HsaINT0037711 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000082438 | COBLL1
Description
COBL-like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:23571]
Coordinates
chr2:165578935-165584707:-
Coord C1 exon
chr2:165584479-165584707
Coord A exon
chr2:165579033-165584478
Coord C2 exon
chr2:165578935-165579032
Length
5446 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
ATGCTTTTCTTCTATTTTAGAGT
3' ss Score
10.72
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAACTGTGAGAGTAGTGATTAATTTTAAGAAAACACAGAAGACCATAGTGAGAGTGAGTCCACATGCATCGCTTCAAGAGCTTGCCCCTATTATATGTAGCAAATGTGAGTTTGATCCGTTGCATACACTATTGTTGAAAGATTATCAATCGCAGGAGCCTCTTGACTTGACAAAATCTCTTAATGACCTGGGACTAAGAGAATTATATGCGATGGATGTCAACAGAG
Seq A exon
GTAAGTAAGACTTTTATTTTATTTATTTAGTGGGATGTGTATATTTGTATATGTTTGTGCATTGTGTTTGTGTGAAGGTGTTCTCAAGTTCATAATGGCAGTTAATGGGTCCTATAGATAAAAGTAATTACTTGGCATTAGGAATAAGAAAACAAAATGTTAATAAATATAAATCAAGTTAAATATAACAACTTAATTTCAGTTATTGAAATTGGAATTAAAACTTGTCTTTTTAGCCATCATCCACAATTTATATTTTTTCTTTGATTTTTTTTTTTTTGGTAGGATTTAACTTAATTCTTCATGGCTTTGAGGCTTAAACAGAAAATAAAAATTTACATATAAAGTCATTGTTATTCTAATCAAGTGTGAATTACTGTGGACTCACTATGATTTTGTCTGAGTCTTAATTATCATTCAAGTTTGGAAGTTTCTTGCCAAATTTTTCCTAAGGTCAACACCAAAATAAGTTGGCTTATGAAATGTATCAGTCTAATTCAAAAAATTTTTGAAATAGCTCCCAGTTTTAATCTATAGAAATGATGTATTAAAATTTGGAGATCTTAGATAATGCTGGTTTGTATGATGTCTAGTAGACAAATGCAAACATTTATTCAACATGAATCTGTTTCACTAAGAGAAATAAAAGTTTAGTGAAGCTGACAATTATTTACATACTCTTTGCATAGAGACTTCAAAATTTATCCTGAGGTGGTGGCTTTATGTAATCCATAGACTACTTTTTCAACTCAGTGATGTTTTATACTTGAACAAACATCATCTTCACAGTCAATTTACCCTCTTTTATACCCCTCCTTCTGTAGCCACTTCTGTTACTGTCTTCAGTAAGTCATCTTTACAAGGTAAGATGTATGAATCAGTAGAAACAAATTATAACATGAAATTGGATATATTGAAATTAAGCTTCTAATTTTACCCTTTCTTAACATCACTAACGTGTTCATTCTGTATGAGATTTTAACCTAGAAAATATTTGGGTTTTATTTCCTTGAAAAATGTATAGGTTCCTTCCCCTTGATTTCTGAATTTAATTATAATAATTTCATTTCAACAAATGTTTAAAAATTATTCTAACAGTGTGGGAAAACGTATTCTTTACTCTCATACAAGGAAAAATGATTTACTAGGATCTTTACTGGGTACAAATGCTAATAGCTTGGTAGTACCGAGGAAGCATTTCAGATTATTTCACTGAACAGTAATTCAGAATAATGGTGTTATATTAATCATATGAAATTTTGCAGTCATTGTTTGTGAATATTTTGTAATAAGATGGAAAATGCTTATGTTGAAATTAGCTTTTATACCATATAAGTGTGTTTAACACAATAGGTGAATAAATGCTTTTATATGAAATTGCTGAAAGGAAATACATAAAAAATTTCAATAGTGGTTACCTTTGGGTGGTAGGGTTATGGTATGTGATTTTTTTATTATTTATTTTCTTTATAATACAGAATTATATAATGGGCATACATTCCTTTCATAGAGAAAAACTGTATTAAAAATTGCCCAATAATAAATTGTGGAAGTCTTTTTTCACCCATTAAGAAAAAGTCTCAAATAATTGATTACCCTAATAATTACCAGCCTACTAAAAAAACAAGCCTTAACAAACTGCATATATTATGTGTTAGTGAAATCTCACCTTCTACTTCTATAATAATAGGAGATTAGAAATAGTGGTCTCTGTGGTTCTTTCTAGCAACAACATTTTATTACTTGTACTTGACTTTTACTCCTAATTTTGCCACTCTCTATCTGCATAATCCTAAGCAAATTCCATAAACTTTCTGGCCTCATTTTGAGGTTGTCGAATGCACTGATTTCTAATATCCCTTCCAGTAATGGAAGGATGTGGTTTATTTAGAATATGAAATGTTGTGGACAAATCTTAAGAGAGTGAAATATTAAAATTAAGAAAGTTTACAGTATCAGAATCTACAAGGTCAATCCAAATGCTGTCACTACCCTTGCCTCCTTATTTTTTCTGATACTATTTTGAAAACTTAGAACTTACCATGCAATTATATTTAGCCTGCCTTCTAGAAACAGGAAACTACAGTATTTGAGTTGCTTTTCTAAGTAAGCTAAAGCCTTTGCTTGTCTTACTGTTTAACCTGACTTGCTATGATCCCTGATGTAGAGCTTTAAGTGAAAACTTAATGGCTAACTAGTGTGGAGGATGACCATGTACCTGAAAATTTCTTCACCAAAAATAACCATATGGGCCAGGCACGGTGGCTCACACCTATCATTCCAACACTTTGGGAGGTCAAGGTGGGAAGATTGCTTGAGCCTAGGAATTTGCGACCAGCCTGGGAAACATGGCAAAATCCCATCTCCACAAAAAATACAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGTGGGAGGATCACCTAAGCCCAGGGAGGTCAGGGCTGTGGTGAGCCATGACCCTGCCAGTGCACTCCAGACTGGGTGACAGAGTGAGACCGTTTCAAAAAAATAAATAAAAAATAAAAAATATTCTGGTTATATTTATTGTATTGCACAACCATATGAATTTTTCATCTACTGTTCTGAGTAAATTTAATTGTGTATCCATATGCGATAAGCGGTGTATTCCATCTTAAATTGAAATAGTGGCAAATGTAAAAATAATACAAATATAAATAATCTTTAAATGGATACCAGTTTTAGTTCTACTGTTTAATGCCTGTTTGTCTTTGTGCAAGTTACGAAAACTCTCTGTTCACTTATAGTTCCTGAGAGCGTAATGGAGTAATACCACTGCTTTCATTTTATATATATATATATATATATATATATATATATCCTGCAGGGTAAATGCTAGCATCTTCCAATGAGAAAAAGGGCTCAGAGTGATAACTTTTGATACTTCCCTCACAAGGTCATTCTAAGAAACATTTAGGCATGCAAAAAAACTTTAACCATAAAGTGCTATCTACGTGTTCGTTATTATTAGTTGCTAGCATTGTCAAACTCATTGTGCAGAATGTATGCTGCTTATTTAATATTTGAATCATCAGATTTAAAAGTTTTACTTTGTAAAATAGTTTTCCTTTCATATGTTATTGAGGCATATTGTATTATTGTATTTATTTGGTGTTAACTAGCTTTCCTTTCCTGAAGTAGTCCCTATTTTGCCATAATTTATTTTGGTTTTCTTAGACAGGTATTTTAAATAAAAGCATTTAAGACTATATATTTATCTATTAGTTTAGCTTTAGTTATGTCTCACAAATTTTAATACACAATATTTTATGTCAAATGTTATTGAAATTATATTGTGATTTACCATAAAATCCATATGTTGCTTAGTAGAAGAAATATTTTTTTAGTTTTACAGATCACCACTCATTGTTTTTCCAACCTTTTAGAAAAATTTGCTACTCATTTATTGAAGAAACTAGGTCATTTGTTTTATAGCTTCCCGTGTTCAGATTTTTACTGTTTGCCTCCTGTGGTGTCACTTAATGTTTAACTTATTGCCAATGTCATTGAAATTTTATTTCAATGTAAATTTCCCCTCTCTTTCCTGTAAATTGATGGTTAAATCTAGAGGCTTGATCAGATTTTGGCGAGAGATTTTTTGGCAAGAATACTTCACAAGTGTTGCTGTGTACTTCCATCAGCAAACATGTAACAACGAGTTATTTTTTTCTGATGTTAGCCATCAATGATCTTTGTCTACATCTTAGTTAATTAAGATTTGAAAAATGGTGAAAGTCTATTGCAGTCAATATTACTGAAAAAGTAAGGTTCTCCGTGTCAGCTATATGACTGCTACATAAGTCGAATTCAATCAGAAAAAGGTAGAATAGGCTGGATGAGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAACATTAGCCAGGCATGGGGATGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCGAGGACTCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGATTCAAAAAAAGACTGTCTCAATAAATAAATAAATAAATAAGAAAAGAAAAAGGTATAATAAAAGTTGGATGATTTCCTTTCATCAGTTTTTAAAATAATGGACTGGTTCTCTAGCATAACACAAAGGTGAAAAAAGAGTTTTTTTTTTTTAGTATCATTATGAACATATGAAATTAAACACATGTGACATGTTTCAGTTTATTGAGTTACTTTTATGATGTCCAAATTATCCTTATTTTTACCAGTAGAAACTGTCTCAAGTTGGTTCCTGAGTCCTTTTAACACAACCTGGTAGACTTTGATAGCATTCTTTCTAGTATGGCTAGATGTCCCAAGTTTATCTTGTAGATTCTTTGATACCAACAGAGAATCAACCATTCTCAAGTAATCATGGTTTCTTTTAATGGGAAATGGAATTTATAGCCAATTTGGGCCAGGGAGGCTCAGCACTACTGGCTGTGTCATTGTTTGTAGGCCCTTCAGTTGATATTAGGAGATGCTTTTTGGAAAATTTTATATAAATATTATGTATACAACCTTGAGGTTTGACATTTGCCCTTCTAACTAAAGTAGGGCTTCCTAATTTTCAGCACTATTAACATTTGAGACAAGATAATTCTGTCATTAGGGACTGTCTTTTGCAATGTGCTATGTTTGGAATCCTCACTGGCCTCTACCCAGTAAATGCAGACAGCACAGTCTCCTAACCTCATTGCCAATGGTGGCAATCAAATTGTCCCCAGACTTTGTCAAATGTCCTCTGGGGGACAAAATTGGTCCCAGTTGAGACCCACCCTATTAAAGAAATAACTTTTATGAAACATTTAACAAAGTACTGAGCAATTATAATG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Seq C2 exon
AGTCCTGCCAAATATCACAAAACCTAGATATTATGAAGGAGAAAGAAAATAAAGGGTTTTTCAGTTTTTTTCAACGCAGTAAGAAAAAGCGAGACCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000082438-COBLL1:NM_014900:4
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.002 A=NA C2=0.153
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF094695=Cobl=PU(51.1=61.0)
A:
NA
C2:
PF094695=Cobl=PD(33.7=93.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)