Special

MmuINT0164445 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
transformer 2 beta homolog (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:106016]
Coordinates
chr16:22255057-22266002:-
Coord C1 exon
chr16:22265814-22266002
Coord A exon
chr16:22255191-22265813
Coord C2 exon
chr16:22255057-22255190
Length
10623 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
CTTTTGACATCTGCGTGTAGGAA
3' ss Score
6.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAGACCGGTGCGGAGGTGGTGCGGAGCGTGTCGGCTTCGAGCTCCTCGCAAAAGTGTGGCGTCGCGCTAGGCTGCGGCGGAGCCTCTGTAAGGAAGGCGGGAGCTTGACAGCTTCAGGAAAGGCCCGTAGCGGTGACAGCGACCCGGAGTCATGAGCGACAGCGGCGAGCAGAACTACGGCGAGCGG
Seq A exon
GTAAGCGCGGAGTTGCGCGGGCGGCCGCGGTCCCCACCCTGCTACTTCTTCTAGGCCTCTCGGCCCGGTGCAGCCGGGTGTCGGGAGCCTGACGTGCGGAGGGAGCCGGGGCGCCGGAGGGCCTGGTGGCCGGCGCTTCTCGTCGGAGGGAGGCCGCGGGCGGGCTGTGTGCCTCGCACCCGCCACGACCGTTTTTTTTTTTTTTCCTTTCCCCCCGTTACGGGGCGGGGGGAGGCTAAAGATGGCCGCGGCGTCCGTCGGCGTTGGGGGATGGGAACGGTATCTTCTTTCGCCGTTGCTCTCCTGCGAAGCCGCGCCGCAGCCATCTTGGGCTCGCGGGCCGGGCGCGCTGCCAGAGGCACAAAATGGCGGAGCCGCCGCTCCCTGCAGCCAGGCTTTGCCGCCTCGCCACCCGGGGTCCAAGGGTGAAGCGGAGAAAAGCCACGTGTGGCCGGGAGCCTATGGGGACTGACTGATGCTTTTCGGTTGATGGAGGGCCTCCTGGTCCCGGTAAGGGACAGCTAGCTGTAGGGGGCTCTTGGAGCATCTGGAGACGGAAACGGCTGAGGGGGATTGGGGGCCCCGTTAGTTGGAGGGCTTTGTGCTACAGCGTTTCTCCCATTGTTGAGAGCTTACTGGAATAGAACGCAAGGTCGTTAGGCGTTGTTGTATAGAGCCTCCCTACCCCTGGGGGGACTTGGGAAGGAGAAACCATTGGCGACAATTGATGGCGCTATTAAACTCTGAAGTCGACGGGATTTTATTTTTAAGCTTCCACCTCCCAGAGGGTGAAAATCGGTAGAGGTTGATTAGATTGTATACAATGGGCCTGGACTAGACCCAGCCCCAAAGCTGAACAAATGAGGCGCATGTGGCGTGGCTGTAGAGTTTAGATTAAAAACTGTCACGTGAAGATGCGGAAGTCCAGGGCTCAGTGAACAGGTAATTGCAGTTTGGAAACGGCTTACAAGCATCATAAGAATGGCTGTTTTGCCCTTCCTGTACTAACGTTTTTATTTTCGCAAAAAGTTCACAGGAACACTTAACCACTAGTTCACAGTTTATTTTTTTGGTTAGTAAACTCTAAAAGGCCTTTGACGGTTTGGTAGAGAGCATTCTTGGACTTCCATGGTGAACTTGAACCCAAAAAGAGTAATTTGAACGGATGTAATCTTTTATATACGGAGATGAGTCCCTAAGACAATTTAAAGTTCAGTGTCAACCAGTGCGTGCCTTTTACCTAAGGAAAGAAAGCGATGGGGGAGTGGGACAGAATGTTGTTTTTCTGATAATGGAGAATGGGACCTAGTCTCAGTGATGGGCAAGCCCCTACTACTAAACTACATCCCAACTTGTAAGTTCGTATTGTTTGAGCTCCTAATTTCACCCACATGTACCTTACGATGTTGAGCCTGCCTTCCGAAGTTGAAGTTAGTCTGTTTAGAATTAAAAGCAAATAGTTTTTTGTTGTTGCTTTGGGACTAAATAGGTATGCATCATCATACCTGTGGAAATTTTTCCTAGTATTAGCTGTGGGTCACATTACTCAAGGGAGAAAAAAAGCAATTGAATGAAAGTGGGTACCATTTTGAAAGAGCTGAGAAATTGTTACTCCTGTTAGAGGTTTGGTTTTTTTGTTTTTAGTAAGATGCACCTTCTGGTGATTTTCAATATTTGAGGTAGAGTTACTCTATGTCCCTGTCTTGGAACTTAGCTCTGTAGACCAGGCTAGTCTCAACCCCAGGCGTTTGCCTGCCTCTGCCTCCCTAATGCTGTGGTTTAAGGTGTGAATCAACACATCCTGCTGACCTGACTACTTAATTGGAAATAATTGGGGGGAAAAAGTACTAAAAATCGACTTTCTGATTTATTTCTAAACTTGAAAGTTGTGTAATACTTAAACTCAAATTTTTTGTTTTTAGAGACTTTGTTGTAGCTCTGCCTGTATTGTATTTACCTCAAATATTGAGGTAAACTCAAATTATGTATACCAGGCTGGCTGGCTTCAAACTCATGAGATTCTCCTGCCTCTGGTTTCTGAGTACTGAGGTTAAAAACTCCTGGAGGTGTGTGCACGATCCCCTTTTTGGGCCATGTGTACAATTTTGAGCTACCTGATGTGGTGGGTAGTGGGGCACAAACCCTGCTCTTCCTAAAGTCAGTAAGTACTCTTAACTGCTGGGCCAATTCTCCAGCCCTGTTTTTAATTTAATTTTTTGCTTTTCAATTGAAATCTTGGGATGAGTGGAAAACTGAAACATTTAGCTGAACTTTTTTCAAGAAGGCTTGCCAAAACAAAAGTTCAGAGATGAGGTTTAAAAATACTTCAGGGTAAGCTGGGCAGAGTGTTGCAGGTTTGTAAATCCTAGCTGCTTATCCTGGATAGGATTCAGAGTTCAAGATATCTGGGTAAATTATTTAGTAAGACTGAACATTTTCCTCCAAAGGAATAAGGGGTAGTTTAAGGACTGGTTGTGTAACTCAGATTGCTTGCCTGCCATGTAGCCTCCTTATACACAAACATAGCAAGACCAGATCTGATGATTATCAGATTCACCCTCCCTTTTATTATAAGTGTAAAAGTCATGTTCAAAGTAATTGCCTTAGATATGCCTGGTATAACCACCTATCTCTGGAACCTGAAAATGAGTTTCATTGACTTCTAGACCCTTGGAGTTGATAATGTACATGGTATAAATTGTTAAGCTCCCTGGAATCTCAGTAGTGACTACCTCTCTTCCTGTGGACACTGCCACACTTCTGGATTCCCTCAAACCCTTTAGGCTTTCAAGGTTGTTTCCTAAACAGACTGATTGTGTGAAATAGTGTTTAGTTTGGTCACAAAATTTATTGGATGGATGTTAGCTCCGTTGCAGTATGTTCTCATTCTTTGCTATCTGTAGTATTTATTGAGTTGAGTGGTTTTTTTCTGACTTATTTTAAAGTTGGTGTAATTAAAATCTCTTCTAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATTTCAAGACAGGGTTTCTCCATATAGCCCTGGCTGTCCTGGATGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGACGTGCACCACCGCACCTGGCTGCTTCTAGTACTTTTAAATTATTCATTTTGTAAAGCACCTTTTCTTTGAAGGAAAAACACTGCCACTCAATGTAAAGTAATATTGGTGTTAATATTTGAAAACCCAGTAATAGTTCCATTATAGGCTGTGAGGCTTTTATTCATTTTGATGGTCCACTTAGCATAAAATTCTAACTTCTTTGAGATTGTGAATTTGAGTCTTTGTCCTGAAAAGCCAGAAACTAAGGATTGTACAAGCTAGATAATTTAAAATTTTTGTTAGGCTACTTTATGACTGTAGTAGCCAAGAGGTTAAAGAAAAGTTTGGAATTAGCAAATATTGTGGTACGGTAGTAGCTGTGTAGAGAGTGTGCTTGAAACATAAGCCATCTGAATCAAGTAGTAGCTTCGGGACACCACCCCATCCAATTGCCTTTCAAATTCTGCAGTTTATCTATCCTGTGATAGATACCTTTGTATATTCCTTGCTTTTATCCCTTAACTCTAAATTCTCGTTTTTAAAACTAAAACATTTATTTCTAAAATAATTCTGGCTTTACACACAGTTTTCATTAACAGAGGGTTCAATTAATGTGGCAAGTTTAAGAAAATTGTTTGCATACTTTTTTCATTGCTGACTAGACAGGTATAAGTCTCTTGAAACTGGAATTGTTTTCTTTGGCTTAAATAAGAATGCCTGTTAATATTGTGGCTATTGTTAAAATAGAAAGTGGTATTTTCAAGGCGAAGTTACAAATGATTTTACAAGGTAAGTACTACTGGTTTTGCTGAAAACTTGAAGAGGAATTTGTCTTGTTTGTACAGCCTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTCAGCAAAACCACAAACATGCTAAAAATGAATACTTTTAACCTTGACTTTGTAATTTGGCCAAGTCATTGATTAGAGCTATGGTGTATGTGTCCAGGGTTTTATTGTTAATTAGTATTTATACACAGCTATTGTTTTCTAAGGCGGCATGGTGATTATTTTAGAAATTAGTGCATTTACACAGCTTATTATTGTAGGATGTGAGCCTTTATAGAACTAACTTATCATTGTTTATCAGGTCAAAATTGACTAGCAACTTATAGTCTCCAAATCATTGCTTTGGAGGCTATTTTCAGGTTACTTACTGGCATAGATTTTCATGTGCCAATTTGGATGGGGCCCTTTTCTGCATTAAAAGTTTTTGTGCAGCCGGGCGGTGGTGGCGCACGCCTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGAGGATTTCTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAACCAAAAGTTTTTGTGCTTAGATAGTGGAAAGAAGTTTCTAATAAAAAAAACATGTGCTTTTGAGAGAAAGAATTGTTACCAACATAAGTTTAAAGTTTGGTATTTTTTGCAAGTTTATAAAAAGCAGACTTTACAGCTAGTATAGGTATGTCCCTGTCTCCCACCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTAAAGAAACTACTTAAGCATTTGAAGATTTTTCTCCTCCATCCTTGTAATGCTTGGAGGGGAAAAAAAGTAGAAGATGCCAGGGACTACTGCATTTGGGAGGTGGAGGCAGGAGGATTGGGTGGGTCATCTAAAGCTTTATAGTGACTTTGATGCCATTCTTGGCTACATGAGACTGGCTCCCAAAAGCCCTTTATTCATTTCTATGCTGATCTTTTCTTTCTGTAGCAAAGTGGACTTTTTCTTTGTTCATCTCATTTTGTTATTAAACTACTCCCCCAGTAAAGTGTTTTTCTAAGTAGGATCCTTTTTCAACCAAATATGCTAGCTCAGTACT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Seq C2 exon
GAATCCCGTTCTGCTTCCCGAAGTGGAAGTGCTCACGGATCGGGGAAATCTGCACGGCATACACCTGCAAGGTCTCGCTCCAAGGAAGACTCAAGGCGTTCTAGATCAAAGTCCAGGTCCAGGTCTGAATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022858-Tra2b:NM_009186:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

No protein impact description available

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]