HsaINT0050691 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197959 | DNM3
Description
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Coordinates
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TATCTCTGCTTCTTTTTTGGTAGTGTAACTTTTTGAGTATTAATACTCAGATCTGCTTTTCTTGACAG
Seq C2 exon
CTGGCAAACTTCCCCAGACTCTGCGAGGAAACGGAAAGGATTGTTGCTAACCACATTCGTGAGCGAGAAGGGAAGACAAAGGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197959-DNM3:NM_001136127:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.034
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0103115=Dynamin_M=FE(15.6=100),PF086515=DASH_Duo1=PU(51.1=48.9)
A:
NA
C2:
PF0103115=Dynamin_M=FE(9.5=100),PF086515=DASH_Duo1=PD(44.4=69.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)