MmuINT1009380 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036893 | Ehmt1
Description
euchromatic histone methyltransferase 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1924933]
Coordinates
chr2:24815731-24825067:-
Coord C1 exon
chr2:24824945-24825067
Coord A exon
chr2:24815833-24824944
Coord C2 exon
chr2:24815731-24815832
Length
9112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCC
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
GAATGACATTTGTATTGCAGGAC
3' ss Score
6.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGGTGCCAATATTGACACTTGCTCAGAGGACCAGCGGACCCCACTGATGGAGGCTGCAGAGAACAACCACTTGGATGCAGTGAAGTACCTCATCAAGGCTGGAGCACAGGTGGATCCGAAG
Seq A exon
GTACCCACCCAGTCAGGTTCATATTCCTATTTCATGTGTAGATGTTTCTTAGATGAAGAGGGAGCAGTTTCTCCTTGGAACACTGCAGGAACTTGTTGCCAGCAAGACATTTGCCCTGTTGTTTAGCAGAGCCTTTGTACTTGATATAGTAGTTCCTTTTCTGTCAGTAAAGATCTAGTTTGGCTCATGATTTCACAGAGGTTCTGCTCCATCAAAGTGTAAAAGGCCTGGCAGAATTGCAGCAGGAACTTGCTGACTAGAGCAGGAGAGGATGTGAGCTGGGCTCAGGAGCAGGTATAACTGCCCAGGCTTCTCTCTGATGACCTGCTCTGCTAGCCAGGCTTTACCTATGAAAATTTCACAAATTTTAAGCTGAGAATAAGACTCTGGGGACATTTCAAATGCAAACTATAAATATGTGGCGACTTGGCTTGCTAGTAAAGATCTCCTGGTAACCACTGGATCTACATCTGTCCAGTAATAGACAAATCGGCCAGAAAGGTTTTGTTCCCTCTTTGATTGTGTTGTCCCTCTTGTTTAGAGCAGTTAGGCAAGAAGAGAAATGGAAGATACCCAAATTGGAAAGAGGACTTAAATGTCTCTCAGTTCAGTTACTGTGATCTTAAGTGTAGAAACATAATGGATCAACAAAAGTATTGTTAGAGTTAATAAAACAATTTAACAAATAATAGGACAAAGCTGGCATAAATAGCAGTACATTTCTCTCTATATCTCTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTTTTATTTTTGATACGGGGTCTTATATACTGTGAGCTTAGAACTTGTTATCCTCCTACTTCAGTCTCCTAAATATTGGGGTTACAGGTGTGCATCACCGTGTTCACTTTATATTTCTTTCTTTTTTTTTTTGGTTTTCCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCTTGCCTCTGCCTCCCGTGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGACACCATGCCTGGCTATTTCTATCTTCTTTAAGTTAAGTTATCCAAAAGGAAGTTGGGTTAATTTTATTTACAGTTACATCAAAAAGAATAAAATACTTACAAGTATGTTTAAGTACTTAAACACCGAAGAGTATCATTTAAGTATCAAAGAGTGAAAAAGCTTGCACATTGAAAACTCAAGCAATTGTTAAAGGGGGCAGTGTAGTATATAGCTCAGTTGGAAGGAAGAGCATCTGTCTCAGCACCATATAAAACCCTGTACACAGGTTTACACCTTCTAGCACTTGGGAGGCAAAATCAGAAGCTTAAGGTTAGCTTTGGTTACATAGTGAGTTTGATGGCAACCTGGACTGTTTTCAACCCTATCTTAACCAAACCAAAACAAAAACAAATGGGAGGTCATCCTTTGTGTGTACATATTCTATGTAATTCTTATCCAAATTCCAACCAAATACAGAAATACCCATTCTAAAGTTGATGGAAATTTTTTATGAAGTCTAGAATAGTAGAACGAGTTCCTTATTTCAGAACTTATTACAAAGCTACGTTAATGAAAATGGGAGTAGTTCTGGCATAAGCATACAGCTATAGGCTTGGCTTGGTTTTTATTTGGGTTCCCCAACAACTGGAGCAGAGGCTGGCCCTGACTCTGTTGCCTGGTTGTGGATCCTATTCACCTAACTGAGCTGCCTTGTCTGGCCTCAGTGAGAGAGGATGTGCCCTGTCCTGCAGTGATTTGATGTGCCAAGGTCTATTGGTACCCAAGGTTGTCCCCCCTCCATAACCCCCACACACAGCTTTTTGGAAGGGAAGAGAAGGGTGAGGAGAGGCTGTGATGGGGATGTAGAGTGAATTAATTAATTAATGGGGGGGGGGGGATAGATGCAGAGCAAGAAAAAAAAAAAGAGAAAAGAAAAAAGATAGAGCTGCAGACCAGTAGAATTAGATGAACAAAATCTCAGAAATAAATAACAACTGTGTTGTTAGTTGATTTATGACAACTATTTAGCAAATGGTGTGGTGCTGGGAAAACTTAGTATTCATATATTGAAGAATGTACTCATACCATACATGTACAAAAATGGATTGAAGAACTAAACATAATAGCTAAAATTATATACTTTGTAAGGTAGTAAAACCCATGATCACAACACTCACTTTACAGAGATAGAAGGAGTGTTACTCAAAGGCCAAACTAGGTTCCATAGTGAGACCCTCTTTCAAAATAATGTACTTGCTAATGGTTTGGTGAGTAAGCAGTTCTAGCCCTAGGTGTACACCCAAGCAATGCAAAACCACTGTGAACAGCACGGCTTATTGCACTACTCCCCCTAGGAATAACTTACTTATCCTTTATTTTGCATTAATGAACAAGTGCTCTATCTATTCAACAGACATCATCCCTGGGACAGTCAGGGGCAAAGCATAGGGATGAGACAGCCCAGGTAAACTTTGGGGATATAAAGCTAGACACAAAGCGTAAGTACCACAAACCTCCATTTATATGAGTTTCCCAGAGAAGAAAATCACAAAGTGTGGCTTAGATGGTCTTACTAGCTGTAGAAAAGAAGATTTGTACACCTAAGATTTAATGGGCCCGTGTGATGGCACACTTGGGGGGGGGATAGAGACAGGAGGATCTCTGAGTTCAAGGGTGGCTAGGGTCTATGTAGTGAGTTTTAGGCCAACTGTAGCTGCATAGAAAGACTCTTTCAAAATAAGCAAGCAAACAAACAAACAAATACATAAATTCCAAAATAGTAACAATAATTTTAAAATAGTAGAAAAAAACCCTAGAGGGCTGAGGGTGTAGCTTATTTAATAGAGTACTTGCCTAACATGCTCAGATCGCTAAGTTTGATCCCCAGTACCACATAGACTGGATATGGTAGGGTCGGTCTATAATCTTTACACTTGGAAAGTATAAGAAGTTACCCTTGGCTATAGAGTGACTTCAAGGGCCAGACTTGGCACGTAAGACTGAAAACAAAACATAAGAATGTAATAGTTTATGGCATAACTATATAAATAAACAGTGTAAAGGATAGATGTCAGTCAGTGGTAGAGTGTGTGCCTAGCATTTATTTGTGTGGCTCTGGATTCATCCCCAATACCCCTCCCCGGTGTAAAATTATTCTTTTTCATATCAGTACTTGTTTGTTTGTTAACAAAATGTGGCCATAACCTGTGTAGACTTAATCACATCCATTTTCATATCAAATACAATTTTCACTATTACTCTGGTATTAAATACTATTCTTGGGTCTTAAAAGGGGGAGTGCTGTTTTCATCTAGAACTTTTGGGAACCTACAAAGCTGCTATCTATGCAGTGTTGAGGTCAGCTATCAAGACTAAGAAGTGTGTGAGTGGGTTGTGCAGCAGATTTAGTACAGCACAAGAAAGGGTGAGGGAAACTCTTGAGTATTCAAACGTTATAAGACCCCAGACTACCTAACACATACAAGCCTGGTTCCTCAGAAAGACAGCAGAGAAAACCTAATAGGAAAACAAAAAGTAGGGTGAAGAACTCATGATCATGAGTTCTTATCAAAGAAAACCAGTAATCCACAGATGTAAGCAAACAAACGAAAAAGCAACTCAATAAAACCTAAGTAAGGCAAACAAAGAGTGCTCCACACTCAGATACATCATGCAGAAGCAAGGAAGACAAAGAAACCCTGCAGGTTGCCTATTACAAACACCCTGAGCTGCTACCAACTTGGCCTGCAGTGGTCTAGACATGGATGAGAAGAGGCTGCTGTCACTGTACCAGAGAAAGGAGTCTTGAGAAGAAAAAGCCGGGCGTGGTGGCACATGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAAAAAGTCTTGAGAAGAAAAGACAGCCCAGAGAAAGTGTCCTTTTGGAAATGAGGTAAAACTAGATGTGGTGGCACATGACTGTGATCCCCAGCACTCGGGAGGCAGGGGCAGGCAAGTCTCTGAGTTCAAGGCCATCCTGGGCTACATAGCTAGACACTGTCTCGATAAAATAAACATAAAAGCTGTTGTTTAAACATCTTTCTTTTTAATAGGTGAGATTTTATTGATTAAGGATCAATACATAAACATTTCAGTTTATACACAGTTTTAACAGATGTACCAAAACACCTGAGAGACCTGTGTTCTGCTTCTTCGAAAGCAGTTATTACAGTGGTGCTCCACCCTAAGCCTGGGGAAGGCTTCTCCTTTCAAGGTCTCACAGAGCATCATCAAATGACAGTATCTTTACTCCCTCTCATTCACATTTTGACATACTAGATGCTCAGGTTTTTATTTTTCATAGCATATTGTTACAACTGACCACCACAAATATAAATGTTAAAGATGCGAGTGAGAATTTTTCTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTACTTTGTTTGCTAGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTATTTTGAGATTGGGTCTTTCTGTGTAGTCTTGACTGTCCTGGAACTAGATGATGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCTTCCTTCTTTGCCTCCCAAGTGATGAGATTAAAGGTATACCCTGCTTAGCACACAGTTTTGACCAGACAAGGATCAAGGAGTAATTTTATTTGTTTTTTAAAGGAAACAGTTCTAGAAATAGGAGACTAGAAGTAATTTAAAATACTTAAAACACATTAAGTATATGACTGAGATTCCAAGTTGCCGTTAAGTATGCTTCGTATTGTAAGGTGTAAAACTTACCTTTACATGGAATGGTAAGCTGATACCTAAACTGGTCCCAGCCTCCTATGGTTCAGTGTCCCACTTTCTCTTCAGGTTGTACCAAAACGAAGTGAGTGGTTACACTTTTTTAAAAAAATCATTTACATTTAAAAAAATGGAGTGAGGTGGGAT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Seq C2 exon
GACGCAGAGGGCTCCACATGTTTGCATTTGGCTGCCAAGAAAGGCCACTATGATGTGGTTCAGTATCTGCTTTCAAATGGACAGATGGATGTCAACTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036893:ENSMUST00000147147:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.229 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002325=Ank=PD(25.8=19.5),PF127962=Ank_2=PU(26.6=61.0)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(35.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types