MmuINT0169162 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032307 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q (putative) 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr9:55010775-55016114:+
Coord C1 exon
chr9:55010775-55010876
Coord A exon
chr9:55010877-55016009
Coord C2 exon
chr9:55016010-55016114
Length
5133 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGG
5' ss Score
10.48
3' ss Seq
TACTGAAATATGTTTTGTAGCTC
3' ss Score
3.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATCTTACCCATCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGACCCAAATCTGACATCAGTTCTGGAACGCTTAGAAGATACTAAGAACAACAGTTCG
Seq A exon
GTAAGGAGATGAACCAGACTTTCCTTTTTCCTTCTCATGGTCTTATGCAGAAACATTAAATATTAAGCAGTTATATGATAAAAAATTTATCATACTAAAATTTACTCCATTTATTTCCTTTTCCTGATAATTTTCCATCCCTTCTAAGATCGTAATACAAGTTGTTATAGCATGATTAATAATGACAATTTTAGCAAGGTTACAGACCTTTTGAAGTCCATCTCCCTCTTTCTACATGTACATTCTATTTACATTAGGAATTGAAGTTCTTTTTTCCCCCCTTCATTCTTGCCATTAAACAAAGCAAACATTTTTGATAGACTGTTGGGTGAGGTGAGAAAGGACAAAGATGGTAAGTGAGGTAACATAGGATAGCATCAGGATTTTTTTTTAACTTTTTTTTTTTTAATTATATATATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCACACAACCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAGATGATTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCGGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCAACATCAGTGTTTGTGTTAGGGAATTCCTTTGCTAGTTAAGGCCCACAAGTCTGCAGTAAAAGCCAAATTTATTGAAAAGGTTTGTTGGTTTGTTTGTGATCCATAGTCATCCCCCTGTGCATACATTCCAAGACTCCCAGTAGAAGCCTGTGGGTATCTCTGAACTGTATAAAAACATGTTTTCTTCAGGACACTGCATATGAAGAGATTAATAGTAGCTAGTAAAGTAGAACCAGTGACAATGGGCTCCATGTTAAAGAACTATAAACATTGTGTACTTTCAGTTGGTTTATGGGGACCTTGATAAACCCTGGAAAGCAATATTTATCTCTGGGTTAGAGGGGGGTGCTTTGTAAAGAGATGTATCTTTCTAGGCTGGGAAGATGGCTCAGGAGTTTAGGACACTTGCTGCTCTTACAGAGGACTTTAGGTCTGTTCCCAGCACCCAAGTTGCAACAGCTTACGAGTACCTGTAACTCTAGCTCTGGGGATCTGATGCCTCTGTTCCCTATAGGCACTGTACTCAGGGGTACAAACTACACACAATTAAAAAATAAAAATCTTATAAAAAGTATCCTTTCCTTTTTTTAAATATTAAAATGTTTTATTCTTTGATTGTAAATATCTAAGTACCCATTGTAAGAAAACTATTAAGTTGTAGATAAAAAGAGGACATTTAGCTTTCTTATAATTTTCTACCTAATATAACCACTGTTGACATAATGGATATTTTCTGCAGTTTTTTCTTTGTTAGAAAATACATATGCTATTTCATATGTTTTTAGATAGTTGGGGTCATGTCTGTAATCTTACACCCCTTTTGAACTTACTGTTTTTTCCATATTAGTAAATCCTTATAGAACATAATTGTTCTTTGTAGATGTCATGATTTTTTAAAAATACTCCTCTTAAACTCATATAAACTGCAAAAAAAAATGAGCTGGAGAAAAACAATTAATTTGTTGAAGATCTGTAATAACTCAAATGCTGCTTATTACCAAATAGAAGATACAATGATATTTTATTGATGATTGCAACAAATTAAACACCTAGGGTAAATTTAAATATGGGAGACTTATATGAAGAAAACAACAAAATTTTGCACCAAAGAATGTAGACTTAGATACTGTGGACAGACAGATGTCTGAGGTGTGACAAATGCCACTTATCCTGTGTCCTAATATCTATAAATCTAATGCAGTGTCACTGAAAATGATTTATTTATTTTGGTGTTTAAAGACAGGGTTTTGCTATATAGTTCAGGCTGTCCTGGAACTTGCAAGCCTCTTGCCTTAGCCTTTCCAGTACTGGGATTATAGGCTATGCCGCCATGCCTGAGAGCCATCATATTTGTTTCTGGTATTGTCAGAATGACTCAAGAATAAGTAATAAAATACAAAAGTTTAAAAGGTAAAAAATTTGCCCAAACAGTAAATGAAATAAAATATTAACTATTAGAACTAGACCAACAGGCAATAGAAATTTAGAAACAGCCATGCAAATGACAATTTAGAATAAGTAAAGCTGGCGTTTTAACCCAGGAAGGAAGAATCTTTCTATAGATAATTTTAGAACTGGCCATTTTGGGAACTTAGACTCTTTAGCTCTTTGTCTTGTCAAGGTAAATGGTTTAAACATGTTCTTAAAATTAAGAACACTGGGGCTGCTGCAGTGGCTCAGCAGATGAAAGCATTGCCTCAAGATTGATGACCTAGCTTGGGCTCCAGGACCCACATGGGAGAGAGAGAGAGAACTCTTCCTACAGCTGTCCTCTGACTGCCACACTGTCATGGCACATGGCATCCCTCGCTCTCCCAACCTCCATAAGTGTAAAGAAGTTCTAAAACAATGAAGAATATAAGTTTCAAAAGTTTGTAAAAGAGTCCAGATCTTAAGAGCCATGAAACTCGGAGTAATTAAACCCAGACAGGTACATGTTTCATTTTCAGCAGACTGGTGATGGGAAAGACAGACAGACATAGCTCTCTAGCTGTTCCTCCTTAAATTGCTTATGAGTTAGGCCTACTGGCACAGGCCCATAATCCCAGCTACTTGGAGTTAAGGCATGGATATTGCAAGGTCAAGGCCAGTCTGGTCAACAGATTGAGATCCTGTCTCAGAAGTGAAGATAGGGTTGAAACTATAACTCATTGGGAGAATGCTCACCTACTTTGTGCAGGGTCCTAGGTATAATCCCTGATACTAAAAAAAAACCCCAAAAAACAAAAAACAGAAAACAAACAAAAAAAAAACCTGTGTCAAGTTAAATGGAATAGGGCTTATATTGGATCTAATTATAGAAAGTAAGTACATTTACCTGAAGGAAAGATACACTTTCACTCTGATAGATAGCCTCTGCCGATTTCTCATAGCCTGGTTTCTAATAACCTTGTTTTGTTTTGACTTTTTAGTTTACTTACTGGAGTAGAGAATCTGCCGTTGTATAGACATTTCTTAGCTGTCCAGTCCAGTGGCTCCTTTTTAGTACTAAAGCATTTTTCCATGGTTGAAATTTTGTTCCATCAACATGTATTACTTAATGCCCACCAATAAAGAGCTGGTTAAGTTACTCCAGCTTAGTAAAAAAAGAATGCAGCCAGCCCTTTTCCATAGTACACATTGCAAGATATAAGTAAAAAACAAGGCATAGAATATTGTGTAATCTGTCCTCTTTTGTATACAGTATTGTACAATACATATTAATGATGGCTTAGCTGTGCTTGCATTCTCCTTCCTGTAAATGTAGGAAGCTGTTAACAGAACACAGAAAAATACTTTAAGAGTATCGATTGACTTCTCTGAAGCTCTGTGATAAATGATGTGTATTCAAAGCCAAGGTTTGTCTGTCCTGTGCTAATTGATAACCTAGTGGGGACCTCTATGAGACCACCATTCCTTGGCTCTCTTACTATCTCGTCTTGGTCTCCTCTGAGATGCTCTTCCTTGGTATGTCTCTTTATTATCTTTTTATTCTGTGTTTTCTCTGTGCAAGCTCTTTTACTCTCATTACTTAAGTCATACTTTATTTATTGCAGAGATCCCTAAATCTGTATCTCTAGCCAGAATGTATCTTCAGAGGTTGAAACCCATACACTTATGTTATTGATCCTCTCTATCTAGGGGATCTTGCTTAGATGTGCCATGGGATGTGCTTGTCAGTTTCAATTTGTCTCCATCTTGTTTTCCCTCACTAATTCTCTCCGTGAAAACGAAACAATGATACTGGTCATCTGTGCCTGGCCCTGGGAACTTAAGAGTTCTTTTTTATACTTCTGTTCCCCAAACCATAAACTCTAGTAACTACCAAAAACTTGTTCACTTACCTAAATAGTTTAGACCCTCCCTGTGATCTGAGTTTCTTCCACAGTCCCTGAAGAGGAGGGAAGTGTTAAAAGTTAAACTTCCTGGAAAATAGACTCCCTGTTTTTCCTGTGGCTTGGTATGGAGCCATCATACTGCTATGACCTATAGCACTGCTGCAGGGTCCTGAGGTGGGATCCGCGGTCAGGGCTGTTTCCTGGCCATCCTGTCATCTCATGAAGTACCTACCTACACACACACATCCACAGACGTGGCGGCCCTTTGTTTCCCTTTGAGCACGAGGGCATTTGTTTGATCTAATTTAGTGCTTAGCCTTCCTCATGTCTACTTGGAAGGGCTTGCTTGTTCTTTGCTGGACTTAACCCATTCTAATCCTGTTCCTGTTTTCTTAGTCCTCCATAAACCTGCTTCTTCTTCATGTCTTTTCTTCATCAGAGACACTGAGCTAACTATTCCTGCCCAGTGAAGTAAGTTGCCTTATCAGCTCCCATCTGAGTCTTAAATATTGCTTATCTTTTATGTTGAGGAAAAACCCTACATAATGAAAAGTATGTTTGCACAGTTTTCCTTGTTTGCTTCCTTAAAGTAAATATACCTACAAAAATTTAAAATGGAAATTTAAACAGCTATTCTAATATGGCAGTTTTGCTAATTTTTTTTTCTTTTCTTTTGGAGAGGCTTAATTTTAATTACTCCTTACTGTCATGAGACAGCCTTCATTTCTGTTTTGCAGATGGCAGAGACTAAAGCCAGGGTTTAGGTATATGCAAGGTTATTTATTCTAGGCTGAGTCTACTAGGCCACAATTGCCTTATGGTTTTAAATGAATCTGATTGTTGCAAATGTAATTTTATAATCCATATGCAACACTTTCTTTAGTTTTTTGGTAGTCTTACGAATGCATTAATGTTCTGTTGTTTAAAAAGCTGCAAGTTTCTAAGATTAGTTAGCAACTAGACACTAGGCAGTGTCTGACCCTTCCTTCTGTGCCTTTTTGTTGGTGTTACCTACTAGATACCATGCTATAAGGACATACTAAGCTGTAATAACTTTTCTAAAATCGTGATTTTCTTACACCAGCAGCTCTAACACGTATCAGAGACTGCTTCCATCTATGGGCTGCAGTTAGCAGGAGCGCATTTTCCTTTCCTTCTGGATTGACTAACAGTAGTTGTAGCATTATTCAATGTCGTCTAAGGGCTCTTTAACATAATGCTTATTTACTGAAATATGTTTTGTAG
Seq C2 exon
CTCCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGACCTCTGCAGATTATATAACCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGGGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032307-Ube2q2:NM_180600:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.382 A=NA C2=0.564
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=FE(28.4=100)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=PD(14.7=48.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: