RnoINT0088160 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000016047 | Macf1
Description
microtubule-actin crosslinking factor 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1306057]
Coordinates
chr5:141147113-141166278:-
Coord C1 exon
chr5:141166143-141166278
Coord A exon
chr5:141147263-141166142
Coord C2 exon
chr5:141147113-141147262
Length
18880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATTT
5' ss Score
7.64
3' ss Seq
TCCCTCTGCATTTCACATAGACT
3' ss Score
6.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTTCAGAAAGAGAGAAGGAACAGATCTCTGAGCAGTTGTGTGCCTTGAACAAGACTTACCATGATCTTTGTGATGGTTCTGCAAACCAACTCCAGCAGCTCCAGAGCGAGCTGGCTCAGCAGACAGAACAAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCTGCAGAAGCAACAAGACACGTGTCATAAGAAGCTGGAGGATCTCCGCAGCTGGGTCAGACAGGCAGAAAGGGCACTGGAGAGGCACCGGGGCAGGGCCTCTCAACAAGAGCTTTCTGCTCTGCAGCAGAACCAAAGTGACTTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000016047:ENSRNOT00000045400:34
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.123 A=NA C2=0.540
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]