DreINT0170686 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013990 | ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1919]
Coordinates
chr25:29007465-29019200:-
Coord C1 exon
chr25:29019096-29019200
Coord A exon
chr25:29007588-29019095
Coord C2 exon
chr25:29007465-29007587
Length
11508 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
CACATTTCCTTCTCATGCAGCTC
3' ss Score
8.78
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTCTTATCCTTCAACACCACCAATATGGTTTGTTGATTCTGATGATCCAAGTCTGACTGAAGTCCTTGAGCGACTGGAGGATGTCAGAAAAGGCAATGCTTTG
Seq A exon
GTAAGGAAGTGTTTTTTTTCCACTTGAGATGGTAATGAGATGGTATTTTGATGCTTGATTGGTGGCAGTTAATTTTTTACCCTGTAGACAATTAATACTTTTATTTCATCTTGATAGAACTGTAAAGTAAAGTGCAAATACACTTAAAAATACATATATTAAGCAGCATAACGGTTTTTGAGAATTGAAACAGAATTTTTATTGACCCCAATAAGGATTGTTAAAAAGTAAAAAGAAAGATAAAAGTATAAAAGTAAAACTTAAATTTAATATCATTTTAGTTTAGGCAATGTATAATTGCATGCTAAAGTTTGCCTGAATCAATCTATGAATATAAGGATGCTGTGTAGTTTATGAAATCATTGAAGTCCTACTAGATTTGACATTATGGTGATTTGTTTACTGCAGTTACCAATGCAACACCATTATTTCTGCAATTCTATAGGTGCCAACCTGCTGAATTAGCTAGATTTAATATAATTTTTTCAGTATATGAATATTGTTGTAGTTTTGGATTAATTTCTTACATTAATATTTAGTTAATATACTGTAATTTAAAATCTCACTAGTGTTTACGGTTGAAAAGTGGTTATATTGTCTTAAAGTGGATGGAAAGAGTCTTATGGTGCTTTCACACCTGTGAATCGATTCAGTTGTTCCGAAACAGAGATTACAATCGTTACATTGCTCTTGGAGCGGTTCGCTTTCACACTACAAAGTTTCTAATCGGACCAAAGGAGCTAAAACAAGTCACGTGCGAGTAAACTCTCCTTACATTGATCAGAGTGTCAGGGTTTATTTTCCAGCATCCCGCTAAACTGTCAGGAGAGGTGGTGGTTTGGTGGTGATTGACAGGGTGCGCGCGTGCGACGTGTCTGAGGAGAGATGCGGTGGGGAGGGGTGAGAAGGGTGCATAACGATGCCTATTTAAGGACCGGGAGGGAGACGCGAGATTACCGGGAGTTCATCACTCGTTTGCGGGCATCCGGAGACTCACGAAACTTCCCACCCTACTCATAATTCTCTCTTCATATAGCCATAAGCCTATTACATATCCATAAAACACTGTGATATAACCGCGCTCGGATCGGATCGCTTTCTCACTGCAATCGAACTGCTCCAGGGTTCGTTTCAATCGAGCCAGAGACCACCTCATTCAAGCGATCTCGAAGCAATTACTTTGGCGCGGAACAGAGCGCGATTGCCCTGTTCACATTTGCCAAACGAACCGCGCTAACTGGGCAAACGAGATGCGTTCCGAAACAAAAGTGTAGGTGTGAAAGCACCCTTAAAGGTCTTGAATTTCACTCTCTGATTCTTGTATATACTCTGCATGGTTTCCGCTACATTCATTCTTCCATGGCGGTGTGCCAAGCCAAAATACATACTGTCACAGCTACATTACAGCTTCTCATTCAAATCGTTTTATTTTTTTAATAGCGGGTGATAACCGCACCAAAACGTATTAAAGGTTAAGTGAATTATAATAGCGCGAGTTTTTTTGTAACCGTAGTAGTGCTGTGCGTCATTTGTTTACCCTTTAAGGTGACGTGGTGACTGACAGGCTGACAGGTGCGTGAGGCCAGCAAACACAACGTATAGTCGTTTCATTGCTAATAATGCTACTCAGTAGGTCTATCGGAGACATTCATAAACATTCCTAGCAAATCTAATAAATGCTGGAGACATACTCATTACACAAATGCACTAAATCGCACCCAGCAGCGTTTGTTTGAGAGCGCACATGAAGATCCGCAAGCTCTTGAAGCGGCTAATATTTGTGGGGGCGTGCAAGAAGTTTTGTGCAGAGGAAATCTGCGCGCAAGCACAGAGATTCGCATGCTTGTAGGCTATTACATAAATGCAATCCTGACTTTTAATACTGCGCTCACGACATTTAACACTGAAATAAAAACGCCACAGGTAGGGCTGTGTATTGGCAAGGTCCTCACGATATGATACATATCAAGATACATGGGTCACGATACAATATATCACGATATATTGCGATACAATATATTCCAATTTATTTTCTCTCCATTTCAATTCATTAGAGCTGCACAGTGTGATTGAACAGAGAACTCACTGAAATGTATTAAATGCATATTGTTATTAAATACTTAAGTAAAATGTATATGGCACTAAAGTCACAAATAAATGAAATAAACTATTTATAAAACTAAAGCAAGTAAAAAAAATAATAAATGCATCAAGTAAACAAAAAAACTGGAACACAGTGCTCAAATACAGGGGTTCCCAAACTTTTCAGCCCGCGACCCCCAAAATGAGAATGCCAGTGACTCGTGACCCCCAATATTCTCTCAGGTGGTGGTTATAAATACAGAAACCTTGTATGCAATGACGCACACACACCAATAGACCCAAGTCTATTCTTTGTTTTTGTTTTATGTATGTCAGTGCTGTAAATGGGCTAGAAAGTTTAACCTGGTGTTACAAAATCTGCTGCATCTGACAGTATTGCTGTGGCTTTAGTATGATGTAATTACCCGAGAAGTCGCAATCCAATAGAACTTGTAACCATAAGCTGCTATAGTAACTATATAGTTTATAGTAACTATAAACGACTATTTTTTCTCATCAGTAGATTATTGATAAAATACAGTAAGTCTTAAGGTTTAATAAAAATTAATTGATTTTTGAAAATCACCAGGCGACCCCCCCCCCCCTCCCCTTCATTGTCCCGCGACCCCTCGGGGGGGTCCCGACCCCCACTTTGAGAACCTCTGCTCTAATATGCAGTAAACTATTAGAAACGGACAGTGCGACTGACAGCATCATGAACATTTTGCTGTGGAAACTGGTCTCACACGGGTAAATTAATTGAAAATTGAGCGAAACATTTTACATGCTACATGCCGGCCAGCTGTGCTGTTACGGTCGTGTTTGCCGCGTTGTCTGTTACAACAACAGGTCCTTTCATTTTTTTTGTCCCATTCCTCCTATGCAGTTTTTAGTAACTCTGCAATGTTAGTTGAGGTAGACGGAAGCTTAACGATGTTATCCAGTGTAGTTTGCCTTAAATTAAGAGGTTTTGGTTGAGGACGCAGTGCTGCTAATTCATCTGCGTGGTGTCTTGTTAAGTGATAACGCAAGTTCGTAGTGTTTCCTGAATATTTAAGATGGATTTACAAAGCTTGCAAATGACATTTTTTGTCAAATTCATTAGTCTGGTATAGTGCTAAAACCAAAGTGCAGCAACACGCCAGCTCTAAAAGCTTGAGGCGCCTTTATATTTTCCGCCTTGCTCACTCTTGCTTGCTTCTGAAACCATACTACTTAACGTTTTGTTGATAGCAAGTAGCAGAGGAGTATGGAACAAAATCAATGCCTAAAGTCTTGAATTAAAAAGCTTGTTGAATATCACAAACTGAAAAAAATAATACACCCTATTAACAAGTTCTTGCATTTTAATGACTTGAATTCCAGGGTTTGTATTTTTAGGTCCTGAAATTTAACATATCTGTATATTTAAGCTTTGAATATTTCAACGAAAAATATTTCAAACACGTTTTCATACTTAAAAATTCAATAATTCATATTCAATTTTCAGATTTCACTTACAAAATATTCAATAACCTTTAAAAATACGATGTATAATATTCAAAAGGTCATTTTCAGTTCATTTTATTTCAGTTCAAATATTCGCTTCCATAAATTCAGTGGATCAAATTCGACTGTTAAAATTCAACATTACATCCGGGAACTGCAGGAAAAGCAATAGATTGCAGATTGAAGATCGCCAGCTGCTCTAGCTTTCACCAGCAGGTGGAGATGGAATGTAAGATTTTTAACCCAGTAAACAGGCGAGAAAAAGGCTATTAAAGGCACAAAAGTAGCATTTAATATTAATATCAATGTTTTGGACATTATAAATGATAAAAAGTATGAGTAAAATGAGTTAATGAGGTTTTAGTCATCTTTGCACTTATGTAACGGAAGCCAGCTGGTGATCGCGTAAATCTCAGTTCTCGGATCCAGTGACAGACGTTGTTCTGCAATCTTATCGGAGCTTGTCTCCCATGCCGGCTCGCTCTCTGCTCGGACCGGTGCAATTACTTGCACATAAACCGTCTTTTGATGAATATGATGTTACACATTGTCTATCTTTATTGACTCTTTCTTCCATAGACGCGAAGTATTATATTGACAGCTAAAGAATATAAACGTATGAGAAACAGGAAAGGAAATATTATAATAATACAAAATAGATAAACATTGACAGGGCTAAGAACAATTACGAACAAAGATATTCAAAAGCAGAGAGATTTTATGAGAATGTCACACAAAACAGTTTACTTGGAACTGTTAAACAGTGTTCAGGTATGATTTAAGGTTGGTTATGGATAGGGCGTCTAATTTAAAATAATTTAACATAACGTGAGAATGCATTAAAGTGACGTCTTCAGTTATTATTTAAACGCAGCTATGTCAGGATTGGGATAGGTTATATAATTTCATTATTTAAATTATGATTGTTAATATTAATATTCTATGACATGTATTTGGGCTATTGCGCTTAAATAAGTCATCCGTGATTCTAAATTAATATTTCTATTTGTAGCTATCACTTTGCTATCGTCTTTCTCTTCTTTTTTTCTATTTTTTGTGGTTCTGCCACGGTTACGTTTGCAAAATGTCTTTAGTTTGTCCAGAATATTGCTTTTCCACTAAAATAGAGACGAAGCAGAAGGAAAATGAATGAATTGATGAATGAATGAAATGATTGACGTTTTTATGCATGTGCGGTGTGGCTTGCACACGACAAAGACGAACGAGTGGCCGCGAGCTCCGGTGGCCGGTCAGAGCCAGCGCCGCATATCAACGGTTAAGAGATGCTAGATGGCTGCCAATATGATAGGAATTCTTCCGAAGTTTCAGATGATATCTGGGCTTGTGCATAATAATGTAAAATAAAAGTGAAAGTCATGACATTTGGCCAAGCATAAGAATAGCCTAGTGTTTCGATTATTATATTAATC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Seq C2 exon
CTCTTACAGCAGCTGAAAAGGCTGATCTGTGATTTATGCCGACTCTATAACCTGCCCCAGCATCCTGATGTGGAGATGCTGGATCAGCCGCTTCCTGCTGGACCCATCAGTAATGATAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013990:ENSDART00000155506:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.229 A=NA C2=0.439
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=FE(32.4=100)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=PD(15.2=39.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]