HsaINT0037711 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000082438 | COBLL1
Description
cordon-bleu WH2 repeat protein like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23571]
Coordinates
chr2:164722425-164728197:-
Coord C1 exon
chr2:164727969-164728197
Coord A exon
chr2:164722523-164727968
Coord C2 exon
chr2:164722425-164722522
Length
5446 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
ATGCTTTTCTTCTATTTTAGAGT
3' ss Score
10.72
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACTGTGAGAGTAGTGATTAATTTTAAGAAAACACAGAAGACCATAGTGAGAGTGAGTCCACATGCATCGCTTCAAGAGCTTGCCCCTATTATATGTAGCAAATGTGAGTTTGATCCGTTGCATACACTATTGTTGAAAGATTATCAATCGCAGGAGCCTCTTGACTTGACAAAATCTCTTAATGACCTGGGACTAAGAGAATTATATGCGATGGATGTCAACAGAG
Seq A exon
GTAAGTAAGACTTTTATTTTATTTATTTAGTGGGATGTGTATATTTGTATATGTTTGTGCATTGTGTTTGTGTGAAGGTGTTCTCAAGTTCATAATGGCAGTTAATGGGTCCTATAGATAAAAGTAATTACTTGGCATTAGGAATAAGAAAACAAAATGTTAATAAATATAAATCAAGTTAAATATAACAACTTAATTTCAGTTATTGAAATTGGAATTAAAACTTGTCTTTTTAGCCATCATCCACAATTTATATTTTTTCTTTGATTTTTTTTTTTTTGGTAGGATTTAACTTAATTCTTCATGGCTTTGAGGCTTAAACAGAAAATAAAAATTTACATATAAAGTCATTGTTATTCTAATCAAGTGTGAATTACTGTGGACTCACTATGATTTTGTCTGAGTCTTAATTATCATTCAAGTTTGGAAGTTTCTTGCCAAATTTTTCCTAAGGTCAACACCAAAATAAGTTGGCTTATGAAATGTATCAGTCTAATTCAAAAAATTTTTGAAATAGCTCCCAGTTTTAATCTATAGAAATGATGTATTAAAATTTGGAGATCTTAGATAATGCTGGTTTGTATGATGTCTAGTAGACAAATGCAAACATTTATTCAACATGAATCTGTTTCACTAAGAGAAATAAAAGTTTAGTGAAGCTGACAATTATTTACATACTCTTTGCATAGAGACTTCAAAATTTATCCTGAGGTGGTGGCTTTATGTAATCCATAGACTACTTTTTCAACTCAGTGATGTTTTATACTTGAACAAACATCATCTTCACAGTCAATTTACCCTCTTTTATACCCCTCCTTCTGTAGCCACTTCTGTTACTGTCTTCAGTAAGTCATCTTTACAAGGTAAGATGTATGAATCAGTAGAAACAAATTATAACATGAAATTGGATATATTGAAATTAAGCTTCTAATTTTACCCTTTCTTAACATCACTAACGTGTTCATTCTGTATGAGATTTTAACCTAGAAAATATTTGGGTTTTATTTCCTTGAAAAATGTATAGGTTCCTTCCCCTTGATTTCTGAATTTAATTATAATAATTTCATTTCAACAAATGTTTAAAAATTATTCTAACAGTGTGGGAAAACGTATTCTTTACTCTCATACAAGGAAAAATGATTTACTAGGATCTTTACTGGGTACAAATGCTAATAGCTTGGTAGTACCGAGGAAGCATTTCAGATTATTTCACTGAACAGTAATTCAGAATAATGGTGTTATATTAATCATATGAAATTTTGCAGTCATTGTTTGTGAATATTTTGTAATAAGATGGAAAATGCTTATGTTGAAATTAGCTTTTATACCATATAAGTGTGTTTAACACAATAGGTGAATAAATGCTTTTATATGAAATTGCTGAAAGGAAATACATAAAAAATTTCAATAGTGGTTACCTTTGGGTGGTAGGGTTATGGTATGTGATTTTTTTATTATTTATTTTCTTTATAATACAGAATTATATAATGGGCATACATTCCTTTCATAGAGAAAAACTGTATTAAAAATTGCCCAATAATAAATTGTGGAAGTCTTTTTTCACCCATTAAGAAAAAGTCTCAAATAATTGATTACCCTAATAATTACCAGCCTACTAAAAAAACAAGCCTTAACAAACTGCATATATTATGTGTTAGTGAAATCTCACCTTCTACTTCTATAATAATAGGAGATTAGAAATAGTGGTCTCTGTGGTTCTTTCTAGCAACAACATTTTATTACTTGTACTTGACTTTTACTCCTAATTTTGCCACTCTCTATCTGCATAATCCTAAGCAAATTCCATAAACTTTCTGGCCTCATTTTGAGGTTGTCGAATGCACTGATTTCTAATATCCCTTCCAGTAATGGAAGGATGTGGTTTATTTAGAATATGAAATGTTGTGGACAAATCTTAAGAGAGTGAAATATTAAAATTAAGAAAGTTTACAGTATCAGAATCTACAAGGTCAATCCAAATGCTGTCACTACCCTTGCCTCCTTATTTTTTCTGATACTATTTTGAAAACTTAGAACTTACCATGCAATTATATTTAGCCTGCCTTCTAGAAACAGGAAACTACAGTATTTGAGTTGCTTTTCTAAGTAAGCTAAAGCCTTTGCTTGTCTTACTGTTTAACCTGACTTGCTATGATCCCTGATGTAGAGCTTTAAGTGAAAACTTAATGGCTAACTAGTGTGGAGGATGACCATGTACCTGAAAATTTCTTCACCAAAAATAACCATATGGGCCAGGCACGGTGGCTCACACCTATCATTCCAACACTTTGGGAGGTCAAGGTGGGAAGATTGCTTGAGCCTAGGAATTTGCGACCAGCCTGGGAAACATGGCAAAATCCCATCTCCACAAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGTGGGAGGATCACCTAAGCCCAGGGAGGTCAGGGCTGTGGTGAGCCATGACCCTGCCAGTGCACTCCAGACTGGGTGACAGAGTGAGACCGTTTCAAAAAAATAAATAAAAAATAAAAAATATTCTGGTTATATTTATTGTATTGCACAACCATATGAATTTTTCATCTACTGTTCTGAGTAAATTTAATTGTGTATCCATATGCGATAAGCGGTGTATTCCATCTTAAATTGAAATAGTGGCAAATGTAAAAATAATACAAATATAAATAATCTTTAAATGGATACCAGTTTTAGTTCTACTGTTTAATGCCTGTTTGTCTTTGTGCAAGTTACGAAAACTCTCTGTTCACTTATAGTTCCTGAGAGCGTAATGGAGTAATACCACTGCTTTCATTTTATATATATATATATATATATATATATATATATCCTGCAGGGTAAATGCTAGCATCTTCCAATGAGAAAAAGGGCTCAGAGTGATAACTTTTGATACTTCCCTCACAAGGTCATTCTAAGAAACATTTAGGCATGCAAAAAAACTTTAACCATAAAGTGCTATCTACGTGTTCGTTATTATTAGTTGCTAGCATTGTCAAACTCATTGTGCAGAATGTATGCTGCTTATTTAATATTTGAATCATCAGATTTAAAAGTTTTACTTTGTAAAATAGTTTTCCTTTCATATGTTATTGAGGCATATTGTATTATTGTATTTATTTGGTGTTAACTAGCTTTCCTTTCCTGAAGTAGTCCCTATTTTGCCATAATTTATTTTGGTTTTCTTAGACAGGTATTTTAAATAAAAGCATTTAAGACTATATATTTATCTATTAGTTTAGCTTTAGTTATGTCTCACAAATTTTAATACACAATATTTTATGTCAAATGTTATTGAAATTATATTGTGATTTACCATAAAATCCATATGTTGCTTAGTAGAAGAAATATTTTTTTAGTTTTACAGATCACCACTCATTGTTTTTCCAACCTTTTAGAAAAATTTGCTACTCATTTATTGAAGAAACTAGGTCATTTGTTTTATAGCTTCCCGTGTTCAGATTTTTACTGTTTGCCTCCTGTGGTGTCACTTAATGTTTAACTTATTGCCAATGTCATTGAAATTTTATTTCAATGTAAATTTCCCCTCTCTTTCCTGTAAATTGATGGTTAAATCTAGAGGCTTGATCAGATTTTGGCGAGAGATTTTTTGGCAAGAATACTTCACAAGTGTTGCTGTGTACTTCCATCAGCAAACATGTAACAACGAGTTATTTTTTTCTGATGTTAGCCATCAATGATCTTTGTCTACATCTTAGTTAATTAAGATTTGAAAAATGGTGAAAGTCTATTGCAGTCAATATTACTGAAAAAGTAAGGTTCTCCGTGTCAGCTATATGACTGCTACATAAGTCGAATTCAATCAGAAAAAGGTAGAATAGGCTGGATGAGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAACATTAGCCAGGCATGGGGATGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCGAGGACTCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGATTCAAAAAAAGACTGTCTCAATAAATAAATAAATAAATAAGAAAAGAAAAAGGTATAATAAAAGTTGGATGATTTCCTTTCATCAGTTTTTAAAATAATGGACTGGTTCTCTAGCATAACACAAAGGTGAAAAAAGAGTTTTTTTTTTTTAGTATCATTATGAACATATGAAATTAAACACATGTGACATGTTTCAGTTTATTGAGTTACTTTTATGATGTCCAAATTATCCTTATTTTTACCAGTAGAAACTGTCTCAAGTTGGTTCCTGAGTCCTTTTAACACAACCTGGTAGACTTTGATAGCATTCTTTCTAGTATGGCTAGATGTCCCAAGTTTATCTTGTAGATTCTTTGATACCAACAGAGAATCAACCATTCTCAAGTAATCATGGTTTCTTTTAATGGGAAATGGAATTTATAGCCAATTTGGGCCAGGGAGGCTCAGCACTACTGGCTGTGTCATTGTTTGTAGGCCCTTCAGTTGATATTAGGAGATGCTTTTTGGAAAATTTTATATAAATATTATGTATACAACCTTGAGGTTTGACATTTGCCCTTCTAACTAAAGTAGGGCTTCCTAATTTTCAGCACTATTAACATTTGAGACAAGATAATTCTGTCATTAGGGACTGTCTTTTGCAATGTGCTATGTTTGGAATCCTCACTGGCCTCTACCCAGTAAATGCAGACAGCACAGTCTCCTAACCTCATTGCCAATGGTGGCAATCAAATTGTCCCCAGACTTTGTCAAATGTCCTCTGGGGGACAAAATTGGTCCCAGTTGAGACCCACCCTATTAAAGAAATAACTTTTATGAAACATTTAACAAAGTACTGAGCAATTATAATGACTCACATTTTGTAGAATAAGATATTTCATAGTTGTTTAGCTGTGAGACAAAAGTATAATCAAAATAAAGGAACAAACTGTGTGGTAGCGATTTCATGTCTTGTGTAATTTGAAGTGTCCTTTCTATTTTGCTTCTATACTTCAAAAGCAGAACACAGACTCTGAGTCAAAAAAATTGAGTTTGTGTCGTAGCTCTGTCATTTCCTGAGTGTTGGCCTGGATTATGTATCTTAGTTTTTTAAGCTTCAGTTTCCTCTGCTGTGAAATAGGAACAATATTTGCTTGTTGCTTTGAGAACTTAATAAGATTTAAGGTGCTTCTTTGTAGACTATAATTAGTAGCTTTTAGCATTAGATAAGTTTGCAAAGGGGAAGTAAGAGAAAGAAATCTTGGAAGTGAACAGTCAACCTCACATACAAAAGTAAGATGCTTTTCTTCTATTTTAG
Seq C2 exon
AGTCCTGCCAAATATCACAAAACCTAGATATTATGAAGGAGAAAGAAAATAAAGGGTTTTTCAGTTTTTTTCAACGCAGTAAGAAAAAGCGAGACCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000082438:ENST00000409184:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.002 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF094695=Cobl=PU(59.5=61.0)
A:
NA
C2:
PF094695=Cobl=PD(39.2=93.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development