MmuINT0064365 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039899 | Fgl2
Description
fibrinogen-like protein 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103266]
Coordinates
chr5:20878491-20884204:+
Coord C1 exon
chr5:20878491-20879126
Coord A exon
chr5:20879127-20881071
Coord C2 exon
chr5:20881072-20884204
Length
1945 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAGGT
5' ss Score
8.53
3' ss Seq
TTCCTTCCTCCCTCTTCCAGTTC
3' ss Score
12.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTATTAAAGCGCCTGGTCAGGCTGGGCTGCCGCACTGCAAGGATGAGGCTTCCTGGTTGGTTGTGGCTGAGTTCTGCCGTCCTCGCTGCCTGCCGAGCGGTGGAGGAGCACAACCTGACTGAGGGGCTGGAGGATGCCAGCGCCCAGGCTGCCTGCCCCGCGAGGCTGGAGGGCAGCGGGAGGTGCGAGGGGAGCCAGTGCCCCTTCCAGCTCACCCTGCCCACGCTGACCATCCAGCTCCCGCGGCAGCTTGGCAGCATGGAGGAGGTGCTCAAAGAAGTGCGGACCCTCAAGGAAGCAGTGGACAGTCTGAAGAAATCCTGCCAGGACTGTAAGTTGCAGGCTGACGACCATCGAGATCCCGGCGGGAATGGAGGGAATGGAGCAGAGACAGCCGAGGACAGTAGAGTCCAGGAACTGGAGAGTCAGGTGAACAAGCTGTCCTCAGAGCTGAAGAATGCAAAGGACCAGATCCAGGGGCTGCAGGGGCGCCTGGAGACGCTCCATCTGGTAAATATGAACAACATTGAGAACTACGTGGACAACAAAGTGGCAAATCTAACCGTTGTGGTCAACAGTTTGGATGGCAAGTGTTCCAAGTGTCCCAGCCAAGAACACATGCAGTCACAGCCGG
Seq A exon
GTAGGTGTAATGAGGGTCATACAGTTTGTTCATGAAAGCTGTATAGCCAGATAGTGGCCATAAACATTAACCCGAGGGAGCATAAGTTAGTCAGACTTTCACCTGTTAAGTTATGGCAGGAGAAACAAGTGTTTTCTCAAATGAGACAACAGAAATGGTAAATGATCCACGTACAAAAATCCTATTAGTTGTACTCGTTAGAGACCGTCACTTGCAAGTCTCTAGACCTTCCCTGCTAGGTCGACCAACAGACGAGCAGAAACAGATTCCTCCCGGAATCTGAACACATATTTGAACACAGGACAGGTATGGCAAGGTTCCTGGCTCTGCTTGCTTAGGTCCCTGGGAATCAGATCTTGGGTGGCTGATGGGCTTTATAAGGCTTTCACAAACAATCTGCTGTGCTAGGTTCTCAAATATCTAGTGAGAATGGGAGATTTTTATACATGGAAGCATCTCTCCTCTCTCTCTCCTCTCTCCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTTTGTGTGTGTGTGTGGTGGGGATGAGGACACGTGTAGAACTTCGGGGGTTGAGACTTAGTGCATATGCATCCTCACCATTCCAGTTAGTGAATGTTAACACTATTTAAGGTCACAGACCTAACAGCCTTCTGTGTCCGGATTCCTGGATTCCTAGGACCTTTGTGGATGGGTTGCCACACCCTCTGTGTTCATCCTGACTGTGAGGTCGATGGGACATAGTAGGGATAACTTTCATTTGGAATCTCTAGAGATGGTAGGTCATCATGTCATAGAATGTTATCACTAATGACCAAGATAGACACTCATGTTTAAGAGACATCACAAGGTGTATATTAAATATGACATGGCATATAACTTGTAATGACACAAAAATATTCTGTTACCTACTTTTCTCCTAAAAGCTTGGGACTCTCCAGAGTTCTAAATACATGCAAACAGATTATTGTGTTTTACAGGAATCTTATATTGAACTTTCTTTACCTGACTCAAATTTTATTAAAATTAACTGGGAACAAATAGTTGGTCTCTAATCTCTACAAAAACCACCAAATGATTACACTGAGCATAATTATAATCACCCTGCTGCTACGTCTAGAAACCAAACTGTGAAATATTGGCTGACTGTATACCTTCCTAAATAATAAATTCAGGATAACATTGCCATATTATTGGAGAACCCCCCCCTCCCTTTTAAAACTGGAATCATTTTATGTCAATCTCAGGTGAAATACGAATGGGTTTCAGAACAGTGCTGTGCACTGAAGGCTGACATTTAGAACATATATAACGATTTCTGTAAAGTCTGCTGTAACAATTGCTGATTGTATCCTAGGAGACTTGGACTCCTCTCAACGTTAAGGCAGAGGAATATAATGGTTATGAGAGTAAAACTCTCTGTCAGGTACATCTGGCTTTCTGTCCCAGCTCTGTCACTTAACACTTAGTTGCGGTGGGAAAACTCCCTGATCTTCCGGGAGACTAAGTAACTGTATAAGCAAGCTGGCCGTGATATCCACGTCGTAAGGCTGCTGTGTGGGTTCAGTGAAAACTGTTACAGTGATTGGCAGAGTTTCTGGAGGTCATTGACCCTCATTAAACCTTGCATACACTTATTCTTACTACTCTTTGCTGTTAGTGTTGCCACCAGGATTGCCATTCAAGGCAGTCCTGTATACTTGATAACACCAGTTGGTTCTGAGGCCTTAGTTAGCATCTGTTAGCCTGGTTCAGGAGAGTGTATCAGAGCCAGGTTCCTCTATCACATAAACTGTAACGCAAGTGAATTGTCCAATTGCTGTTGAGTCTGAGAGTCCTTGAGGTGCATAGCTTTGACTAATAAATCCCCATGCTTTTATGCTTTTCCTTCCTCCCTCTTCCAG
Seq C2 exon
TTCAACATCTAATATACAAAGATTGTTCCGACCACTACGTGCTAGGAAGGAGAAGCAGTGGGGCCTACAGAGTTACCCCTGATCACAGAAACAGCAGCTTTGAGGTCTACTGTGACATGGAGACCATGGGTGGAGGCTGGACGGTGCTGCAGGCTCGCCTTGATGGCAGCACCAACTTCACCAGAGAGTGGAAAGACTACAAAGCCGGCTTTGGAAACCTTGAACGAGAATTTTGGTTGGGCAACGATAAAATTCATCTTCTGACCAAGAGTAAGGAAATGATTTTGAGAATAGATCTTGAAGACTTTAATGGTCTCACACTTTATGCCTTGTATGATCAGTTTTATGTGGCTAATGAATTTCTCAAATACCGATTACACATCGGTAACTACAATGGCACGGCAGGGGATGCCTTGCGTTTCAGTCGACACTACAACCATGACCTGAGGTTTTTCACAACCCCAGACAGAGACAACGATCGGTACCCCTCTGGGAACTGTGGGCTCTATTACAGCTCAGGCTGGTGGTTTGATTCATGTCTCTCTGCCAACTTAAATGGCAAATATTACCACCAGAAATACAAAGGTGTCCGTAATGGGATTTTCTGGGGCACCTGGCCTGGTATAAACCAGGCACAGCCAGGTGGCTACAAGTCCTCCTTCAAACAGGCCAAGATGATGATTAGGCCCAAGAATTTCAAGCCATAAATTGCTAGTGTTCATCTCTCTGGGCACTCACTATCTAAGAGGACGATGAATTCCTTCAGCCCTTTACCATATGTCTCAGTTTATATTCCTTTCCTATGGCTAAACATTTCCTTTAAAGCTTTACAGCTTTTAGAATAAAGCTGAAAAGATCTAAAAAGACTCCTATGTTGCTGTTATATGAGGAATGCTTGAAAGCACTGGAAATATTGACAATTATACATTATAATTGCAAAACCTTTCATTTTTATTAGTTGAAAAGTTTCCTAATATTTTTATTATTTTTATAATAAAAACTAAATTATTCAGCAAGCTAGATTCTATATACGCAAGTTTTATTTTCACTAGGGCTAAATATACACATTTGAGAATATACCAGTCCTTCCAGGTACAACTGAAAGCCAAGAACTGTAGTATTATCTTTCGTCTAAGAAGAACTTAAAGCATTTTAGTTCTCAAGAAGAAGGGCAGGGATGGGATTGGGGGCCAGGGACAATATGTATAGCTAAATGTATTCATCTAATGCAAAATATGGCATTAAAATACCTAAAAATGTGGTAGCATAATATATGTCTCTTCCCTCTCCAATTGAAAAATAATGTTACCCTGTAGACTTTGGTTTAGTGGTAATTCACTTACTGTTTATAGCCTGTTAGACCGCGATACAAAAGCTGCTTTATCCTCTCCCTCTGCTCTCTGTGCACAATGGTTTGTGATGTAAGGTGCTAGACTACTGTAAGGTTTCCTTGGGGAAAGGCATGGTAAGGGAAAACACACTGGTTTATATTTTGAAAGCCAATCCTAATCCCAAAGCAATACTGTTGTCGAGGAGTCAACGTTCTAGGAAGCTGACTTTTCTAGAACAAATGTATTTATTAGGATGAATTTTGGAATTTTAGTTTAAATATTATACATTTTAATCCTAAGCAGTCAATTGCTTATTTCATTCTTAGAAATTCAAAGAATATATACAATTTTAGCCAAATGTGAGTCCCTGGAATTCCTTACTTGTGGATGTCAAGGGTCACATTAAAAGGCTCTGGGGGCAGTTTCACTCACTTTATTCTTGTGAAAAGGGGTCACTCAGAGAGAAACAACCCAGCCGCACACTTAAACGTGCTCTTGGGTGGAATCTGAAGTGCCGCATGCAGTCAGTCACGTGGAGTAACTGACTGTACAACATGCACTGTCTAAGCAATAACTTTGATCTTTAAGTTTTGGTGTAGCTTCTAATATACTAACCAAGCTTTTGAAATATATGCACAAAGATTCCACCTTAGTTATTTTTAAAACATAACTAGGGAGGATATTTATTGTCTTGACTACTTAAACTTTCAAACATGTAGCCACTGTAAAAAAAAAAAAACTTTACAAAGAGCAAGATACTATTTTTGAAACATGCAACATGAAGTTTTCAGGTGAATACAGTGACAACTAAGCTATTAATAATATAATTAAATTGCCAGCGTAAGCTAAATGCATGCTGAATTAAATGACCAAAATATAACGTAGATTTTAAAGCCTTTACCTACTTGGTAAAACAGTGAATGTAAGTGGCAGTAACCAATCTTATTTCTTTTTGCTTTTTAAAAAAGACTAAGAAGATTTTGATATTATACAATTCATGTGTTTCAAATCCTGTTTATTATATGTAGCCATATAAGTCTAATGACATTTCCATAATGAAAATTGATTTACCATAGCAAAAATACTATGTGTTCATCCTGAGTGTGTCTTTCTCAGGGTAACAATGAATCCATGTAAATACTTTATCTTTGCACTTCCAATGGATCCAAATGTTGTTTTCTATTATAGTCTATGATATTCTTCTAATAATTCTTTAACACAGAAATTTATTTTTGAATCATTTTCTGTCACTCATTTAAAAATATATTGTAGACTTTGATAATCTCTAATCTGTTTATTGAAATAGTCCTTAGCCTTAACAATTCACTGATATATGCTGATGTTCATTAATGTACACTATTTGCCAATATGTATTTTTAGAGTCTTGGCTTCATTTGGGTGGCTAGCACTGATCTTAATGATCACTTTATTGCTGAACATCATTATTCTTTAAAAATGCCAAGTGGAACTAATTTCTTAGGAATCCAGTTGATTTGCCTGTCACGAAACGAGAAAGCCATCTCTCTGAAAAGTAGTAACGCAGCAAATGTCCTCAGTTCTCTGGTGGACAGAGCTCGTGTGCGAGGCTCAAGGAGCATTAGAATCCCAGGATGGGCTGGACCTGGATTTTTCAGTAGCTGCCCCTCACTCTTCGATAAGTTTTCAAGATAGGTGGATATATGCAATTTCCATGAACTCTTGTTTAAGATTTATTTTCATTGATGTATAATTAAGGTTATGTTTAATGTTTCTTTAAAGCCTTGTAAAATAAAAGTTAATCTTTATATCTATCCTTCGATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039899-Fgl2:NM_008013:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.242 A=NA C2=0.004
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0157614=Myosin_tail_1=WD(100=67.7),PF097304=BicD=PU(93.6=73.7),PF041569=IncA=WD(100=52.5),PF029949=Transposase_22=WD(100=64.1),PF086146=ATG16=PU(97.8=66.7),PF0080420=Syntaxin=WD(100=60.1),PF039618=DUF342=WD(100=65.2),PF136001=DUF4140=WD(100=21.7),PF060097=Laminin_II=PU(94.4=42.9),PF053776=FlaC_arch=WD(100=17.7)
A:
NA
C2:
PF097304=BicD=PD(5.8=3.8),PF086146=ATG16=PD(1.5=0.8),PF060097=Laminin_II=PD(4.4=1.7),PF0014713=Fibrinogen_C=WD(100=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGAATGGAGGGAATGGAGCAG
R:
GGTAACTCTGTAGGCCCCACT
Band lengths:
344-2289
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: