MmuINT0095642 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34374193-34389417:+
Coord C1 exon
chr2:34374193-34374369
Coord A exon
chr2:34374370-34389307
Coord C2 exon
chr2:34389308-34389417
Length
14938 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
GTTCTTGTCTTTCCCTACAGAAA
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACAATGTCAGTGCCTACTGCCTGCATATTGCTGAGGATGATGGGGAGGTCGACACGGATTTTCCGCCACTGGATTCCAATGAGCCCATTCATAAGTTTGGCTTCAGTACTTTGGCCCTGGTTGAAAAATACTCCTCTCCTGGTCTGACCTCCAAAGAGTCGCTCTTTGTTCGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGCTGCTCATGGATTCTCCCTTATCCAAGTAGACAACACAAAGGTCACCATGAAGGAGATCTTGCTCAAGGCAGTGAAAAGAAGAAAAGGATCCCAGAAAATTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038696-Mapkap1:NM_177345:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.117 A=NA C2=0.046
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(12.1=100),PF054227=SIN1=PU(1.6=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: