTTTTTGACTGCTCTTCCTATTAACTTAGAACTATGAAAGGAATAAAAGCTATTCTTCAGGGTAGCACCTCATTGCAAAGTACTGTTCTGTAGCTACTGCAAGGGCTTACACCTCCAGTCGAAGTCATTACTATAAACAAGTGTTAGGTCTGTATCTCACACAGTCATCTGACTGTTGTAAGCTCCTTGCCACAACCGCAACGTCTGAAAATATCTGAATGACATCCTTCTATCTCTTCACCACAGTATATTCATCTTCTCAACTATACCGAAGTTTCTGTTGTACAGTGGTGGTCATAAGTATTACCCTAACTGGTTCTTCCATTGCAGTTAAGATCATCTTCCAACCAAAATCAGAAAGTCAACTCTTCATGTTCTTTGCAGTTGTGATGCTATTACAAACGTTTATTTTGCATTAAGGGCATATATATTAAAAGCTACAGAACAATGGAAGATCTTCTCTCTGACTGAAAGATGATCATCTTCATTCTCTGTCTCTGGCTTGCAGCATTTAAATCTCATCTTTTTTTGAGGATAAGGAGGATTCTGCCACCAAGAGAATCGGGGATCAGCAAAAAGGAAAAGATGATTGGAAGGTTGAGATTCATAGAAGAAACAAGTCTCAAGGGGAGTATCAGGTGTGATAGTGGGGGGACTTTATCCTACAGGTGTACTCATGGCTGTTTCATTCTGTCTGGAGGGAAAAACGTGCTGCTCTCGTAACTAGTAGTTCAGTGTTTTTCGGGAGGTCACACTAAAATTCCTTCCTGTTTTTAAGGGAGTTTGCATGTGTTCCTTTTTATTTGTTTTCGTATCAGATCCTGCAAGTCCCAGCTAGTTGTTGTAAAGATTAAATCCTGTTGAACTGCGTGAACTGAATTGGCGCTCTTCCTTTTCTTGCATGGACAAATCTTACTAAAGATAGTGCACACGTTTCAGAAGTACTCTAATTCTCTTCGTNNNNNNNNNNGCTTCACAGGATGTTTTTGACACCCACTTACATATCTTATAAGATCCTTTGGATTTTCCAGGCACATTTTTTCCTTTTTGCCTCAGGGCAAGTGAGGAAAGGGTAACAGTGAAGATAATCCTTCTCTGAAAATTGTTCTTGAAGTCATATTTTCATTATTTAAAAAGTCCTGTGCCTACTTCAAAAAACAAGAGGTCAGGAAAAAAAAATAAAGAATTATTATGATGATGCTTCTTTTAGAAATAACCTGGTTTTGAAGAAGTAAAAGTTTTTTGCAATGTGCAGATATTTTCTATTTTACTTTTTCTGGTCTTGAAGCAGAAAGGTTAAAACTTGTGAAAAGAAAATGTCAAAATTCCTGTTGGAGGAAAG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Seq C2 exon
CTGCAGATAAAGATGACAGTTCAGAAGACATCTCAGTGCCAAGCAGCCCACACACGGAAGCTATTCAGCACAGCTCCGTCAGCACTTCCAACGGTGTAAGCTCCACTTCCAAGGCAGAGGCGGTGGCCACCTCAGTGCTCACGCAGCTGGCGGACCAGAGCTCGGAGCCCGGGCTTCCCCAGGTCGGTGTGGTGCCGCCCTCCCAGGCGCAGCCCTCGGGGAGTTGATTAGGAACTCGGTTGCATCCTTTTCTTAGGTATTCGTTTGTGACTTTAAAGGGAAATCAACGAAAGACCAGTCTCCAGCTAGGAGAAATCGTAGCTTAAAATTTTACTCGGTTTTAAAATTCAAACCTGAATTTGGCTTTAACGATTGGCAGGTGAAGGTGAGACAGAACACCAGTTACAAGTCTCTTTGTAAAAGACTTTTTTTTTTTCTCTTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009287:ENSGALT00000015107:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.778 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]