MmuINT0095642 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34518673-34533897:+
Coord C1 exon
chr2:34518673-34518849
Coord A exon
chr2:34518850-34533787
Coord C2 exon
chr2:34533788-34533897
Length
14938 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
GTTCTTGTCTTTCCCTACAGAAA
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TGACAATGTCAGTGCCTACTGCCTGCATATTGCTGAGGATGATGGGGAGGTCGACACGGATTTTCCGCCACTGGATTCCAATGAGCCCATTCATAAGTTTGGCTTCAGTACTTTGGCCCTGGTTGAAAAATACTCCTCTCCTGGTCTGACCTCCAAAGAGTCGCTCTTTGTTCGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATGCTGCTCATGGATTCTCCCTTATCCAAGTAGACAACACAAAGGTCACCATGAAGGAGATCTTGCTCAAGGCAGTGAAAAGAAGAAAAGGATCCCAGAAAATTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038696:ENSMUST00000147337:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.117 A=NA C2=0.048
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(20.4=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(12.1=100),PF054227=SIN1=PU(1.6=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types