MmuINT0137359 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039087 | Rreb1
Description
ras responsive element binding protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443664]
Coordinates
chr13:38008328-38039532:+
Coord C1 exon
chr13:38008328-38008464
Coord A exon
chr13:38008465-38038725
Coord C2 exon
chr13:38038726-38039532
Length
30261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGG
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
CTGTCTGCTTGCTTACACAGACA
3' ss Score
8.64
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039087-Rreb1:NR_033615:8
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.174 A=NA C2=0.926
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: