MmuINT0180014 @ mm9

Intron Retention

Gene

ENSMUSG00000024298 | Zfp871

Description

zinc finger protein 871 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1921793]

Coordinates

chr17:32902442-32914162:-

Coord C1 exon

chr17:32914102-32914162

Coord A exon

chr17:32912954-32914101

Coord C2 exon

chr17:32902442-32912953

Length

1148 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

AAGGTAATA

5' ss Score

8.49

3' ss Seq

TACATTTGCTTTCTTCGCAGTGG

3' ss Score

7.75

Exon sequences

Seq C1 exon

GGAGCAGTTTGGAGCACCATATCATTGAAAATATATACCGAAACTCCTGGAAAAAACTAAG

Seq A exon

GTAATACGGACCTCAAGAGACAGCCATACTCTTTATAAAGTAGTAAAAAACACAGGCATATCCAGTTTCAAACTCAACTACCCTCAGGGAATTTTCTTCAACACTAGAAACATTAAACATCCTGAAAATGTTATAAGGATTCCAATACTGGAAATAACGTGAGCATCATTGTGCCCAAAGTGATTTTTGTCATACTTAATATGTACCAACTTTGTTCCATACAATATTCTTAAATTTTAAATATTGACTTAGTCACTCACTTTATGTATAAAATATATGTGACACAAAAATCAGGGGTCCTTTTAGGCTTGGACTAAATATCAAAATCTCATTGTGGCCCTTCGAGTGGTTTAGAATGTCATGTGAGTGTGATTATGATTATCCACCATTATTTATTTGTTTTAGTTTAGTTCTGAGGGTTATAGCATCACATGGATTCTGTGTTCAGTAACCTTCCTTTCCCTTTTTTTTTTTATTTTTTTATTTTGAGATAGTATTCGCCTAGTTTAGACTAGTCTGGCCTCGAACTCAGAACCTGCCTCTGCCTCCCAAGCATTAAGGTTAAAGGCATGCGCTACCATGCCTGACGTCCAGTAGCCTTTGTAGCAAGTTTTCTTCAGAATTCAACATGAAGCATGCTACTGTTTCATGGACTTGAGTTACCTCTTCCCAGATTATTCTTTTTTTTTCCCCTCCAAGAGTCACTTTTGGTTTGGTTTGGTTGCTTTATACGCAGAAGCACATCTCTTGTCTAAGGAGAATTTGTTTCCATCTTAGACTTAAACTTCTTAAGTTTTAAGAAAACCTATATGCCTCCTTTGGTTCTAAAGACCTTGCTAATTATAGCCAGCAAAAATGGCCTTGCACAGCAGCCTCTGAGACAAAACTTGCTGATAGACGTCCTGTTTTTTAAGCAGGCCTCCCCAGGTGCCAAGATGGCATTGAGAATTGAAATAGATATTTTAATGTTATGTAAGACATGTTTGCTAGACCTGTGTAGGTGATATAACAGCCACCCGTGAATACTACTGTTTTTGGTATAGTTGTCCTCAGAGTTGCTGAGTGTGTTAAAAAACTTCTGACAGCATAGAGCCAACATTTCTGCTGGTAGGTAAAATATTAGTGATGTACATTTGCTTTCTTCGCAG

