RnoINT0049859 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000026490 | Dnm3
Description
dynamin 3 [Source:RGD Symbol;Acc:727949]
Coordinates
chr13:80201628-80213362:-
Coord C1 exon
chr13:80213224-80213362
Coord A exon
chr13:80201715-80213223
Coord C2 exon
chr13:80201628-80201714
Length
11509 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
CAGACATGTTTTCTTGACAGCTG
3' ss Score
7.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGGGTTGTTTACTCCAGACATGGCGTTTGAGGCAATAGTCAAAAAACAGATAGTAAAACTGAAAGGGCCTTCTTTGAAGAGTGTGGACCTGGTGATGCAGGAACTGATCAACACGGTGAAGAAGTGCACCAAGAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGGCCAACTTCCCCAGACTTTGTGAAGAAACAGAAAGGATTGTTGCTAACCACATCCGTGAGCGAGAAGGAAAGACCAAGGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000026490:ENSRNOT00000067653:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.080
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=FE(15.6=100)
A:
NA
C2:
PF0103115=Dynamin_M=FE(9.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]