GgaINT0050000 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011645 | CLASP1
Description
NA
Coordinates
chr7:27685856-27696094:-
Coord C1 exon
chr7:27695951-27696094
Coord A exon
chr7:27686000-27695950
Coord C2 exon
chr7:27685856-27685999
Length
9951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATC
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
CATTATTTTCTTCTTTTCAGGCA
3' ss Score
10.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAAAGTTGCTATCCTGAAATATATTGAGTCCTTGGCAAGACAGATGGATCCAACGGACTTTGTGAACTCTAGTGAGACAAGACTTGCTGTGTCTAGAATTATAACTTGGACAACAGAACCAAAGAGCTCAGATGTGAGAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGCACAAATAGTCCTGATTTCTCTCTTTGAACTGAACACTCCCGAGTTTACCATGTTACTTGGTGCCTTGCCAAAAACATTCCAGGATGGTGCTACCAAGCTCCTGCACAACCACCTCAAGAACTCCAGTAACACCAATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011645:ENSGALT00000019030:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.146 A=NA C2=0.375
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]