MmuINT0178704 @ mm9

Intron Retention

Gene

ENSMUSG00000022228 | Zfp187

Description

zinc finger protein 187 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3531417]

Coordinates

chr13:21534044-21539763:-

Coord C1 exon

chr13:21539655-21539763

Coord A exon

chr13:21537699-21539654

Coord C2 exon

chr13:21534044-21537698

Length

1956 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

GAGGTAAGA

5' ss Score

10.06

3' ss Seq

ATATATATTTACTATTTCAGGTA

3' ss Score

9.48

Exon sequences

Seq C1 exon

GACTCAGCCCAAAGAAGCAGACCAACGGTGCTGGTTGGCGAGCCAGCCCCTCGCAGGGAAGCACGGGAGCAGCCTGGGTGTGCGCTTCCTCAGAAGCCTGAGGAGAGAG

Seq A exon

GTAAGAACCAAATGGCATCTTTTTGCATTTGAATTATGGTAGGCCATGCAGTGCCTCTGCCTTGGCACTCGGCATTTTGGTATTTGTTTTTATTAGGCCTGTTGTGGCTTAATTTGTATACATAATCTAAACTGTAGCCTCTCTAGTCAGTGCAGGTTTTTGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTGTTTTTGTATATACAATAAACTTAGTAACACAGTCAAGATTTAAAAGATCTACAACTCCAAACAATTTGAATGAACAACACACCAAGAAGTGGAGCTGAGCCTACCTGTTGCTCTTCCCTGAGGCAAAAAAGTCTCAGACAGAGTTTCCTTATTCCCTTTCCTAGCTCCTTCAAATCACTGTGAATGGCAGTGCTGAGGGTGGGGTGTTAATCAGTTTCTTTGGCTCTGCTTTGTTACTGTTCTATTTCTTACTTTTAGTCTCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCACCCCCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACACAGGGTCTTCCTGTGCAGCTCTGATTGATCTCAACTACAACTATGTAGATCAGCTGGCCTTGAACTCTCTAATGTCTTTGATGCTTTCACTAAGTTATGTTGTAGTCTTCTCTGTCACTTAAATACGAATGTATAGATGTCTCTCCTTGCTTAGATCCCTTAGTGAACTGGGAAATGCTATTCTGTTTTTTCACATGAAGTACTGTGGCCACATTGGGAAGAGGAACCGAGAGATAGAGCTTTCGCTCTCCTCAGGCAATAGCGAATTGTGCTGCGCCTCCCACTCACCCGCACTCTGTTGGCCTGTTTGTTTCCATTTCCCCTTCCTGTTTCTCTCTTCTGGCTCCCTCCTGCCTCATTCATTCTATCCCCTGCTCCAGGCTCCCCATTCACTCACTGTCTGGGTCAGTGTCCTCGCCTGCTCGCTCACGGGAAGTTAGCTTCCAGTTTCTGGCTTCTTTCTCTCTTTCCATAGTTAAAGAGCCAAGTTTTGTTTTGTGCCCTGAATCTGCTATAGATCCCCTCTGAGGGGAACAAATCATATTTCAACATGATGTTTTTGTGAATGCATTATTCTCAAGGTCTTATGCTCCCGGTACTGTTGATTTATTGTTAAGAACGTAAACACTTTTTCCAAGATTACATACTACTCAGTGATAAAATTGGCACCATGTCAACTCATCTTCATTTGTCAAAGTACCTTCCCTGCTTAACTTGATGGTCCTCGGGTGACCTGATTTATGGTGCTTTTTTGTTTCCCAGGTGACAAATCATGATCAAGAATATGCAGTCATGCTTAGTAGCTTCTGTGTGTGTAACATATGTCACATAATAAAATATAGAACATTTAAAATAAATCACCTCCCACCACAACCCCTGCCCTTCCCCAAAGCCAATCTGGTTAACACTTTCCCAGATGTCAGGCTGGACGTGGTGGTGCTGTAACTGTGGGACCTGAGAGGAGAGGATTAGGTTAGGCCATGTTATTCTGCATAGTGAAAACTTACCTCAAAAAAAACAAACAAAACCACAGTTTCTTGTAAATCACTCTTTATATATATATAAAATAATCATGAGCAAAATTTTGTTGTTGTTTTTTTACTTTGTGAGGATTGAAGCGATCTCATCTCTTAAGAAAACTTTTACAGAGGATCTGGTTTCAGTTCCTGTCAACTACATTGCAGCTCACAACATTCTGTAACTCCAGTTTCCGGGAACTGGACAGCCTCTTACGGTTTCCTTGGCACTGCATGCATGTTGTGTACATGCATACATGCAAATAAAACACACATAACATGTTTTTACATTTATACACATGGCTTTATTTAAGTATTTCCTGCTATTTGCAGATTCCTTTCCCTGAACACCAAAAATAAAATAATTAGTGATATATATATTTACTATTTCAG

Seq C2 exon

GTAAAGAGACAAGGAGTGAGAATGGGAATCTCATTGCAGGGACAGACTCTTGTGGAAGAATGGAATCATCTTGTACCATGACTGAACCCATTGAGGCCCAGTGTGAGGACCTGAGCTTGAAAAAGAATCCAGCCATGCCCAAGGAAAAAACTAACAGCCAATGCTTGGAAACTAAGGAGAGACTTGTTCAGAACTCAGGCCTGATTGAACATGACAGGGCACATACAGGAGAAATGTCCTGGGAATCTGTAGGATCTCAGAGTTCTGTTGCTGCTGACCATCAGGAAATCTCTAAAGACAAAGGTCATCCCTGCCAAGAGTGTGGGAAAGTCTTTCAGAGAAGTTCACACCTCATCAGACATCAGAAAATCCATCTTGGGGAGAAGCCTTACCAGTGCAAAGAGTGTGGAAAAGTCTTTAGCCAGAATGCAGGTCTTTTGGAGCATCTCAGGATCCATACTGGAGAAAAACCCTATCTGTGTATCCATTGTGGAAAGAACTTCAGGCGAAGCTCTCATCTTAATCGACACCAAAAAATTCACAGTCAGGATGAGCCCCGAGAATGCAAGGAGTGTGGGAAAACCTTTAGTCGGGCCCTCCTCCTCACCCACCATCAGAGAGTCCATGGTCGTTCCAAAAGACATCACTGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTTCAGCTTGACCTCCGACCTTATTCGACATCATAGGATTCACACTGGAGAAAAACCTTTCAAATGTAATGTGTGTCAGAAAGCTTTCCGCCTAAATTCACACTTAGATCAGCATGTTAGAATCCACAATGAAGAAAAACCCTACAAGTGCAGTGAATGCAATGAAGCCTTCAGGCAGAAGTCTGGTCTCTTTCAGCATCAGAGACATCACCATAAAAGCAAACTGGCTTGATGAGGTTCTCTGTTTGAAACATGGAAATGTTACATTGATAAGCAAACAGCGCCTTTTGAAAGAACTCACGACGGCTTCAGGATTCTTGGAAGCCATTTGCCTCCGTTGTGTCCCTCTCTTGGCTTTACTTAAAGTCATAATTAGACTATAATAATTTACCAGAATAGCAGAATCAGAGTTAAACAAATATTCACTACAGAGCTTCTCAGAGCTTTCAGTGTGATAAGTACTTGATTATGTATCTCTTAAGTATTAGCTTTATGTGTGAATGAAGTGTTTGAAATCAGTAAGTCAAGTGCCTATAGATTTATACAGGACAAGATCAAGCTGATATTTTTGTAAGTACTGTAGCAACAGGCTCCTAAAACATAAAATTAATGAGGGTTGGGGATATGCTCAGTGGTTTAACCAAGTTGCTATGCAAGTGGAAGGACTGTTTTGGATCCCCAGCACCCATGTAAAGTCAAATGAGTATGTGGCCAGCCTGTGGCCTGTGGTCCCACCCCTCAGGTGGCAAAAATGGGATCTTTCTAGCAAGCTGGCTAGCCAGACTAGCTGTATCAGCAAACTTTGGACTCAGGGGAGGGAGTTTGGAGAGCAGTCGGTGGAGTTCTTGAGGAAGACTCCTGATGATAATCTAAGTGCACATGTGTCCATACGTATGTAGAGCCATACCTGCAAACATCATACATGTGAAAAGACAAATCCTAAGGAGCTAGAGTTAGCAGTTAACATACCTGCTCTTGCAGAGGACCCATCCATTTTCAGTTCCTAGCACCTCCATAGCACAGCGTCTCACAGTTCCAGTTCTGGGGATCTGCTAGCCTTCTCAGGCTTCTGTACACAGTGGTCCACAGAAACTGGTGGACACACACACACAACTGGTAAAATATTTTTAAGCCCAAAATAAATCTAATAATGCTTAGAAATACACATCCTCAAGGGTCTAACGTAGGTTAACTGAACATTTTCCCTGTTAGGTTCACACAAACACTGGCTTCATATCCACTTTACCTTTGTACCATCAATGAATGCATTTCTGAAAGCTTTTGCTGTTTAACTATAGAACCTACCCTTAGGATTAGCTCATGTCATTTTACATTTCCTGCCCATTTTAACCACAGTATCACAGTGTTTCAAATTATAAATCAAAGTTTTACCTAAACTATGCAAGAGACTTTGAGTCATTTGAGTGAACTGTGTTGAAGTATTCTAAGCAGCGACCTCCTTACTGGGCAGCAACAGTGCCAGTACAGTGACTGCTTGAAGGACACCTTTTTTCATGAATGTCCCATGGGGGGAAATGGGGTTTTCCCCCTTTGATACCAATGATGCAAATTTAAATGCTACTTGTTTTGATATTATTTTGACCATGCAAATCAAATCAGCTCGGAGAGATCATGGCCATCAGGTCATATTGACTGTCTTGCTAGTGATGAAAAGTAATAAGCTTGGAGTCTTCCCAAGCCCAGCACCCGACTGCTAAACATGGCTTATGGTTGGTAATTGCACAGGGTGTACTTCTCAGGGAAAGGGCTTCTTAAGTTATGCCGCTTTGGGAAGAGAAGGGGACCCTTGTACTGACTACAACTTGGTTTCACTACACTTGACTTACAAATAAGCCAAGAACTTAGCAACATAGAAATGCTTATTTTTCTTGTCCGATAGAAAAGGATAGTCAGTCCAAAACAGATCCATGGTAAACCTAGTCAGCTTGCTGCCAGTCATGTCTAAGGAGGGGACAGGCCAAGGACTGCTAGGCACCTAGGTGCAATTCTGACATTAATCTTCTGTTTCATGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAAGATTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACTCCTGGCTCGTTTCATCCCCTTTTAACCAAACTTTGCTCTGCACAAAATAAGGCCCTCTTCCTTTGTTAAGATTTGACCTAAGATACACTCTAAGCAAAATTGGGGAGAGCTGCACAAAGGGACTGGCTGAACTGAGAAGAACCTCTCTTGGACCTTTTGCCCACACTTTGCATGTGATAGTTGCAACTTCAGCAGTCATATGGCCTTAAAAACTGATGGCATGGACCAAGGTTAGGTCCTCAACACCACCCAAAATAACAGTGTTAGCGTGTGATCAGTCTCCTTCATGTTTAACTCCGATCCACACCAAACGTGCATGTAACAGGCATTGTAACCCTTGTAATTCCTAAGCCTCAGAAGAAACACAGTCTTAGAACATGCTTTACATCTCTACTGTGGAACATCCTTTTATGCATCACTGTTTGTGTGAAAGTGATGTTCCTTTTCTGGCCTTTCTCTTAGCTTCTCCTTTTACTTCCAAACAGCATGGCCCTTAAAAATTAGAGAACTATCAAAATTTTAAATGCACATTATTCTTCGTCAGTTTGTGTGTGTAATATTTACTCAACAAATATATTTAAAGCAACATAAAAACATAATTATTGATAGTGTAAAGAGAATACTTTTCTATGGAAATAATGATATTGACAGTATTGTAAACAGTCTGTAAAGTGTTAATAAAGTTTCAAAGTAATTTTTGAATAAAATTAAAGCTATAAAAAGAAAGTAAAGATTTTTAAATGGTGTTTCCTACAGCATTACTTAATAAAGAATATAACTAAACCTGC

VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSMUSG00000022228-Zfp187:NM_001013786:3

Average complexity

IR-S

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=1.000 A=NA C2=0.375

Domain overlap (PFAM):

C1:

NO

A:

NA

C2:

PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.3),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=8.7)

Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSMUSP00000106111