BtaINT0038851 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019781 | CLASP1
Description
cytoplasmic linker associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17088]
Coordinates
chr2:73531175-73540941:-
Coord C1 exon
chr2:73540798-73540941
Coord A exon
chr2:73531319-73540797
Coord C2 exon
chr2:73531175-73531318
Length
9479 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
ATCGTTTCTTCTGTTTCTAGGCA
3' ss Score
9.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAAAGTTGCAATCCTGAAGTACATTGAGTCTCTTGCCAGGCAGATGGACCCAACAGATTTCATAAACTCTAGTGAGACAAGGCTTGCTGTTTCTAGAATTATAACCTGGACAACAGAACCAAAGAGTTCAGACGTGAGAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGCACAAATTGTGCTCATCTCTCTGTTTGAATTGAACACTCCTGAATTTACCATGTTACTTGGTGCCTTGCCAAAAACATTCCAGGATGGTGCCACCAAACTCCTGCATAACCACCTCAAGAATTCCAGTAACACCAGTGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019781:ENSBTAT00000065657:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.025 A=NA C2=0.283
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(20.1=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=PD(18.8=91.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]