Seq C2 exon

TGGTCAAGTGGTGGAGGGACTCTATGACTGTAAAGATGACCATCAATGTGCAGAAATCTTCGACTTCACTACACACAGTATTGTAAACCAGAACTCCTTGCCAGGAGTGTATATATGTGAAAACAGCGGATGTGCAACGGTAGTCATTGGCCATTTATCTCTAAGTGTACTTCTTAAACCTGACCCAAAGCATGAATCGTGCGAAGATCAGGAATATGGGAAGGAATTATACAATATGGAATATGGGGCCCCCTCCAGTTCTCTCACATCATTTGAGAACTATGAAAGTACTTACACTGTAGAGAGAATCTATAAAACTGAGCGTTGTGACGAAGACTATAGATATGGCCAAAATGTTGAAAAGACTTTCACTGAAGAAAAGCCCTTTGAGTGTAAGCAGTGTGGGAAGTGTTTCAGTTCCTCCAGGTATTTTCGAAGGCACGAACGACGTCATCGGGCCAAGAAATGCTATATCTGTAAGCAGTGTGGGAAAGCCTTTGCTTTTCCCACTTACCTACAAACACACGAAAGAATTCACACGGGGGAGAAACCGTACGTGTGCTTGCAGTGTGGGAAAACCTTCGCTCATTCTCGTTCCCTTAAAACACATAAAAGAACTCACTCGGTTAGGGACCTCTTTGTGTGCAATTACTGTGGGAAAACCTTACGTCATTACAGCTCTCTTCAAATTCATACAAGAATTCACACGGGAGAGAAACCTTATGTGTGTAAACCGTGTGGTAAAGCCTTCATTACTTACCGCTCCTTTCGAATACATGAAAGAATTCACACTGGAGAAACACCTTATGAATGTAAGCAGTGTGGCAACACCTTCATGCGTTGGATTCAGTTGCGAAAGCATGAAATAATTCACAGTGGGGTGAAGCCCTATGCTTGTAAGCTGTGTGGAAAAAGCTTCACTTGTTCTGGGTCCTTGAGAACACATGAAAGGATTCACACTGGGGAGAGACCCTATGTGTGTGACCAGTGTGGATATAGCTTTACTCGGTTAAATTCGCTTTTAAGGCATAAAATAACCCACACCGGTGAGAAGCCCTACGTGTGTAATCATTGTGGGAAGACTTTCCCTCGATCTGCGTCTCTTCAAAGACATGTCAAAATTCACACCGAGGAGAAACCCTATGTATGCAAACAGTGTGGCGTTGCCTTCCCTAGTTCTGCTGACCTCTTAGAACACGAGCAAACCCATATTGACGAGAAACCGTACATATGTGAGCAGTGCGGCAACGCCTTCGTGCTGTGGAGTCAGTTTCAGAAGCATAAAGCCCTTCACGCCGTCCCAGTGTCCTACGTGTGTAAGCAGTGTGGGAAGAGCTTCACTTCCTCGAGGTCCCTGAAAACCCACGAGAGAATCCACACGGGTGAGAAGCCTTACGAGTGCAAGCAGTGTGGGAAGACCTTCCTGTGGTCCTACTCCCTACAGAGACATGAAAAGACTCACACGGACGGGAAGGTCCACGTGTGTAAGCAGTGCGGGGAAACTTTCCCTTACGACAGTCATCTCCAGGTGCATGAGAAACTGCACTTTGACGATGAGCCTTTTAATTGTAAGTACTGTGGGAAGCCCTTCTTCACTCTGAACCATTTGCATAGACATGAATTACTTCACACTACCCTGGATTCCAGTGTTTTTTAGTCATGGGAGGATTTTTTTCCCCCGCTTTGTGGTTTTCATAGAAATAAGAGAAATCATACTGGAAAAAGACTGGATTTGTGCTAGCAATGTGGAAAACCTTTTGATTTGTTTCATTGAAACAAACGTGCGATGTCACAATGAGGAGAAACCTTTTTTTAAAACGAAAATCAATGTACAAATGGTTTTCTGAGCTTAAAGCTCCTTGGAATGCATCAAAGAGAAACGGGCCTGTGACTGCGAGCAGTGTGGTCGAGTCATCTGCAGTCCTGGATCTTGGAGGAGACAGGAGAAAACTCAAGCTGTAGAGAAACTTTTATGTGTATATGTGGTGTTGTATTAAAAAAAAGCCCTTTCTGCTTCCCCATTCCCTCTGAATATGTGGAAGGAGTCACTGGAGAGAAACCCTTCATAGCTAGGCAATCTTGGATAGTCTTGAGTTATCACATCCTCTTACAGACATGAAAGAACCTACTGTAGAGAAATCTTAAAAACGGGATTTGTGAACTCTTCATTATCAGCTTCATAGAACTAACAAGAATGTACGTGGGGAGAATTCCTATTAGTGGAAACCTCTATGAACACCATTTGGTTCAATGAACAGACAAGGAAAGAACTTGATCCGGAGTGCTAATCTTCTCAAAAGAGATGTTCAAGGTTTCATTTGGCACAGATGGTAACACATATCGGATGAAAACTTTTGCTGTTGAAAAACATTGGAAAATCTAGAGCAAAGTCCTTTGAAATTTTTTTCATGTTTAATCTGATAAATGTCAGTATTATGAAGGACTGGACATATTTTATTTTATTATTTTTTTTTTGTAGCATGCTCCAGGAAATGCACACTCTGGTGAGAATGTTATCAGTACAGTATTTTGTATTTATTGAAATGTTTCAGGGGCTGATAGGGATGAGTTAGCCTTTAAGAGCATCTTCTGCTCCTTCCAAAGGACATTGAGTTGGCCTTTAAGAGCATTTGCTTTTTAGCACCACGTCACAGGGCTCACAACTGCATGTGACTCTAGTTACAGGAGACACACTTGTACACATAAAAATAAAGCTTAAATATTTTTCTAGTCTTTTTTTTTCCAAAAAAAAAAAAACTTTTGTTGTATATCATGTTTACCCAGAACTGTTAATCTTCCAGCTTCCAGCTTTTGAATGTTTAAAATGAAATGTCTCTGCTTCCACATTCACCGTCATTAGCTCCTGCTTGAGAGTCCATCTCTTGGCTTGTTTTTAAATTTTACTCTACAAAAGCAAGCAGTGAGCAGAGCATTGAGCAATGTGGAATGGCGGCCTAATTACATGAACTGCAGACCAGTGAGACCTACATATGAAAAATGCTCACAGGAATAGAAAGTGCATTTTATTACATTTGTGACACTTCTTAAAGCAATCATGTATTAGTTTAATAGGTGATATCTTTTTGTATTTAATAAGTAGATGCTTCTCATTGTAAATTATGTTAGATTCATTGGTAAATTGATATTTGAAGTATGCCAGTCCACATAAATGTCTTTAAATGCATTTTAGTATTTATGTGTGAGCATGTGAGGGTATGTAGACATATGCCCATGGAGGCTAGAGTGCTTTGGAGATAGTATTACAGGAATTGTGACATGTTTGATGTGTGTCATGGGATCAAAATCCTAGTCTTCATGATAGAACAGTAAGTACTCTTAACTGCTGAGCCCCCTCAAACCCTGCATAAGTGTATTGTTTTTCAATCATGTTTAATGGGTAGTTTAAAAAATGGCTTTGTGAGTATTGGGATAGTCCTATTGGTTTTATTTGGCTAATTATAAGCATTTTGTGTATATGCTTATTTTTCACGAAAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTACGTAGACGAGTGTGTTTGGAGGGCATTGTTTATGTGTTGCTGGTATGGTTGGTGGTGTTCACAAAGTGAGCAAAGTAATATATTGGGTGTCTTGCTCTATCTATCACTGTTATTCCCCCTAAGACAGAGTCTCACTGAGCCTGGAGCTGGGCAGCAGGAGCATTTCTTGTGTCTGTCCCCCCAGTGCTGAGTATAGAGACACTCTAGAAGTTGGCTCTGGTTCTTCCTCCCAGCATCATGTTCCCAGAAATAAGACTCAGACTCAAAATATATTTACAAATGCCTTAGCCATATTGCTAAGCTCTTTTCTGGCTAGATCATAACTAAAGATAACCCATTTATTTTAACCTCCATTCTGCCATGTGGGTGCTTACCTGTGCTGAGGTACCAAGCACCTGTCTAGTTACATCTTCCTGGGCAAATCTCCTACCTCTGGCTCTATTCCAGAATCCTTTCTGCCTCCTGGATGTCCCTCCTTGCATTTCCTGCCTAAGTCACGGCCCATGAGCTTTTTGATTGATCGGTACAATACAGAAGGTATCTTCTCTATAGATAACTCAGTCATTCCCAGCTTCTTATTAATAGGGAATGAAACTTGAGTCCTTATGACTGCACAGCAAGTGGCTCCCCACGTAGCCACCTCCTCAGGCCTAAACCAGTCTTAAATTGATTGTTTCTTTTATGTTGCTCTCTCGTGTGTTCTCACAATCCTGAGTATCTGTTCTTTTTGACTTTGAAGTATTTTCAAAATATTTTTTAGAATAGCAAATGTTAGGGTTGATTTTGTTTTGGTTTTCCTATTCAGAAGGTAGGAATAAGTATATTGTAATCATGGGTCAGCCTGTCTTTCCAAGTTGACTTATTTCTTTTGAGAATTTCATACACATATACAAGAAAAGAGAATCATGCATATCCACTGTTTCTCCTTCCAAGCCTTCCTATTTCTCCCCAACACCCCCTCTTAACTTTGTCTTTAAAAATAACCTGCTAGTCTAGTTAGTGTCGTTCATACATGCATGAGTCTGGGGCCATCTACTGGAGGATGGGGGACCTACCAGTAGTTACATCTTCACTAGTCATTCTCCACCCCCCAGCAGCTATTCACTACCTGTAGCTTCTCAGTAAGGGAGATGCTGGGATCTGGGCTGACTTAATCTTACAATGTAGGCCTTGTGCATGCAGTCACATTTGCTATGAGTTCATGATTATAGTAACCATGTCAAAAGAAAAAAAAAAAAGAACCCAGCATTTCACAGCACTTCTCCCTCCCTCTGGCTTCTGTATTCTTGTTGCTTTTTCTTTGATTGTCCCTGAGCCTTGCTGATGGTGGAGACTAATATAGCTGTCTCATTTAGAGGTACCCATTCAGTCTCTATAGCCCTTTGACCAGTTGTGCATCACTCCATTGACAGCTGTCCACTGGGAAAAGCAGCTTCTCTGACCAAAGT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VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSMUSG00000024298-Zfp871:NM_172458:3

Average complexity

IR-S

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=0.000 A=NA C2=0.002

Domain overlap (PFAM):

C1:

PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)

A:

NA

C2:

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Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSMUSP00000127178