GgaINT0126524 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000977 | SIN1_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr17:10401331-10409018:-
Coord C1 exon
chr17:10408842-10409018
Coord A exon
chr17:10401441-10408841
Coord C2 exon
chr17:10401331-10401440
Length
7401 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
TATGTACCTCTGTCTTGCAGAAA
3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
CGACAACGTCAGTGCCTACTGCCTCCATATTGCTGAGGACGATGGTGAGGTTGACACAGATTTCCCACCCTTGGATTCCAACGAGCCCATTCACAAGTTTGGCTTCAGCACTCTGGCGTTGGTTGAAAAGTACTCCTCTCCCGGCCTGGCAGCAAAACAGTCTCTCTTTGTCCGAAT
Seq A exon
GTGAGTATGGATGTGAACCGTACCGCCACCTCCACATCCTTTTTCTTCCCTATTTTTCTTCATCTGAACATAGCGGGACTGAGCAGGCCGTGTATCTACAGCCCTCTGGAGGCGTGCTGCAGTGGGCGGCGGGGGGAAGCAGAGTTGGCCGCAATGGGCGGTGAGCCTGCGGTGGTGGGCTGAGTGTGCAGAGAGCTCAGTGAGCCCTTCTGTCTATGGTCAGCGTGGAGAATGTGGAACTATTGCACTCTGTTTTTAAACTCAGATAGCCATAATTATTTCACAAATCGCTGATAACATCAGCCACATCATAAGTGGAAAAGTGTTTAATGCTTGGATCTCTTGAAATGAAAATGAGAATGTTTCTTAGAGACATTCAAATGGAAAGAAATGTGAGAAATTCCACATGCATTCCCCAAATGCTCATTCACTTCCACTAAATTCTTGTGCACTTCCTCTGCACTATGTCACTGGAAAAGAAAATATTCTGTCAACAGCATTTACAAATAATTTATTCAAGGTAAAACATATTCAGCCCTGCTGAACTGGATGCAGCAGTGTGGAAGCTGATGCAAGGAGCAGCTGGAGCAGTCTTGCCAGTCACATTGCAAGTCCTCCTTCAGTTTGTGCAGGCGATGGCTCCTCTGTCTGCGGAACTGCAGGGTTTAATTTCTTCCACCTGACTGAGGAATGCTGGATGTTTTATCGGAAAGAGGGAATCTCTCTTTCTACATGCCTTTCTCCAGAGTCAATGCTACTGCCATGAATTTGATTGCTATTGATTTTTTTCTGACAAGTCATCCTTTAAGTAATATTTTTATTTGCTGTTCTGTGAAGTGCTGTAGTGAAATACAAAGAGTTGGTTGCTGATTTTAACAAGAGGTTTTTCAATTCCCTTTTTAATATTTATAAGTCTCTTTTAAGCAGGCCCAAAAGTGACTGCACAAATGTGCTTCTCCCTTTTCCTTTATGCACAAATATGTCTGCTGCCTCTTAACTTCCAGCGTCGGTGCAGCTGTTACAAAACACAGCACAGCAAATTAAGAGGTGCTTATTGGGTAGTTCCAGAAAAATGCATGGGACTGACCTGCAGCAACTGCAGAAACAGAAGCAGCCATAGGCTGAATGGTACTGGTTGTGGCAGAGCAGTGTGAAATTCTCAGAGTCTCAGATTGTTGTGAAGAGCTCATCAGGAGAGGGTAGCGCTATTTCTGCCAATAGCAGAGCTCCAGGGTTTGATAGTCTCTCCTTAGAAAAATTAAATCCTATGGGGCCTTTAAAAATCTCATGAGTTACATCTACACTGTGTTGAAATGTGGTGTAACTCCAACCTGTGAACTGTGGGAACACTAGAGCAAAGAAAAAGAAAATGTAATATGAATACATCTCACTTAGTAGACTATTTGCCTGAGTGTTAGGAAATAACCTTTTTCTTTCCTCAGCCTGTTTTTATTTCACATCCTTTCCTTGCTCATAGACGGGCAGGGCATTCAGTTTGCACAAGGATCCAGTTCTCTGAGTGGTGCTGGTGGCAGGGCTAAGGTCCAGCTGCAAAGCTTGCAAAAGAAATGTGAAATCTTTGACACGATGTATGCTCTTGTGAGTCCTCTGTGCTCTGGCTTGGAATGTCCTGCAGATTAGAAATAGTATAACTGCATCGTAATTAGAGGTACCTTTCTGAGAGATTTTTTGTGCCCACGTGTTAACTCAGAATTGCCTGTACTCATGTACATAGTTAACATAGGTTAACGTTAGAATTTTTAGTGTCTCCAAGAATAGAGAACTACTTGATCATCACTTGATCAAAAGATTGTTACTACTGTGAGTTTAAATGTATGGACCATCTCACTGTTATAGGGATTTAAATTCTACATCTTCCGGCTTTCCTTCTCTTCCATCAAACCAGTGCATGTAGTTATCTTGTTCTATTTTGCATCTTCTTTTCCCTCCTTATTCTAAAGTATTTCAGCTGCTGCTGTGTCAGGCATATGACTTGTAATGTTTATTAATATTGAATCGCTGCTGCAAAAACTTGATGCCTCTGAGAGGCTTCCTAATGAAGCATGGTGTTTTATTTCAGATCTCACCCATCCTGCATGTTGGATATATTCTCAGATGTTGTGCAGTCACTGAGCTGACAGTTATGGAACCTCACCAGGGACCTCGTTTCAGCAGGACATATTTGAGCAGAAACAGTTTGCAGAACTTTATACACTTAAACTCCTGCCAAGGCAAACTCGTAGTCACTTGAGTTAGTTATAAATACCCAGTGGCAGTGGTTGGAAGTAGCCCTCGGTGCATTTTATATTCTGAGCTGAATGTGAATGTCTTTGCGGTTATATAGAGTAGTAAATAATTGAGTTTGATTAGGGAGAGGGACCTCATTATCCCCCCACCTGTGCCCAGCTGGTAGGGGAGGGTCGAAATGAAGCCATTAGCTGTCTCTCTTACTGGCATCTCAAAGAGCTCAAATACATCTGTGTCTTATTTTCTTTTCTGGCACAATCAGTCGAGCAAGCTAAGCAGGCATGACCGAATTTGGCAAGTTCCAAGGACTCTGGCAAAGTTACACAAGGAGAAGACGGAGGGCAGTCGTTCTGGCTCCTAACTGCCCATTAGTCTAGCGAGTTATGCTTTTGGAAAATGTCTGTTGTGGGAAGGAGTACTTTGTCCAATGTCAAACATGGCATTCTCAAACAATCCTCTTTGATGTTGAATATGATTTGTCAGAAGGAGTCAAACAAAGCACCGCATTCATGTAAATGTAGACTCCTTGAGATGATGAAGTAATACCTGAAAGACTTTGAAGGAAGGTAGCTTAAAATAAATCTGTACTACCATTTAGGGCTTTTTCCTTGGAAATTTTATTATCACAACTTGACATACAATATCTAATGGTGTTTCTAGGAGTTGTAACTCAGCTGCCAGTTGGCACATAGATGGAATTTGGCATGCGGTTCTTCTGATCTGCAGTGCCTTTTTCTGTTTTAATATCATGTTTAAATTGCTTTGACTATTTTATATATTTTTTTTCAAAGCAGTACCACTGTTATACCTGATAGATTAGGGTTTGAAACATTTAAAAAATCCCAGGCTTTCATAGTACATTTACAAATTCAATTCAGAGCTTTGAAATGGCTGTAACTTTGCTTACAGAAGTGCTCCCCAGAAAAAGCCTCTGACCAGTTTTCATGTGGGTGTAGGTAGTTGGCAAAATCTATTTTAGAATATTCATAAAATGCGAATTTAAGGAAGTTAACATAGGTGTGAAGTGAAGAGGGCAGAGCCCCAAGAGAGCAAATGCAGAGGGGTGGGGTTCCCCAAGGAAGGCCCAAGGTTCAGAGGAAGCTGACATGTCTTATGTTAGCCTATAGTAGGGTCAAGATGCAGCCAATTAAACTCAAAAGCACACGGTTATGCAAGGCAAACCTTAGATCCACAATGGCAAAATCATTTAGGCTCAGAGTTAAACCTATGGCTGGCATAGTCATTCTGGTTCATATCACTGTGTACTTCATCTGCAAAATTACCCAGCTTAAGTTAAGCACGTTACATCAGCTGGGATTTTTAGTCTTAACTTGGACTCTGTGCTGCTCAAATCAAGATCATTATTCATCGTTCCTGGATGCTTTCAGCCATGCCAGCCTTGCAAGCTTTAAGTGCTCTAAATTCTGATTCAGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAAAGAAAATGGATTGGAAAGGCATCTTTTGGAGAAGTTTGCTTCTCATTCAGACCAGAAGCCTTTCATCTTCAAAAAGGTATTTCTTTCTGTTTTTGCACCATCCAGGCCCACGGAGGGGCTGCTGCCCGTGTCCATGCTGCCGCCTCCCCCAGCAGCGCCTGCTGCAGCCATCGCCTCTCCTCTTGTTTTCTTTTTCCTCTCCTGAACCTTGCCACCCTGGCTCCAGCTCTCAGGCTGTAAAAGAAGATGGAAAGCCAAGTTACCGCAGAATGATCACTATCATTAACATTCACGGGTGGTTCACTTATCATTCCTGACTGCACAGACATGGCAGCCGTTATGAAACGTCCACAGGTGTAGCACGATGATACATATTACATTGTGCCACAATGGATTTATGTATTCTGTAACAAAAGAAAAGTGTAATGAAAAAATACAGAAGGTAATCCTTTATTCCTCCACTGCACAATTTATCAGTAATGCCTGTGGATGATAAGTGCCAGGGATTTCCTTTGCTTGATTTAACCTTGTCACCCAGGTATGTTTGTGCAAAATGACAGAAAATACAAGCTAAGGAGTCTCTTTGGCTTCTAATTTGTAAGGAGCAATTTTAATTGGTAGAATGGCATCTGCTTTTCTGCTCTGCTTCCTAGCGTGTGGTGTTGAGCAGAATAAGCTACAACATATGCAATTTATAATGGTAATTAAGGAAATGCTGGAGTTAGGTTGGATGAGGACAGTTCGTGTACACCGCTGTAAAAGAACGGGACAAGGCTGGCGTGGTGCACAAGGACGTGTTTCCTCCAGAGTAGCTCCTGTGGGCGCATTGCCGTGGGCTGCTGATGTTCCAGAGCAGGACAATGGGACTGACCCAGGGGTGCTGAGCAACCGTCAGCCCCCAGGCTGTGCCGTTCGGGGGAAGAGTGCGGTCTGCTCGTTGAACTGGAGTGAAGGGAGGGAGGGACGGTGATCTGAACTCTGGCAACGCTAACGCTGCTGGCGGTGCTCCAGAGCAAATATCCAAAAGTTTACGAATGTGGAGTGCGCTTTACATTTCATTGCTCTTGCCAAAGTCTCACTTACTGGATAGCACACTAAATATAGTAAAACACAGAGGTTTTTCTTATTTTGCTTTGATCGGTAAAATAAACTTTTAAAGATCGTTCTGGGATGAGATCCAGCTTCTGAAGCAAAGAATGGCCGGGGCTCAGGCATGATTTAGTAGTAGAGTGTCAGGAAAATCAGGCTGACAGTTCTCAGGCCAGCTGCTCAATAGAAGGAAT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Seq C2 exon
AAACGCTGCTCATGGATTCTCACTTATTCAGGTGGACAGTATGAAGGTCACCATGAAAGATATCTTGCAAAAAGCCTTAAAGAGAAGGAAAGGATCACAGAGAGGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000977:ENSGALT00000001443:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.117 A=NA C2=0.193
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(8.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]