HsaINT0099738 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000119487 | MAPKAP1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:18752]
Coordinates
chr9:128305338-128322088:-
Coord C1 exon
chr9:128321912-128322088
Coord A exon
chr9:128305448-128321911
Coord C2 exon
chr9:128305338-128305447
Length
16464 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
ATATTTGTCTTTTCCTACAGAAA
3' ss Score
11.11
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGCTGCTCATGGATTCTCCCTTATTCAGGTGGACAACACAAAGGTTACCATGAAGGAAATCTTACTGAAGGCAGTGAAGCGAAGAAAAGGATCCCAGAAAGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119487-MAPKAP1:NM_001006617:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.108 A=NA C2=0.058
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=PD(8.6=7.9),PF054227=SIN1=PU(86.0=97.4),PF054227=SIN1=PU(3.1=10.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)