RnoINT0076455 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006569 | Itgb8
Description
integrin subunit beta 8 [Source:RGD Symbol;Acc:1311374]
Coordinates
chr6:147101688-147110441:-
Coord C1 exon
chr6:147110352-147110441
Coord A exon
chr6:147102091-147110351
Coord C2 exon
chr6:147101688-147102090
Length
8261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CACTCTCCTTTAAAATTTAGGTT
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCTTCTGCCCCTTTTGCCTGGTGCCATTGCTGGTGAAATAGAATCCAAAGCTGCAAATCTCAACAATTTAGTAGTAGAAGCCTACAAG
Seq A exon
GTATGTATGTACAACCTACAAAATCTTCTAAAAGTCAACTTTTACTACCATTTTGTGACAAGGTACGAAGCAGCACTGCTACATCTTGCAAGGAGTGACAGAAAGAATGTTAAGACTGGAAATTTGGAGCTGGGTTACCATTGGATGGGCTACAAACTAGCAAGAATGCCTGATGCTTGAAAGAGTCAGGTCTGTTCTTTGTGTCTCACTTGTCCCTCATACAGGTGAACTAAGATTGATCCAGCCGTCTAAATTTCCTTTCAGATTGATCGTTCAGTGAGTTGCCAGCTTGTCACAAAATTTTGGACAGTTTCCTACATCAGAAATTTAGCAAAAACAAAACAAAAACCACTGTACTGTGCTGTTATTTAAAGAACAACCTGCAGGGGTAAATGGACTCTCTGGGATACAGAGATTACTAAGAGGGCTTTGTGAGGGTATCCATGACCAGTCCTTGTAGTGTTCCAGTCAATTATCATTTCTATCAAAACAGGCCAAAGTTTCACTTTCCCAGATGTTTTCTTGGATGGTTGGTTGTATGTTGTCATCAGTCCTGTAAAGAATAGATGCAAGATGTTTTAAGGGGACATCTGGTCTCTCAAACTGGATCGTGTCTCCATTCAAAGGCTTTATTAAAACTTGCTAATGCTGACTTTTCTTTTCATGGCAGTCGCTTTCCATACATGACTTCACTTAATCCGCACACCTGCTCCATTGGGCAGGCAATTAGTACTCCCATTGTGTATTTAGGAACAGAAAAGTAGGTGAATTAATGACAGTCCGCACAGCTAATAAACAGAGGCAGCAGGATGAAATTCCAGGTGCTACTCCATGCCTCAGCTGCTTCCAGCTGTACGGCCTGTTTATCTTTTGTTCTTTGATTTTTTTTTTCTTTTAAACAGGTGTCAAAAACTATGCTTTATTCTTCCATGGGCTTATTGGCCAGTTATAAGGCATGGCTTCTCCAGATTTTCTGCCTGCCCGCTAGCCTGACATTTAGAATTAATGTTGCCTGAGCCACAGAGCTGTGAATCCCCCAGGCAGCTTTGTTAACTGTCTTCAGGCAGCACCTGCTTAGAACTCAGGTTCAAAGAAGAAGGCGGGAAGCAGACATAGGGCAGAAAATGAAAAAATTAGTTAAATGTATTCTTCTTTAAAGAAAAAATCTTTAAAAATTTTAAATAAAAAAAATCAATCTTGCTAGATTTATTTCTGTAGAGGACTTTAATGTTTGAAAACTACAGAGAATTAAATGAACACAAATATCTTAAAACTTTCTTATTTTTTTATTGGTTATTTTATTTATCTACATTTCAAATGCTATTCCTGTTCCCAGTTTCGCCTCCACAAGCCCCCATCCCCTTCTCACTCCCCCTGACTCTATGAGGGTGGTTCTGCCACCATCCAGCTACTCCTACCTCAGGGCTAGTGTTCCCCTCTCCTGGGTCATCAAGCCTCCACGGGACCAAGGGGCTCCCCTCCCAGTGATGCCAGATAAGTCAATCCTATGCTATACATTCAGATGGAGCCATGGGTACCCACTGTGTACTCTGGTTGGTGGTTTAGTGCCTGGGAGCTCTGGCACATCTGGTTGTTGATATCGTTGTTCTTCCTTTGGGGTTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTCATTTCTTTCTCTAACTCCTCCATTGGGGACCCTGCGCTCAGTCCAATGTTTGGCTGTGCACTTCAGAATCTGCATTGGTCTGGCTCTTGCAGAGCCTCTCAGGGGACAGCTATACCAGGTTCCTGTCAGGAAGCACTTAGCATCAGCAATAGTATCTGGATTTGGTGTCAGCATATGGAATGAATCCCTAAGTGGGGCAGTATCTAGATGGCCTTTCCTTCAGTTTCTGTGCCACTCTATGACCCTGCATTTTCTTTTGACAGGAAGAATTCTGAATTAATATTTTTGAGGTGGGTGGGTGGCCCCATCCCTCAACTGGGGGCCATGCCTATCCACTGGATATGGTCCCTACAGGTTCTATCTCCCCTTTGTTTTTTGATATTTCGGCTAATGTCCTCCTTGTTGGGTCCTGGGAACCTCTTCAGTCCCTGGCATCTGAGACTGTCTAGTGGCTACCCCCAGTTCTCTCTCTCCTACTGCTATATGCCTACTTTCAAATTGCTGAACCTCTGTACTTCTCCCCCATCTCCTCCCATATCCAAACTGGTCCCCCTTTTCCCTCCCCCTCCACTCTCCCTCCCACATCCCTTTATCCCTTTACTTCCCAGAGATGATTCTCTTCTGCTTACTGAGTAGGTCTGTAGCATCCACATTTCAGTGTGATCTTCTTTCTTGTGTTTCATATAGTCTATGAGTTGTATCATGGGTATTTTGAGCTTCTTTTTGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTACATACCATGTGTGTTCTTTCGTGTCTGAGTTATCTCAGTCAGGATGATATTTTCTACTTCCATCCACCTGCCTGTGAATTTCATGAAATCATTGTTTCTAATAGCTTGAGTAGTACTCCATAGGGTAAATGTGTATTTGCTATATACATTCCTCTGTTGAGGGACATCTGTGTTCTTTCCAGGTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATGGAACATGTGTCCTTGATATATGTTGAAGCATCTTTTGGGCATATGCCCAGGAATGGTATATTTGGGTCCTCAGGTAGAATTATTTCCAATTTTCTGAGAAACAACCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTATCAGCTTACAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGCTGTAACTAAGATTTTTGATCTTAGCCATACTGACAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCTTGATGACTGAGGTTGTTGAACATTTCTTTAAGTGCTTCTCAGCCATTTGAGATTCCTCAGCTGAGAATTCTGTTTATCTCTGTACCCTATTTTTAGTAGGGTTATTTGGTTCTTTGGAGTCTAAATTCTTGAGTTCTTTGTGTATTTTGAATATTAGCTCTCTATTGGATGTAAAGCAGATAAAGATCTTTACCCAATCTGTGGATTGCCATTTTTGTCCTATTGACAGTGTCCTTCACCTTACAGAAGCTTTTTAATTTTATGAGATTCCACTTGTCAATTATTGATCTTAGAGCATAAAAGATTGGTGTTCTGCTCAGGAAATTTTCCCCTGTGCCAATGTGTTTGAGATTCTTTCCCACTTGATCTTCTTTTAGATTCATCACATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGACCCACACAAGATGGGAAAGTACATGCAAGAAAAAAGCAAGAAACTAATCTTCTCACAACAAACCCAAAAAAAAAAAGAACCACATAAGCATAATTCCACCTCTAACAACAAGAATAACAGGAAGCAACAATCACTGGTCCTTAATATCTCTCAGCATCAACGGACTCAATTCCCCAATAAAAAGACATAGACTATCAAGCTGGATAAGTAAACAGGACCCAGCTTTTTGCTGCATACAGAAAACACACCTCAGTGACAAAGACAGACACTATCTCAAAGTAAAAGGCTGGAAAAAAATTTTCCAGACAAATGTTCTCAAGAATCAAGCTGGAATAGTAAATTAAATATTTTGCTACCATAAAAATAATGTTAGGTCCTAGGGCTGGAGAGATAGCTCAGTAACTAAGAGTACTTGCTGTTCTTCAAAGGATGGAGGTACCGGTCACAGCCCACATGGTAGCGCAGAACCATGTCTAACATATAGTTAGTTCCAAGAGATCCATCATTGCCCCTTTCTAGCCTATATCAACATCACACACACACACACACACATACATGCAGGCAAAACATTCATATACATTTTTAAATGTTAGATCCATGGAATTTTGTACTAAAAAAAGCAAAATTACCCATACTTCAGGCTATCCACAGTTTGGTCTTAAGAGTCATCCAGAGGAAAAGGGAGTTTATGCAATTAGTCCTTTTAATTACTACCGTATATCCATTTTATTAACCTGAAGTGTAAAAATTGGCTTCTATTCTGTTGTGGGGTTTTTTGGTTTGTTTCATAAGTCCAGTTTAGCCTTGGAATCTTGATCCTGCTGCCTCAGCCTCCTCCTGAGTCCTAGAACTATAAGTGCGTACCATCACATCTAGCTTCTTTTAAACCTTTGTGTCAGACTTATGAAAAGTGAGACAGTAAGCTAGGAGTGAAATTTTGTCTCAAACAGTAAAAGTAAACAGCACTATTTGATCTTGTGTACTTTGCCTTTTGCAGATTTGTGACTATATTAGCTTACTGTGGTTTCATGTAACCTTGCAGTGGAAGGATGAGAGTGAGCTCAACAAAAACATATTTTGGCTAAGCTAATCTTCTTGAGATTCTATAACTATTATTTATATGTGTCTATGTCTTCAAAATTCTTTTAGAATTGTATTTTATTTCAAAATCCCAACAGAAACAATTCATAATTTGTTGAAGTATTATATACTCAGAAAAAATGGGGCCTTTCCAACAATTCTTAGACATGAAATAGCATCTGTTCTAGCACCCCTCAGGTTGGAAAGATGAAGTTTAACAGTTCAGCAGAAGGATAGGATAGAAAATATTATTCAAATTTTTCTTCACACAGTACTTCAAAGATATTGGCCCAAGTGGTTTGAGATCTTAGAGTAACAGCAAACATGGCTAATGTGCTGCTCTGGGGAGATGTGTACTGACCAATGAAACCAATGCCTAGCCAAATTATTTTACACCATTGTAAGTTTCTCCTAGTTTGTCAGAATCACTTGTTATTTCACTATATGAACTCTTGGGGAGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTCACCTACTGAAATAATATTCATGAACTTGAGGAAAGCATCTTCTTTTGAGAACATGCTATCAGAATTTCATAATCAATTATTCATCAGTGAATACCTATCTCCTAATTAAAGATATTGTTGGAGGAGTAAAATTACTTTAACTAAAACGTTAGAAGCCTTTCTAAGTCTTTAACCCCAACAGGGTACAATCCATTTTCCATTCATGGCTGTGAATTTCACATCTCTGTTATTTTTCTTTACAAGTTTAAATTCGGGATTTTTTTTTGCATGTGCCAAGCTCAAATTAATGTGACCAAATGCACACATATCTAAAAGATATATTTAAAGTAGCTTGATGCTTTAGAACTGTTAGATTGTTGTGGAGGCCTTAGTGTGTGCCCAATACTAGATATCATGCAGTGGATGTTTACTGACTGAGCCTATGAATGACTGTGTAAATACATGCATGGTTCTGTACCCTATATGAAGCCTGCTTTAGAATTAAGGCTAGGAACAAACATAGATACAGCAAGTATGAAGACTTGATAAAAGAAAAAACCCTAAGCCCTTCTTAGGGAGCCCTGTATTACAGTATTTCATCAGTGATTCCTGTGCATAGCCACAGTTTAGAAATGCCAACCCCCACAAAACTGCTTCAACTTTGTATCATAAAACACTAAATTTTCATGATAGTCAAAAGCATTTGAAATTTGTGTCATTTTTGCCAGTACCATGTTTCCTGCTGTAAATTGTCAGAATTCACTTGTTATTATTTTAAAATCATTAAATATCATCAGTATGACTTTGAAAGATTATCCTTGCCACACTGGATAAGAGATGTATTTCTCTAGAGATTACAATGTGTAATTAAAATGTGCAAAATCAAACTATTTAAACACAGCTGACCATTTAGTACTTCTTGTGTTTTAAATATGACTGGGTGATTGTGAGGATCCACCATTTTTTTTCATTTTTCCAGAGGTAGAATTTGATTAAAGTTAAATATTAAACCTAGGACGGCAAATGAATAGGAGTCTGCTTTGTTGCTTATGCTAGAAACTACTGCAGTGTAATTAAAAATCCATGTCTCTGCAGAAACTCATCTCAGAAGTAAAAGTGCAGCTGGAAAGCCAGGTACACGGTGTCCATTTCAACATCACTGCCATCTGTCCGGATGGGGCCAGAAAGCCAGGCACAAGTGGGTGTGGAAACGTGACAAGCAATGACGAAGTATGTGGCAGTATGTTTTTCTTGTTTAAGACAAATTTTTGGTGTGCTTTCTCATGAAAAAAAATTATTCAAACTACTTTAGAAACATGGCTAGTAGCTATAAGACTCTTGTTTCAACTTTAAAGGAGCCTTCCTGTCTCTTCTCAAGGTTACCTCAATACTTACTTGACGTCTCTCAATTTTTCAAGTTAAAATAAATGTATTGTGCTTTGTGCTTATGAAATACTTAGTAGTAATACATTTTCTGAAAGTTTTGGTGTAATAAATCACATCCTTCCAGGCAAGCAATATCTGTAGTTGTAATAGTAACAAAGCCTTTATAGTTTCAAATCTCTTCAAGAATTCGGGCAGTATATTAAAGCTAAGAAATCTAAAATCTTCCATTTGTGATGACCTGGAAAAGGAGATAAAGAAATGTGTTAAAAGCAGTCAAATCAGAGGGATGACACCATCTTTGTAATAACTAGAAAGAGTTGGGATACCAAGAGAACTCTGAAACCAGAAAAAAAATGGTCTCCAAGAACTGTCACAGCAGACTACATCATGCTCTCAGCAGAGGGTGGGGGTGGGGTATCCTTCATCTGTACCTGAATGACCTGGTGAGAAAATTTTGATTCTTTCCTCTTTCTTATTCTAAGATTCTCTAATTTTATTACTTCTATCCTGTGTTGGGAAGGAGTTTTCAAAGGGATAGAACATGCTAAAGTTCTAAGATTTATTCAAAGAGAACACTTTTTCCTCTTCAGTTAAATTTTTTTTTCCTCATGGGAACGTTAGAAGCTGTGGGTAGTGTGATTGTGCCCACAAGCTGTGTATCTTTAATTAATTATCCCAAGCTTCTAATTCAGTAGTTTCCTCTATAATTATTCCTTGGATATCGTTCAAAAAAGATCATATACTAGTTTATATAATACACATTTAATTTCTGCTACAGAAAAGTTTTTGTAGCAAGATACCACTAAGCTAACTTTTAAAAAACACAGTAAGTCTTTAAAGACTTTCAAATATATTACAATGATTTACCTTCATTATTTTTTTCCTTTCAGCTATAAAGAACTTAATTCCCAAGAGGAATCGACCAGCCTTCAATTATAGAAGCCCTAAGTTTTCTTATACTTGTTTTAATAGCAGTGACCACTTATCCTACACATCTGTGGATCCTTAAAAGTCTTAAGGGCAAAACCAACTTGAGCACAAACTGACACCAACCACACTGATTTAATGTAATAAATATAAATAAAATGTCTTGTACATGGATTCCTAAATATAGAACTTTTATTCCATGCTACATAATTTCCGATTTAAAAGTCCAGCATCCATTGTTTTAATGTTGGAATTTAATTATTGTAGTGAACTTCAGTTCAAAATGTATACACATATATAACTGCTTGTGTGTGTAAGCTTTCTTATTTGCCAAAGCACCTGAATGAAGTCAGAAAATATAGATACTAAATAAACCATATTATAGATAAACTAGGAAATAAAGAACAAGGGAAAATTGTCAGGCAAATAAGCTGTAGTTCTAGAAGGGAAAAGCCATTCCTTGTTAATCCATTCTTTAGTTCTGTGATGATCCCATTGGAGCAACATAGTGTCTTTGGTGAGGTCTTGTAGCTTAAGTATAAGTTCTGAGCCTCTTTCTCCAGTAACATGAGAGATGGTTTTGTGTTTTCCTCCACTGATAAACTGCGTGGGCTAAAGATCATCTCTGGGCCTTTAACTTGGGCCTCTAGAAAGTAAAATACAAATAAATAAAATTGCCCATGTGAATATCTCAGGGTTCTGATCCAGGAGATAAGACGTCTGTTACTTAGGGTTATTGGTTCCTAATGCCAATTGTTCACTAACCTCATGTGCCCAGTTCGGAAAATAGAACATTGCTTCAGCAGTTATCCATGAAATCAGTTATCTAAGATGTCAGACACTTGAGGACGGATAGACACGTAGTGATTGAGAGGCCATTGGTAATTGTTATTCCCTTTAATTCTAATTAATCAGTTAGGCAAAAATGGAATTAAATGGGAGTTATGTACTTACACATGGAAGAGAAGGCGTGGCACATGCGATTTATAAAATATTGTTAGTATCTCTAAGATGTTCACTGCTCATTTAAATATTATTACTTGATAAACTGTTTGCAGCATCAAAGGATATAACTATATTTCCACTCTCCTTTAAAATTTAG
Seq C2 exon
GTTCTTTTCAATGTGACAGTTGTGATGAAAACATGTGATATCATAGGAGGAAAAAACTATGCAATAATCAAACCTATTGGTTTCAATGAAACCACTAAAGTCCACATACACAGAAGCTGCAGTTGCCAGTGTGAGGACCACAGAGGACTCAAAGGACAGTGTGCGGAAGCTGCTCCAGATCCCAAGTGTCCACAGTGTGATGACGGCAAATGTCATTTTGATGAAGACCAGTTTCCTTCCGAAGCTTGCAAGCCACAGGAGGACCAACCTGTCTGCAGTGGCCGAGGTGTTTGTATCTGTGGGAAATGTTTATGTCACAAAACCAAGCTTGGAAGAGTGTATGGCCAATACTGTGAGAAGGATGACTTCTCTTGTCCCTATCTCCATGGAGATGTGTGTTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006569:ENSRNOT00000066545:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0036213=Integrin_beta=FE(11.6=100),PF0036213=Integrin_beta=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PD(0.4=0.7),PF0036213=Integrin_beta=PD(95.3=30.4),PF079748=EGF_2=WD(100=26.7),PF079748=EGF_2=PU(28.6=7.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]