RnoINT0010448 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004147 | Abca8a
Description
ATP-binding cassette, subfamily A (ABC1), member 8a [Source:RGD Symbol;Acc:1307333]
Coordinates
chr10:98345625-98352430:-
Coord C1 exon
chr10:98352297-98352430
Coord A exon
chr10:98345763-98352296
Coord C2 exon
chr10:98345625-98345762
Length
6534 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
CTCATTTTGTTACCTTTTAGAAT
3' ss Score
9.5
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGAAAAGATCGATGACTTCCTACATTCGCTGGAGCAACAGAACATAGCTTTGGAAGTTGATGCCTTTGGGACTAGAAACGGCACAGAGGATAGCCAGTATAATGGCGCTATCATCGTAGCGGGCGGTGAGAAG
Seq A exon
GTACGTGCACGAAGCTATGGCTATTATAGGGCAACGGAATGAAAAATGGCATCTGAGACATTGCTTACAAACGACATATCTGTGTATTTGAGGAGAGAATTTGGACTATGATTATGCCACTTAAACATTAAACTTGACTTAAGAAAATTCATAAGATTTATACTTTCGTTCATTATTTGGAGAATTTTATTCATGAGTTTAATATAATAAAGTCACATTCCCTATTAGCTAATTATATAATTATTACTTGAGTTAGACTCCTGGAACCCACATGGTAGGAAGAGATAATTGAGTCCTGCAACTTGTCCTCTGACTTTCGCACGCACACAGTGAACATGTATGTTCATGCACAGATTTATGCACATGTACATACACATACACGCAAAAACACACTAATGAACAAATGTAAAAAAAATTTAAAATTACAATTTATACTTGTTATATTGACCTTTTTTTCTCCATTTTTACTAAATTGGGTATTTCTTATTTACATTTTGATTGTTATTCCCTTTCCCGGTCTGCAGGCCAGGCCCATCCCCCTAACTGCTCCCCCTCCCCTTCTACATGGGTGTTCCCTCCCCATCCTCCCCCCATTACCACCCTCCCCCAACAATCCCATTCACTGTGGGTTTAGTCTTGGCAGGACCAAAGGGCTTCCCCCTTCCACTGGTGCCCTTACTAGGCTATTCATTGCTACTTATGCAGTTGGAGCCCAGGGTCAGTCCATGTATAGTCTTTGGGTAGTGGGCTTAGGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGGTTGGCATTGTTGTACATATGGGGTCTCAAGCCCCTTCAAGCTCTTTCAGTCCTTTCTAGATTCCTTCAACAGGGGTCCCGTTCTCAGTTCAGTGGTTTAATGATGGCATTCGCCTCTGTATTTGCTGTATTCTGGCTGGTGTCTCTCAGGAGAGAGCTACATCCGGCTCCTGTCGGCCTGCACTTCTTTGCTTCATCCATCTTGTCTAATTGGGTGGCTGTATATGTATGGGCCACATGTGGGGCAGGGCTCTGAATGGGTGTCCTTCAGTCTCTGTTCTAAACTTTGCCTCTCCCTTCCCTGCCAAGGGGTATCTTGTTCCCCTTTTAAAGAAAGAGTGAAACGTTCGCATTTTGGGTCATTCTTCTTGAGTTTCATGTATTCTGTGCTGTTGGGAATTCGAGCATTTGGACTAATATCCACTTAAATGAGTGCATTACATGTGTGTTTTTCTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGCATGATATTTTCCAGGTTCCATCCATTTGACTAGGAATTTCATAAAGTCATTGTTTTTGATAGGATAAGTAGTATTCCATTGAGTAGATGTACTATTTTCTGGTATCCATTCCTCTTTGAATGGCATCTGGGTTCTTCCAGCTTCCTGGACTATTATAAATAGGCTGCTATGAACATAGTGAGCATGTGTCTTTGTTATATGTTGGGGCATCTTTTGGGTATATGCCCAAGAGAGGTATAGCAGGGTCCTCCAGGGTAGTTCAATGTCCAATTTTCTGAGGAACCTCCAGAATGATTTCCAGAATTGGGTTGTACCAGTCCCACCAATCCCACCAACAATGGGAGAGTGTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTTGCCGGAAAACCATTCACCATGAACTCAGTTGCATTGCATTTCCTTATGGACTAAGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTTTTGCTTCCTCAAGCTTGAATTCTTTGTTTACCCATTTTTGATAGGATTATTTGTGTGTTGTCGTGCTCCATGCTCGCGCGAGTAGGAGAGGAACTCATGAGTTCTTTGTGAGATTGTTGGGGAGGCAATACACACGCATGTAGATACTGTGTCAGTTGTCGTAAGAATTTGTTGAGAGGATCGTTCATGTTCAGAAGCGGATGTTGGCCTGTGGTTCCGCCTGTCATGTATTGTCCTACCACAACAGTGGTCCATTATTGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTGCCGGAGTTTTTGATCTTAGCCATTCTGACTGGCGTGAGGTAGAATCTCAGTGCTGTTTTGATTTGCATTTCCCTTATGACTAAAGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTTGGCATTCCTCAGCTGTGAATTCTTTGTTTAGCTCCATTTTTTGATAGGATTATTTGTCTCCCTGCAGTATAACTTCATGAGTTCTTTGTATATTTTGGACATAAGCCCTCTATCAGTTGTAGAATTGGTAAAGATCTTTTTCCAATCTGCTGGTTGCCGTTTTGTCCTAACAACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGTAGTTTTATGAGATCCCATTTGTCGATTCTTGATCTTAGAGCATAAGCCATTGGTGTTTTGTTCAGGAAGTTTTCTCATGTGTTCGAGATGCTTCCCCACTTTTTCTTCTATTAGTTTGAGTGTATCTGGTTTGATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTAAGCTTTGTACAGGGTGATAAGCATGGATTGATCTCCTTCTTCTACATGTTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTATCCTTTTTCCATTGGAAGGTTTTGGCTCCTTTGTCAAAAATCAAGTGACCATAGGTGTATGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCACTGGTCTATCTGCCTGTCTCTGGACCAATGCCATACAGTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACTGCTTGAGTTCAGGGATAGTGATTCTCTCAAAAGTCCTTTTATTGTTGAGGAGAGTTTTAGCTATTCTGTGTTTTCTGTTATTCCAGATGAACTTGCAAATTGTTCTGTCTAACTCTATGAAGAATTGGATTGGAATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGTAAAATGGCCATTTTTACATTATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCAGAGATCTTCTTCAATTTCTTTCTTCAGAGGCTTGAAGTTCTTATCATACAGATCTTTCCCTTGCTTGGTTAAAGTCACATCGAGGTATTTTGTATTATTTGGGACAATCATGAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTCTTTCTCGGCTTGTTCCTCTTTTGTGTAGAGGAAGGCTACTGATTTATTTGAGTTAATTTTATACCCAGCCACTTTGCTGAAGGTGTTTATCAGCTTTAGTAGTTCTTTGGTGGAACTTTTGGGATCACTTAAATATACTATCATATCATCTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCCTCCTTTCCAATCTGTATCCCTTTGATCTCCTTTTGTCGTCTGATTGCTCTGGCTAGGTCTTCAAAAACTATATTGAATAAGTAGGGAGAGAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCGGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCATTTAGTTTAATATTTGCTACTGGCTTGCTGTATATGGCTTTTACTATGTTTATATATGGGCCTTGAATTCCTATTCTTTCCAGGACTTTTATCATGAAGGGGTGTTGAACTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAGTGAAATGATCATATGGTTTTTATCTTTCAGTTTGTTTATATAGTGGATCACGTTGATGGTTTTCCGTATATTAAACCATCCCTACATCCCTGGAATGAAGCCTACTTGATCATGATGGATGATTGTTTTGATGTGCTCTTGGATTCGGTTTGCAAGAATTTTATTGAGTATTTTTGTGTCGTATTCATAAGGGAAGTTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTCTTTGGGTGGTTTAGATATAAGAGTAATGGTGACTTCATAGAAGGAATTTTGGTAGCGCTCTATCTCTTTCAATTTTGTGGAATACTTTGGATAGTATTGGTATGAGGTCCTCTATGAAAGTCTGATATAATTCTGCGCTGAACCCATCTGGACCTGGGCTCTTTTTGGTTGGGAGACTTTTAATGACTGCTTCTATTTCTTTAGGAGTTATAGAGTTGTTTAAAAGGTTTATCCATTCCTGATTTAACTTCAGTACCTGGTATCTGTCTAGGAAATTGTCCATTTCCAGCAGATTTTCAAGTTTTGTTGAATATAGGCTTTTGTAGTAGGATCTGATGACTTTTTGAATTTCCTCTGATTCTATTGTTATGTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTTGGACACACTCTCTGTGTCCTCTGGTTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAACCAGCTTTTGTTTCTGTTAATTCTTTCTATGGTCCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGATTTCAGCTCTGAGTTTGATAATTTCCTGCCTTCTACTCTTCCTGGGTGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTTAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTGATATATGCTCTCTCCTGTTTCTTTCTGCAGGCACTCAGAGCTATGAGTTTTCCTCTTAGCAGAGCTTTCTTTGTGTCCCATAAATTTGAGTATGTTTTACCTTCATTTTCATTAAATTCTAAGAAGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTCCTTGACCAGGTTATCATTGAGTAGAGCATTGTTCAACTTCCATGTATATGTGGGTGTTCTTTCCCTATTGTTATTGAAGACCAGCTTTAGTCTGTGGTGGTCTGATAGGACGCATTGCATTATTTTTATCTTTCTGTAACTGTTGAGGCCTGTTTTAAGACTGATTATATAATGAACTTTGGAGAAAGTACTATTAGGTGGTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATAGAATGTCCTATAAATATCTGTTAAGTCCATTTGGCTCATGACTTCTCTTAGTCTGCCTTTGTCTCTGTTTAATTTCTGTTTCCGTGATCTGTCCATTGATGAGAGTGGGGTGTTGAAATCTCCTACTATTATTGCGTGAGGTACAGTGTGTGCTTTGAGCTTTAGTAAGGTTTCTTTTACG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Seq C2 exon
AATTACAACTTTACATTGGCATGCAATACCAAGAGGCTGAATTGTTTTCCCGTTCTGGTGGACATAGTGAGTAATGCGCTACTCGGACTGTTCACACCATCAGTGCACATTCAAACTGATCGCAGCTCATTTCCTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004147:ENSRNOT00000005665:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(12.1=100)
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(12.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]