BtaINT0152101 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001697 | TRA2B
Description
Bos taurus transformer 2 beta homolog (Drosophila) (TRA2B), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001034776]
Coordinates
chr1:81878691-81890273:+
Coord C1 exon
chr1:81878691-81878859
Coord A exon
chr1:81878860-81890139
Coord C2 exon
chr1:81890140-81890273
Length
11280 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAGGT
5' ss Score
8.53
3' ss Seq
CTTTTGACATCTACGTGTAGGAA
3' ss Score
6.3
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGAGCGTTTCGGCTCTCAGCGGCTCGGGAACTGGTGTGTGGTGCGAGGCTGCGGCGGAGCCTCTACACTGAAGGCGCGAGAGGTTGGCAACTTTGATTGAAGCACATCGAGCGGCGACAGCAGTGGAAGTCATGAGCGACAGCGGCGAGCAGAACTACGGAGAGCGG
Seq A exon
GTAGGTATCGGTGGTGCAGGGGGCGGCTGTGTGGTCCCAGCTTCTTGCATCTCTTTCCAGGCCCATCGGCCTCGGGCCGGGAGACTGGGGCGATTTTGGCTCCGAAGTCTGAGACCGGGAGGGATGCGGGTCAGGTTAAGAAGCCCTGGTAGTATTGTCCTTATCCAAGAAGGAGGCCGCCGACGGGTTTAGGTTGCCCGGTACTCGAAACGGCGGTTTTTTCCGTTATCGGGAGGGAAAGATTAAAAATGGCCGCTGCGTCCCCTCGGTGGTGGGGGAGGGGAGCGGTATCTGGTTTCGCCGTTGCTCTCCTGCGAAGCCTCGCCGCAGCCATCTTGGGCTGGCGGGCTGGGCGCGCTGCCAGAGGCACAAAATGGCGGAGGCGCCGCGCGACAGTTTCCAGGCCGCGGGCGGCGAACAGGGGGCGCAAAGAGCGATGTTCTTCAGGGTTTATGCTCAGCATTTAGGTTAAGACAGGATCATTTTGGACCCCGAAAAGATGTGAATCTAAGGTGTTCTTGGCTTCTTTAAAGATGTCAAACTAGTCTGACGTAGACTTAAGTTCTGGGCCCGTTAGAGGGGATTGCGCGCGAGCTTTGTGTTCGGCCTAAATGGCGTGCTTTTCTTGGATGCCAAAAAGGCTGTTAAACCGCAAATAGTTACCGGTAACCAAGTAGATCACGAGGTCGCTGAGGTTTTCTTGCAGATCGAGTAGGTCTTTTTTCCACGGGATGATGGAGAAATTGGCGGGCAACAATTTTTGGCGCCGTTGTTTTCCTTTGTTTTGAGCCATACCTATTTTATGAACCACGAATTGTGTTTGTGCGCTTTTTAAAGTTTCCACCCCAAAATGTGGAGTTTGGTGAGGACTGGATAAACTGCAGAAGTAAAGTTCCCGGGCTTAGAAAAAGCATAATATAAAGCTTGGTCGCGGGTCCGTGAGTACTAAGACGCAGAAATGTCAGTCTATTCGAATATTTTTGCAAACTTGAGAAACAAATTCTAGGTGATTTCATTAGGGCGTTTTTGAAAGGAAAGATCTTAACTCTTGGAATCTTAATTTATTGTGTAAGTTTGGGGCCAAATCTGATTAATTTGGTTTGAACCAGTCAGTCCTCGCCTTTACCTATGCAGATGAATACTGGCTTTTTTATTCGAAAGACGATTAATTTCCAGTCAGCAGTATGTGTGTGATTATCGTTTTAAGCTCTTTGGTGAGAAAGCTTGGATCAAGCTCCCAAGTTGTTAAAAACTGTGGGTTATGGTTTCCGCCAGTTGAAAAGAACTGGAAACTAGGTGTCGGTGTTTGGACTGGAAGACAAGTGATAACTTCAGTATTCAGCTATTAAAACAATTATTGGGTGCATTTTGAGAAGAAAAAATGGCTGGTTTTAGTGGAGGAGCTCTCAGTTAAATAAACCTGAGTAAGTTACTTGTGTGGAAGTTCGTGAGAGGAAACAATTGCAGGGATTGGGTCCTGGTTTGTGACAGCTCAAGAGACATTATCGTCCCACTAACCAAGCTTTTGAATTGGTATTTTTTTTCTGTTAGTAGGATATACATCCTAGTTACCTCACAATCTTGTTACGTAGGGTTATTCAACAAACTTACGGAGGAAGAGAAAATAATAAAGGTACATGTTACAGATTGATGTTCTGTCTTAAGCGCCTTGACTTGGAAGAGATCTCTGAACTTCGACGATGTGGAGTACTTCCACATTGTTTTCTTTGGCCTTTGTTTTGTCTGTACATTGCTTTCTAGTTGGTTTATTGGAACCTGAAGTGGTTAGACTAGACCTAAAACAAACACTTTGGGAACACTTTGGGACTCCCAAAGAATGCTTGGCAAAACCATAAAGCTCAATGAAGTAGTTTAAATACAGTGCCACAAAAAGCATTAGGTAGACCAGTCAGGGCTGATTGGCTGAAAACTTCTTTTGAAAGTGCCTGAAAATAGCGGGAAAACTATTGCCTGCAGGGTAGTGATCTTGTACTTGGATGCAATGAATAGCTTATCAAGAGCCTGAAAAATTACTTTCATTCCACTCTTAAGCTGTTTGCCATGCGGGAGACCCGGTTCGATCCCTGGATTGGAAAGATCCCCTAAAGAAGGGAATGGCAACCCACCATGGACAGAGGAGTCTGGCAGGCTACGATCCATGGCGTTGCAGAGAGTCGGACATGATTGAGTGACTAACATAACACTTAAGTTTTCAGACCTTACAAATTATTAGTGTAAATCACTAACACCTACTAATCTAATCATCTAGTGATAATGTAATATTAAAATCTATCAGCTGAGGTCACTCATCACCACCACCTCCTCGTGGCCTTGCCGCCACTGTAGAAATTTTTTTTTTCTCCTCTCTTTTAGTCATAACCAGACCGGAGTAGAGGAGGTGAGAGCAATAAATCAGCTTCAGTTTGGTTGTTTATAGTGTGTTTACTTATTGGGTGAATATTGACAGAGATGTGATTTTTTTTTATGTGTTCCTTTGTTTTAAACGTGCAGCTAGGGTGCATTCCTGAATTTTTGTGGTTTGTTGAACACTTTCGGTTACTGCTATATCTTTTATCGGTATCGGGATTTTTCATGTCTTGATTAGACTTAAAATGTTTCTGGTTAGAGCTCACTTCCCTGATCTGGCCAAACCCACGTTAAAGTAAGATATCACTCATTCGAATTCAAGTTTTTTCCAATAATTCCCTAAAATTTCTCATATTTTTTTGCAGAGAAGTTGGCTAGCACCTTTGGAAGGAAGAGGTGGTCTTAGATCTGTTGTCAAGATTTGGGAGAATAAGAACATGATAGGGTCCTGTAGCCAAGTGTAGAGATGTATGGTAATGGGGAAGGAAGTGATAAATCCTATGGCCTAATTGTGTTCACAGTTTAGGGTGTGGTGAAGTTTGGCCTTGGCACTGGTTTGATGCTCTACCCTGATAACTGTAACTTCTTTTTTTCCCTACAATTGGGTCTTTACCTACAGAAACCAGTAATTAAGTGAGGAAGCAGTATTGTAAATATTGTAAATTGTAAAAAATTGTAAAATATTGGAATTGTAAAAAATTGTAAGTATTGTAAATACTTAAAGACCAAGTCTTTTAAATTTGTCTTGCTGTCAAGATTATGATACATACTCTGGTAGAGTATTGCTCATTTTTGCGAAAGAAATGGGTTTACAATGCAGGTATATTACCTTTAGTCTTCTTTGTAGAGATGAATGGCATTTGTATATCATCCCATCAAACTGCCTTTCATACTCTGCAGTTTCTCCTCTTCTGCTTAATCTTGGGTTGTCTTTTTGAATTTTTAGTAATTTTCAAAACTGAAACATCTCAGCCTTTTTCTTCCCAAAGGGTTGTAGCCATTGCACCAAGTTCCTTAAATAAAGAATTAATGTTGGGTGGGAGGAAATAGTTTTGTTTCAGTTTGAGTCTGGTAAGGCAACAAGTCTCTTGAAACCAAGTTGAAGAATATTTTTGGTGGTTTTAAGAATGATTTAATATTGTGGATATGGTCCAGAATTAGAAGGTGGCACCTTCAAACTGAAAATACAAGTGGTTGCAAGGTAAGTACTGGTTTTGTAGAGATTGAACAGGAAATCAGATGATGAGAGATAATGTTAAATGGAATTTGCTTTGTACAGCCTTTTCCATTCTTTATCTCCAATAAAATCCCAAACCTAAATGATAAATATTAGTACTTTCATAGTTTTTTTTACATTGTTTTACATTTCGCCCAAGAGGATAGGGCTACAGCTGTGTATATCTTTTGAGCCTTAGCATGTGTGTTATATTTATCTTTTTTTTTTTTTTTTAACACATAATTGCTTTATTTCCTCATAAAAGACAGTGATGAGGTGGTGGTTGAAGTTGGGTAATTTTAAGTGTTTTGCTTTTTTGAGGGGTGTAGGTCACACAGAACAGAATTAGGATTGTCATTTAGTTTTGTTTTTAAGCGGGGGAGGAATTCTTCATTACAGAAAATTAGTCTTCAAATTCTCAAAAATCTTTGCTTTGAATTGGGTTTTGGAGGTTATATTCTGATTTTTATCAATGCAATTGCTAAATATGATAGCATGGATGAGGACCCTTTTTGGGGGGGGCAATGATTTTTGTGCTGAGATAATAGACTTAAAAAGTAGTAATAAAACATACTTGGCATTTCTGCTGAAAAGTACTAAATGTTTATGAATGTAAATTCAGAGCCTACTGTTTTTGCAAAGGATCTTTTAAAAGCATGGAGTTAGAGCTGATTTAGGCTTGTCATGATAATATTTTCAGAACATTTTCTCAGTCTTTGAGGATTTTTCTATCCAAACTTCTGGAAAGTTTAGCTGCAGAAAGAAAATAGTCCTTAATGTTGATATGAGCATTGATTTTTATAGCATAATCAGTGAGTTTTCCTTAGCCCGTCCCAGTTATTAAAATACTGTCTAGTCAACCTAATGAGTTTGCACTTATTAATGTTGCATAAATTCCAGTTATAACCATTAGAATGATTTTAACAAAAATTGTGTTGGTGGTGAGACAAATTTCCGCTTATTTCTAAGTAGGACCTCTTAATATGTGTTTAACATTAGCCCAGTAGTTGGTCTTCTGGTTTTATTGAGTGGCCACCGCAACTTAGCTGAGTTTGAAGAAATCTAATGCTTATATTATCTAGCAGCTTATTTTGTTCTTCAAATATAAAGAAGATTGGGAAGGGGTAGTGAAATATCAGCAGGAAGGCATTCATATTGAAAAATTGTCATATCTAGAGCTTTGGCCTCTATTCAGCATTTTCTGAACCTAAGCCCTGTATATATATTTAAAGTTTAGGAGGCCTTAAAGGGAACCTGCTTGGGCATTCTGATTCCACGATTACAGTTGTGCTGCCAGTAAGCATTTCCCATTACATTTTAGTGATGGATATTAAGAGAGAACAATTACTCTGACTCCCTTAAGTAAAAAGCTTTAAAAAATTTTTTTCCCTGGATTAAATAAGCAATAATTGACTTT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Seq C2 exon
GAATCCCGTTCTGCTTCCAGAAGTGGAAGTGCTCATGGATCTGGGAAATCTGCAAGGCATACCCCTGCAAGGTCTCGCTCCAAGGAAGATTCCAGGCGTTCCAGATCAAAGTCCAGGTCCAGATCTGAATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001697:ENSBTAT00000002225:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development