RnoINT0036770 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002376 | Clasp1
Description
cytoplasmic linker associated protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310970]
Coordinates
chr13:34528731-34542149:+
Coord C1 exon
chr13:34528731-34528874
Coord A exon
chr13:34528875-34542005
Coord C2 exon
chr13:34542006-34542149
Length
13131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GCCATGCTTTCTTTTTCTAGGCA
3' ss Score
10.3
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAAAGTGGCGATCCTGAAATACATCGAGTCTCTGGCCAGACAGATGGACCCCACAGATTTTGTAAATTCCAGTGAAACAAGACTTGCTGTTTCTAGGATCATAACATGGACTACAGAACCCAAGAGTTCAGATGTGAGAAAG
Seq A exon
GTATGTTCACAGAGCAGAAGCAAGACTCCAGGCTTCCCTTAGGCAGGCATACATATCCCCTGGAAATGTGCATATACATACACACACACACAGACACACACACATACACACACACACACACACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACAGCTGTGTCACCAAGGCTGTGCTGCTACTGCTTCTCTGTCTTGCTTTGCTCATCTCCAGTCTGGTGGATCAACTTCTGTGATAAAGCATTAGTGTGTTCACTAGTGCTCTGCTCTGATGAGGGATGGGCAGATCTGGGGCTCACTGTGGCTGCAAAGGCGCCTGGGAGTGAAATGTAATTGAAAGTTTGCTAAGACATAGCAGACTCCTGACTTTAAAAAGAATCAAATCCTTCTGTTATATGCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAACAAACTGTCTTTAATTTGGGAAGGACATATGTGTCCATGCAGCCAGAGGTAAACCTCAGGCATCTTTCTGTCTCTCTCCACCTTAGTTTTCAGACTGAGACTGAAGCTCACCAATTCAACTAGGTTGACTGAGCAGTGAGCTTTGGGGCTCCTTCTGCCCCTTCCTCTCAGGGCTGGAGCAGTAGACCTAAGTCCCCATGCTCTGACCACAGTGCTGGAGATCTGCCCTCAGGTTCCTCTTGCCAGTGAGCACACCACTGACTGTCCCATCTCCCCAGCCTCAGAACTCTGATGTGGATTTTCAGACTCCCAACACCGAGCTGTTACTTCATTGCTTTGGCAGCTCACAGGGGTCCACCTGGAGAGGCTGCAGCAGTGAAGCCCAGGCCATCATTCCCTGCTAGGCACAGTCTGCGTCATAGACCTGCATTCCCTGGCACGTGCAGAACACTCAGCCACCATAGACTACAGTGAGTCATACTTGGCTGCTGTAGCACTTGCCTTTCTCTTTGTGCCAGTGTTAGAGCCTCTGCTTGGGTTTCACAATGGCACATGGCTGTTGTGTATCATTCAGTAGAGTACTTGTCTCAGAGGCGTGAGACCCATGCCCAGGGCCCATATAAAACGAAACACAGCAGACACTGTGGCAAAAATGGATATGCCTGCTGTGGACTCTGCGTGACAGCCTCCCAACAGGGTTCTCCACTATGCCACCCAGGCCTCTTCTCCACCCACCAGCTAGAGCACATCTGCTTGGGCAGTCAGGTGCTTTACCAGTGTCGGCAGGCTGCAGTTCTTCCCTGAGAGTTTCTGACGAGCAGGCTCCAGCTGCTCTCACCCTCCAGGTTCAGACATGTCCCTGAAGGACAGTATCTCAGTTAGCACTTAATTTGCTGATTTAATGAGGCAGCTCTTAAAAAGGAGAGTGTTTAGTTGGGGAGCGTTTACAGTGTAGAGGTTTAGTTCATTGTCATCACTGCAAGAAGCCTGGTAGCACATAGGCAGATGTGTGTTTGAAGAGGCAGGCAGCAAGAAGAGAGAGACTAGGCCTGTCTTGAGCAGGATGGGAACAAGTGCTACACAGATTTTCCAGTTGCCCTGGAGGCACCAAGGCCAGGGCACGTCTGCCATCTACTGTCCTTATTTTTATTCACCTCTAAGCATTTATCAGAAGAAATTCCATTGGCAAAATGTAACCACTAAACCACTCTGGGAGTTGGAAGATGCAGTAGTAGGTGGCTCAATGGTTTTGTTTGATTTACAAGTCAGAAACAAATGTTTCTGTTGTAATTTTCAAATTGACAGAATCACCAAATATAAACAATAGCCTTATACTCACCAGCAGGTGTAAGGATGTGTTAACTTTTGTCAAAACCAAAGACTAGATACCTAACACACTGCTTATGAAGGAGGCAGCTGGGATTTCAGGGCATGATGCTGGTGTCGCCATCACCTCTGCTGAGTGCCTCTTGGTAGGGATACAGATACAGAGCTTACAAATCAGCAGGAAGCAGAAAGAAATTGGAGTCCTATTAATGCAGTCTTGAGCATGCCCTTGATGGCCTAAAGACTTCCCACCAGCCTTGAAGGTCTCCTGCCCTCAGGAGGATTTCTCTCCCTCTCAGTTTCTCCAACCTCTTTGCAGTGCCCACATAATTGGGTCAGGCCCACTCAGGTCCTGACGGGTCCCTGTCTTAAAGTTAACCATCTAGGGACTTTAACTATATCTGCACATCCCTTCATCTGTATGACAATGGTGAGAGGCATATCCACCATCCTCCCCCAAGTCTCACTTGCTGGAAGGGTATTACTTGGGGCCTGTTCCTGGGGACAGCCTTGTATTGTGCTTCCAAAGCTCTTTTGTGGCTTGGCAGAAACCTTTCGTTGTTACCTGGTAATTCCTTAGCTCTTCAGGAGGGAGATTTGGATCTGTATGGAGGCCAGAGGTCAACCCCAGCTGTTGTTCCCCAGGTTCCATCTATGTTTCTTTGAGACAGAGACTCTCACTGGCCTGGAGGTCTCCATGTATGCTAGGCTGTCTGGCCAGTGAGTCCCAGAGACTCTCCCCTCTCTGCCTTCCTAGTCCCTGGCTGAAGTGTGCTCAGTGATTAAGAGGGGAGAGTCCTGTTCCCACACCACGTCAGGCAGCCCACAGCTGCTCCAGCTCCAGGTGATCTGGACCCTTTTCCTTCCGCCTACTGTATCCATACATGGCAGACTCTCACACACACTCAGATGTGAATAAAGAGATCTTTAACAGAATACAGAAACAAAACAATAAAAACCACATATCTCTCTGCCTAGGAATGGTGGTTGTTATATTAATTACCAGAGGAAAGGGTACATGCCAACACACATGTGTGCAGGGCTATAAACAGCCGAGTCAGTTCCCTCTTCTCACCATGGGAGTCCTGGTCACCAAATTCAAGTCATCAGGCTTGATACCAAGTTTACCCACGAGCCATCTTCTCACCTGGTTGCAGGTCTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGTGTGTCACAAGCACTTTACCAAACAAACTATATCACCGTCCTAGACACTTTTTACAAAATACTAACTTACTTTTGGCCTCTGCAAATTGTGGTACAGTTGATGTACTTAGATCGGTGTACCTTTACATTCCAGACACTGCTCTGTTTTAACGATCCCATGTGTTGTGGCTCTGAGGGCACAAGTAGACGTATTAAGACAGTTTTCCAGTATTTGGTCTTTGGAAACAACTCCCTTTAGGTCACCATAGCTTATAACTTCCAAGCACAAAGTCAGTTTATGTGAGTGCCCTGTTTGGTTGCCATCGGCCAGCATTCGTGAATACAGTTGCTGCTGTGAGCGGCATAGCTTGCACAGAATGTGAGGTGTGCTGGGAGAATTTTCTGAATGAATATAGTACCTAAACAAAAGATGGATAAAGTGGGATGCCATTTATGTGCTATAGCTCACTGTTTTGACTAGACTGACTGGCCAGAGAGCCCCAAGTAAGCCACCTCCCTAGTATTGGGGTTACAGATGCACAGCAATAAACAGCTTTTACATGGATGCTTGGAATGTGAACTTAAGTGCTCAGACTTGCTAGCCAGCAGTTTGCTGATTGACCATTTCCCCAGCCTGTAAAAGTCCTCTTGAACTTTTTAAAGACATTTTTTTAATTTATATTTTATTGTATTTGTTGAAACAGGGTGCCATTTTTTTTAAGATTTATTTATTTATGTATAAGTACATTATAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTCGAACTCAGGACCTCCGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCACAGGGTGCCATTTTAACCTAGCCTTAAGTTTACTATGTGACCTTCAACTACTTTTTAACAAAAAGTCTTAAAATTTTTCATGTGTATGGGTGTTTTGCTTTCATTTATGTCTGTGTAGCATGTTTGTGCCTGGTACTCGCCAAGGTCAGAAAGGAGAATTGGATGCCCCAGAACTGGAGTTCTGGAGGCTGTGAGCCACTATGTGGGTGCTGGGAACCACGTGGGGGTCCTGCAAGAGGACCAAGTGCTCACATAATCACTGCGTCTTCTTAGTGGTCCCTGTGTTTGTATGTTTGTTATGGGCATGAGCATGTCTGAGTGAGTACAGCGACTTTGGGAGACCAGGAGAAGCTATCGTCCTGGAGCTGCGAGTTCAGTTTTAAACCTCTGATGTGGGTGCTAGGAACAAACTTGCTTGGGTCCTCTGCCAGAACACTGTGTCCTCCTAATACCCCTGCCCCACCCCATGGCCTTGAACTTCTAGTCCTCCAGCCTTTCCAAATGCTGAGATTGCAGGCCTGTGCCACTGCATGCAGCCTTGTACTTCTGGGGATCACATCTGCCTTATGTTATTTTGAGGATCAAACCCAGGGCCACGTTGTTGCCGGGCAAGCAGCTTACCAGCAGAGCCCCACCCATAACCCTTTGGAAGACTTTAATCTAATGCAGGCTGATGGAGTTCAGACTCATTGACTTCCAATAATTTTAATATTTCCTTTGTTTCTTTCTTAGCTCCATTTTTAGGGATGGTTTGCTCTGCAAAGAGAAGGGAGTTTTAATATTTAAGGAACTTTTTTAAAAATCAAAAGCAAACTCACAACATTCAAAGGGTATTGCCTAGTAGACTGTGACTGCTGGAAGCCTCCCAGAGATACCCAACTGTTACCTGGTGTGGCCGCTTTAACATTAACCTTTTCCTTGTGTAAGTGTGCCAGCCAGATGTCAGTAGTCACTAGACCTTTTGCAGTCACTGTATTTGGTAGAAAGTAATGGGCAATGTTACTTAGAAATAAGTTTGCCGATTGGCCTCCCTCTGGCTTCTGCCTATGTGGCTGAGCAAAGCATTTAATCTCCTGAGTTTGTTGTCTGCAAGAGACTGATACTTGGCTGGGGGCATCTAGGACAGCCTTGGTTACAGTAAGAAAACGATCCTGCCAGCTCCTCTG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Seq C2 exon
GCAGCACAGATTGTGCTCATCTCTCTGTTCGAACTGAACACTCCTGAATTTACCATGTTACTTGGTGCCTTGCCAAAAACATTCCAGGACGGTGCCACCAAACTCCTGCATAACCACCTTAAGAACTCCAGTAACGCTGGTGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002376:ENSRNOT00000061513:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123483=CLASP_N=FE(20.4=100)
A:
NA
C2:
PF123483=CLASP_N=PD(17.4=83.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]