GgaINT0126524 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000977 | MAPKAP1
Description
Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9W6S3]
Coordinates
chr17:9678680-9686365:-
Coord C1 exon
chr17:9686189-9686365
Coord A exon
chr17:9678790-9686188
Coord C2 exon
chr17:9678680-9678789
Length
7399 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
TATGTACCTCTGTCTTGCAGAAA
3' ss Score
10.05
Exon sequences
Seq C1 exon
CGACAACGTCAGTGCCTACTGCCTCCATATTGCTGAGGACGATGGTGAGGTTGACACAGATTTCCCACCCTTGGATTCCAACGAGCCCATTCACAAGTTTGGCTTCAGCACTCTGGCGTTGGTTGAAAAGTACTCCTCTCCCGGCCTGGCAGCAAAACAGTCTCTCTTTGTCCGAAT
Seq A exon
GTGAGTATGGATGTGAACCGTACCGCCACCTCCACATCCTTTTTCTTCCCTATTTTTCTTCATCTGAACATAGCGGGACTGAGCAGGCCGTGTATCTACAGCCCTCTGGAGGCGTGCTGCAGTGGGCGGCGGGGGGAAGCAGAGTTGGCCGCAATGGGCGGTGAGCCTGCGGTGGTGGGCTGAGTGTGCAGAGAGCTCAGTGAGCCCTTCTGTCTATGGTCAGCGTGGAGAATGTGGAACTATTGCACTCTGTTTTTAAACTCAGATAGCCATAATTATTTCACAAATCGCTGATAACATCAGCCACATCATAAGTGGAAAAGTGTTTAATGCTTGGATCTCTTGAAATGAAAATGAGAATGTTTCTTAGAGACATTCAAATGGAAAGAAATGTGAGAAATTCCACATGCATTCCCCAAATGCTCATTCACTTCCACTAAATTCTTGTGCACTTCCTCTGCACTATGTCACTGGAAAAGAAAATATTCTGTCAACAGCATTTACAAATAATTTATTCAAGGTAAAACATATTCAGCCCTGCTGAACTGGATGCAGCAGTGTGGAAGCTGATGCAAGGAGCAGCTGGAGCAGTCTTGCCAGTCACATTGCAAGTCCTCCTTCAGTTTGTGCAGGCGATGGCTCCTCTGTCTGCGGAACTGCAGGGTTTAATTTCTTCCACCTGACTGAGGAATGCTGGATGTTTTATCGGAAAGAGGGAATCTCTCTTTCTACATGCCTTTCTCCAGAGTCAATGCTACTGCCATGAATTTGATTGCTATTGATTTTTTTCTGACAAGTCATCCTTTAAGTAATATTTTTATTTGCTGTTCTGTGAAGTGCTGTAGTGAAATACAAAGAGTTGGTTGCTGATTTTAACAAGAGGTTTTTCAATTCCCTTTTTAATATTTATAAGTCTCTTTTAAGCAGGCCCAAAAGTGACTGCACAAATGTGCTTCTCCCTTTTCCTTTATGCACAAATATGTCTGCTGCCTCTTAACTTCCAGCGTCGGTGCAGCTGTTACAAAACACAGCACAGCAAATTAAGAGGTGCTTATTGGGTAGTTCCAGAAAAATGCATGGGACTGACCTGCAGCAACTGCAGAAACAGAAGCAGCCATAGGCTGAATGGTACTGGTTGTGGCAGAGCAGTGTGAAATTCTCAGAGTCTCAGATTGTTGTGAAGAGCTCATCAGGAGAGGGTAGCGCTATTTCTGCCAATAGCAGAGCTCCAGGGTTTGATAGTCTCTCCTTAGAAAAATTAAATCCTATGGGGCCTTTAAAAATCTCATGAGTTACATCTACACTGTGTTGAAATGTGGTGTAACTCCAACCTGTGAACTGTGGGAACACTAGAGCAAAGAAAAAGAAAATGTAATATGAATACATCTCACTTAGTAGACTATTTGCCTGAGTGTTAGGAAATAACCTTTTTCTTTCCTCAGCCTGTTTTTATTTCACATCCTTTCCTTGCTCATAGACGGGCAGGGCATTCAGTTTGCACAAGGATCCAGTTCTCTGAGTGGTGCTGGTGGCAGGGCTAAGGTCCAGCTGCAAAGCTTGCAAAAGAAATGTGAAATCTTTGACACGATGTATGCTCTTGTGAGTCCTCTGTGCTCTGGCTTGGAATGTCCTGCAGATTAGAAATAGTATAACTGCATCGTAATTAGAGGTACCTTTCTGAGAGATTTTTTGTGCCCACGTGTTAACTCAGAATTGCCTGTACTCATGTACATAGTTAACATAGGTTAACGTTAGAATTTTTAGTGTCTCCAAGAATAGAGAACTACTTGATCATCACTTGATCAAAAGATTGTTACTACTGTGAGTTTAAATGTATGGACCATCTCACTGTTATAGGGATTTAAATTCTACATCTTCCGGCTTTCCTTCTCTTCCATCAAACCAGTGCATGTAGTTATCTTGTTCTATTTTGCATCTTCTTTTCCCTCCTTATTCTAAAGTATTTCAGCTGCTGCTGTGTCAGGCATATGACTTGTAATGTTTATTAATATTGAATCGCTGCTGCAAAAACTTGATGCCTCTGAGAGGCTTCCTAATGAAGCATGGTGTTTTATTTCAGATCTCACCCATCCTGCATGTTGGATATATTCTCAGATGTTGTGCAGTCACTGAGCTGACAGTTATGGAACCTCACCAGGGACCTCGTTTCAGCAGGACATATTTGAGCAGAAACAGTTTGCAGAACTTTATACACTTAAACTCCTGCCAAGGCAAACTCGTAGTCACTTGAGTTAGTTATAAATACCCAGTGGCAGTGGTTGGAAGTAGCCCTCGGTGCATTTTATATTCTGAGCTGAATGTGAATGTCTTTGCGGTTATATAGAGTAGTAAATAATTGAGTTTGATTAGGGAGAGGGACCTCATTATCCCCCCACCTGTGCCCAGCTGGTAGGGGAGGGTCGAAATGAAGCCATTAGCTGTCTCTCTTACTGGCATCTCAAAGAGCTCAAATACATCTGTGTCTTATTTTCTTTTCTGGCACAATCAGTCGAGCAAGCTAAGCAGGCATGACCGAATTTGGCAAGTTCCAAGGACTCTGGCAAAGTTACACAAGGAGAAGACGGAGGGCAGTCGTTCTGGCTCCTAACTGCCCATTAGTCTAGCGAGTTATGCTTTTGGAAAATGTCTGTTGTGGGAAGGAGTACTTTGTCCAATGTCAAACATGGCATTCTCAAACAATCCTCTTTGATGTTGAATATGATTTGTCAGAAGGAGTCAAACAAAGCACCGCATTCATGTAAATGTAGACTCCTTGAGATGATGAAGTAATACCTGAAAGACTTTGAAGGAAGGTAGCTTAAAATAAATCTGTACTACCATTTAGGGCTTTTTCCTTGGAAATTTTATTATCACAACTTGACATACAATATCTAATGGTGTTTCTAGGAGTTGTAACTCAGCTGCCAGTTGGCACATAGATGGAATTTGGCATGCGGTTCTTCTGATCTGCAGTGCCTTTTTCTGTTTTAATATCATGTTTAAATTGCTTTGACTATTTTATATATTTTTTTTCAAAGCAGTACCACTGTTATACCTGATAGATTAGGGTTTGAAACATTTAAAAAATCCCAGGCTTTCATAGTACATTTACAAATTCAATTCAGAGCTTTGAAATGGCTGTAACTTTGCTTACAGAAGTGCTCCCCAGAAAAAGCCTCTGACCAGTTTTCATGTGGGTGTAGGTAGTTGGCAAAATCTATTTTAGAATATTCATAAAATGCGAATTTAAGGAAGTTAACATAGGTGTGAAGTGAAGAGGGCAGAGCCCCAAGAGAGCAAATGCAGAGGGGTGGGGTTCCCCAAGGAAGGCCCAAGGTTCAGAGGAAGCTGACATGTCTTATGTTAGCCTATAGTAGGGTCAAGATGCAGCCAATTAAACTCAAAAGCACACGGTTATGCAAGGCAAACCTTAGATCCACAATGGCAAAATCATTTAGGCTCAGAGTTAAACCTATGGCTGGCATAGTCATTCTGGTTCATATCACTGTGTACTTCATCTGCAAAATTACCCAGCTTAAGTTAAGCACGTTACATCAGCTGGGATTTTTAGTCTTAACTTGGACTCTGTGCTGCTCAAATCAAGATCATTATTCATCGTTCCTGGATGCTTTCAGCCATGCCAGCCTTGCAAGCTTTAAGTGCTCTAAATTCTGATTCAGAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAAAGAAAATGGATTGGAAAGGCATCTTTTGGAGAAGTTTGCTTCTCATTCAGACCAGAAGCCTTTCATCTTCAAAAAGGTATTTCTTTCTGTTTTTGCACCATCCAGGCCCACGGAGGGGCTGCTGCCCGTGTCCATGCTGCCGCCTCCCCCAGCAGCGCCTGCTGCAGCCATCGCCTCTCCTCTTGTTTTCTTTTTCCTCTCCTGAACCTTGCCACCCTGGCTCCAGCTCTCAGGCTGTAAAAGAAGATGGAAAGCCAAGTTACCGCAGAATGATCACTATCATTAACATTCACGGGTGGTTCACTTATCATTCCTGACTGCACAGACATGGCAGCCGTTATGAAACGTCCACAGGTGTAGCACGATGATACATATTACATTGTGCCACAATGGATTTATGTATTCTGTAACAAAAGAAAAGTGTAATGAAAAAATACAGAAGGTAATCCTTTATTCCTCCACTGCACAATTTATCAGTAATGCCTGTGGATGATAAGTGCCAGGGATTTCCTTTGCTTGATTTAACCTTGTCACCCAGGTATGTTTGTGCAAAATGACAGAAAATACAAGCTAAGGAGTCTCTTTGGCTTCTAATTTGTAAGGAGCAATTTTAATTGGTAGAATGGCATCTGCTTTTCTGCTCTGCTTCCTAGCGTGTGGTGTTGAGCAGAATAAGCTACAACATATGCAATTTATAATGGTAATTAAGGAAATGCTGGAGTTAGGTTGGGTGAGGACAGTTCGTGTACACCGCTGTTGCAGAGCGGGACAAGGCTGGCGTGGTGCACAAGGACGTGTTTCCTCCAGAGTAGCTCCTGTGGGCGCATTGCCGTGGGCTGCTGATGTTCCAGAGCAGGACAATGGGACTGACCCAGGGGTGCTGAGCAACCGTCAGCCCCCAGGCTGTGCCGTTCGGGGGAAGAGTGCGGTCTGCTCGTTGAACTGGAGTGAAGGGAGGGAGGGACGGTGATCTGAACTCTGGCAACGCTAACGCTGCTGGCGGTGCTCCAGAGCAAATATCCAAAAGTTTACGAATGTGGAGTGCGCTTTACATTTCATTGCTCTTGCCAAAGTCTCACTTACTGGATAGCACACTAAATATAGTAAAACACAGAGGTTTTTCTTATTTTGCTTTGATCGGTAAAATAAACTTTTAAAGATCGTTCTGGGATGAGATCCAGCTTCTGAAGCAAAGAATGGCCGGGGCTCAGGCATGATTTAGTAGTAGAGTGTCAGGAAAATCAGGCTGACAGTTCTCAGGCCAGCTGCTCAATAGAAGGAAT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Seq C2 exon
AAACGCTGCTCATGGATTCTCACTTATTCAGGTGGACAGTATGAAGGTCACCATGAAAGATATCTTGCAAAAAGCCTTAAAGAGAAGGAAAGGATCACAGAGAGGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000977:ENSGALT00000001443:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.117 A=NA C2=0.184
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(8.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]