RnoINT0089566 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017583 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1305363]
Coordinates
chr3:13587930-13602354:+
Coord C1 exon
chr3:13587930-13588106
Coord A exon
chr3:13588107-13602244
Coord C2 exon
chr3:13602245-13602354
Length
14138 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
CTTGTTGTCTTTTTCCGCAGAAA
3' ss Score
11.71
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACAACGTCAGTGCCTACTGCCTGCATATTGCTGAGGATGATGGGGAGGTGGACACGGATTTCCCACCGCTGGATTCCAATGAACCCATTCATAAGTTTGGCTTCAGTACTTTGGCCCTGGTTGAAAAGTACTCTTCCCCTGGTCTGACCTCCAAAGAGTCGCTCTTTGTTCGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGCTGCCCATGGGTTCTCCCTCATCCAGGTGGACAACACGAAGGTCACCATGAAGGAGATCTTACTCAAGGCACTGAAACGAAGAAAAGGGTCCCAGAAAATTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017583:ENSRNOT00000023889:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.117 A=NA C2=0.026
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(8.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]