Special

MmuINT1033652 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
transformer 2 beta homolog (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:106016]
Coordinates
chr16:22254984-22266005:-
Coord C1 exon
chr16:22265741-22266005
Coord A exon
chr16:22255118-22265740
Coord C2 exon
chr16:22254984-22255117
Length
10623 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
CTTTTGACATCTGCGTGTAGGAA
3' ss Score
6.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGAGGGGCCAGGAAAGCGCGCCTTCGGGGGAGTGGGTGGGACCAGGTTAAAGAGCGTGGCGTCACATCCGGCAGTGTTAGACCGGTGCGGAGGTGGTGCGGAGCGTGTCGGCTTCGAGCTCCTCGCAAAAGTGTGGCGTCGCGCTAGGCTGCGGCGGAGCCTCTGTAAGGAAGGCGGGAGCTTGACAGCTTCAGGAAAGGCCCGTAGCGGTGACAGCGACCCGGAGTCATGAGCGACAGCGGCGAGCAGAACTACGGCGAGCGG
Seq A exon
GTAAGCGCGGAGTTGCGCGGGCGGCCGCGGTCCCCACCCTGCTACTTCTTCTAGGCCTCTCGGCCCGGTGCAGCCGGGTGTCGGGAGCCTGACGTGCGGAGGGAGCCGGGGCGCCGGAGGGCCTGGTGGCCGGCGCTTCTCGTCGGAGGGAGGCCGCGGGCGGGCTGTGTGCCTCGCACCCGCCACGACCGTTTTTTTTTTTTTTCCTTTCCCCCCGTTACGGGGCGGGGGGAGGCTAAAGATGGCCGCGGCGTCCGTCGGCGTTGGGGGATGGGAACGGTATCTTCTTTCGCCGTTGCTCTCCTGCGAAGCCGCGCCGCAGCCATCTTGGGCTCGCGGGCCGGGCGCGCTGCCAGAGGCACAAAATGGCGGAGCCGCCGCTCCCTGCAGCCAGGCTTTGCCGCCTCGCCACCCGGGGTCCAAGGGTGAAGCGGAGAAAAGCCACGTGTGGCCGGGAGCCTATGGGGACTGACTGATGCTTTTCGGTTGATGGAGGGCCTCCTGGTCCCGGTAAGGGACAGCTAGCTGTAGGGGGCTCTTGGAGCATCTGGAGACGGAAACGGCTGAGGGGGATTGGGGGCCCCGTTAGTTGGAGGGCTTTGTGCTACAGCGTTTCTCCCATTGTTGAGAGCTTACTGGAATAGAACGCAAGGTCGTTAGGCGTTGTTGTATAGAGCCTCCCTACCCCTGGGGGGACTTGGGAAGGAGAAACCATTGGCGACAATTGATGGCGCTATTAAACTCTGAAGTCGACGGGATTTTATTTTTAAGCTTCCACCTCCCAGAGGGTGAAAATCGGTAGAGGTTGATTAGATTGTATACAATGGGCCTGGACTAGACCCAGCCCCAAAGCTGAACAAATGAGGCGCATGTGGCGTGGCTGTAGAGTTTAGATTAAAAACTGTCACGTGAAGATGCGGAAGTCCAGGGCTCAGTGAACAGGTAATTGCAGTTTGGAAACGGCTTACAAGCATCATAAGAATGGCTGTTTTGCCCTTCCTGTACTAACGTTTTTATTTTCGCAAAAAGTTCACAGGAACACTTAACCACTAGTTCACAGTTTATTTTTTTGGTTAGTAAACTCTAAAAGGCCTTTGACGGTTTGGTAGAGAGCATTCTTGGACTTCCATGGTGAACTTGAACCCAAAAAGAGTAATTTGAACGGATGTAATCTTTTATATACGGAGATGAGTCCCTAAGACAATTTAAAGTTCAGTGTCAACCAGTGCGTGCCTTTTACCTAAGGAAAGAAAGCGATGGGGGAGTGGGACAGAATGTTGTTTTTCTGATAATGGAGAATGGGACCTAGTCTCAGTGATGGGCAAGCCCCTACTACTAAACTACATCCCAACTTGTAAGTTCGTATTGTTTGAGCTCCTAATTTCACCCACATGTACCTTACGATGTTGAGCCTGCCTTCCGAAGTTGAAGTTAGTCTGTTTAGAATTAAAAGCAAATAGTTTTTTGTTGTTGCTTTGGGACTAAATAGGTATGCATCATCATACCTGTGGAAATTTTTCCTAGTATTAGCTGTGGGTCACATTACTCAAGGGAGAAAAAAAGCAATTGAATGAAAGTGGGTACCATTTTGAAAGAGCTGAGAAATTGTTACTCCTGTTAGAGGTTTGGTTTTTTTGTTTTTAGTAAGATGCACCTTCTGGTGATTTTCAATATTTGAGGTAGAGTTACTCTATGTCCCTGTCTTGGAACTTAGCTCTGTAGACCAGGCTAGTCTCAACCCCAGGCGTTTGCCTGCCTCTGCCTCCCTAATGCTGTGGTTTAAGGTGTGAATCAACACATCCTGCTGACCTGACTACTTAATTGGAAATAATTGGGGGGAAAAAGTACTAAAAATCGACTTTCTGATTTATTTCTAAACTTGAAAGTTGTGTAATACTTAAACTCAAATTTTTTGTTTTTAGAGACTTTGTTGTAGCTCTGCCTGTATTGTATTTACCTCAAATATTGAGGTAAACTCAAATTATGTATACCAGGCTGGCTGGCTTCAAACTCATGAGATTCTCCTGCCTCTGGTTTCTGAGTACTGAGGTTAAAAACTCCTGGAGGTGTGTGCACGATCCCCTTTTTGGGCCATGTGTACAATTTTGAGCTACCTGATGTGGTGGGTAGTGGGGCACAAACCCTGCTCTTCCTAAAGTCAGTAAGTACTCTTAACTGCTGGGCCAATTCTCCAGCCCTGTTTTTAATTTAATTTTTTGCTTTTCAATTGAAATCTTGGGATGAGTGGAAAACTGAAACATTTAGCTGAACTTTTTTCAAGAAGGCTTGCCAAAACAAAAGTTCAGAGATGAGGTTTAAAAATACTTCAGGGTAAGCTGGGCAGAGTGTTGCAGGTTTGTAAATCCTAGCTGCTTATCCTGGATAGGATTCAGAGTTCAAGATATCTGGGTAAATTATTTAGTAAGACTGAACATTTTCCTCCAAAGGAATAAGGGGTAGTTTAAGGACTGGTTGTGTAACTCAGATTGCTTGCCTGCCATGTAGCCTCCTTATACACAAACATAGCAAGACCAGATCTGATGATTATCAGATTCACCCTCCCTTTTATTATAAGTGTAAAAGTCATGTTCAAAGTAATTGCCTTAGATATGCCTGGTATAACCACCTATCTCTGGAACCTGAAAATGAGTTTCATTGACTTCTAGACCCTTGGAGTTGATAATGTACATGGTATAAATTGTTAAGCTCCCTGGAATCTCAGTAGTGACTACCTCTCTTCCTGTGGACACTGCCACACTTCTGGATTCCCTCAAACCCTTTAGGCTTTCAAGGTTGTTTCCTAAACAGACTGATTGTGTGAAATAGTGTTTAGTTTGGTCACAAAATTTATTGGATGGATGTTAGCTCCGTTGCAGTATGTTCTCATTCTTTGCTATCTGTAGTATTTATTGAGTTGAGTGGTTTTTTTCTGACTTATTTTAAAGTTGGTGTAATTAAAATCTCTTCTAGTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATTTCAAGACAGGGTTTCTCCATATAGCCCTGGCTGTCCTGGATGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCCAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGACGTGCACCACCGCACCTGGCTGCTTCTAGTACTTTTAAATTATTCATTTTGTAAAGCACCTTTTCTTTGAAGGAAAAACACTGCCACTCAATGTAAAGTAATATTGGTGTTAATATTTGAAAACCCAGTAATAGTTCCATTATAGGCTGTGAGGCTTTTATTCATTTTGATGGTCCACTTAGCATAAAATTCTAACTTCTTTGAGATTGTGAATTTGAGTCTTTGTCCTGAAAAGCCAGAAACTAAGGATTGTACAAGCTAGATAATTTAAAATTTTTGTTAGGCTACTTTATGACTGTAGTAGCCAAGAGGTTAAAGAAAAGTTTGGAATTAGCAAATATTGTGGTACGGTAGTAGCTGTGTAGAGAGTGTGCTTGAAACATAAGCCATCTGAATCAAGTAGTAGCTTCGGGACACCACCCCATCCAATTGCCTTTCAAATTCTGCAGTTTATCTATCCTGTGATAGATACCTTTGTATATTCCTTGCTTTTATCCCTTAACTCTAAATTCTCGTTTTTAAAACTAAAACATTTATTTCTAAAATAATTCTGGCTTTACACACAGTTTTCATTAACAGAGGGTTCAATTAATGTGGCAAGTTTAAGAAAATTGTTTGCATACTTTTTTCATTGCTGACTAGACAGGTATAAGTCTCTTGAAACTGGAATTGTTTTCTTTGGCTTAAATAAGAATGCCTGTTAATATTGTGGCTATTGTTAAAATAGAAAGTGGTATTTTCAAGGCGAAGTTACAAATGATTTTACAAGGTAAGTACTACTGGTTTTGCTGAAAACTTGAAGAGGAATTTGTCTTGTTTGTACAGCCTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTCAGCAAAACCACAAACATGCTAAAAATGAATACTTTTAACCTTGACTTTGTAATTTGGCCAAGTCATTGATTAGAGCTATGGTGTATGTGTCCAGGGTTTTATTGTTAATTAGTATTTATACACAGCTATTGTTTTCTAAGGCGGCATGGTGATTATTTTAGAAATTAGTGCATTTACACAGCTTATTATTGTAGGATGTGAGCCTTTATAGAACTAACTTATCATTGTTTATCAGGTCAAAATTGACTAGCAACTTATAGTCTCCAAATCATTGCTTTGGAGGCTATTTTCAGGTTACTTACTGGCATAGATTTTCATGTGCCAATTTGGATGGGGCCCTTTTCTGCATTAAAAGTTTTTGTGCAGCCGGGCGGTGGTGGCGCACGCCTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGAGGATTTCTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAACCAAAAGTTTTTGTGCTTAGATAGTGGAAAGAAGTTTCTAATAAAAAAAACATGTGCTTTTGAGAGAAAGAATTGTTACCAACATAAGTTTAAAGTTTGGTATTTTTTGCAAGTTTATAAAAAGCAGACTTTACAGCTAGTATAGGTATGTCCCTGTCTCCCACCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTAAAGAAACTACTTAAGCATTTGAAGATTTTTCTCCTCCATCCTTGTAATGCTTGGAGGGGAAAAAAAGTAGAAGATGCCAGGGACTACTGCATTTGGGAGGTGGAGGCAGGAGGATTGGGTGGGTCATCTAAAGCTTTATAGTGACTTTGATGCCATTCTTGGCTACATGAGACTGGCTCCCAAAAGCCCTTTATTCATTTCTATGCTGATCTTTTCTTTCTGTAGCAAAGTGGACTTTTTCTTTGTTCATCTCATTTTGTTATTAAACTACTCCCCCAGTAAAGTGTTTTTCTAAGTAGGATCCTTTTTCAACCAAATATGCTAGCTCAGTACT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CTTGTGTTCTGTCTTGGTTCTTGTCGGTTTAGTCAATAAAACTATATCTTGGCTACCCTCTTTTCTTAAGACTGTTGCTGCCTTTCTCTGTTCTTAGCTCCTTCAGGTTGCTCTTGAGTTTTGTAAGAGGTCCCCACAAACACTAAAAGCAAGAATCTAGCTAGATTTCTTCTAACTTCAGAGCTTGAAACTCAAGATTATCCTTACTGCTTTTGCCCCTCATTCAACAAACTTTAATTTGAAATTTTATAAATTTTATAGGGTGCTTTCATTGCTTCTGGAGCAGAATAAATTTCAAAGTTCAAGTTCATTCTTAGTTTATGTAGTATTAGTCTCCAAATCCTTGGGCAGTTCTTTAACAGTCAGACTTGGGACACCTTTTAAGGCTGTGGAGTTAGATACTTCTTATTTCTGCTCCAGAAAGGTGGAAGAAAAAACCAATTGATTCATGTCAGTTGAAGCAATGAAACCATTATACCAGGTATCCTCAATTCTGCCCTCACTTATGTTTTCTTATTTTGGAAGAGGATTGCTCTCCTTGGCCATTTATCTCACAGAAGCTTATTTGTTTTTAAAGTTTCCAAAACAGTATACAAATTAAAACTTTTGACATCTGCGTGTAG
Seq C2 exon
GAATCCCGTTCTGCTTCCCGAAGTGGAAGTGCTCACGGATCGGGGAAATCTGCACGGCATACACCTGCAAGGTCTCGCTCCAAGGAAGACTCAAGGCGTTCTAGATCAAAGTCCAGGTCCAGGTCTGAATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022858:ENSMUST00000161286:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
ALTERNATIVE
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types