RnoINT0159290 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014529 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr8:59724257-59729064:+
Coord C1 exon
chr8:59724257-59724358
Coord A exon
chr8:59724359-59728959
Coord C2 exon
chr8:59728960-59729064
Length
4601 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGG
5' ss Score
10.48
3' ss Seq
TACTGAAATGTGTTTTGTAGCTC
3' ss Score
5.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTCTTACCCTTCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGACCCAAATCTGACATCAGTCCTGGAGCGCTTAGAAGATACTAAGAACAACAGTTCG
Seq A exon
GTAAGGAGATGAACCAGACTTTCCTTTTTCCTTCTCATGGTCTTATGCAGAAAAATATTAATATTAAGCAGTAATATGATAAAAAATTTATCACACTAAAATTTACTTCATTTACTTCCCTTTTTGATAATTTTCCATGTCTTCTTAGATTGTAATACAAGTTGTTAAAGCATGTTTAATAATGACAGTTTTAGCATGGTTAGAGACCTTTTGAAGCCCATCTCCCCCTTTCTACATATACACTCTATTTATGTTAGGAATTGAGGTTCTTTTTTTCCCCCCTTCATTCTAACCATTAAAGTAAACATTTTTTGATAGACTGTTGGGTGAGGTGAGAAAGGACAAAGGGGAAAGAAAGGTCAGTGTAGATAGATGGTAAGGGAGGTAACATAGGATAACACCTTTGTAATATATGAGTACACTGTAGCAGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCTCAGTGTTTGTGTTAGGGAATTCCTTTGCTGGTCAAGGGCCCACAAGTCTGCAGTAAAAGCCAAATTTACTGAAATAAGAGTTTGTTTGTTTGTTTTTTAGTTTGTTTTTGATCCATAGTCATCCCCCTGTGCACAAGTTCCAAGACTCTCAGTAGAAGCCTAGATCTGTGGGTTGCTCTAAACTCTATACAGACAGGTTTTCTTCAGGATGTTGCACACAAAGAGATTCATGTTAAATAACTGTAAACATTATTTACTTCCAGTTAGTATATGGGGACCTTGAATAACCCTGGAAAACAATGTATTTCTCTGGGTTAAAAGGGGGGGGGGGCTGCTGTGTAAAGAGATGTATCCTTCCAGGCTGGAGAGATGACTCAGGAGTTTAGAACACTTCTACAGAGGACCTGAGGTCAGTTCCCAGCACCCAAGTTGCCACAGCTTACAAGTGCCTGTAACTCTAGCTCTGGGCATCTAATGTCTCTGTTCCCTACAGGCACTGTACTCAGGTGTACACGCTATACACAATTAAAAATGAAAAATCTTGTGAAAAGTATCCTTTTATTTTTTTTAATATTAAATGTTTTATTCTTTGATTGTAAACGTGTTAAGTACCCATTGTGAGAAAACTATGGTGTAGATAAAGAAAAAGAGGACACTTTTACAAATGTGACTTATCTCCATGTCCTTATATTTATAAATGTAATGCCGTGTCATTGGGAATGATTTATTTATTTTGGCTTTTAAAGACAGGGTCTTGCTGTGTAGACAAGGCTGTTCTGGACTTGCAAGCCTCTTGCCTCAGCCTTTCCAGGTCTGGGATTCCAGGCTGTGTCGCCATGCCTGGTAACCAGCATAATTGTTTCTGGTACTGTCAGAATGACTCAAGAAAAAAATGATAAAATACAAAAGTTTAAAGAGGTAAAGAATTTTCCAACAGGTAGTAAATGAAATAAAATATTAACTATTGGAACTCGACCAGCAGGCAATAGAAATTTAGAAACAGCTATTCAAACTTAGAATAAGCAAAGCTGGAGTTTTAACCCAAGAAGGAAGAATCTTTCTATAGATAATTTTAGAACTGACCATTTAGGGAAGTTAGACTCATTAACTCTTTGACTTGTCAAAAATAAGTTATAGATGGTTTAAGCATGTTCTTAAAATTAAGAACGCCGGGGTTGTTGAAATGGTTCAGCAGATGAAGGCAGTTGTCTACAAGACCCAGGAGAGAACACCTCCTACAGTTGTCCTCTGACCGCCACATTGTGTCATGGCACATGTCAGCCCCCACTCTCCTAACCTCCATAAGTGTAAAATTCTAAAATAGTGAGCAATATAAGTTTCAACAGTTTGTAAGAGTCCATGAGAGTGGGAGGTAATTAAAAGCCAGGCAGGTACGTGTTTCATCTCCAGCAGACTGGTGATGGAAAGGACAGGCAGACATAGCCCTCTAGCTGATCCTCCTTAAATTGCTTGTGAGTTAGGCCTGCTGGCACAGGCCCATAATCCCAACTACTTTGGAGTTAAGGTATGGAGATTGCAAGGTCAAGGCCAGTCTGGTCAACAGATTGAGGTCCTGTCTCAGAAGTGAGGAGATGGTTGGACTATAACTCACCTACCTTGCACAGGGCCCTAGGCATAATCCCTGATACTATGGAAAAAAACAACCCCAAAAAACAGAAAAACCCCTGTGTCAAGTTAAATGGAATAGGACTTACATTGGATCTAATTATAGAAAGTAAGTACATTTACATGAAGGAAAGACATGTTTTTGTTCTTAGAGATAGCCTTTGCTAACTTCTCAGAACCTAGTTTCTAGAGAGAACAGTTGTTTTGTTTTGACTTTTTAGTTTAGTTACTATAGGTAGAGAATCTGCTGTTGTATAGACATTTCTTAGCTGTAAAGTCCAGTGGCTTCTTTTTAGTACTCAAAAGGATTTTTTCATGGTTGAAATACTGTTCCACCAACATGTATTACTTAATGCCCCCTAAAGAGCTGGTTAAACTTTTAAAAATGTAATGTATAGTTGAATACTCCAATGTAGTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGCAGCCAGCCTATTCCCATAGTACACATAGGACATTGCAAGACAGAAGTAAAGAGCAAGGCATGGAATACTGTTTAATCTGCCCTGTATTTAGTGTTGTACGATACATATTAGTGATGCCTTAGCTGTGCTTGCATTCTCCTTCCCGTAAATGTAGGAAGCTGTTAACAAAACACAGAACATACTTCAAGAATATTGATTGGCTTCTCTGAAGCTCTGTGATAAGTGATATGTATTCAAAGCCAAGATGTGTCTATCCTGTGCTAATTGATAGCCTAGTGGGGACCTCTATGAGACCACCATTCCCGGCTCTCTTACTATCTCATCATGGTCTCCTCTAAGATGCTCTTCCTTGGTATGTCTCCTTATTATCTTTTTACTCTGTGTTTTCTCTGTGCAAGCTCTTTTACTCTCAGTTAATTCATACTTTATTTATTGCAGGGATCCTTAAATCTGTATCTCTAGCCAAAATGTGTCTTCAGAGTTTGAAACCCATGTACTTAGGTTATTGATCCTCTATCTAGGGGATCTTGCTTAGTTGTGCCATGGGATGTGCATGTCAGTTTACATTTGTCTCCATCACGTTTTCCCTCACTAACTCTCTGTGAAAATGAAACAATGATACTGGTTCTGTGCCTGGCCCTGAGAACTTAAGAATTCTTTTTTATACTTATGTTCCCAAAACTATAAACTAGTAAGTACCAAAGACTCGTCCATTTACCTTCTTAAATAGTTTAGATCCTCCCTGTGATCTTAGTTTCTTCCACAGTCCCTGAAGAGAGTCCCTGAGGGGAGTGTTAAAAGTTAAACTTCCTGGAAAATGTACTCCCTGTTTTTCCTGTTGCTTGGTATGGTGCCATCATACTGCTGTCACCTACAGCACACCTGCAGAGTCCCATGGCAGGATCCGAGGTCAGGGCTGTGTCCTGGTCACCCTGTCTCATCTCATTTTATGCCTACACACATCCACAGAAGGAGCCCTTTGCTTCCCTTTGAGCATGATGAGGACATTTGTTTGATCTAATTTAGTGCTTAGCCTTCCTCATGTTCACTTGGTCCTTCATCCACTTTGGAAGGGCTTGCTCTTTGCTGGGTTTAACCCATTCTAATCCTGTTTCTGTTTTCTTAGTCCTCCATAAACCTGCTTCTTCTTCATGTCTTTTCTTGATCAGAGACGCTGAGCTCACCATTCCTGCCCATGAAGTCACTTGCTTTATCACTCCAATCTGAGTCTTAAGTATTGCTCATATTTTAGGTTGAGGAAAAACCCTAAATAATGAAAAGTATGTTTGCACAGATTTCCTTGTTTACTTTCTTACAGTAAATATACCTACAAATATTTAAAATGAAAATTTAAAGAGCTATTCTAATATGGCAGTTTCACTAATGATTTTTTTCTTTTCTATTGGAGAGACGTAATTTTAATTTACTCCTTACTGTCATGAGACAGCCTTCATTTCCCTGTTTTGCAGATGGCAGAGACTAAAGCCAGGGTTTAGGTATACAAAGTTATTTATTCCAGGCTGATTCTACTAGGTCACAATTGCCTTATAGTTATAAATAAATCTGTTGCAAATGAAATTTTATAATCCATATGCAACACTTTTAGTTTTTTTTTGTAGTCTTACGAATGCATTAATATTCTGTTGTCTAAAGCTCCCAGTTTCTAACATTAGTTAGCAACTAGACACTAGACAATGTCTGAGCCTTCCTTCTGTGCCTTTTTGTTGGTGTTACCTGCTAGTTACCGTGTTGTAAGGACATACTAAGCTGTAGTAACTTTTTTAAAATAGTGATTTTCTTATATCAGCAGCTCTAACATGTATCAGAGACAGTTACTCCATCCGTAGGCTGCAGTTGAGCAGGAGCACGTTTTCCTTTCCTTCTGGATTGATTTAACAGTAGTTGTAGCATTATTCAATGTCTTCTAAGGGCTCTTTAACATAATGCTTATTTACTGAAATGTGTTTTGTAG
Seq C2 exon
CTCCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGACCTCTGCAGATTATATAACCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGGGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014529:ENSRNOT00000019539:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.170 A=NA C2=0.314
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=FE(28.7=100)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=PD(14.8=48.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]