RnoINT0053548 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007242 | Ehmt1
Description
euchromatic histone lysine methyltransferase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307588]
Coordinates
chr3:1990473-1998592:-
Coord C1 exon
chr3:1998470-1998592
Coord A exon
chr3:1990575-1998469
Coord C2 exon
chr3:1990473-1990574
Length
7895 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCC
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
GAATGGCATTTGTATTGCAGGAC
3' ss Score
6.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGGTGCCAATATTGACACTTGCTCAGAGGACCAGAGGACCCCCCTGATGGAGGCCGCAGAGAACAACCACTTGGACGCAGTGAAGTACCTCATCAAGGCCGGAGCACAGGTGGATCCGAAG
Seq A exon
GTACCCACCCAGTCAGGTTCATATTCCTGCTTCATGGGTAGATGTGGCTTAGATGAACAGGGAGCGCGTTCTCCTTGAAACACTACAGGAACTTGTTGCCCTCAGACATTTGCCCTGTTGTCTAGCAGAGCGTTTGCACTTGATATAGTAGTTCCTTTTCTGTCACAGTGACAAAATGTCTGACAGAGTAACTTAGGGAGTAAAGATTTACTTTGGCTTATGATTTCAGAGGGATTGTGCTTCATCAAAGTGCAGAAGGCATAGCAGAACTGCAGCAGGAGCTCACTGAGTAGAGCAGGAGAGGATGTAATCTGGGCTCAGGAGCAGGTATAAGTGCACAGGCCCCTCTCTGGTGACCTGCTTCTGCCAGCTAGGCTCCACCTTGTGCAAGTTCCACACATTTTAAGCTGGGAATATGCCTTTGGGAGCATTTCAGATGCAAACTATAAATATGTGGTGACTTGGCTTACTAGTAAAAGTTTCTTAGTAACCCCTGGATCTATATCTGTCCAGTAATAGACAAATCAGCCAGTAAGGAGATGGCCATAAAGGTTTTGTTCCCTCTGCCATTGTGCCGTCCCTCTTGTTTAGAGCAGTTAGGCAAGAAGAGAATGGAAGATATCCAGATTGTAAGGAGGACTTAAATATGCCACTCAGTTCACATTCATTGATCTTATGTGTAGAGACATAAAGGATCAACAAAAGTATTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCTAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCAACAAAATTATTATTAGAGTTAGTAAAACTATTTAACAAGTAATAGGACCAAGTTGACATAAATAACAGTTAGTTACATTTCTCTATCTCTTTTCTGGGTTGCTGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGGATACAGCCTCTTACATACTGTGAGCTTAGAACTTGTGACCCCTGCCTCAGTCTCCTAAGTCACAGGTGTGTGTCGCCATGCTTGCTCTCTCTATATTTCTATGTTCTTTCAGTTGAATTGAGTTAGTTTCACTTACAGTAACATGAAAAAGAACAAAAGCTTACAAGCTTGATCAAAGAGTGGAGAAGCAGACGCGTTGGGAATGCAGTCAGTTGCTAAAGGAGACAGTGTAGAATGTGGCTCAGTTGGGGCAGTGCTTGTCTCAGCTCCACAGGAAACCCTGCCCTGTACAGAGGGTTATACCTTTAATTCTAGCACTTGGGAGGCAAATCAGAAGTTCAAGGTTATCTTTGGTTACACAGTGAGTTTGATGCCAGCGTGGGCCAGTGCCCTATCTTAAAAAAAACAAAACAAAACAAAACCGAAAAGAAACGGAAGGTCATTTTTTGTGTGTACATATTCAACGGTAATCCTTATCAAAATTCCAACCAAATATAGAAATACCCATTCTAAAGTTGATGGAGATTTTTTATGGGGTCTAGAATAGTGGAACAAGTTCCTTATTTCAGAATGTATTACAAAGCTACAGTAATGAAAATGGTATAGTTCTGGTATAAGCATACAGCTGTAGGCTTGGCTTGGTCTTCATGTGGGTTCCCCAGTAACTGGAGCAGGGCCTGGCACGATCATAACACTCACTATATAGATATAGGAGGATTGTTACCCAAAGGCCAAAGTAGGTTCCATAGTAAGAACCTCTCTCAAAATAATGTAGTTGCTATGGTTTGGTGAGTCAGCAATCTTAGCCCTAGGTATACAGCCAGGCAGTGCAGACCACCGTGAGCAGCACTGTTGGTTGCAGCACTCTCCCGAGGAGTAACTCACTCACCCTTTAGTATGCGTTAGTGAACAAATGCTCTGTCTAGTCAACATAACGCCATCCAGGGACAGTCAGGGGCAAAGCACAGAGATGTGATAGCCCAGGTAAACTTTGGGGATATAAAGTGTAAAAAAGTAGGCACAAAGCAGAAGTACCACAAACCTCCATTTATATAATATTCCCAGAGAGGAAACTCAGTGACAAGGTGTGACTTAGATGGTCCTGCCAGCTGTGAAAAAAGGAGAGGGGTAATTAGGGCCTGGAGATTATAGAGTCTGTTTGGAAAGGTTGTTGAGACAGTGATGATCATTGTTAACATTGTAATAATTCCACTGATTTAATTAGAGGGCCTGTGCTATGGCACACTTGGTAGGTAGAGGCAGGAGAATCTCTTTGAGTTCAAGGGTGACTGGGGTCTATGTACTGAGTTTCAGGCCAACTGTAGCTACATAGTAAGATTCTACGTCTAAATAAACAAACAAACAAACAAATCTAAAATAGCAATAATAATTTAAAAAATAGTAAATTAAAAGCTAGAGGGCTGTGTGTGTGGCTTATTTAATGGAGTGCTTGCCTAGCATGCCCAAATGCCTGAGTTTGATCCCCAATATCACATAAACTGGGTATGGTAGGATCAGTCTGTAATCTTTACACTCGGACAAGTAGAAGTGTGGGGTTGGTTCAGGAGTGATCCTTGACTACAGAGCGACTTCAAGGGCCGGACTCGATACATGGGACTGAGAACAGAGCATAAGGATGTCATGTTTTACAGCATAGCTACAGTGAACAGACAGTGTAAAGATAGATGCAGTCAGGGGGAGAGTGTTTCTAGCATTTATTTGTGTGGCTCTGGAACCATCCCCAGTACCCGCCCTGGTGTAAAATTACTCTTTTTCACATCAATACTTGTTTGTTTGTCAATAAAATATGGCCACAATCCTTTGTAGACTTAATCACCTTGTTTTCATATCAAATAAAATTTTCACTATTACTCTGGTATTAAATATTATTCTTGGGTCTTAAAAAGGGGGGAGTGCTAAGTTTTCATCTAGAACACTTGGGAACCTATGAAGCTAAGGACTAAAGGAGCTGTAGTCTAAAGTGTTGAGGTCAGATGTCAAGAGTGGGAAATGTGTGAGTGGGTTGTGCAGCAGATTTAGTACAGCAAAAGAAAGGGTAGGAGAAGCTCTTGAGTATTCGAACATTGTAAGATACCAAATTACCCAACATACATACATACCTGATTCCTCAGAAAGCAGAGAAAACCTAGTAGGAAAACAAAAAAAATAGGATGAAGAACTCATGATGATGAGTTTAAAAACCGAAGAAACCCATTAATCCTCAGATCTAAGCAATCAAACAAAAAGCAACTCAGTAAAACCCAGTAAGAAAGGCAGACACAGAACACAGCACACTCAGATGCTTCAGGCAGGAGCAGTGAAGACAGATAAGAAACCCCAGATTGCATAGGCAGACAGCCCAGGCTGCTCCCATCTTGACTTGCAGTTATCTAGACATGGATGAGGAGAGGCTGCTGTCATCGTGCCACAGAAAGAAGTCAGAGAAGAAAAGACGGCCCAGGGGAAGTGTTCTTTTAGGAATGAGGTAAAGCTATGTATGGTGCATGGCACATAACTAGTCCCCAACATTTGAGAGGGAGAGGCAGGTGGATCTCTTAGTTCATGGCCAGCCTGGGCTACACAGCGAGACACTGTCTCAAACAATAAAGTGAAAATAAAAGCTGATATTTAAACACCCCCCCTCTCTAAGATTTATTTTATTTATGAGTATACATTTTAGCTGTCTTCAAACACATCAGGAAGTGAGCATCAGGTCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCCAGCTCTTTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCATCCTAACCTTTTTCTTTTTAATTCCTGAGATTTTATTGAGGATCAATACACAGACATTTCAGTTTGTACACAATTTTAACACATGTACCAAAAAAACTGTATGCTTCTAAACCAGTCATGCAGTGATGTTCTGGCTTGAAGCTTGGTGGAACTTCTCCGTAGAGGGTCTTACATAGCGTCATCAGGAGACGGCATCTTTGCTGCTCTCACTCGCTGTTCTGACCTGTGGTACTTGCTCAGGTTTATTCTCCATAGCACATTGTTAAAACTGTCACCACAGCTACAAATGTTAAAGGCGTTAGAGCTCTTCTTTTGTTTAGTAGTGTTTTGGGGGAGGTATTGTTTATTTTATTTTGAAACTGGGTCTTTCTATGTAGTCTTGACTGTCTTGGACCTAGATCAAGCTGGCCTCAAACTTAGAGATCTTCCTTTTCTGCCTCCCAAGTGATGGGGTTAAAGGTCTGTGCCATGATATATACTCTGCTTAGCTCACAGTTTTGACCAGTCAAGGACCCAGGAGTCATTTTGGTTTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTAAAGGAAACCGTTCTAGAAACATGAGACGGGAAGTAATTTAAAATACTTGAGACACATTCAGTGTATGAGTGAGATTTCAAATTGCCATTAAGTATGCTTTGTATTGTAAGATGTAAAACTTACCCCTATGTGGAATGTTAAGCTGTTACCAAAATCAGTCACAGCCTCCCAGGGTTCAGTGTCCCACTTTCCCTTCTAGTTGTACCAAAAAGAAGTGAGTGATTACACTTCTTTAAAAAAATCATTTATATTTAAAAATGGAATGAGGTGGGACTCTCATTTTTAAAATGTTTTTAGTTACTAAAAACTTGTATTCAGAACAAAGCTGGTAAAATATTCCTCTGGGTTGTAGAGGAATGGTATTGGACAAGAAGGGAAATAGGAGACACCAATAGACACAGTGCATAATTGGTTAAATTTGGCTTCTACCTACCTGGAGGCTGGCCTCCTTGATCCCAGCCTTTTGGTTTTCTGAAGCAGATCTTAGATTCTTGGCCATCCACTTCAGCCTATTTACTCTTTGTTTCTGACTTCAGGTTGTTTATTCTTGTTTTTTCTGTCTGATGACTTATCCTTAGCCAGGCCTTTTTTTGCCTTTGTTTCCACTTTGGCAGGCATAAATTCAGCCAACAGACTTGATGATATATACTTGGGCTTCTCCTTTGATGCCCATTCTG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Seq C2 exon
GACGCAGAGGGCTCCACGTGTTTGCACTTGGCTGCCAAGAAAGGCCACTATGACGTGGTTCAGTATCTGCTGTCAAATGGACAGATGGATGTCAACTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007242:ENSRNOT00000066777:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.244 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002325=Ank=PD(25.8=19.5),PF127962=Ank_2=PU(26.6=61.0)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(35.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]