RnoINT0131533 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000053122 | Scn1a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 1 [Source:RGD Symbol;Acc:69364]
Coordinates
chr3:52408672-52416561:-
Coord C1 exon
chr3:52416439-52416561
Coord A exon
chr3:52408954-52416438
Coord C2 exon
chr3:52408672-52408953
Length
7485 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
TCTCTCCGTTTGTGTATTAGGTG
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTCATTGGTCAGTTTAACAGCAAATGCCTTGGGTTACTCTGAACTTGGGGCCATCAAGTCCCTAAGGACACTAAGAGCTCTGAGACCCCTAAGAGCCTTATCACGATTTGAAGGGATGAGG
Seq A exon
GTAAGAGAAGTGAAAACTTTGCAGTGTTCTCTATTGTCAAAGCTAGACTGATTCTTACTCAACTAACCAACGACACATGCATGCAAAAAGAATGGCAACCCTTTGCAAAATTGCTACTTTACCCTTTTCTCTGCTGCATATCTACTTCTTGGTAATATGCAAGAGAAAATAGGCCTCTTTGAAAATGATTTAATATCATTTATCTGCTTTGCTAATTAAAATGACCTTATTTCATAATTGATCTTGGGAGTTTCCTTGTAATTCCTAATACAAAGGGGGGCAGATACTCTCTTAAAGAACTAAGTGGAGTAATGTAATAATCACCTAGAGATAATTTTGTGTCATGTCGTTCTCTATGATGACCTATCTGTACTTAAGGAATATTCTGGAAAATAGTGTGAATCACAAGTGTGTATGAGTACAAAAGAAAAAAATGAAGAGTTGTCCAATGTTTTGCCTTTACAATGCCAAAATGCTCATTATTCAAATACATTCAAGGGCAGATATTAACCATTGACTGGAGTATAATCCTGCCTCAAGTGTAAATGAGTTAACCACAGTGAATAAGTAAGATGCTAATTTAAATACTATAAACACCCAGGCATCTGATGATGATAAAACTGTTAAGAAAAAAGAAACAGAATGTGCATTTTTATTCATTACCATACATGGCTCATTAGCCTTAACCTAACCCTCTTTTCTCAGTTACACCAAGTCTTATATTGCTCTTTTGAGCAAAGCATTCCTCCCGTCTCCAAACTCCATCACACGTTAGAATTTCACCTTTATTGGCTTGTTGTTATTCTGATCATTTCAAAGCGTACTGTAGTCATTTATAGGAGATGTGCAGTGTGAGAGTTATTTTTTTTAATTGTAAGGTCCACAGTTTATGTTCTCTAAACCAAGCAGATGAAATGTATAAACCAAAGGGAATACATTGCCCTGACATTTACACTTATAAACCAGGGGGCCCTGCAGGCTCTCATCAACCTATAGATGGCATAGAGCCTGTGTTCTCTCATAAATTAAAAAAAACATTATGAATTTTATTATACTCTACTAAAAGAAATGTAAGCCATTTTTAATTTCTCTAACACATATGAAAGCTTCTCTTCAGTAGGTACAAGTAAGCACAGAGAAGCTTTGAGTCTCACACAGGAATACATTTGTATTTAAAATGCATCATGGACTTTCTCCCAATTATGCAAAGCTTCAATGTTTTTCCAATTAAAAGAGCACTTTTATTTCAGAATAGCAATTTCAGTTGTCAAGGAAAACATCGTTTTCAGACATTTTATATAAAAATATGTGATCCAAATTAAAATCCACATTGTTAAAAACTTTTTAAAAAATTTTTTTGAATGTTTCCCTTTTTTTACATCCAGCCATGTCCTCCCCTGCAGGTCCTCCCTCCCTCCTACAGTTCCTCAAGCCATTCATCCTGCATCTTGCCTCCTAGAGGATGTGTTCCCCCACCCCTACCCCATCACCAGACCTCCCCTTTTCCTGGGGCCTCAAGTCTCTCAATGACTGCATCTTCTCCCACCGAGGTTTGACCTTGCAGACCTCTGCTACATATGTGCCGGGGCCTCGGACCTGCAAGCATAACAAACATCAGTAATAGTGTCAGGCCTTGGTGGCCCCTCAAATCTACATTTTAAAATAATGAATAATGTTAAGTACATAAGGTTGTTAGAAAAAAAAAAACTTCAACTTTGACCTTTTAGAAGATTATTAATACCATAGTCACTTATTTTTTATATGTAATATCTACTTTCCATAACAAATGGGTCTACTTTCCTTTTCATAGAAATAACTTTATCCATGATTGTTAATAATGCTTTTAATCAATTATTGTAAACAATGCTTTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGGGAGTCATCGAAACAAACCTTCAGGGCAGCTGCTAAGAAGCTGGCTCCTGGTGACGGTTCCTTGGTTCACAGTGAGCGAGGCCACAAATACCTGAAGGTCACGGCAATTCCTCACCACCACTTTGGCATTGTAAAGTCAAAAATAACCTTTCGTTGATTCTGTTTTTGTATTTCTAGTAGGGGAAATCCTTCTACTTTGTAAAAGTGTCATTGTGGATGGCGCTGAGGTTGGACACGATGATGATTGTAACCGGGAAGTGAGATAGAATATCTTCAGAAACTCTCATTTTTATCCTCCTTGGCAGCATAGAGCCGCAATCGCTGTGTCCAAGCGTCAACCAGGCAGTCATTTTGTTTTGGGTTTTCCGTCTCTCTTTCAAAGCATGTGCTTCTACGCCACGCGACTGAGTAACGCATGCTGCATAGTGCTTGAGAAGGAGTTAGAAAGTAATGAATGAGGTATCATCACGTTGCCCTTTGTGTTCTCGCATGTCTTACGCACACTTTTGGCTGACAGCTTTTGAACATTTATTGTATTTCAAATTTCCAGTCCGAATTTTTTTTTTCAACTCGTGAAATTGAACGGAATGAACTGATGTCGTGAAGACCTAGGGTCAAATAAACCTGGTATTTAAATTAGTACTTTTAATTTCCTAAGCTGGGAGAGAGAGAAAGAAAAATAATGTAAAAACCTTTTCCAAAGAACTCAAGTCTCAGTTGCTAGGGCAACAGACAGCGACCATCATATACAAAAAGTAACACCAAATGTTCTGTCATATCAGCTTTCTAACTAATAATAAACTATATATTTCTATTTTATATAGGATAATCTTGCTCCAACTTGGATGGGGTGGAGCGGTGGTTCCTCCCCTCAGCCCCTTATTATGGGTACTGTATTACCCCTTTTCCTACCTTTAATCCTTGCACTGTGACGTATGTGTAGTGGGGTTGAGGGAGGGAACGGGAAGGGGACGGATCGCACCACAGTAGGGGCAATGTAGCATCTACTTCCAAATCAATGAGTTTAAATTTCTTTGGGGGAAAATAAAAAATATCTCTGACTTACCATCTGTGGATTATAACCCCAGTAGCACGTATCTTTATTAAGTTCCACTGAATGTGACTTAGCTATTGCATATTTCATTATCCATTTATGGGGGAAATGACTTCATTGGTGAGGGTGGGGGACCCTGGTGTAGGATGGAGATGGAAACATTTTAACTTGTCAAGCTCGTGATAGCGAGGGAAGCCTATAGCCCTTGCTTTTAGGTACACTGCTCTGGTCCCTCAGCGGGTCAGCCACATTCCACCCGTTGGTTGTGGATGTGTACGGGCGGAGGCTAAGGTGTAGCAGACCAGGTATCTTAGGGTTGTCATTGGTTGTGGTCATACTCGTCTTTATTGCATAAAAATGTGGTACTTGCAAAAGGTAGATGCCTGTGAAACAAGGGAACATGAAAAGTTATAAAACCAAAATGTGCCAAAAATCAACTTCACTGAAATATATAGACTAGCATAGTTTGACAAACAAAAGGTCATGAGCGGTGAGAAATTAGTGTATAAGCCAACTCCATGTAAGCCACCCCAATAAAACCTCCCAGAATCTTAGAGGACATCGCAGTGAACCCCCAAACAAAAACAAACCTACACCTTTACTTCCTCTGAAAGTGCTGGAGTCTTGTGTAAGAAAGATAACTTTTGTTATTTTGAAGAAGAAAATTTTTGTTTGGATAATCGGGACATCTATCAAAAATATTCATATTAATAAAATTTCACAACACTGAGTTTAGATGTTGGCTTTTTAAAAAACGTTTTACTTTTCATATTAAGAACTCATGATTTCTACCTTCCGTTTTTTGAGTTCTTATTCACATGATTTTCCTGTTTTTCTTAGAAAAGCTGTAGAACCCATGGTCACCAGTGACTTGAAAAACATCTAAACATCTCCACTTAGATGATACTTTCAAATGCACTGAAACTTCTAAAATCAACTAGAATATTTGCCTGTTTCTAATTTTTCATTGCTTTAATCAGAAGTGTGAACCCTAGAGAAGAGATAGACTGAACGAACTGGTTATGTTACAATACAGGAATTCTGCTCAGAGATGTCTTTTTAAAACACTGTTAGGAGAGACAGGTTCTACAATCCACCCATTAAGCGTACTTCTTTCTTAGACATCTCCTTTTAAGTACCTTATAACCTCAATGTGTTATTTCCAATTTATTTAGACCAGCTTTCCCTGGTGCATCCCACATGGGAGCTAATTACTAACTCTCCTGAGAGACTGTAAAGAATTAATACACGACGTCTTTCTCTGCAGAACCAAGGGATGGTTGGGCTCTTGGGAGAGGCAGTCCTTTTGTGATCTTTTGCTCTGCACATTAATGAAATCACAACTTTAAATGGATTTTCAGTGGCAAATCCTCTGATCCTATGCCAACTGGTTTTCAAGACAAAGTTCCCTCCCTGTAAAATAAATTTCCTCACTGAGGCAAATCCATGGCAAATTTGCTAGTTTCCCTGAACCGCATTCCTATACACTATTTGACATCACAAATTCACTAATGAGCATTATTAATTTTAATTCAAAATCAGTCCCTGTTTCAAGGGAAATCTTTCACATCTATTACATTATGCAAATTGTTTTCTCATTCAGTGGTTAAATCCTTAGCCAAGCAAGCATGAGGACTGAAATTTGGATCTCCAGAACCCTCATAAATGTTCAGATGGGCATAGTAGCTCACATAGTAGTTGATCCAGAGATAGGTAGATGAAACCTAATCTCCAGAGCAAGCTGGCTAGCCAGACTAACCCTGCCCTCAAGCTCTGAATTCAACTGATGCAGTGACGAAGATGGGACCCCACCCCCATCTCCTACATCTATTTCCTCTACATCTACACATGTATTTCCCATACCTCTCTATGCCTCCACATATATGATCACACATGTGCATGCGCACCTGCACACATATGTGTACTCGACATATACACATTAAAACATCATAATCTACCAATGGTGTGGAAAAACAATTAACGTTCACACAGAGCAAGTCAAAGAAAACTTTAAGAGATTGAAACTCATGAAAAAAACTTTCAGGGTAAGC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Seq C2 exon
GTGGTTGTGAATGCCCTGTTAGGAGCAATTCCATCCATCATGAATGTGCTTCTGGTTTGCCTTATATTCTGGCTAATTTTCAGCATCATGGGCGTAAATTTGTTTGCTGGCAAATTCTACCACTGTGTTAACACCACAACTGGTGACACATTTGAGATCACCGAAGTCAATAATCATTCTGATTGCCTAAAACTAATAGAAAGAAATGAGACTGCCCGGTGGAAAAATGTGAAAGTAAACTTTGATAATGTAGGATTTGGGTATCTTTCTTTGCTTCAAGTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000053122:ENSRNOT00000083552:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(17.5=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(40.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]