BtaINT0001059 @ bosTau6
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr2:31647622-31654189:+
Coord C1 exon
chr2:31647622-31647850
Coord A exon
chr2:31647851-31654091
Coord C2 exon
chr2:31654092-31654189
Length
6241 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
GTGCTTTTTTTCTGTTTTAGAGT
3' ss Score
12.17
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACTGTGAGAGTAGTGATCAATTTTAAGAAAACGCAGAAGACAATAGTAAGAGTTAGCCCACATGCACCTCTTCAAGAACTTATCGCCATTATATGCAGCAAATGTGAGTTTGATCCATTACACACACAGTTATTGAAGGACTATCAGTCTCAGGAGCCCCTTGACTTGACAAAATCTCTTAATGAACTGGGACTGAGGGAATTATATGCCATCGATGTCAGCAAAG
Seq A exon
GTAAGTAAGACTTTTCATGTTGTTCATTTGACAGGATGTGCATATGTATGCATGTTTTGTGTTTATGTATAAGTATTCTCAAATTCATAAAGAATCCTGTAGTAAAGTCAGTACATGTCATTGGAAATAAAAAGAGAAAACTAAATGTAATAAAATTTAACTTGAGTTCAGTTATTAAAATTGGAATAAAAATTTGTCTTTCTTAGCTGTCATTTACATTTTACACTTTTCCATCTACCTTTGAATATTTAGGGCATCCCTGGTAGCTCAGCTGGTAAAGAATCCGCCTGCAATGCAGGAGACCCTGGTTTGATTCCTGGGTCAGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGATAGGCCACCCTACTCCCTTATTCATGGGCTTCCCTGGTGGCTCAGATGGTAAAAAAATCCAACTGTACTGTGGGAGACTCACCATGGTTTTGTCTGAGTCTTAATTTTCTTTCAAATTTAGGAATATATTGACAAATATTTTTCTAAGTTCAGCACCCAAAATCAATTAGCTTATAAAATGAGTCAGTCTAGTTAACAAAAGTCTTCAAAATAGGATAACTTGGAGTATAAATCTATAGATATAATGTATTAAAACTTGGAGATTTTAGATAATGTTGGTTTCTATGATATCTAATAGATAAATGCAAGTTTCTTTATTCAACACAAATCTGTTTTATTAGGAGTAATAAAAGCTTTGTGAAGAATGATTACTTACATCGTCTCTGTGTAGAGAACTTCAACTTGAGATTGTGGCTTTAAATAACTCATAGACAAATGTTTCAACTCAGTGATGTTTTATACTTGAACAGACATTATCTTTACAGTCAAGTTACCCTCTTTTACTCCCTCCTTCTGTAGCCACTTCTGTTACTGCCTTCAACAAGTCATCTTTACAAGGTAAGATATATGAATCTGTAGAAAGATTATAATATGAAATCTCTATTTCTATTGGGTAAATTATAAAAACTGCTCATGGAACTTTTCTGGTGGCTTAGATGGTAAAGAATCTGGAGATCTGGGTTCGATCCCTGGATTGGGAAGATCTCCTGGAGAAGGGAATGGCTATCCATGCCAGTATAAGGGAATGGCTTTCCATGCCAGTACTCTTGCCTGGAGAATTCCATGGACAGAGTAGCCTAGCGGACTATAGTCCACGGGATTGCAAAGAGTTGGACATGACTGAGTGACTAACACTAACTAACCAAGCTGATAATATTACCTATCTTCTTAAGACTATTAATATATACATTTTGTAAGAGATTTTAATTTAGAAGATCTTTGGGTTTTATTTCTGAAAAATAGTGTATAAGCTCCCACCTTGATTCCTGAATTTAATACAATAATTACATTTCAGTAACTATTTGAAAATTAACATCACATTAAGAATGAGAAAAACATATCCTTCACTCTCAGACAAGAAAAAGTGATTTTGCTAGGGCCTTTATTGGGTACATACACTGAAAGCTTGGTGGTTCCAAGAAGGGTCCCAAATTATTTCTTTTGAAATAGTTATTCAGACTATTAAGGGTATATTCATTATAGAAAATGTTTGCAAATTTAAATTGCTTGTGAATATTTTATAATAATATGGAAAGTGCTTATGCTAAAATCAGCTTTTAAAGCTCTTTAATGTTTAGTATATTTTTAAAAAATTTTACATGAAATTTCTGAAAATATATAAAAATTTTAAGTGTGGATACCTTTGGGTGGTAGGACTATGAGTGACATTTTTCATCCTTCTTTTCTTTATATTATAGAATTTTATAATGGAAATATATTACTTTCATAGCAGAAAACTTTATTAAAAATTATCCAATAATAATAAAGTCTGAAAATCTTTTCCCCATTAAAAAATAGGTTCAGATAATTGATTATTGTAATAATTACCCCCTACTAAAAAAACTTAATAAACTGTATACATTAAATGTTATTAAATTACTGAAATCTTCTTTCTTCACCATTTAGAATTTTTTTATAACACAATGAACCTCTCGATTCCAAGAATTAAGCCCACATAAGTAATAGTGTACTTATTTATTTCTAGTGGCTATCATGAAGGCTAGACTAATCAAAGGAGTTGAAAATTCTTATGATTTTAAAGTGTATGCTGCTAAGTCATTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGATGGCAGCCCACCAGGCACCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACATGGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACCCTTAGTGACCCCATGAACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATAGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCGTGTAAAGTGTATACTGGCTAATAATCAGAAGATAGGCATGTTAATCCTGATATTGCCTTAGCTACTAAGCTCATCTGGCAAGCTGATCAGGCAAATGACTTTATTTGTCTGGATCTCACCTCCCACTTTTATGATAATCAAGAGAAAAAAATGTTCTCTTGATTCTTTCCAGCAACAGCATTCTGTTACTTGTACATGGCTTTCACTCCTAACTTTGCCACTCTCTACAAACATAACCCAAAGCACATTCCATAATCTTATTGGCCTCGTTTTGAAGCTGTTGAATGCGCTGATTTCTAATATCCCCTCCAGCCAAAAAAGTATGTGGTTTATGCAGAGTATTAAATGTTGTGAATATAATCTTAAGAGATTGTAACAGGAAAATGTAAAAAGCTCCTTTTACAGTGTCAGAATCTACAAGCTCAATCCAAATGTTGTAAATGCTCCTGCCTCCTTATTTTGTCTGATAAGATCAGAAGGCTTAGAACTTTGTGTGCAATTATTTACAGCTTCTCTTTGAGAAACAGGAAACTACGGTATTTAAGTTGCTTTTCTAAATAAGCTCAAGTCCTTGTTTGTCCTGCTGTTTAACTGGCTTGTAGTGATCCCTGAAATTGAGCTTTTTTTTTTTTTTGAAATTGAGCTTTAAGTGAAGACTTAGGAATTAACCACTGTTGAGGATGCCTGGAAATTACTTTGCCAAAAATAACTACGTGAGTACTCTGGTTATAGTTATTGCGCTGCACCGCCATGTGAACTTGCTATTCACTGTTCCAATGAAATTTAATTGTATATCTACATTCAACTAGTGGAGGAGTCTATCTTAAAATGAAATAGTAGCATTTCTTAAAAAAAGAAGTCAGAGGTATTGCATATCATCTTTAAATGGGTAGTGGATTCAATTCTAGTGTTTAATGTCTATTTGTTTTGGTGAAAGTTATTCAAACTCTCTAGTCATCGTCACCCAGGCCTTTCAATTCTTTACAGTCCCCAATTTATAACAAGGGCTCAGAATAGCTCAGGTAGCTTGTGACACCTACCTCCCAGGATTGTTCTAAAGAGTGAATTAGGCATGTGAAAAAATTTGTGACCATAAAATGCTGTCCACAATCCTATTATTGTTAGTTGCTAGCATTGTCAGTAAACTCATTGTACAGAATACATAGTGCTTATTTAATATTTGAAGCATCAGATTTATGAAGTTTTAATTTGTGAAATATAGTTCTCCTTTATGTCTTATTGAGGCATATTGCATTAATATATTTATTGGTGTTAACCATCTTTGCTTTCCTGGAATAACTCCTACTTTGTCATAAATTATTTAATTTTTGAAACTTTTTCTTTAAATAAAAAGACTAGAAAAGACTATGTATTTAAGACTATCATTGAGCTCTAAATTCTGCTATGGATATATCCCACACATTTCAACGTATAGTACTTTGTCTCCAATGTCACAGAGATTATATTGTGATTTGCCATAAAACTCATATGTGTTTCACATGAGAGATGTTTTTAAAATGTATAAATGCCCACTGCTGTCTCTCTTTTTAAAATCTGAAACTTATTTGTTGAAGAAACCAGGTCATTTGTCTTATGGTGTTTTCCACATTCAGAATTTGGCTGATTGCATCCTGTGGTGCCACTTAACATGTTCCTTTATCCTCTATTTCCTGTAAATTGATTGTTAAATCTACAGACTTGATCAGATTTGGGGGAGGTATTTTTGATAAGAATATTTCATGGGTTGTATTGTATATTTCCATTAACAGACATGTAATAACAAGTTACCTTTATTGATGTTAGCCATCAATAATCATTGCCAGTATCTTTTTAAATTGAAGTATAGTTGATATATCACTCTACAGCAAAGTGATTCAGTTATACATATATATAATTCTTTTTAACATTCTTTTCCACTATGGTTTATCACAAGACGGTGAATATAGTTCTCTGTGCTATCCAGTAGAACCTTGTCGCTTAGCCATCCTATCTACATATGATAGCTTGTACCCCAGCTGCCACTCCATTCCTTCCCCACCCCTGCCTTCTCCTTGGCAACCGCACGTCTGTCCTCTGTGTCTTTTGGTCTGTTTCATAGATAGATTCGTTTGTGTCATAGTTTAGATTCCATGTATAAATGATAGCATATGGTATTTGTATTTCTCTTTCTGTCTTAGTATGAAAATCTCTAGGTCCATCCATGTTCCTGCCAATGGCACTGTTTCATTGTTTTGGGGGGATGAGTAGTATTCCACTGTGTGTATATACCACGTCTTCTTTATCTACTCATCTGTCGATGAACATGTAGGTTATTTCCATGTCTTATGTATTGTTGGCAGTGCTGTTGCGAACATCACTGCACATGTCTTAGTTAATTAAGAGTTGTAAAACATTATAATCTATAACAAATATTCCTATAATTAGTAGTTGAGATATTTCTAAAAAAAGCCAGTTTTCCTATGTCAGCTGTTTCTCTCTCTCAATAGAATTCATTCAGAAAACGCAGGATAAAGTGTGATTCCCTTAATTTTAAAAATAATGGCCAATGAGAATCAGTTACTTTTTAGTATTGTTATGAATTTATGGAATTAAACATGTGTGCTATGTTTCACTTTATTGAG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Seq C2 exon
AGTCCTGCCAAATATCACAAAACCTAGACCTTATGAAGGATAAAGAAAGTAAAGGGTTTTTCAGCTTATTTCAACGCAGTAAGAAAAAGCGGGAGCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000005501:ENSBTAT00000007231:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.106
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF094695=Cobl=PU(59.5=61.0)
A:
NA
C2:
PF094695=Cobl=PD(39.2=93.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]