GgaINT0050000 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011645 | CLASP1
Description
cytoplasmic linker associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17088]
Coordinates
chr7:25611699-25621937:-
Coord C1 exon
chr7:25621794-25621937
Coord A exon
chr7:25611843-25621793
Coord C2 exon
chr7:25611699-25611842
Length
9951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATC
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
CATTATTTTCTTCTTTTCAGGCA
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAGTTGCTATCCTGAAATATATTGAGTCCTTGGCAAGACAGATGGATCCAACGGACTTTGTGAACTCTAGTGAGACAAGACTTGCTGTGTCTAGAATTATAACTTGGACAACAGAACCAAAGAGCTCAGATGTGAGAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGCACAAATAGTCCTGATTTCTCTCTTTGAACTGAACACTCCCGAGTTTACCATGTTACTTGGTGCCTTGCCAAAAACATTCCAGGATGGTGCTACCAAGCTCCTGCACAACCACCTCAAGAACTCCAGTAACACCAATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011645:ENSGALT00000019030:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.033 A=NA C2=0.417
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=PD(24.5=95.8)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=PD(18.1=87.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]