RnoINT0066968 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018485 | Gpr155
Description
G protein-coupled receptor 155 [Source:RGD Symbol;Acc:1309162]
Coordinates
chr3:60065891-60079773:-
Coord C1 exon
chr3:60079563-60079773
Coord A exon
chr3:60065996-60079562
Coord C2 exon
chr3:60065891-60065995
Length
13567 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ATTCTATTTCATCTTTCTAGGTT
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGATCACCACAGCAGTCACCCTGTTCTGCAGCATTCTCATAGCTGGGGTGTCACTCATGTGCATGAACCGTACCACCCAAGCTGGCCACTACGAAGGTTTCGGCCAGTCTCAGAGTCACAAACCGGTAGAGCCTGGAAGCACTGCGTTCGAGGAGAGCCCAGCGCCAACAAGTGAACCAGAGCTCTTCCCAAGTTCTATCCCAGAAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGCTGTTCTTGCTCCTTGGGAAATGGTGAATTACGCTGTCCATCAATACAGCCAGGAACGAACTCAAGTGCTAGCAGGCCTAGGCCTTCTTCCTTTGAGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018485:ENSRNOT00000025158:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.394 A=NA C2=0.250
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]