RnoINT0096358 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000057880 | Myh11
Description
myosin heavy chain 11 [Source:RGD Symbol;Acc:3136]
Coordinates
chr10:835091-837496:+
Coord C1 exon
chr10:835091-835214
Coord A exon
chr10:835215-837324
Coord C2 exon
chr10:837325-837496
Length
2110 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
CAGTCATGGCTCTGTTGCAGTGA
3' ss Score
4.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAGAAAACTCCTTGAAGAGAGGGTCAGCGACTTGACAACCAACCTAGCAGAAGAGGAAGAAAAGGCTAAAAACCTCACAAAACTAAAGAGCAAGCATGAGTCCATGATCTCAGAGCTAGAGG
Seq A exon
GTGAGTGGGGGAAATGGGTGGAAACAGAAGCCATGTTAAGTGAAATGAGCTGGGCTCAAAAGACAAATCCCACATTGTCTCTGTGGAATATACATTTTAATATTATGTTTTATAAATTTTTACTATTTTATTTTCTATTTTCTTTGAAATTCATTTATTTCTCGAGTGTGCATGTGTGTGGTATGTGGTGTATGGTATATGTGTGCATGTGCGTGTGTATGCATGGTGTGTTTATGTATAGTATGTATGGTATGGAGTATGTATGTGATAAGTGTGTATGCATGTGTATGTGTGGAATATATGTGTGTATTGTGAGTATGTATAGTATATGGGTGTTTGTGTGTGATATGTGTGTGCTTGTATGTATGGTACGTGTGGTATGTGTAATACATTTGATAAGTATATATGCATGTGTATATATGGTATATATGTGTGTATTATATGTATGTATGGTATGTGTGGTGTGTGTGATATGTGTGTGCAGTATGTATATGTGGTGTATGTTATAAGTGTGTATACATGTGTATATATGGCATATATGCATGTTTTGTATGTATATATGTATGTATATATGTAGTGTGTGTGATATGTGTGTTTATATGTATGGTATATGTGGTGTGTGTGATATGTGTAATATGTGTGTATGTGTGTGCAGTGTATATATGTTGTGGGTATGTATGGTATGTGTGGTTTGTGTGTGATATGTGTATATATGTGTGTGCTTTTATGTGTGGTGTGTGTATATGTGTGGTATATGTGTGCATATATGTGTATGTGCTCATGCATATCACAGCATGTACATAGAAATCACAAGACAACTTTGTAGAACCTGGGGATTGAACTTAGATTATTAAGCTTGGATGCAAGTGCTTTTATCTACTAAATTGGCCCTATTTTACTTTATTTTTAGAGACAGGGTCTCATGTAGTCTAGGCTTGCCTGAAACTCACTATATAGCCAAAGCTAATTGTGAGTTCCTGATTCTTCTGTCTACATCTCCCAAATGCTGGTATAACAGATAAATACATAGTAATATTACTATGCTGAGATTATGCAGTGCTGGGAATTGAACCCAATTGCATGCAAGACAAGCACTATTAACTGAACTATATACCTAGTCCAGAATCTAGATTTTAAATAAGTACATATGCATAAGACATGAAAATTGAAGGAGACATATGGAAAAGAAGGGATGTTGTTAGGGCAGGTGACTGAGCAAGAGAAGAAGTAAGGTAAGAAAAAGAACAATACCTTTTCTCTCACATGGAATCAGATTTTTAAAAAAGAAAAGCCATGAAAATGGAAAGAGGAACTATTTGAATAAAGAAAGATGACTAGAGAAGAGGGGAAGAGGGAAAGAGAGCAATTAAAGCAAATACAAGCAAAGCCCCATCATGGGTGTCTATGAAAATGTCAGTCACTTTGAAAACTAATTCCTTAGAGGACCAGAAAGATGGCCAAGCAGTAAAGAGCACTTTCTACTCAATCAGGAGGACCAGAGTTTGGATCCCAGCACCACACTAGGTGGCTCAGAAATGCCTGTAATTCTAGCTGTGCTAGATCCAACAGCCTCTCCTGGCCTCCAAAGTTTCCCTCACACACATGTGCTCACACACATATGTTCACATGCTCACACATATGCCCACAAAATAAAACATTTTTAAAAAGGTTTTCTTCTTTTTTACGTATATAAGTACACTGTCAACCGTCTTCCAACACACCAGAAGAGGGCATCAGATTCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGTTGGGAATTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTTAAGAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAATAAATCTTTTTAAGAAAACAAACCAGAAAAAGTCAGGAAGGAACCTAGAAAGACAGATTACCTCGGGAAAGAGATTCTACTTGGGCTCCACACTGTGGGAGGCATACCTTGGTAGCATTTTCCCAAGCTCCACATTCCCTCTAACTGGTCTAGGGCTGAATGTGCCGTGTCCATAGCCCAGGTAGAAAGACACATGCTCCTTCCTGGTGGCATCCCCAGGAAGGCATTCCCAACTAAGACAGTCATGGCTCTGTTGCAG
Seq C2 exon
TGAGGCTGAAGAAAGAGGAGAAGAGCCGGCAGGAGCTGGAGAAACTCAAGAGGAAACTGGAGGGTGATGCCAGTGACTTCCACGAGCAGATCGCTGACCTGCAGGCCCAGATTGCAGAGCTCAAGATGCAGCTGGCAAAGAAAGAGGAAGAGCTACAGGCAGCTCTAGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000057880:ENSRNOT00000084608:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.738 A=NA C2=0.293
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0157614=Myosin_tail_1=FE(28.1=100)
A:
NA
C2:
PF0157614=Myosin_tail_1=PD(29.5=74.1),PF0157614=Myosin_tail_1=PU(2.9=43.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]