HsaINT0171648 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136527 | TRA2B
Description
transformer 2 beta homolog (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:10781]
Coordinates
chr3:185644389-185655924:-
Coord C1 exon
chr3:185655613-185655924
Coord A exon
chr3:185644523-185655612
Coord C2 exon
chr3:185644389-185644522
Length
11090 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTACGT
5' ss Score
9.5
3' ss Seq
CTTTTAACATCTACGTGTAGGAA
3' ss Score
6.68
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCGGGACGCGCTGCAGCTGGAGAGGAAAGGCAGAGCGAGGAGGGGCGAGGCCAAGAAAGCGCGCGTTTCTGGGAGGGGAGGAGCCTGGCTAAGGAGCGCCGCGTCACATCCGGTAGAGTTAGAGCCCGTGCGGAGGCGGTGCGGAGCATTTCGGCTCTGAGCGGCTGGGCGACCGGCGCGTCGTGCGGGGCTGCGGCGGAGCCTCCTTAAGGAAGGTGCAAGAGGTTGGCAGCTTCGATTGAAGCACATCGACCGGCGACAGCAGCCAGGAGTCATGAGCGACAGCGGCGAGCAGAACTACGGCGAGCGG
Seq A exon
GTACGTAGAGCTGCGGTAGGGGGTGGCTGTGTGGTCCTAGCTCCTTGCATCTTTTTCTAGGCCCGTCGGCCTCGGGCCAGGAGGCAGGGGCGTTTTAGGCTCCGAAGTCTGAAGCCGGGAGGGCAGGCAAGGGAGACAGCATTTAACCAAAAAAAGCCTTTGTGGATAGTGCCTTAGTGCCTTTGGTCGTGAAGGAGGGAGGCCCCCGGCGGGTTTATGTGGCTTCTGCCCGAGACGGCCGTTTTTCCCGTTATAAGAGGGGGAAGATGAAAATGGCCGCTGCGTCCCCGCGGTGTTGGGGGAGGGGAGCGATATCTTATTTCGGCGTTGCTCTCCTGCGAAGGTCCGCCGCAGCCATCTTGGGCTGGCGGGCTGGGCGAGCTGCCAGAGGCACAAAATGGCGGAGAAGCCGCGCGGCAACGCGGACCCGACCCGCAGCGGGCCGCGCTTCGTAAGGCCGCGTGGTGGGGTGCAAGGGGACAGACGACGTTCTTTTGGGTCTTTGGGCCGGTGTTTAGGTTAACGAAGGACCGTCTTTGCCTCCACGGAAAGGACGGAGTCTGGGATGTCTTTGGGGCCTCTTAAGATGGAAACTAATCCAAGGCCGACTAAGTTCTGGGCCCGTTAGGTGGAGGGGATTGCGTGAGGGCTTTGTGTTTGGCCTAAATGAAGCGCTTTTCTCTGATGCCGAAAGGGCTTCCCAGGCAAAAATCTGTATCAGTATTCTATTAGGACAGACCACAAAGTCGTTAAGATGATTTTGTGGACATCGCATTTCCACGGGATTGTGAAGGAGAAATTGGCGGGCAACCATTTACGGCGCCGTTATTTCCTTTGTTTTGAGGCGTTCTAATACTTAGAACCACAGCGTGTGTTGGCTACAGTTTTCTTTCCCTTAAGTTTCCACCTCTTAAAGGTGTTCAGTGAGGGTTGATTGAATTGCGGGAACAAGACAGTTCTAGGGTTTAAACAGCATACGTAGCTGGTCTGTGGGGCTCTGGGTATTGGATTCGGAAAGCATTGAATGATGCGAACATACGAGGCTTGCTAGAATTAAGAGGAATCTGTTAGAAGGGTGATAGAAAAGCACCATAGAAATTGATTTTTGAGGCTGTGGGAATAATTTGTGCTTTTTTAAAAAAAAAAAACAATTTGTTACCTAAGTTTCCCCTTGTTGGTAAAGCTACCTTAAGATCTGAATATGATTTATCAGGTAAATAAGACTATTAAATGTCTTAGCAAACTTTTGATTAAGATTTTATATGATTCCTCAGAGTATTTTAGGAAGAAATTTTCAGTGATGAAGCGTGAGTTTCCTGCGTAATTTTGGAGCCCAAACTGCTTAATTTGGTTTGAACTAATCAAGCCTTGCGTTTACATACTCGGATGAGCATAGAGTTTTTAGTTTTTGATGTTTTTCCCGAAGCCGATTGACTCCAATGTCACGAGTGTTTTAGATTTTTTTTTAAGTTCTTGCTTTCTTGGGTAAGAAAGTTGGGATTGAGCTCAAAAGTTGTTAAAAAGTCGTGACTTCTGATCATTGGCAGTTGAATCTGTTATAACAGTCATTGGTGTTTGGACTGCAAAGTAAGCGATTTTAAAGTCTTTTGTTATTAAACAGAAAAATTCAATTATTGGGTACCTTTCTACTCTTCAAAAATACTAAATGACTGGCTTCTGACTAGAGCTCTCGATTGAATACACGTGAAGAATGCTTGAGAATGGAAAATTGCCCAGAGTTCATTAGTATATTTTACGTGAGAAGGGAAACAATTGAAACTAGGTTCCAGTTTGAGACTCGGCTCAAGAGAAATTTGAAATTTTCTGATGGGTTATCTTTTTACTAGTAAAAGTACACTGTGTTTTTCGCAATCTTTGAATTGTAGAGGGAGGTTAACTTAATGTGTTAAAAATTGAGTTTTTTTTCTTACATAAGAGTCTTCGCTTTCTGGCCGAGATCTCTAAACTTTTACGTTGTGAAATACTTCCATATTGTTGTGTTTGGTGTTTGCGTGTTTGTGTTCCAATTGGAACCTTTAAGGGTTGGAATACACCTGAATCAAACACGTGTCTAGGCTTCCAAAGCAAGCTTGGGAAAACCATAAAGCTCAATGGAACAGCTTGATCTTAGACATGCCTGTGGTGTAAATGATGCTTCTCTGGAGCCAGAAAAATGAGTGTTATTCAACTCCAGGCTTCTGAACTGGGTCTTAATGTAAATCACTAATCTCTTCAAATCAGTGGAATTCTCCCTTATTTATCTGTCTCTAATCCAGACAACCCCACCCCTCTGTGCCCCACCTTTTCCAGTGACTGTAGGAGTTTGTTGTTGTGTCCCTCCCCTTTAAGGTTGGGTGTGTGGGATAAATTATTCTCAGTTTGATCACTCAATAGAATACATTTGGGTGAATATAATGACATTTAAAGAACTGGTGTGTCCCTCATCCCTCGTTGGTCTGTGGGATTTATTTTTTCCCCCCTCTCAAAGGTAATAGATTAACACTAAAATCTGTCTATAGGGGTCTAATTAGCAGGCTTAACCTGATCTGGCCAAACCACTTTCAAAAGTAAGATCTCGTTTTCATCTCCGGATTCAAGACTCTTCCCCCAAAATTGCTTGCATTTTGTAAAGGGGTTGACTAGCACCATTTCTTTGTAAAAAGAGGCACTCCTGGCCTTTAAGTCACAATTACAAGAAGTTGAATAAAAAGTTGATGAAGTGCAGGGTAATCTTTAGAGCCCAATAATGGTCACAGCGTATAGGTTGTGTGAGATTTGTATGTTGGTCTTGCACGCAGTGTAATGTTCTGAGCCTCTCAATATTGTAATGAGTTTCTACGAGTGAGTCTTTACTAAAGGAATCCAGAAACTAAGGAGACACTGATGTATGGACCAGATGTTAAAGAAAATGTTTTGACCCAGCAGATACTCTGATAGAATACTGGCTATTATTTTTGTAAAGCCGATGTGATTGCAACATAGGCACGTAATCTTTATCATTAGAGATGAATAGCAGCATCTGGACACCAACCCATCAAACTGCTTTTCAAATTCTGCAGTTTTTCTCATCTTCTGCTGAATCTTGGGATGTCTTTTTATATTCCTTGGTTTTAGCTCCTAAACTCTAAATTCTAATTTTCAAAACTGAAACATCTCTGAATCTACTTCTTTCTAAAGAATTGCAGCCATCTCACCAAATTTCCTTTAAAAAAGGATTGAATTGTCAAATAGGAGGAAATTGTTTTGTATTGTGAGTCTGGTTAGGTTTATCAGTCTCTTGAAACCCGGTTGAAATATTTTTTTCTTGGTTTTAAACAAGAATGCTTTAATATTGTGGATATTGTCTGGAACTAGAACGTGACATTTTCAAGCTGACATTACAGGTGATTTTATAAGGTAAGTACTACTGGTTTTGCCAAAAGGTTGAAAAGGAATTCAGGTGGTGGGGGAAGTGTTAATGGGATTTGCCTTACATAGCGTTTTTTCCTCCTTTCTCTACAATAAAATCCGAACGTAGGTGGTAAATATTAATGCTTTCATAGCTATTTTGCCCAGGACAAGGGCAGAGCTACAGCTGTGTATATTTCTTGAGCCTTAGCATTTTATGTTGATCAGTGTTTTTACATATGCGACTGTTTTTTTAACAAGGCATGGTGACTGATGTTTAGGAATTTTAAGTGTTTTGACCCAGGTTAGTATTGGGGGTGTGGGCTATGTAGAATTAGATATTGAAATCACTTAGTCTTGTTTTTAAACTGCAAACCAAAAGAAGTTCTTCACTGTAGCAAATTACAGTCTTGAAATTCCCCCAAAATCTTTGCTTTGAATTGGGTTTTGGAGGTTACATTGAGATTGATGTTATCAACATAGATTGTTACCTGACAGTTTGGATAAGGGGCCCCTTTTTCTCTAATTTTTGTGGTTAGAAATTAGGTTAAAAGGTAGTCTTCTGAAAAGTCAAAAGATATTTATATTTGCTTTTGTTGGGGAGTACTGACTGTTTTATGAATGTAAATTTAACAGTCTGTGCTATATTTACAAGAGAGTTTTTATAAGCACAGGCCTACAACTAATTTCAGATGATGTTTTTTTCCAGACACTATTCTCCAGTTTTTGAGGATTTACTTATCCATTTACTCTTCTGGTAGACAGTTTGGCTGCCAGAAAAAAATATAGTCCTTATTATATTGATATGAGCATTGACCTTTCCATAACAGGATTAATGAGGTTTTCTTTGCCCCTGTCCCTCCCAATTTTTAAAATATTGCCTTGTCAGTCAACTTAATGAGTTTGTGCATGTTTAATGTTAAATGGATTCTAGTTGTATCCCCTAGAAACATTTTAACAAAAATTGTGTTGATAGGACAAGTTTCTGTTTATTTCTAACTAGGGTCTCTTAACTAAATGTACATAACATTAGCCCAAGAGTTGATCTTCTGGTTTTATAAAGTAGCCACTTGAACTTAGCTGAGTTGAATTAAATCTAATATTTATAATAATTTAGTAATGGTTTTGTTCTTAGACTATAAGAGAAGGAACCAGGTTAGGAAGGGGTAATGAAGTAACAGCAGGAAGGTATCCACATTGAAAACAGTTGTGATAGCTAGAGCTATGGCCTCTATTCTTGTATCTTCTGCATCTAAGTGCCCTGTCTGTATCGAAGTTTTAGGAGGCCCTAAGGAAACCTGCTTGGGCATTCTGATTCCATGATTACATTTGTGCTGCCAGAAAACATTTCCCATTGCATTTTAGTGATGGAGATTTAAAGAAAGCCAATTACTGTAACTCCCTTAAATAAAAACATATTTAAAAATTTTCGGATTAAATAAACAATAATTGACTCTAAAACTAGACTGGAAATTATCCTTTTGTTAGGAAAGACATCACAGCACTTGCCAGATTAACGATGGTTGTCTTTATGCCCAGATAGGTATAAAGACTTGCAATTTTTTTAAACAAAGCCTTACATTTTTTTCAGGAGGAAAAACCAGGAGAGGAAG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TCATCTACTGTTTTGGTGCCTTGGCAGAACTTTTCCTTGGTTTCATTACTTAGTATACCCTTTTGTTGATTATGTGTCTTTAGCTCGTTGGTGACCTAGTTATCCTGGTTACCATTCCTTTGCTATTTTTCATTACAAATCCCCCCTTAACCTGCCAGCCAATCCCAGTTTTGGTTGGGAAAGCTATGAGTACACAATGTTTACCTAAACTTTGGCTTTTGTATGTAGTTTCTGTACTCTTTTGCTTCCTGGGCCCTAGGTTAGGAGCTCCTGATTTAGCTGCCTGGTTTTGATGTGTACTTAAGTAACTAGGTAAGTTAGGTTAATTCCTGGTTTTCCATAAGTTTGCCCTGGCTCATCTCCATTTAGCTGGAGAAGCTGTGGAGGATCTCTGACACCCTCTCTACTCTTATTTGTGTGTAGTTCGCTGTTCTGTTGTAGCTCCATCTGGTTGCTTTCAGTTTTTTAGGGGGCCTCCCACCATGGTTAGATGCAATAGGGTTTTACAGGGTTTAGTGTCCTTCAAGCTAGCCTTTGCTTTCCACTAGGTTTCTGCTTTTCTCTAGGATTTGAAACTGAGATCATCATCTTTATCTCTTATCACTGAATTATAAGTAGTAACTTGAAAGGTCAAGGTCTTTTTAAAAATCAAGCATTTTTTTAAGTAAATTATATAAATTATATAGGATTTTGTTTTATTGATTGCAACTTGATTGAAATAGGTATAAAGTATAGGTGTCATAGTTAATAAGGTTCCGCCTCACCCTAGTCTTTATGGAGTAACATTCTGAAACACAGTCCTTGGACAGTTCCCTTAACTGCTTGACTTTGGCACCCCTTTCTGAAGGAAGTGGGGTCAAATAACTCTTATCCCTGCTCCAAAAAGGTGGAAGAAAGGACAAGTTAATTGACTTATGTCATTTGGAGCAATGAAACTATTAACACCAGGTATATTCAGTTCCTGCCCTTACCTATATTTTCTTATCTTGGAAGGGGATTGCTGTCCCTCACCATTTATCTCACAGCAGCTTATTTGTTTTTAAAGTTGCCCAGAAAGTGTGCAAATTAAACTTTTAACATCTACGTGTAG
Seq C2 exon
GAATCCCGTTCTGCTTCCAGAAGTGGAAGTGCTCACGGATCGGGGAAATCTGCAAGGCATACCCCTGCAAGGTCTCGCTCCAAGGAAGATTCCAGGCGTTCCAGATCAAAGTCCAGGTCCCGATCTGAATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136527-TRA2B:NM_004593:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.885 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)