DreINT0167088 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002168 | tra2b
Description
transformer 2 beta homolog (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1094]
Coordinates
chr9:12618736-12623556:-
Coord C1 exon
chr9:12623383-12623556
Coord A exon
chr9:12618882-12623382
Coord C2 exon
chr9:12618736-12618881
Length
4501 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTATGT
5' ss Score
8.79
3' ss Seq
CTGGGATGTGGTTGGTTTAGGAG
3' ss Score
3.58
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCTAAATAAAGCTTCTACGGCGAGAAAGGCGTTCATTTACAGACGTCTGGTTTGTGTGTGCGTTTGAGCACTACTTGTGTGTTGTCCTAATCATTTCTCTTGCATTGTAATTATTGCAGCATATTACAAACTAAACAAAAATGAGTGACGCCGAGAAGGAATTCGTGGAGCGG
Seq A exon
GTATGTACGGTTTATTTGACTGTTTTTTTCTTTGCACGCGTCCATCCATGTTTCTTCTAGAAATGGCCTCCATATTGTATGTTAGCCAGCAGAAGTGAGCTAGTCAGGCTTCATTCATTTTTAATATCTGATTATTAATGTATAAATACAATGACGAAGTCGATGCATTTGCTTTTTAAAATTTGCATTAAAGTATGTATCAGCATGCAGTGTTAATTTTATTTCGAGATTCAAGTCTTCAGTTAGCTAACTTCAGTGCTAGCATAAAGACAACGTGCTTTCACAGCTTTATCTTTTTCAATTTGCTTTTACTAGTCCGCCAATGTTTTACTGTTCTTACCAAATGTTGTTTTCTCTTTGCATGTTTAATTAAACCAGTATAACTTGTATGAGTACTGTAATATTTGTTGCTAATACATGCTAAGGTCATCCTGAGCCTTCAAGCTGGTCATATTATTCGTTTTTATGTCAAATAACTTGTATTTAACAGCACACTCGATGTGTACGTGCAGATTAAGTTCATGCTTTTACATAATTTAAGGCAAAACACAGCAAGCAAAAATTATTTTTGTGATTTTGGGCGTTTCATTTAAGTGTTAATTTTGTGTTCTGCAAAGAAAGCATCCAAAATAAACCTTTTATATTTATTTTGTCACACTTTATCAATTTGTGTCTTAAGATTTCAATTTAATGCATATTTTAAAGGCCCTTTTCTCAAAATAATTTTTTCTTCTCTCATTTTTAATCTCTCATAAATCTCCAATTCATCAGCACTTGCCCCAAACTTCAGTATTTGATTTATAACATATACAGTGCAGCCGGAAAGTATTCATAGTATTCACATTTTATGTTACAGCCTTATTTTAAAATTGATTAAATTAATTAATTTCCTAAATATTCTACACACAATACCCCATAATGACAATGTGAGAAAAGATTTTTTGACATTGTTGCAAATTTATTAAAAATAAAAAACCTAAAAAATCACATGTACATAAGTATTCACAGCCTTTGCTCTATACTTTGTTGTTGCACCTTTGGCAGCAATTACAGCCTCAAGAATTTTCGAATATGATGCAACAAACTTGGCACACCTGTCTTTGGGAATTATCGCCCATTCCTCTTTGCCGTACCTCTCAAGCTCTATCAGGTTGGTTGGGAAGCGACGATGTACAGCCATTTTCACATCCCTCCAAAGATGTTCAATAGCATTTAGGTCTGCGCTCTAGCTAACCCACTTAAGGACATTCACTGAGTTGTTGTGAAGCCACTCCATTAATATTTTGGCGGTGTGCTTAGAGTCGTTGTCCTGCTGGAAGATGAACCGTCACCCCAGTCTGAAGTCAAGAGCACTCTGAAGCAGGTTTTCATTCAGGATGTCTCTGTACATTGCTGCATTCATTTTTCCCTTCTATTCTGACTAGTCGTCCTTGCTGCTGAAAAACATTTCTGGTTTCTCCAAACGTATCGCCTGGCATTCACTACAAAGAATTTTAGGCCCCGTTTACACTAATGCGTTTTAGTTTGAAAACGCATAAGTTTTGCTACGGTTACGCCAACCGTCCACACTACGCCGGAGTTCTCGAGCGCCGAAAACAGAGCGTTTCAAAAACGCTGGAGAGGCCGTTTTCATTCTGAAACGCTGCTGCTCCGTCTCAGTGTGGATGATGGAAAACGGAGACATCTGAAAACGGAGGCGGGGCTGCTGACATTCGCCTCTCTGATTGGGGCTTTTCCTGAATATTAAGTAGCCTAACACACACAGTTCAGTCCTGCATTTTCTCCGTGTAAGTTCAGACTTCGCATGTTTGATCAAGGCTGCAGTCTCTTCTTCTCAGTTTGATATGGAAAACAGACTAGGACACGGGTAAATCTTCAAAGGGAACAGTGTACTTTATAACTTCATTCACATCACCCTGGCTACGTTGTTTCACTTTCTCAACAATAAATTGTATACATGATTTAAGGAACTGCCTATTTTCATTTTAATATTAACAACTAAACAGACAGCAGAAATGTTGAGGCGTCGTGCTGCATGAGCGTCATCTTCACTGTGTGGATATCTATAACAAAACGGAGCCGATAACAACTGCCTCCTTTCAATTTCAGTGAAAATAAGAAACACACCCTCTCTTTTGCTGAATATCAGTTTTAATAATCGATAATGGCCATTATGAAAGTATAACACACAATAAGTTTTTACATTATAGGAAATAAAGGCAAGCGATCAGTCAATATACATAATAGGCTACGTGGTTTTATCAATCATTAACTTATCTTTGCGCTCAGCCAAAACACGTTACCTGAGAAAAAGTAAGATTCTAATGAACAAAGTCAGGGAATATGTCGTTAGATAAAGACAACAAGATGAATGAAATATCCCGTTTAATAAATATAGTGAGATTAGATCCAGCGGGAGATGCTTGATGAGAAGTCCGACTAGCAGAGCTCTCATCTGGGTAGATGAGCTGCAGCGCTTGCCAGAGAGTGTCTGTGTGGTCACGTGATGTGCGTTTTCAGCGTTTTGGTGTGGACGGAGAGCCGTTCAGAAACGCTTGGTAAAACGCGAGTGTGGACGCAGATCGTTTTCATTCTAAAAAGCCGTTTTAAAACTAAAACGCACTAGTGTAAACGGGGCCTCAGTCTCATCAGACCAGAGTATTTTGTTTCTTTTGGTCTGAGTGAGAGTCCTTCAGATGCCTTTTAGCAAATTCCAGGTGGGAAGTGGCTTCTGTCTGGTCACTCTACCACACAGGCCTGATTGGTGGATTGCTGCACTGATGGTTGTCTTTCTGTAAGGTTCTCCTCTCTCCACAGAGGAACCCTGGAGCTCAGACAGAGTGACCATCGGGTTATTGATCACCTCCCTGACTAAGGCCCTTCTTTCCTGATCACTCAGCTTAGATGGCCGGCCAGCTCTAGGAAGAGTCCTGGTGGTTCCAAACATCTTCCACTTGCGGATGATGGATGCCACTGTGCTCATTGGAACTTTTAAAGCAGCAGAAATTTTTCCCTAACCTTCTCCAGCCTTGTGCCTCAAGACAGTCCTATCTCTGAGGTCTACAGACAATTCCTTTGTCTTCATGCTTAGTTTGTGCTTTGACATGCACCGTCAACCCTGGGACCTTATATAAACAGGTGTATGCCTTTTCGAATCATGTCCAATCAACTGAGTTTACCACAGGTGAACTCAATTAATCTGCTGAAACATCTCAAGAATGTTCAGTGGAAACAGAATGTACCTGAGCTCAATTTAGAGCTTCACGGCAAAAGCTGTGAATACTTATGTACATGTGATTTTTCAGTTTTTTTATTTTGAATAAATTTGTTGCACTTAAAAAAAAAAAAATTCCCCATTGTCATTATGGGGTATTGTGTGTAGAATTTTGAGGAAATAAATGAAACGGTGCATTTTTAAATAAGTTATAATAAAAACTATAAATACTTTTTGGATGCACTGTATATTATTTATACAGAAGGGTTTTTTCCCTTGTATTTTTTTACATTTTCTTATTTTGAACCTGATTTCATATAATGTACAGAACTGATAGCATATCAATTTAAGCATAACATTTTGAAAAAATTGTAATCTAAATAAATGTTTGCTCTCACAGTTGTTTTTCTTCATTTTATTCACCGCTGTGTCTTGCCTTAAACTACTCTAAATGTGTGAATGAAATGCAAATGTATGAGTTTGTAAATGCGAGCAATTGCTTATGTGTGTGTGCATGCATAAGGCTCAGGATGCATCTGAAAGTATTGTTTATCATGATAGAAGTTTAAAGCTTACTCTACATTTTCTCTGTCGGTTCATCTATACTGTTTTCCACACTAATAAAACATAGGATTCTTGGTTGTGATGTCCAGTGTTTACACATTCTTCATCCTTTTCTTTTTTGTTAAGGTTAAGGTTGGAAGAAGAGAAATCTGGATGAAGTCAAATGTCAAGTTGTTAATGCGAATAATTTGAAGCTGAATTTTCAGTGCATGCTAATATTGCGGAGCAAAAGAAGTTCCCATATAGCATTTTTGGGCAGTGAGAGAAATGGGGGAAGAGGATTGAAGTCAGAAATGAAATTGAGACTGAAGAAAGAAGAAAAGATGTGTTATGAAGTTAAGATCAGAAGTTATCTGGGATAAGATCGCAGCGCTAAGTAACTCTTAGTATGTTTGTCCCATGCGTGCATGCATCAATCTTCTTTTGTCCATTTTGTATTGCAATAGTCACTATTCTGCAGTAGCATGAGAGATTTACAGCTAGATATTTTTCACACATAATCTGATGATGCATTAATTTCAAACCACTACAAATTCTTTTCTTGTAAAATTGTTTAAGCATTAGTTTATGTACAGTACTTGCAGTGAAAAGGCCACCATCACTGCGTATTATCATAGTCTTGATTGACTTATTTATATACATTTTTATAATTATATACACACAATTTTTGTCCCTGTGAGCCTATTCTGTTGCCCTAACCTGACTGGGATGTGGTTGGTTTAG
Seq C2 exon
GAGTCTCGTTCAGCCTCTAGGAGCGCAAGTCCTAGAGGATCTGCCAAGTCCGGCAGTCGCTCAGCTGAACGCTCGCCTGCTCATTCCAAAGAGAGGTCCCATCATTCCCGCTCAAAATCCCGCTCGCGCTCCCGTTCCAAGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002168:ENSDART00000021266:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF131361=DUF3984=PU(10.8=90.9),PF086487=DUF1777=PU(8.2=81.8),PF072186=RAP1=PU(8.1=72.7)
A:
NA
C2:
PF131361=DUF3984=FE(51.6=100),PF086487=DUF1777=FE(43.6=100),PF072186=RAP1=FE(48.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]