BtaINT0089776 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010271 | MAPKAP1
Description
Bos taurus mitogen-activated protein kinase associated protein 1 (MAPKAP1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001081603]
Coordinates
chr11:96372550-96387160:-
Coord C1 exon
chr11:96386984-96387160
Coord A exon
chr11:96372660-96386983
Coord C2 exon
chr11:96372550-96372659
Length
14324 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
ATATTTGTCTTTTCCTGCAGAAA
3' ss Score
11.86
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACAATGTCAGTGCCTACTGCCTGCATATTGCCGAGGATGACGGGGAGGTTGACACAGACTTTCCCCCACTGGATTCCAACGAGCCCATTCATAAGTTTGGCTTCAGTACTTTGGCCCTGGTTGAAAAGTATTCATCTCCTGGTCTGACATCCAAAGAGTCGCTCTTTGTTCGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGCTGCTCATGGATTCTCCCTTATTCAGGTGGACAACACAAAGGTCACCATGAAAGAAATCTTGCTAAAGGCAGTGAAGCGAAGAAAAGGATCCCAGAAAATTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000010271:ENSBTAT00000013577:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.117 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(8.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development