MmuINT0164445 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022858 | Tra2b
Description
transformer 2 beta homolog (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:106016]
Coordinates
chr16:22255057-22266002:-
Coord C1 exon
chr16:22265814-22266002
Coord A exon
chr16:22255191-22265813
Coord C2 exon
chr16:22255057-22255190
Length
10623 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
CTTTTGACATCTGCGTGTAGGAA
3' ss Score
6.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAGACCGGTGCGGAGGTGGTGCGGAGCGTGTCGGCTTCGAGCTCCTCGCAAAAGTGTGGCGTCGCGCTAGGCTGCGGCGGAGCCTCTGTAAGGAAGGCGGGAGCTTGACAGCTTCAGGAAAGGCCCGTAGCGGTGACAGCGACCCGGAGTCATGAGCGACAGCGGCGAGCAGAACTACGGCGAGCGG
Seq A exon
GTAAGCGCGGAGTTGCGCGGGCGGCCGCGGTCCCCACCCTGCTACTTCTTCTAGGCCTCTCGGCCCGGTGCAGCCGGGTGTCGGGAGCCTGACGTGCGGAGGGAGCCGGGGCGCCGGAGGGCCTGGTGGCCGGCGCTTCTCGTCGGAGGGAGGCCGCGGGCGGGCTGTGTGCCTCGCACCCGCCACGACCGTTTTTTTTTTTTTTCCTTTCCCCCCGTTACGGGGCGGGGGGAGGCTAAAGATGGCCGCGGCGTCCGTCGGCGTTGGGGGATGGGAACGGTATCTTCTTTCGCCGTTGCTCTCCTGCGAAGCCGCGCCGCAGCCATCTTGGGCTCGCGGGCCGGGCGCGCTGCCAGAGGCACAAAATGGCGGAGCCGCCGCTCCCTGCAGCCAGGCTTTGCCGCCTCGCCACCCGGGGTCCAAGGGTGAAGCGGAGAAAAGCCACGTGTGGCCGGGAGCCTATGGGGACTGACTGATGCTTTTCGGTTGATGGAGGGCCTCCTGGTCCCGGTAAGGGACAGCTAGCTGTAGGGGGCTCTTGGAGCATCTGGAGACGGAAACGGCTGAGGGGGATTGGGGGCCCCGTTAGTTGGAGGGCTTTGTGCTACAGCGTTTCTCCCATTGTTGAGAGCTTACTGGAATAGAACGCAAGGTCGTTAGGCGTTGTTGTATAGAGCCTCCCTACCCCTGGGGGGACTTGGGAAGGAGAAACCATTGGCGACAATTGATGGCGCTATTAAACTCTGAAGTCGACGGGATTTTATTTTTAAGCTTCCACCTCCCAGAGGGTGAAAATCGGTAGAGGTTGATTAGATTGTATACAATGGGCCTGGACTAGACCCAGCCCCAAAGCTGAACAAATGAGGCGCATGTGGCGTGGCTGTAGAGTTTAGATTAAAAACTGTCACGTGAAGATGCGGAAGTCCAGGGCTCAGTGAACAGGTAATTGCAGTTTGGAAACGGCTTACAAGCATCATAAGAATGGCTGTTTTGCCCTTCCTGTACTAACGTTTTTATTTTCGCAAAAAGTTCACAGGAACACTTAACCACTAGTTCACAGTTTATTTTTTTGGTTAGTAAACTCTAAAAGGCCTTTGACGGTTTGGTAGAGAGCATTCTTGGACTTCCATGGTGAACTTGAACCCAAAAAGAGTAATTTGAACGGATGTAATCTTTTATATACGGAGATGAGTCCCTAAGACAATTTAAAGTTCAGTGTCAACCAGTGCGTGCCTTTTACCTAAGGAAAGAAAGCGATGGGGGAGTGGGACAGAATGTTGTTTTTCTGATAATGGAGAATGGGACCTAGTCTCAGTGATGGGCAAGCCCCTACTACTAAACTACATCCCAACTTGTAAGTTCGTATTGTTTGAGCTCCTAATTTCACCCACATGTACCTTACGATGTTGAGCCTGCCTTCCGAAGTTGAAGTTAGTCTGTTTAGAATTAAAAGCAAATAGTTTTTTGTTGTTGCTTTGGGACTAAATAGGTATGCATCATCATACCTGTGGAAATTTTTCCTAGTATTAGCTGTGGGTCACATTACTCAAGGGAGAAAAAAAGCAATTGAATGAAAGTGGGTACCATTTTGAAAGAGCTGAGAAATTGTTACTCCTGTTAGAGGTTTGGTTTTTTTGTTTTTAGTAAGATGCACCTTCTGGTGATTTTCAATATTTGAGGTAGAGTTACTCTATGTCCCTGTCTTGGAACTTAGCTCTGTAGACCAGGCTAGTCTCAACCCCAGGCGTTTGCCTGCCTCTGCCTCCCTAATGCTGTGGTTTAAGGTGTGAATCAACACATCCTGCTGACCTGACTACTTAATTGGAAATAATTGGGGGGAAAAAGTACTAAAAATCGACTTTCTGATTTATTTCTAAACTTGAAAGTTGTGTAATACTTAAACTCAAATTTTTTGTTTTTAGAGACTTTGTTGTAGCTCTGCCTGTATTGTATTTACCTCAAATATTGAGGTAAACTCAAATTATGTATACCAGGCTGGCTGGCTTCAAACTCATGAGATTCTCCTGCCTCTGGTTTCTGAGTACTGAGGTTAAAAACTCCTGGAGGTGTGTGCACGATCCCCTTTTTGGGCCATGTGTACAATTTTGAGCTACCTGATGTGGTGGGTAGTGGGGCACAAACCCTGCTCTTCCTAAAGTCAGTAAGTACTCTTAACTGCTGGGCCAATTCTCCAGCCCTGTTTTTAATTTAATTTTTTGCTTTTCAATTGAAATCTTGGGATGAGTGGAAAACTGAAACATTTAGCTGAACTTTTTTCAAGAAGGCTTGCCAAAACAAAAGTTCAGAGATGAGGTTTAAAAATACTTCAGGGTAAGCTGGGCAGAGTGTTGCAGGTTTGTAAATCCTAGCTGCTTATCCTGGATAGGATTCAGAGTTCAAGATATCTGGGTAAATTATTTAGTAAGACTGAACATTTTCCTCCAAAGGAATAAGGGGTAGTTTAAGGACTGGTTGTGTAACTCAGATTGCTTGCCTGCCATGTAGCCTCCTTATACACAAACATAGCAAGACCAGATCTGATGATTATCAGATTCACCCTCCCTTTTATTATAAGTGTAAAAGTCATGTTCAAAGTAATTGCCTTAGATATGCCTGGTATAACCACCTATCTCTGGAACCTGAAAATGAGTTTCATTGACTTCTAGACCCTTGGAGTTGATAATGTACATGGTATAAATTGTTAAGCTCCCTGGAATCTCAGTAGTGACTACCTCTCTTCCTGTGGACACTGCCACACTTCTGGATTCCCTCAAACCCTTTAGGCTTTCAAGGTTGTTTCCTAAACAGACTGATTGTGTGAAATAGTGTTTAGTTTGGTCACAAAATTTATTGGATGGATGTTAGCTCCGTTGCAGTATGTTCTCATTCTTTGCTATCTGTAGTATTTATTGAGTTGAGTGGTTTTTTTCTGACTTATTTTAAAGTTGGTGTAATTAAAATCTCTTCTAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATTTCAAGACAGGGTTTCTCCATATAGCCCTGGCTGTCCTGGATGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGACGTGCACCACCGCACCTGGCTGCTTCTAGTACTTTTAAATTATTCATTTTGTAAAGCACCTTTTCTTTGAAGGAAAAACACTGCCACTCAATGTAAAGTAATATTGGTGTTAATATTTGAAAACCCAGTAATAGTTCCATTATAGGCTGTGAGGCTTTTATTCATTTTGATGGTCCACTTAGCATAAAATTCTAACTTCTTTGAGATTGTGAATTTGAGTCTTTGTCCTGAAAAGCCAGAAACTAAGGATTGTACAAGCTAGATAATTTAAAATTTTTGTTAGGCTACTTTATGACTGTAGTAGCCAAGAGGTTAAAGAAAAGTTTGGAATTAGCAAATATTGTGGTACGGTAGTAGCTGTGTAGAGAGTGTGCTTGAAACATAAGCCATCTGAATCAAGTAGTAGCTTCGGGACACCACCCCATCCAATTGCCTTTCAAATTCTGCAGTTTATCTATCCTGTGATAGATACCTTTGTATATTCCTTGCTTTTATCCCTTAACTCTAAATTCTCGTTTTTAAAACTAAAACATTTATTTCTAAAATAATTCTGGCTTTACACACAGTTTTCATTAACAGAGGGTTCAATTAATGTGGCAAGTTTAAGAAAATTGTTTGCATACTTTTTTCATTGCTGACTAGACAGGTATAAGTCTCTTGAAACTGGAATTGTTTTCTTTGGCTTAAATAAGAATGCCTGTTAATATTGTGGCTATTGTTAAAATAGAAAGTGGTATTTTCAAGGCGAAGTTACAAATGATTTTACAAGGTAAGTACTACTGGTTTTGCTGAAAACTTGAAGAGGAATTTGTCTTGTTTGTACAGCCTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTCAGCAAAACCACAAACATGCTAAAAATGAATACTTTTAACCTTGACTTTGTAATTTGGCCAAGTCATTGATTAGAGCTATGGTGTATGTGTCCAGGGTTTTATTGTTAATTAGTATTTATACACAGCTATTGTTTTCTAAGGCGGCATGGTGATTATTTTAGAAATTAGTGCATTTACACAGCTTATTATTGTAGGATGTGAGCCTTTATAGAACTAACTTATCATTGTTTATCAGGTCAAAATTGACTAGCAACTTATAGTCTCCAAATCATTGCTTTGGAGGCTATTTTCAGGTTACTTACTGGCATAGATTTTCATGTGCCAATTTGGATGGGGCCCTTTTCTGCATTAAAAGTTTTTGTGCAGCCGGGCGGTGGTGGCGCACGCCTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGAGGATTTCTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAACCAAAAGTTTTTGTGCTTAGATAGTGGAAAGAAGTTTCTAATAAAAAAAACATGTGCTTTTGAGAGAAAGAATTGTTACCAACATAAGTTTAAAGTTTGGTATTTTTTGCAAGTTTATAAAAAGCAGACTTTACAGCTAGTATAGGTATGTCCCTGTCTCCCACCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTAAAGAAACTACTTAAGCATTTGAAGATTTTTCTCCTCCATCCTTGTAATGCTTGGAGGGGAAAAAAAGTAGAAGATGCCAGGGACTACTGCATTTGGGAGGTGGAGGCAGGAGGATTGGGTGGGTCATCTAAAGCTTTATAGTGACTTTGATGCCATTCTTGGCTACATGAGACTGGCTCCCAAAAGCCCTTTATTCATTTCTATGCTGATCTTTTCTTTCTGTAGCAAAGTGGACTTTTTCTTTGTTCATCTCATTTTGTTATTAAACTACTCCCCCAGTAAAGTGTTTTTCTAAGTAGGATCCTTTTTCAACCAAATATGCTAGCTCAGTACT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Seq C2 exon
GAATCCCGTTCTGCTTCCCGAAGTGGAAGTGCTCACGGATCGGGGAAATCTGCACGGCATACACCTGCAAGGTCTCGCTCCAAGGAAGACTCAAGGCGTTCTAGATCAAAGTCCAGGTCCAGGTCTGAATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022858-Tra2b:NM_009186:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: