BtaINT0044807 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000039091 | CSRNP3
Description
Bos taurus cysteine-serine-rich nuclear protein 3 (CSRNP3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076244]
Coordinates
chr2:30716354-30734775:-
Coord C1 exon
chr2:30734516-30734775
Coord A exon
chr2:30717501-30734515
Coord C2 exon
chr2:30716354-30717500
Length
17015 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
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9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000039091:ENSBTAT00000031383:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.414 A=NA C2=0.149
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]