RnoINT0155152 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000001783 | Tra2b
Description
transformer 2 beta homolog [Source:RGD Symbol;Acc:619886]
Coordinates
chr11:82373870-82384569:+
Coord C1 exon
chr11:82373870-82374040
Coord A exon
chr11:82374041-82384435
Coord C2 exon
chr11:82384436-82384569
Length
10395 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
CTTTTGACGTCTGCGTATAGGAA
3' ss Score
6.4
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTGCGGAGCGAGTCGACTTTGGACTACTCTCTTAGCGTGGCGTCGCGCGAGGCTGCGGCGGAGCCTCTGTCAGGAAGGCGGGAGCTTGACAGCTTCAGTAAAGACCAGCAGCGGTGACAGCAACCCGGAGTCATGAGCGACAGCGGCGAGCAGAACTACGGCGAGCGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATCCCGTTCTGCTTCCCGAAGTGGAAGTGCTCATGGATCGGGGAAATCTGCACGGCACACACCTGCAAGGTCTCGCTCCAAGGAAGATTCAAGACGTTCTAGATCAAAGTCAAGATCCAGATCTGAATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000001783:ENSRNOT00000002429:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]