RnoINT0094523 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011839 | Mrps31
Description
mitochondrial ribosomal protein S31 [Source:RGD Symbol;Acc:1307668]
Coordinates
chr16:74469105-74481272:-
Coord C1 exon
chr16:74481199-74481272
Coord A exon
chr16:74469249-74481198
Coord C2 exon
chr16:74469105-74469248
Length
11950 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
TTTTTTCTTTAATCCTGTAGAAG
3' ss Score
7.74
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAATGTTTGTTCAAGGGGAAAAGACTTTCGATTTTTGATGTTAAGGCGTTTGACGACGAAGCACCTGAACCAG
Seq A exon
GTTTGTTAAGAAGAGAACAGCACTGCTCCGAGTGTGGGAGTTCTGTCTTTGAGAAACAGTCCTGGTGTCCTGGTGGTATAACACTGGACATCTGCGTTTTTATCTTTCTTCCTGTCATGGTTCTAGATCTTGCTCATGAATAAAACTGCTGATTTGGGTCCTGCTTCCCCCTGAAAATGTCGCATTCTGTGGGACCCTGAGGGATCAATGCTGTCAGATAAACAAGCCAGAGCTGTGGGTTGACTGTGGCTCTTGGTTAGAAAGAATTCTTCAGCCGCCGTTTGCAGTGTAGCCCACTGCTGTTGCATGAAGGTCACTGACCTGTTTCTGCTTTTGAGCAGTGTGCTACCCAGAGCAGGAGAGACACCATGAACTCATGAAAGAGAATGCTCTCTCCCTCCTGGTTCATTGGCTGCTTGTCAGTCTTTTAAAGCTACCTTGGTTTCATTGATTCTTTATATTGTTTTTGTTCATTTCTGAAATGTGAACATCAGCTCTGATCTTGATTATTTCTTCCCACCTATTTGTGGGGTGTTGTTATTGCTTTCCCACTGCCTTCGGGCCATCATTAAGTCATTGATTTGAGACCTCAGAACTTCTTATGTAGGTGTTTAGTTCTGTGTCTGCACTGGCTTCAGTACGTCCTGTGCCTTTGCGTTTTCTTTATCGCCCAGCTCTAGGAATTTGTGAATTTCCTTTCTGATTTTCCTTTCCAATCTTTCTATATGTCTTGGATTTGTTTTGTGTCCTAATTCATATTAGGAAAAACACATGATGTGCTTTGGAGAAATGGCTGCTGAAAAGACTGAGTTCTTTACTGTGTGGGTGCAGTGTTCAGTGGGTCTCTTGTAGGCCCATTTGACTTGAGATTTTGACTTTTGTTTTTTCTGGATGATCACTCCATTGGTGAGAGTAAAGTATTGAAATCACACACCATCCCTGCGTGGAATCTATCTGTGTTTTAAGCTCTAGCTAACAGTCTTTCTGTTAGGAAATTGGGTGTTCTTGTGTTCGGTTAGTATATGTTTAAGATTATAATATCCTCCTGGTAGATTTTTTTGGTTTCAAGTTTTATTTCGTCAAGTATTAGAATAGTTATGCCTGCTTTTTTCTTAGTTCATTTGCTTGGAATGCTTTTCAGTCCTTTACCAGTGCGTATCTACTGGTAAGGGCGATGTGTGTTTCTGGCTTAGGCTGTCGGAATGGAGGAAGGTGATTTTGGGGGTCTCTGGAGGGTTGCTGATTTTAGAGTCTGCTTATTATCTTATCTTATTATGAAATTGGATTTTCTTGTGTTTGGTTGCTACTATCCTGGCTAGTTTTTCTGTCAAATTGCCAACAATTAGAGCATAATTTGAGAAAGGCAGATGCAATAAGAATAATGAATCTTTAAATCAGATTTGACCTGTGAGGCAAAATTATGGAGAGTACGGAGCATTCTGACTTTTGTTTGGTTTTGTTTTTTGTTTTGTTTTGTGTTTGATCAATGATTGGATAGTGGGAGGCTGGCCCCACTGTGCCATTCTGAACGAGACGTCCTAGGTTGGGCAAGCGTAACCAGCGTGAGCAGGCGCTTCCACATGGCCCTCCGCAGCGTCCTCTGCCTCTCGTTCCTGCCTGACTCCCTGGATGTTGTAGCTCACTTTCATGCAAGGTGAAACAACCTTTCCTCCACAGGTGATTTTTGTCATGCGTGCTTTTATCACAGCAATAAGAAACCTTAACTAACGTAGAACCAGTCTGGTCTGGTAAGACCCAAGAGTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACAATGAAGCAGGTAAGAGTTACTGCAGAAGCTCAGAGCAGTCCCCACCAGCGATTATGTGGGAAGGTGTTCTGTTTTAGAGGGGGATAGGTGCATATGTGGATCTCAGAACACTATTGGTGTCTGAGAAGAAATGTATCAAGTTATCTCAAATTGTTCTAAAGATGACAAGAGTTTGATTCAACTCTAGATATTTGAAAATAACAGTAAAAGAGTAAAATTATGTGTGAAAATGTACCGTCAGGCTCTGGGATGTAGTTCAGTCAGGCTGGACCCCCAGGACCTCATAACTGGGCCTGGTCCCTCCATGGGAGATGGGAGAGTCAGAGTCTGTAGCTGTCCACGGCTGCAGGGCTCACAGACAGAAGGTTGAGGGCAACCTTGGATGTCCGTCCTCACCTTTCACCGTGTTTTCAGACAGTTTCTGCTGGTCTACTGCTGGGTGTCAGTGTACTCCCCGAGGATTCCAGCAGTCCTGTCTTGCCTCCCATCTCTGTGGGGGCTGCACTGGAATTATAGAGCTTTGCTCTGCTGGGTCTTCATCCCAAGGATCACTGAGGTCATCAGACGTGCGCAGCAAGCCGTCTCCCCAGCTTTTTATATCCACACTCACATTCTTTTTGGTTGTTGTTGTTAAACTGCTGGCTAAACTAGGTCTCATTCCGAATTTTATTCTTCTGTGTGATGCCTTATTAACTTTACGATGTAGGCTTTATGTTCACAACTGTGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCGCTGAGCTAAATCCCCAACCCCTGTGTTACTTTTTTATTTTATTTCCCAGGTCTTGACGATGATGGCTCAGAGTTCCATGAGCATATATTTTTGGAGAAGCACCTGGAGGATTTCCCCAAGCAAGGACCAATTCGCCTGTTCATGGAGCTGGTGACCTGTGGCCTCTCGAAAAACCCATATCTGAGCGTTAGACAGAAGGTCGAGCATATAGAGTGGTTCAGAAATTATTTTAATGAAAAAAGAGATATTCTCAAAGAAAATAACATTCACTTAACATCATGAGGAAAAATTTTTATTTAAACTGTTGAAAATGTATATTATAGCTAAGTAAAAATTTTATCAAAATTCTCCTGTGTTGATTACTGTACCTGATGTGATGCAGATAACTGTGAAATTACTTTTAACTTGAAATACATTCATATTATCTATCTGAGAACTAGTGATACATCTAAGACAAGTCTACCTTTCTTATTTAGGTGATTATGCTTCTTTGAGATCTATAATTGTTAGCGGTGAAGCCGATTAACATCAAAATCCGTGTGTAATTCCTTCATTTTATCATAACAAAATACCAGACTCAGGCTAATGTTATGAGAACAAAAGCTTTTCTAACACAGCATAGTACAACCTTTGGTAAGGCTTCATCCCAATGCAAGAGCACGCAGGGGAGGAACAGCTCACCCTGGTACCCAAGCTGGAAGGGAAGCCTCCCAGTCCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAGAGGTAGTCCATGGTTTTAAAGTGTTTATTGTCATGGCAGAAAGTGAATGAGTAAAACCGTATTCCACTTCTCAGGGTGGGCCTGAGATTAAATACCTTTTGCTGGGAGAGTGTCCGGGAAGGAAAGTTCATTGACTAAGCCTCCAGGGCTTTAGGCACCCCATTATAATGGAGATCTGTCTTGAGCCTACGTGACCTGTGGTGACATCCTCTACCTGTGGAGGGGCTTGGGACATTGCCCTTACATGACTGATGGCCACAAATCTATGGAGGGCTGTGACAAGTGACCGGCCTGGTTTCCTGGGAGTCAGGTGAAATGCCTTCCATCCCTTTCAGGGTCACTAGGGTTTCAAGCCTCTGCCCAACCAAGAACCAGGCTGCCTTTCACCGTCCCACACCCCTACAATAAGGTATTTTTACAATTGTTTTCCAATCAGCTATGAAGAAGACAAGCATGAAGTGTAGGTTGCTTCATAAGGCCTTTCAGGGCTCTGCTCTGCTTTTCCACTTCATTTTTAAACTTTATTTCACCGTCTGTAGAGCGCGCAGGTGTGCTCTGCCTTCCCACAAACGTGGGGGTCAAAGGGCAATTGGCTTTGGGGTTGGTTCTTGCTTCCGCTGTGTTTCTGAGGTCAGGTCTTCCTTATTTCTGCCTCAGTGCTAGTTACTGCCCTTCAGGCTGTTGGCCAGTCTCCTGTCTGCTCTCACTGGCCCTAGGAACCCTGGGACTGCTGATGTACATAGCCACATCCGGCTTTTTCACGGGTTCAGGAAACCAGTTCAGGTCACCAGGCCAGGGCGGCAAGAACTTTTATCTCCAGAGCGTCTCCCTGGCCTCTACTTCTCTACATTAAAAAGTAATAAATTGTAATTGTTTTGATTTTAGTAATTTGGGGGGATTTTTTGAGAAAATGTCTCATGTACCCCACACTGGCCTCAGACTTTCTTTGTAACAGAAGGTGTGTGTGGCTCCTGTCTCTGCCTCCTGAGTAATGGGCATGTGCAGCGTCCTTACCCCTTCTGTGCTCTAAAGGGCCTGCAGTTAGGTGGACCGTGCACTATCCATTGCTGTATTGCAGACACATCTGGGAACCCTCCGCAGCTGGTCCAGGAGGAGGCTGTAGACAAGACTGGAGAATGGGGCGCGCTTGTTCTGAGTCTGAAGAAAAGTTCTTTTATTTACCCCTGGCACTTTAGTTTTTATTTTGAGGGAGTATCTCACTCTCACAGTTACCCATGGTAGCCTTGCTTTTTATTTGGATCTGCCTTTCCAAATATACTCTAAATTGTTGGCAATTTGACAGAAAAACTAGCCAGGATAGTAGCAACCAAACACAAGAAAATCCATTTCATAATAGAAAGATTAATAACTAGATCTAAAATCAGCAACCCTCCAGAGACCCCCAAATCCCTTCCCTCCATTCCGACAGCCCTAAGCCAGAAACACACATCGCCATTACCAGTAGATACCATGGGGTAAAGACTGAAAAGCATTCAAGCAAATGAACTAAGAAAAAAGCAGGCATAACTATTCTAATACTTGACGAAATAAAACTTGAAACCAAAAAAATCTACCAGGAGGATATTATAATCTTAAACATATACTAACCGAACACAAGA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Seq C2 exon
AAGCAGCACCTTCTCTCTGGGAGATAGAATTTGCTAAGCAATTAGCCACAGTAAGCGAACAGCCGTTTGGGAATGGGTTTGAGGAGATGATACAGTGGACAAAGGAGGGGAAACTGTGGGAGTTCCCAGTTAACAATGAAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011839:ENSRNOT00000015790:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF154331=MRP-S31=FE(8.4=100)
A:
NA
C2:
PF154331=MRP-S31=FE(16.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]